「ctfEnvelopFunction」の版間の差分

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(実行例)
 
(同じ利用者による、間の5版が非表示)
行14: 行14:
 
<td>-o</td>  
 
<td>-o</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
<td>出力ファイル設定</td>  
+
<td>出力ファイル設定: [[ASCII]]</td>  
 
<td>stdout</td>  
 
<td>stdout</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行20: 行20:
 
<td>-Rmax</td>  
 
<td>-Rmax</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
<td>Rmax[/A]</td>  
+
<td>最大空間周波数: [/A]</td>  
 
<td>0.1</td>  
 
<td>0.1</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行26: 行26:
 
<td>-dR</td>  
 
<td>-dR</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
<td>dR[/A]</td>  
+
<td>空間周波数間隔: [/A]</td>  
 
<td>0.0001</td>  
 
<td>0.0001</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行32: 行32:
 
<td>-kV</td>  
 
<td>-kV</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
<td>AccVol[kV]</td>  
+
<td>[[加速電圧]]: [kV]</td>  
 
<td>200</td>  
 
<td>200</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行38: 行38:
 
<td>-Cs</td>  
 
<td>-Cs</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
<td>Cs[mm]</td>  
+
<td>[[球面収差係数]]: [mm]</td>  
 
<td>1.7</td>  
 
<td>1.7</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行44: 行44:
 
<td>-df</td>  
 
<td>-df</td>  
 
<td>必須</td>  
 
<td>必須</td>  
<td>Defocus[A]:under(+)</td>  
+
<td>デフォーカス: [A]:under(+)</td>  
 
<td>100000</td>  
 
<td>100000</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行56: 行56:
 
<td>-Ain</td>  
 
<td>-Ain</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
<td>IlluminationAperture[mrad]</td>  
+
<td>[[照射半角]][mrad]</td>  
 
<td>0.02</td>  
 
<td>0.02</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行83: 行83:
 
<td> </td>  
 
<td> </td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
</table>  
+
</table>
  
 
===モードの詳細===
 
===モードの詳細===
行105: 行105:
 
<tr>  
 
<tr>  
 
<td>32</td>  
 
<td>32</td>  
<td>照射角度</td>  
+
<td>[[照射角度]]</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 
<tr>  
 
<tr>  
行111: 行111:
 
<td>エネルギー拡散</td>  
 
<td>エネルギー拡散</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
</table>  
+
</table>
 
+
  
 
== 実行例 ==
 
== 実行例 ==
行142: 行141:
 
9.990112e-02 5.671023e-01
 
9.990112e-02 5.671023e-01
 
</pre>
 
</pre>
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td><p align="center">[[画像:Outdata-ctfEnvelopFunction.png]]<br>
 +
gnuplotにて表示<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
<br>
  
 
===オプション -Rmax===
 
===オプション -Rmax===
行177: 行184:
 
2.900000e-03 9.995211e-01
 
2.900000e-03 9.995211e-01
 
</pre>
 
</pre>
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td><p align="center">[[画像:Outdata-Rmax-ctfEnvelopFunction.png]]<br>
 +
gnuplotにて表示<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
<br>
  
 
===オプション -dR===
 
===オプション -dR===
行198: 行213:
 
2.999999e-03 9.994875e-01
 
2.999999e-03 9.994875e-01
 
</pre>
 
</pre>
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td><p align="center">[[画像:Outdata-dR-ctfEnvelopFunction.png]]<br>
 +
gnuplotにて表示<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
<br>
  
 
===オプション -kV===
 
===オプション -kV===
行226: 行249:
 
9.990112e-02 5.664985e-01
 
9.990112e-02 5.664985e-01
 
</pre>
 
</pre>
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td><p align="center">[[画像:Outdata-kV-ctfEnvelopFunction.png]]<br>
 +
gnuplotにて表示<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
<br>
  
 
===オプション -Cs===
 
===オプション -Cs===
行254: 行285:
 
9.990112e-02 5.672638e-01
 
9.990112e-02 5.672638e-01
 
</pre>
 
</pre>
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td><p align="center">[[画像:Outdata-Cs-ctfEnvelopFunction.png]]<br>
 +
gnuplotにて表示<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
<br>
  
 
===オプション -Ain===
 
===オプション -Ain===
行282: 行321:
 
