「ctfMultiFunction」の版間の差分
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(ページの作成:「'''ctfMultiFunction'''とはEosのコマンドである。 == オプション一覧 == ===メインオプション=== <table border="1"> <tr> <th>オ...」) |
(→メインオプション) |
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(同じ利用者による、間の6版が非表示) | |||
行14: | 行14: | ||
<td>-I</td> | <td>-I</td> | ||
<td>選択</td> | <td>選択</td> | ||
− | <td> | + | <td>入力ファイル: [[ASCII]]</td> |
<td>NULL</td> | <td>NULL</td> | ||
</tr> | </tr> | ||
行20: | 行20: | ||
<td>-o</td> | <td>-o</td> | ||
<td>必須</td> | <td>必須</td> | ||
− | <td> | + | <td>出力ファイル: [[ASCII]]</td> |
<td>NULL</td> | <td>NULL</td> | ||
</tr> | </tr> | ||
行26: | 行26: | ||
<td>-Rmax</td> | <td>-Rmax</td> | ||
<td>選択</td> | <td>選択</td> | ||
− | <td> | + | <td>最大空間周波数[/A]</td> |
<td>0.1</td> | <td>0.1</td> | ||
</tr> | </tr> | ||
行32: | 行32: | ||
<td>-dR</td> | <td>-dR</td> | ||
<td>選択</td> | <td>選択</td> | ||
− | <td> | + | <td>空間周波数間隔[/A]</td> |
<td>0.0001</td> | <td>0.0001</td> | ||
</tr> | </tr> | ||
行38: | 行38: | ||
<td>-Ain</td> | <td>-Ain</td> | ||
<td>選択</td> | <td>選択</td> | ||
− | <td> | + | <td>[[照射半角]][mrad]</td> |
<td>0.02</td> | <td>0.02</td> | ||
</tr> | </tr> | ||
行66: | 行66: | ||
</tr> | </tr> | ||
</table> | </table> | ||
+ | <br> | ||
===モードの詳細=== | ===モードの詳細=== | ||
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<tr> | <tr> | ||
<td>0</td> | <td>0</td> | ||
− | |||
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− | |||
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<td></td> | <td></td> | ||
</tr> | </tr> | ||
</table> | </table> | ||
+ | <br> | ||
===CTFModeの詳細=== | ===CTFModeの詳細=== | ||
<table border="1"> | <table border="1"> | ||
<tr> | <tr> | ||
− | < | + | <td>モード</td> |
− | < | + | <td>説明</td> |
</tr> | </tr> | ||
<tr> | <tr> | ||
<td>0</td> | <td>0</td> | ||
− | <td> | + | <td>位相コントラストだけ</td> |
</tr> | </tr> | ||
<tr> | <tr> | ||
<td>1</td> | <td>1</td> | ||
− | <td> | + | <td>強度コントラストを加える</td> |
</tr> | </tr> | ||
<tr> | <tr> | ||
<td>32</td> | <td>32</td> | ||
− | <td> | + | <td>包絡関数を積算する</td> |
</tr> | </tr> | ||
</table> | </table> | ||
+ | <br> | ||
− | === | + | ===-Iのファイルのフォーマット=== |
<pre> | <pre> | ||
− | + | defocus Cs kV AmplitudeContrast | |
+ | |||
</pre> | </pre> | ||
− | <div> | + | <div>[[llExtractWithLayerSeparationFilamentInfo]] -oI で作成される。</div> |
− | + | <br> | |
== 実行例 == | == 実行例 == | ||
+ | ===オプション -I=== | ||
+ | <div>-I のデータ</div> | ||
+ | <pre> | ||
+ | 27000.000000 2.100000 200.000000 0.100000 | ||
+ | 20000.000000 2.000000 100.000000 0.200000 | ||
+ | |||
+ | </pre> | ||
+ | <br> | ||
+ | |||
+ | <div>-o のデータ</div> | ||
+ | <pre> | ||
+ | 0.000000e+00 1.500000e-01 | ||
+ | 1.000000e-04 1.500223e-01 | ||
+ | 2.000000e-04 1.500890e-01 | ||
+ | 3.000000e-04 1.502003e-01 | ||
+ | 4.000000e-04 1.503560e-01 | ||
+ | |||
