「ctfZeroPoint」の版間の差分
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== 実行例 == | == 実行例 == | ||
+ | ===オプション必須項目のみの場合=== | ||
+ | <pre> | ||
+ | [ZeroPointResult] AmpContrast 0.050000 | ||
+ | Amount of Defocus [A] Number R [A] ......... | ||
+ | 27000.000000 1 0.038443 | ||
+ | </pre> | ||
+ | |||
+ | |||
+ | ===オプション -kV=== | ||
+ | ====kV=100で実行==== | ||
+ | <pre> | ||
+ | [ZeroPointResult] AmpContrast 0.050000 | ||
+ | Amount of Defocus [A] Number R [A] ......... | ||
+ | 27000.000000 1 0.031647 | ||
+ | </pre> | ||
+ | |||
+ | |||
+ | ===オプション -Cs=== | ||
+ | ====Cs=5.0で実行==== | ||
+ | <pre> | ||
+ | [ZeroPointResult] AmpContrast 0.050000 | ||
+ | Amount of Defocus [A] Number R [A] ......... | ||
+ | 27000.000000 1 0.038453 | ||
+ | </pre> | ||
+ | |||
+ | |||
+ | ===オプション -df=== | ||
+ | ====df=20000で実行==== | ||
+ | <pre> | ||
+ | [ZeroPointResult] AmpContrast 0.050000 | ||
+ | Amount of Defocus [A] Number R [A] ......... | ||
+ | 20000.000000 1 0.044674 | ||
+ | </pre> | ||
+ | |||
+ | |||
+ | ===オプション -A=== | ||
+ | ====A=0.1で実行==== | ||
+ | <pre> | ||
+ | [ZeroPointResult] AmpContrast 0.100000 | ||
+ | Amount of Defocus [A] Number R [A] ......... | ||
+ | 27000.000000 1 0.038443 | ||
+ | </pre> | ||
+ | |||
+ | |||
+ | ===オプション -N=== | ||
+ | ====N=2で実行==== | ||
+ | <pre> | ||
+ | [ZeroPointResult] AmpContrast 0.050000 | ||
+ | Amount of Defocus [A] Number R [A] ......... | ||
+ | 27000.000000 2 0.054377 | ||
+ | </pre> | ||
+ | |||
+ | |||
+ | ===オプション -ctfMode=== | ||
+ | ====ctfMode=1で実行==== | ||
+ | <pre> | ||
+ | [ZeroPointResult] AmpContrast 0.050000 | ||
+ | Amount of Defocus [A] Number R [A] ......... | ||
+ | 27000.000000 1 0.038136 | ||
+ | </pre> | ||
+ | |||
+ | |||
+ | ===オプション -m=== | ||
+ | ====m=1, N=2で実行==== | ||
+ | <pre> | ||
+ | [ZeroPointResult] AmpContrast 0.050000 | ||
+ | Amount of Defocus [A] Number R [A] ......... | ||
+ | 27000.000000 2 0.038443 0.054377 | ||
+ | </pre> | ||
+ | |||
+ | |||
+ | ====m=2で実行==== | ||
+ | =====その他のオプション設定なし===== | ||
+ | <pre> | ||
+ | [ZeroPointResult] AmpContrast 0.050000 | ||
+ | Amount of Defocus [A] Number R [A] ......... | ||
+ | 0.000000 1 -1.000000 | ||
+ | 2000.000000 1 -1.000000 | ||
+ | 4000.000000 1 -1.000000 | ||
+ | 6000.000000 1 0.081838 | ||
+ | 8000.000000 1 0.070758 | ||
+ | 10000.000000 1 0.063241 | ||
+ | 12000.000000 1 0.057707 | ||
+ | 14000.000000 1 0.053414 | ||
+ | 16000.000000 1 0.049956 | ||
+ | |||
+ | -中略- | ||
+ | |||
+ | 80000.000000 1 0.022330 | ||
+ | 82000.000000 1 0.022056 | ||
+ | 84000.000000 1 0.021792 | ||
+ | 86000.000000 1 0.021537 | ||
+ | 88000.000000 1 0.021291 | ||
+ | 90000.000000 1 0.021053 | ||
+ | 92000.000000 1 0.020823 | ||
+ | 94000.000000 1 0.020600 | ||
+ | 96000.000000 1 0.020384 | ||
+ | 98000.000000 1 0.020175 | ||
+ | 100000.000000 1 0.019972 | ||
+ | |||
+ | -中略- | ||
+ | |||
+ | 190000.000000 1 0.014489 | ||
+ | 192000.000000 1 0.014414 | ||
+ | 194000.000000 1 0.014339 | ||
+ | 196000.000000 1 0.014266 | ||
+ | 198000.000000 1 0.014194 | ||
+ | 200000.000000 1 0.014122 | ||
+ | </pre> | ||
+ | |||
+ | |||
+ | =====dfMin=8000, dfMax=100000, deltadf=4000で実行===== | ||
+ | <pre> | ||
+ | [ZeroPointResult] AmpContrast 0.050000 | ||
+ | Amount of Defocus [A] Number R [A] ......... | ||
+ | 8000.000000 1 0.070758 | ||
+ | 12000.000000 1 0.057707 | ||
+ | 16000.000000 1 0.049956 | ||
+ | 20000.000000 1 0.044674 | ||
+ | 24000.000000 1 0.040777 | ||
+ | 28000.000000 1 0.037750 | ||
+ | 32000.000000 1 0.035311 | ||
+ | 36000.000000 1 0.033290 | ||
+ | 40000.000000 1 0.031581 | ||
+ | 44000.000000 1 0.030111 | ||
+ | 48000.000000 1 0.028829 | ||
+ | 52000.000000 1 0.027698 | ||
+ | 56000.000000 1 0.026690 | ||