9.990112e-02 6.942782e-07
 
9.990112e-02 6.942782e-07
 
</pre>
 
</pre>
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td><p align="center">[[画像:Outdata-Ain-ctfEnvelopFunction.png]]<br>
 +
gnuplotにて表示<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
<br>
  
 
===オプション -ctfMode===
 
===オプション -ctfMode===
行310: 行357:
 
9.990112e-02 1.000000e+00
 
9.990112e-02 1.000000e+00
 
</pre>
 
</pre>
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td><p align="center">[[画像:Outdata-ctfMode64-ctfEnvelopFunction.png]]<br>
 +
gnuplotにて表示<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
<br>

2014年9月29日 (月) 05:26時点における最新版

ctfEnvelopFunctionとはEosコマンドである。


オプション一覧

メインオプション

オプション 必須項目/選択項目 説明 デフォルト
-o 選択 出力ファイル設定: ASCII stdout
-Rmax 選択 最大空間周波数: [/A] 0.1
-dR 選択 空間周波数間隔: [/A] 0.0001
-kV 選択 加速電圧: [kV] 200
-Cs 選択 球面収差係数: [mm] 1.7
-df 必須 デフォーカス: [A]:under(+) 100000
-A 選択 AmplitudeContrast/PhaseContrast 0.0
-Ain 選択 照射半角[mrad] 0.02
-ctfMode 選択 CTFMode 32
-c 選択 コンフィグファイル設定 NULL
-m 選択 モードを設定 0
-h 選択 ヘルプを表示  

モードの詳細

モード 説明
0

CTFModeの詳細

モード 説明
32 照射角度
64 エネルギー拡散

実行例

オプション必須項目のみの場合

df=100000で実行

0.000000e+00 1.000000e+00
1.000000e-04 9.999994e-01
2.000000e-04 9.999977e-01
3.000000e-04 9.999949e-01
4.000000e-04 9.999909e-01
5.000000e-04 9.999858e-01
6.000000e-04 9.999795e-01
7.000000e-04 9.999721e-01
8.000000e-04 9.999635e-01
9.000000e-04 9.999539e-01

-中略-

9.900110e-02 5.728893e-01
9.910110e-02 5.722460e-01
9.920111e-02 5.716026e-01
9.930111e-02 5.709595e-01
9.940111e-02 5.703164e-01
9.950111e-02 5.696734e-01
9.960111e-02 5.690305e-01
9.970111e-02 5.683877e-01
9.980112e-02 5.677449e-01
9.990112e-02 5.671023e-01

Outdata-ctfEnvelopFunction.png
gnuplotにて表示


オプション -Rmax

Rmax=0.003, df=100000で実行

0.000000e+00 1.000000e+00
1.000000e-04 9.999994e-01
2.000000e-04 9.999977e-01
3.000000e-04 9.999949e-01
4.000000e-04 9.999909e-01
5.000000e-04 9.999858e-01
6.000000e-04 9.999795e-01
7.000000e-04 9.999721e-01
8.000000e-04 9.999635e-01
9.000000e-04 9.999539e-01
9.999999e-04 9.999430e-01
1.100000e-03 9.999311e-01
1.200000e-03 9.999180e-01
1.300000e-03 9.999037e-01
1.400000e-03 9.998884e-01
1.500000e-03 9.998719e-01
1.600000e-03 9.998542e-01
1.700000e-03 9.998354e-01
1.800000e-03 9.998155e-01
1.899999e-03 9.997944e-01
1.999999e-03 9.997722e-01
2.099999e-03 9.997489e-01
2.200000e-03 9.997244e-01
2.300000e-03 9.996988e-01
2.400000e-03 9.996720e-01
2.500000e-03 9.996441e-01
2.600000e-03 9.996151e-01
2.700000e-03 9.995849e-01
2.800000e-03 9.995536e-01
2.900000e-03 9.995211e-01

Outdata-Rmax-ctfEnvelopFunction.png
gnuplotにて表示


オプション -dR

dR=0.0002, Rmax=0.003, df=100000で実行

0.000000e+00 1.000000e+00
2.000000e-04 9.999977e-01
4.000000e-04 9.999909e-01
6.000000e-04 9.999795e-01
8.000000e-04 9.999635e-01
9.999999e-04 9.999430e-01
1.200000e-03 9.999180e-01
1.400000e-03 9.998884e-01
1.600000e-03 9.998542e-01
1.800000e-03 9.998155e-01
2.000000e-03 9.997722e-01
2.200000e-03 9.997244e-01
2.400000e-03 9.996720e-01
2.600000e-03 9.996151e-01
2.799999e-03 9.995536e-01
2.999999e-03 9.994875e-01