+ | -中略- | ||
+ | |||
+ | 2.499996e-02 1.003718e+00 | ||
+ | 2.509996e-02 1.003929e+00 | ||
+ | 2.519996e-02 1.004015e+00 | ||
+ | 2.529996e-02 1.003974e+00 | ||
+ | 2.539996e-02 1.003805e+00 | ||
+ | |||
+ | -中略- | ||
+ | |||
+ | 3.540003e-02 2.013617e-01 | ||
+ | 3.550003e-02 1.859707e-01 | ||
+ | 3.560003e-02 1.704947e-01 | ||
+ | 3.570003e-02 1.714163e-01 | ||
+ | 3.580003e-02 1.726478e-01 | ||
+ | |||
+ | -中略- | ||
+ | |||
+ | 4.500019e-02 9.735332e-01 | ||
+ | 4.510019e-02 9.742426e-01 | ||
+ | 4.520019e-02 9.745606e-01 | ||
+ | 4.530019e-02 9.744846e-01 | ||
+ | 4.540019e-02 9.740120e-01 | ||
+ | |||
+ | -中略- | ||
+ | |||
+ | 5.100029e-02 3.283049e-01 | ||
+ | 5.110029e-02 3.076984e-01 | ||
+ | 5.120029e-02 2.869061e-01 | ||
+ | 5.130029e-02 2.877476e-01 | ||
+ | 5.140030e-02 2.907183e-01 | ||
+ | |||
+ | -中略- | ||
+ | |||
+ | 5.860042e-02 9.264785e-01 | ||
+ | 5.870042e-02 9.274181e-01 | ||
+ | 5.880042e-02 9.277267e-01 | ||
+ | 5.890042e-02 9.274014e-01 | ||
+ | 5.900043e-02 9.264401e-01 | ||
+ | |||
+ | -中略- | ||
+ | |||
+ | 6.290049e-02 4.205727e-01 | ||
+ | 6.300049e-02 3.977081e-01 | ||
+ | 6.310049e-02 3.787018e-01 | ||
+ | 6.320050e-02 3.847213e-01 | ||
+ | 6.330050e-02 3.904706e-01 | ||
+ | |||
+ | -中略- | ||
+ | |||
+ | 6.960060e-02 8.637956e-01 | ||
+ | 6.970061e-02 8.649303e-01 | ||
+ | 6.980061e-02 8.652359e-01 | ||
+ | 6.990061e-02 8.647101e-01 | ||
+ | 7.000061e-02 8.633510e-01 | ||
+ | |||
+ | -中略- | ||
+ | |||
+ | 7.290066e-02 4.840132e-01 | ||
+ | 7.300066e-02 4.610246e-01 | ||
+ | 7.310066e-02 4.464689e-01 | ||
+ | 7.320067e-02 4.565637e-01 | ||
+ | 7.330067e-02 4.662275e-01 | ||
+ | |||
+ | -中略- | ||
+ | |||
+ | 9.950111e-02 8.115075e-01 | ||
+ | 9.960111e-02 8.088512e-01 | ||
+ | 9.970111e-02 8.046168e-01 | ||
+ | 9.980112e-02 7.988045e-01 | ||
+ | 9.990112e-02 7.914170e-01 | ||
+ | </pre> | ||
+ | <br> | ||
+ | |||
+ | <div>以降、-I のデータを使用して実行</div> | ||
+ | ===オプション -Rmax=== | ||
+ | ====Rmax=0.0254で実行==== | ||
+ | <div>-o のデータ</div> | ||
+ | <pre> | ||
+ | 0.000000e+00 1.500000e-01 | ||
+ | 1.000000e-04 1.500223e-01 | ||
+ | 2.000000e-04 1.500890e-01 | ||
+ | 3.000000e-04 1.502003e-01 | ||
+ | 4.000000e-04 1.503560e-01 | ||
+ | |||
+ | -中略- | ||
+ | |||
+ | 2.499996e-02 1.003718e+00 | ||
+ | 2.509996e-02 1.003929e+00 | ||
+ | 2.519996e-02 1.004015e+00 | ||
+ | 2.529996e-02 1.003974e+00 | ||
+ | 2.539996e-02 1.003805e+00 | ||
+ | </pre> | ||
+ | <br> | ||
+ | |||
+ | ===オプション -dR=== | ||
+ | ====dR=0.0002で実行==== | ||
+ | <div>-o のデータ</div> | ||
+ | <pre> | ||
+ | 0.000000e+00 1.500000e-01 | ||
+ | 2.000000e-04 1.500890e-01 | ||
+ | 4.000000e-04 1.503560e-01 | ||
+ | 6.000000e-04 1.508010e-01 | ||
+ | 8.000000e-04 1.514240e-01 | ||
+ | |||
+ | -中略- | ||
+ | |||
+ | 9.900053e-02 8.012962e-01 | ||
+ | 9.920053e-02 8.100373e-01 | ||
