「defocusDeterminationFromThonRing」の版間の差分

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(→‎メインオプション)
 
(同じ利用者による、間の6版が非表示)
行26: 行26:
 
<td>-iR</td>  
 
<td>-iR</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
−
<td>InputReferenceForLength</td>  
+
<td>InputReferenceForLength: [[mrcImage]]</td>  
 
<td>stdin</td>  
 
<td>stdin</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行32: 行32:
 
<td>-o</td>  
 
<td>-o</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
−
<td>出力ファイル設定</td>  
+
<td>出力ファイル設定: [[ASCII]]</td>  
 
<td>stdout</td>  
 
<td>stdout</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行38: 行38:
 
<td>-oI</td>  
 
<td>-oI</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
−
<td>OutputInformationFile1(mrcImageMultiCTFCompensation and mrcImageCTFCompensation)</td>  
+
<td>OutputInformationFile1: [[ASCII]](mrcImageMultiCTFCompensation and mrcImageCTFCompensation)</td>  
 
<td>stdout</td>  
 
<td>stdout</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行44: 行44:
 
<td>-oI2</td>  
 
<td>-oI2</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
−
<td>OutputInformationFile2(llDataCTFCompensate -I2)</td>  
+
<td>OutputInformationFile2: [[ASCII]](llDataCTFCompensate -I2)</td>  
 
<td>stdout</td>  
 
<td>stdout</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行50: 行50:
 
<td>-oI3</td>  
 
<td>-oI3</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
−
<td>OutputInformationFile3(llExtractWithLayerSeparation)<br>
+
<td>OutputInformationFile3: [[ASCII]](llExtractWithLayerSeparation)<br>
 
Options: -truePitch, -PixelSize, -deltadY and -ctfMode</td>  
 
Options: -truePitch, -PixelSize, -deltadY and -ctfMode</td>  
 
<td>stdout</td>  
 
<td>stdout</td>  
行57: 行57:
 
<td>-kV</td>  
 
<td>-kV</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
−
<td>加速電圧: [kV]</td>  
+
<td>[[加速電圧]]: [kV]</td>  
 
<td>200</td>  
 
<td>200</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行63: 行63:
 
<td>-Cs</td>  
 
<td>-Cs</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
−
<td>球面収差: [mm]</td>  
+
<td>[[球面収差係数]]: [mm]</td>  
 
<td>2.1</td>  
 
<td>2.1</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 
<tr>  
 
<tr>  
−
<td>-AoveP</td>  
+
<td>-A</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>The ratio of amplitude contrast to phase contrast</td>  
 
<td>The ratio of amplitude contrast to phase contrast</td>  
 
<td>0.05</td>  
 
<td>0.05</td>  
−
</tr>
 
−
<tr>
 
−
<td>-ctfMode</td>
 
−
<td>選択</td>
 
−
<td>CTFMode</td>
 
−
<td>0</td>
 
 
</tr>  
 
</tr>  
 
<tr>  
 
<tr>  
行87: 行81:
 
<td>-PixelSize</td>  
 
<td>-PixelSize</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
−
<td>Pixel Size [A]</td>  
+
<td>ピクセルサイズ [A]</td>  
 
<td>5</td>  
 
<td>5</td>  
−
</tr>
 
−
<tr>
 
−
<td>-deltadY</td>
 
−
<td>選択</td>
 
−
<td></td>
 
−
<td></td>
 
 
</tr>  
 
</tr>  
 
<tr>  
 
<tr>  
行104: 行92:
 
<tr>  
 
<tr>  
 
<td>-R</td>  
 
<td>-R</td>  
−
<td>Variable</td>  
+
<td>選択</td>  
−
<td>ThonRing[/A]</td>  
+
<td>[[可変入力]]: トーンリング: [/A]</td>  
−
<td>NULL</td>  
+
<td>NULL ...</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 
<tr>  
 
<tr>  
行118: 行106:
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>モードを設定</td>  
 
<td>モードを設定</td>  
 +
<td>0</td>
 +
</tr>
 +
<tr>
 +
<td>-ctfMode</td>
 +
<td>選択</td>
 +
<td>CTFMode</td>
 
<td>0</td>  
 
<td>0</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行126: 行120:
 
<td>　</td>  
 
<td>　</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
−
</table>  
+
</table>
  
 
===モードの詳細===
 
===モードの詳細===
行136: 行130:
 
<tr>  
 
<tr>  
 
<td>0</td>  
 
<td>0</td>  
−
<td></td>
 
−
</tr>
 
−
<tr>
 
−
<td>1</td>
 
 
<td></td>  
 
<td></td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行162: 行152:
  