Outdata-dR-ctfEnvelopFunction.png
gnuplotにて表示


オプション -kV

kV=1000, df=100000で実行

0.000000e+00 1.000000e+00
1.000000e-04 9.999994e-01
2.000000e-04 9.999977e-01
3.000000e-04 9.999949e-01
4.000000e-04 9.999909e-01
5.000000e-04 9.999858e-01
6.000000e-04 9.999795e-01
7.000000e-04 9.999721e-01
8.000000e-04 9.999635e-01
9.000000e-04 9.999539e-01

-中略-

9.900110e-02 5.723011e-01
9.910110e-02 5.716560e-01
9.920111e-02 5.710110e-01
9.930111e-02 5.703661e-01
9.940111e-02 5.697213e-01
9.950111e-02 5.690766e-01
9.960111e-02 5.684319e-01
9.970111e-02 5.677873e-01
9.980112e-02 5.671429e-01
9.990112e-02 5.664985e-01

Outdata-kV-ctfEnvelopFunction.png
gnuplotにて表示


オプション -Cs

Cs=2.1, df=100000で実行

0.000000e+00 1.000000e+00
1.000000e-04 9.999994e-01
2.000000e-04 9.999977e-01
3.000000e-04 9.999949e-01
4.000000e-04 9.999909e-01
5.000000e-04 9.999858e-01
6.000000e-04 9.999795e-01
7.000000e-04 9.999721e-01
8.000000e-04 9.999635e-01
9.000000e-04 9.999539e-01

-中略-

9.900110e-02 5.730467e-01
9.910110e-02 5.724038e-01
9.920111e-02 5.717610e-01
9.930111e-02 5.711183e-01
9.940111e-02 5.704757e-01
9.950111e-02 5.698332e-01
9.960111e-02 5.691907e-01
9.970111e-02 5.685483e-01
9.980112e-02 5.679060e-01
9.990112e-02 5.672638e-01

Outdata-Cs-ctfEnvelopFunction.png
gnuplotにて表示


オプション -Ain

Ain=0.1, df=100000で実行

0.000000e+00 1.000000e+00
1.000000e-04 9.999858e-01
2.000000e-04 9.999430e-01
3.000000e-04 9.998719e-01
4.000000e-04 9.997722e-01
5.000000e-04 9.996441e-01
6.000000e-04 9.994875e-01
7.000000e-04 9.993026e-01
8.000000e-04 9.990891e-01
9.000000e-04 9.988473e-01

-中略-

9.900110e-02 8.948820e-07
9.910110e-02 8.700968e-07
9.920111e-02 8.459706e-07
9.930111e-02 8.224916e-07
9.940111e-02 7.996417e-07
9.950111e-02 7.774053e-07
9.960111e-02 7.557654e-07
9.970111e-02 7.347090e-07
9.980112e-02 7.142174e-07
9.990112e-02 6.942782e-07

Outdata-Ain-ctfEnvelopFunction.png
gnuplotにて表示


オプション -ctfMode

ctfMode=64, df=100000で実行

0.000000e+00 1.000000e+00
1.000000e-04 1.000000e+00
2.000000e-04 1.000000e+00
3.000000e-04 1.000000e+00
4.000000e-04 1.000000e+00
5.000000e-04 1.000000e+00
6.000000e-04 1.000000e+00
7.000000e-04 1.000000e+00
8.000000e-04 1.000000e+00
9.000000e-04 1.000000e+00

-中略-

9.900110e-02 1.000000e+00
9.910110e-02 1.000000e+00
9.920111e-02 1.000000e+00
9.930111e-02 1.000000e+00
9.940111e-02 1.000000e+00
9.950111e-02 1.000000e+00
9.960111e-02 1.000000e+00
9.970111e-02 1.000000e+00
9.980112e-02 1.000000e+00
9.990112e-02 1.000000e+00

Outdata-ctfMode64-ctfEnvelopFunction.png
gnuplotにて表示