+ | 9.940054e-02 8.125905e-01 | ||
+ | 9.960054e-02 8.088710e-01 | ||
+ | 9.980054e-02 7.988421e-01 | ||
+ | </pre> | ||
+ | <br> |
2014年8月21日 (木) 00:14時点における最新版
ctfMultiFunctionとはEosのコマンドである。
目次
オプション一覧
メインオプション
オプション | 必須項目/選択項目 | 説明 | デフォルト |
---|---|---|---|
-I | 選択 | 入力ファイル: ASCII | NULL |
-o | 必須 | 出力ファイル: ASCII | NULL |
-Rmax | 選択 | 最大空間周波数[/A] | 0.1 |
-dR | 選択 | 空間周波数間隔[/A] | 0.0001 |
-Ain | 選択 | 照射半角[mrad] | 0.02 |
-ctfMode | 選択 | CTFMode | 33 |
-c | 選択 | コンフィグファイル設定 | NULL |
-m | 選択 | モードを設定 | 0 |
-h | 選択 | ヘルプを表示 |
モードの詳細
モード | 説明 |
---|---|
0 |
CTFModeの詳細
モード | 説明 |
0 | 位相コントラストだけ |
1 | 強度コントラストを加える |
32 | 包絡関数を積算する |
-Iのファイルのフォーマット
defocus Cs kV AmplitudeContrast
llExtractWithLayerSeparationFilamentInfo -oI で作成される。
実行例
オプション -I
-I のデータ
27000.000000 2.100000 200.000000 0.100000 20000.000000 2.000000 100.000000 0.200000
-o のデータ
0.000000e+00 1.500000e-01 1.000000e-04 1.500223e-01 2.000000e-04 1.500890e-01 3.000000e-04 1.502003e-01 4.000000e-04 1.503560e-01 -中略- 2.499996e-02 1.003718e+00 2.509996e-02 1.003929e+00 2.519996e-02 1.004015e+00 2.529996e-02 1.003974e+00 2.539996e-02 1.003805e+00 -中略- 3.540003e-02 2.013617e-01 3.550003e-02 1.859707e-01 3.560003e-02 1.704947e-01 3.570003e-02 1.714163e-01 3.580003e-02 1.726478e-01 -中略- 4.500019e-02 9.735332e-01 4.510019e-02 9.742426e-01 4.520019e-02 9.745606e-01 4.530019e-02 9.744846e-01 4.540019e-02 9.740120e-01 -中略- 5.100029e-02 3.283049e-01 5.110029e-02 3.076984e-01 5.120029e-02 2.869061e-01 5.130029e-02 2.877476e-01 5.140030e-02 2.907183e-01 -中略- 5.860042e-02 9.264785e-01 5.870042e-02 9.274181e-01 5.880042e-02 9.277267e-01 5.890042e-02 9.274014e-01 5.900043e-02 9.264401e-01 -中略- 6.290049e-02 4.205727e-01 6.300049e-02 3.977081e-01 6.310049e-02 3.787018e-01 6.320050e-02 3.847213e-01 6.330050e-02 3.904706e-01 -中略- 6.960060e-02 8.637956e-01 6.970061e-02 8.649303e-01 6.980061e-02 8.652359e-01 6.990061e-02 8.647101e-01 7.000061e-02 8.633510e-01 -中略- 7.290066e-02 4.840132e-01 7.300066e-02 4.610246e-01 7.310066e-02 4.464689e-01 7.320067e-02 4.565637e-01 7.330067e-02 4.662275e-01 -中略- 9.950111e-02 8.115075e-01 9.960111e-02 8.088512e-01 9.970111e-02 8.046168e-01 9.980112e-02 7.988045e-01 9.990112e-02 7.914170e-01
以降、-I のデータを使用して実行
オプション -Rmax
Rmax=0.0254で実行
-o のデータ
0.000000e+00 1.500000e-01 1.000000e-04 1.500223e-01 2.000000e-04 1.500890e-01 3.000000e-04 1.502003e-01 4.000000e-04 1.503560e-01 -中略- 2.499996e-02 1.003718e+00 2.509996e-02 1.003929e+00 2.519996e-02 1.004015e+00 2.529996e-02 1.003974e+00 2.539996e-02 1.003805e+00
オプション -dR
dR=0.0002で実行
-o のデータ
0.000000e+00 1.500000e-01 2.000000e-04 1.500890e-01 4.000000e-04 1.503560e-01 6.000000e-04 1.508010e-01 8.000000e-04 1.514240e-01 -中略- 9.900053e-02 8.012962e-01 9.920053e-02 8.100373e-01 9.940054e-02 8.125905e-01 9.960054e-02 8.088710e-01 9.980054e-02 7.988421e-01