 
== 実行例 ==
 
== 実行例 ==
 +
===オプション必須項目のみの場合===
 +
<pre>
 +
>>> Underfocus
 +
Ring Number  Amount of defocus[A]  R[1/A]
 +
---------------------------------------------
 +
Avg.            nan [A]  +- S.D.            nan [A]
 +
Avg.        nan [um]    +- S.D.        nan [um]
 +
>>> Overfocus
 +
Ring Number  Amount of defocus[A]  R[1/A]
 +
---------------------------------------------
 +
Avg.            nan [A]  +- S.D.            nan [A]
 +
Avg.        nan [um]    +- S.D.        nan [um]
 +
</pre>
 +
 +
 +
===オプション　-R===
 +
====R=(0.001, 0.01, 0.1)で実行====
 +
<pre>
 +
>>> Underfocus
 +
Ring Number  Amount of defocus[A]  R[1/A]
 +
    1            3.925407e+07 :      1.000000e-03
 +
    2            7.914252e+05 :      1.000000e-02
 +
    3            1.196908e+04 :      1.000000e-01
 +
---------------------------------------------
 +
Avg.    1.335249e+07 [A]  +- S.D.    1.831795e+07 [A]
 +
Avg.    1335.25 [um]    +- S.D.    1831.79 [um]
 +
>>> Overfocus
 +
Ring Number  Amount of defocus[A]  R[1/A]
 +
  -1          -4.052272e+07 :      1.000000e-03
 +
  -2          -8.041104e+05 :      1.000000e-02
 +
  -3          -1.196396e+04 :      1.000000e-01
 +
---------------------------------------------
 +
Avg.  -1.377960e+07 [A]  +- S.D.    1.891301e+07 [A]
 +
Avg.    -1377.96 [um]    +- S.D.    1891.30 [um]
 +
</pre>
 +
 +
 +
 +
===オプション　-o, -oI, -oI2===
 +
====o, oI, oI2をファイル指定, R=(0.001, 0.01, 0.1)で実行====
 +
<div>-o のデータ</div>
 +
<pre>
 +
>>> Underfocus
 +
Ring Number  Amount of defocus[A]  R[1/A]
 +
    1            3.925407e+07 :      1.000000e-03
 +
    2            7.914252e+05 :      1.000000e-02
 +
    3            1.196908e+04 :      1.000000e-01
 +
---------------------------------------------
 +
Avg.    1.335249e+07 [A]  +- S.D.    1.831795e+07 [A]
 +
Avg.    1335.25 [um]    +- S.D.    1831.79 [um]
 +
>>> Overfocus
 +
Ring Number  Amount of defocus[A]  R[1/A]
 +
  -1          -4.052272e+07 :      1.000000e-03
 +
  -2          -8.041104e+05 :      1.000000e-02
 +
  -3          -1.196396e+04 :      1.000000e-01
 +
---------------------------------------------
 +
Avg.  -1.377960e+07 [A]  +- S.D.    1.891301e+07 [A]
 +
Avg.    -1377.96 [um]    +- S.D.    1891.30 [um]
 +
</pre>
 +
 +
<div>-oI のデータ</div>
 +
<pre>
 +
stdin 13352487.000000 2.100000 200.000000 0.050000
 +
</pre>
 +
 +
<div>-oI2 のデータ</div>
 +
<pre>
 +
13352487.000000 2.100000 200.000000 0.050000
 +
</pre>
 +
 +
 +
===オプション　-iR===
 +
====iRをファイル指定, R=(0.001, 0.01, 0.1)で実行====
 +
=====-iR の画像=====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Refer-defocusDeterminationFromThonRing.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">0 (0, 0, 0)<br>
 +
255 (49, 32, 0)<br>
 +
21.0538<br>
 +
47.6709<br>
 +
0.595886<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 +
 +
=====-oI3をファイル指定で実行=====
 +
<div>出力結果 </div>
 +
<pre>
 +
>>> Underfocus
 +
Ring Number  Amount of defocus[A]  R[1/A]
 +
    1            3.925407e+07 :      1.000000e-03
 +
    2            7.914252e+05 :      1.000000e-02
 +
    3            1.196908e+04 :      1.000000e-01
 +
---------------------------------------------
 +
Avg.    1.335249e+07 [A]  +- S.D.    1.831795e+07 [A]
 +
Avg.    1335.25 [um]    +- S.D.    1831.79 [um]
 +
>>> Overfocus
 +
Ring Number  Amount of defocus[A]  R[1/A]
 +
  -1          -4.052272e+07 :      1.000000e-03
 +
  -2          -8.041104e+05 :      1.000000e-02
 +
  -3          -1.196396e+04 :      1.000000e-01
 +
---------------------------------------------
 +
Avg.  -1.377960e+07 [A]  +- S.D.    1.891301e+07 [A]
 +
Avg.    -1377.96 [um]    +- S.D.    1891.30 [um]
 +
LengthY 400.000000 [A] = LengthY 80 [Pixel] x PixelSize 5.000000 [A/Pixel] x Mag 1.000000