+ | 60000.000000 1 0.025785 | ||
+ | 64000.000000 1 0.024966 | ||
+ | 68000.000000 1 0.024220 | ||
+ | 72000.000000 1 0.023538 | ||
+ | 76000.000000 1 0.022910 | ||
+ | 80000.000000 1 0.022330 | ||
+ | 84000.000000 1 0.021792 | ||
+ | 88000.000000 1 0.021291 | ||
+ | 92000.000000 1 0.020823 | ||
+ | 96000.000000 1 0.020384 | ||
+ | 100000.000000 1 0.019972 | ||
+ | </pre> |
2014年1月16日 (木) 07:52時点における版
ctfZeroPointとはCTFの零点補正を行うEosのコマンドである。
目次
オプション一覧
メインオプション
オプション | 必須項目/選択項目 | 説明 | デフォルト |
---|---|---|---|
-o | 選択 | 出力ファイル設定 | stdout |
-RMax | 選択 | 最大空間周波数[/A] | 0.1 |
-dR | 選択 | 空間周波数間隔[/A] | 0.0001 |
-kV | 選択 | 加速電圧[kV] | 200 |
-Cs | 選択 | 球面収差[mm] | 2.1 |
-df | 選択 | デフォーカス: [A]:under(+) | 27000 |
-dfMin | 選択 | デフォーカス最小値: [A] | 0 |
-dfMax | 選択 | デフォーカス最大値: [A] | 200000 |
-deltadf | 選択 | デフォーカス間隔[A] | 2000 |
-A | 選択 | AmplitudeContrast/PhaseContrast | 0.05 |
-N | 選択 | Ordinal number of zero point | 1.0 |
-Ain | 選択 | IlluminationAperture[mrad] | 0.02 |
-ctfMode | 選択 | CTFMode | 0 |
-c | 選択 | コンフィグファイル設定 | NULL |
-m | 選択 | モードを設定 | 0 |
-h | 選択 | ヘルプを表示 |
モードの詳細
モード | 説明 |
---|---|
0 | One zero point |
1 | All zero points |
2 | All zero points along defocus |
CTFModeの詳細
モード | 説明 |
---|---|
0 | 位相コントラストのみ |
1 | 強度コントラストを加える |
実行例
オプション必須項目のみの場合
[ZeroPointResult] AmpContrast 0.050000 Amount of Defocus [A] Number R [A] ......... 27000.000000 1 0.038443
オプション -kV
kV=100で実行
[ZeroPointResult] AmpContrast 0.050000 Amount of Defocus [A] Number R [A] ......... 27000.000000 1 0.031647
オプション -Cs
Cs=5.0で実行
[ZeroPointResult] AmpContrast 0.050000 Amount of Defocus [A] Number R [A] ......... 27000.000000 1 0.038453
オプション -df
df=20000で実行
[ZeroPointResult] AmpContrast 0.050000 Amount of Defocus [A] Number R [A] ......... 20000.000000 1 0.044674
オプション -A
A=0.1で実行
[ZeroPointResult] AmpContrast 0.100000 Amount of Defocus [A] Number R [A] ......... 27000.000000 1 0.038443
オプション -N
N=2で実行
[ZeroPointResult] AmpContrast 0.050000 Amount of Defocus [A] Number R [A] ......... 27000.000000 2 0.054377
オプション -ctfMode
ctfMode=1で実行
[ZeroPointResult] AmpContrast 0.050000 Amount of Defocus [A] Number R [A] ......... 27000.000000 1 0.038136
オプション -m
m=1, N=2で実行
[ZeroPointResult] AmpContrast 0.050000 Amount of Defocus [A] Number R [A] ......... 27000.000000 2 0.038443 0.054377
m=2で実行
その他のオプション設定なし
[ZeroPointResult] AmpContrast 0.050000 Amount of Defocus [A] Number R [A] ......... 0.000000 1 -1.000000 2000.000000 1 -1.000000 4000.000000 1 -1.000000 6000.000000 1 0.081838 8000.000000 1 0.070758 10000.000000 1 0.063241 12000.000000 1 0.057707 14000.000000 1 0.053414 16000.000000 1 0.049956 -中略- 80000.000000 1 0.022330 82000.000000 1 0.022056 84000.000000 1 0.021792 86000.000000 1 0.021537 88000.000000 1 0.021291 90000.000000 1 0.021053 92000.000000 1 0.020823 94000.000000 1 0.020600 96000.000000 1 0.020384 98000.000000 1 0.020175 100000.000000 1 0.019972 -中略- 190000.000000 1 0.014489 192000.000000 1 0.014414 194000.000000 1 0.014339 196000.000000 1 0.014266 198000.000000 1 0.014194 200000.000000 1 0.014122
dfMin=8000, dfMax=100000, deltadf=4000で実行
[ZeroPointResult] AmpContrast 0.050000 Amount of Defocus [A] Number R [A] ......... 8000.000000 1 0.070758 12000.000000 1 0.057707 16000.000000 1 0.049956 20000.000000 1 0.044674 24000.000000 1 0.040777 28000.000000 1 0.037750 32000.000000 1 0.035311 36000.000000 1 0.033290 40000.000000 1 0.031581 44000.000000 1 0.030111 48000.000000 1 0.028829 52000.000000 1 0.027698 56000.000000 1 0.026690 60000.000000 1 0.025785 64000.000000 1 0.024966 68000.000000 1 0.024220 72000.000000 1 0.023538 76000.000000 1 0.022910 80000.000000 1 0.022330 84000.000000 1 0.021792 88000.000000 1 0.021291 92000.000000 1 0.020823 96000.000000 1 0.020384 100000.000000 1 0.019972