ctfDetermine
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オプション一覧
メインオプション
オプション | 必須項目/選択項目 | 説明 | デフォルト |
---|---|---|---|
-i | 必須 | 入力ファイル設定: mrcImage | NULL |
-o | 必須 | 出力ファイル設定(パラメータ): [テキスト] | NULL |
-D | 選択 | デフォーカス初期値: [A] | 0.0 |
-Cs | 選択 | Cs初期値: [mm] | 1.7 |
-Cc | 選択 | Cc初期値: [mm] | 1.2 |
-dE | 選択 | dE初期値: [mm] | 0.2 |
-Ac | 選択 | Ac[kV] | 200 |
-CutLow | 選択 | CutOffLowFrequncy[/A] | 0.05 |
-CutHigh | 選択 | CutOffHighFrequncy[/A] | 0.5 |
-I0 | 選択 | I0 | 1.0 |
-ratio | 選択 | 振幅比 | 0.1 |
-Ai | 選択 | 照射角度[mrad] | 0.03 |
-BofMTF | 選択 | B of MTF [A] | 15.0 |
-BofV | 選択 | B of Vibration [A] | 3.0 |
-Mag | 選択 | 倍率 | 1.0 |
-Noise | 選択 | S/N比 | 0.0 |
-Noise2 | 選択 | S/N比 | 0.0 |
-MolcEnv | 選択 | Gaussian: Molcular Envelop [A] | 0.0 |
-MolcEnv2 | 選択 | Table: Molcular Envelop | NULL |
-min | 選択 | min of coefficient area | -10 |
-max | 選択 | max of coefficient area | 10 |
-s | 選択 | step of coefficient | 0.01 |
-d | 選択 | agree of function | 6 |
-S | 選択 | section number of fft | 4 |
-c | 選択 | コンフィグファイル設定 | NULL |
-m | 選択 | モードを設定 | 0 |
-h | 選択 | ヘルプを表示 |
モードの詳細
モード | 説明 |
---|---|
0 | ミニマックス法 (Henderson-like CTF determination) |
16 | フィッティング法 |
32 | 差分法 |
64 | 共分散法 |
96 | 差分法+共分散法 |
128 | 最小二乗法 |
160 | 差分法+最小二乗法 (by Imamura) |
161 | 差分法+最小二乗法 +ノイズ除去(+1) |
163 | 差分法+最小二乗法 +ノイズ除去(+1)+EnvelopeFromLocalMaxima(+2) |
実行例
入力ファイルの画像
最小 最大 |
-1.54801 (35, 32, 8) 1.3162 (35, 0, 55) |
オプション必須項目のみの場合
I: 1 Isignal: 1 Magnification: 1 defocus: 0 AoverP: 0.1 Cs: 1.7 Cc: 1.2 dE: 0.2 Ai: 0.03 MTFMode: 32767 MTF: 15 MTF2: 4.59163e-41 flagVibration: 0 BofVibration: 3 flagSN: 0 SN: 0 Inoise: 0 flagSN2: 0 SN2: 0 Inoise2: 0 flagMolecEnvTable: -1846890496 defocus2D0: 0 defocus2D1: 0 defocus0axis: 0 kV: 200 flagWin: -1831135888 CutLow: 0.05 CutHigh: 0.5