 +
Final CalculatedY        0.930233
 +
      CalculatedY        1.000000
 +
      deltadY            0.069767
 +
</pre>
 +
 +
<div>-oI3 のデータ </div>
 +
<pre>
 +
stdin 1 13352487.000000 2.100000 200.000000 0.050000 0
 +
</pre>
 +
 +
 +
=====truePitch=300で実行=====
 +
<pre>
 +
>>> Underfocus
 +
Ring Number  Amount of defocus[A]  R[1/A]
 +
    1            3.925407e+07 :      1.000000e-03
 +
    2            7.914252e+05 :      1.000000e-02
 +
    3            1.196908e+04 :      1.000000e-01
 +
---------------------------------------------
 +
Avg.    1.335249e+07 [A]  +- S.D.    1.831795e+07 [A]
 +
Avg.    1335.25 [um]    +- S.D.    1831.79 [um]
 +
>>> Overfocus
 +
Ring Number  Amount of defocus[A]  R[1/A]
 +
  -1          -4.052272e+07 :      1.000000e-03
 +
  -2          -8.041104e+05 :      1.000000e-02
 +
  -3          -1.196396e+04 :      1.000000e-01
 +
---------------------------------------------
 +
Avg.  -1.377960e+07 [A]  +- S.D.    1.891301e+07 [A]
 +
Avg.    -1377.96 [um]    +- S.D.    1891.30 [um]
 +
LengthY 400.000000 [A] = LengthY 80 [Pixel] x PixelSize 5.000000 [A/Pixel] x Mag 1.000000
 +
Final CalculatedY        1.333333
 +
      CalculatedY        1.000000
 +
      deltadY            0.333333
 +
</pre>
 +
 +
 +
=====PixelSize=10で実行=====
 +
<pre>
 +
>>> Underfocus
 +
Ring Number  Amount of defocus[A]  R[1/A]
 +
    1            3.925407e+07 :      1.000000e-03
 +
    2            7.914252e+05 :      1.000000e-02
 +
    3            1.196908e+04 :      1.000000e-01
 +
---------------------------------------------
 +
Avg.    1.335249e+07 [A]  +- S.D.    1.831795e+07 [A]
 +
Avg.    1335.25 [um]    +- S.D.    1831.79 [um]
 +
>>> Overfocus
 +
Ring Number  Amount of defocus[A]  R[1/A]
 +
  -1          -4.052272e+07 :      1.000000e-03
 +
  -2          -8.041104e+05 :      1.000000e-02
 +
  -3          -1.196396e+04 :      1.000000e-01
 +
---------------------------------------------
 +
Avg.  -1.377960e+07 [A]  +- S.D.    1.891301e+07 [A]
 +
Avg.    -1377.96 [um]    +- S.D.    1891.30 [um]
 +
LengthY 800.000000 [A] = LengthY 80 [Pixel] x PixelSize 10.000000 [A/Pixel] x Mag 1.000000
 +
Final CalculatedY        1.860465
 +
      CalculatedY        2.000000
 +
      deltadY            0.139535
 +
</pre>
 +
 +
 +
===オプション　-kV===
 +
====kV=100, R=(0.001, 0.01, 0.1)で実行====
 +
<pre>
 +
>>> Underfocus
 +
Ring Number  Amount of defocus[A]  R[1/A]
 +
    1            2.659654e+07 :      1.000000e-03
 +
    2            5.362301e+05 :      1.000000e-02
 +
    3            8.208672e+03 :      1.000000e-01
 +
---------------------------------------------
 +
Avg.    9.046993e+06 [A]  +- S.D.    1.241128e+07 [A]
 +
Avg.      904.70 [um]    +- S.D.    1241.13 [um]
 +
>>> Overfocus
 +
Ring Number  Amount of defocus[A]  R[1/A]
 +
  -1          -2.745611e+07 :      1.000000e-03
 +
  -2          -5.448229e+05 :      1.000000e-02
 +
  -3          -8.007123e+03 :      1.000000e-01
 +
---------------------------------------------
 +
Avg.  -9.336313e+06 [A]  +- S.D.    1.281450e+07 [A]
 +
Avg.    -933.63 [um]    +- S.D.    1281.45 [um]
 +
</pre>
 +
 +
 +
===オプション　-Cs===
 +
====Cs=2.0, R=(0.001, 0.01, 0.1)で実行====
 +
<div>出力結果 </div>
 +
<pre>
 +
>>> Underfocus
 +
Ring Number  Amount of defocus[A]  R[1/A]
 +
    1            3.925407e+07 :      1.000000e-03
 +
    2            7.914252e+05 :      1.000000e-02
 +
    3            1.196594e+04 :      1.000000e-01
 +
---------------------------------------------
 +
Avg.    1.335248e+07 [A]  +- S.D.    1.831795e+07 [A]
 +
Avg.    1335.25 [um]    +- S.D.    1831.79 [um]
 +
>>> Overfocus
 +
Ring Number  Amount of defocus[A]  R[1/A]
 +
  -1          -4.052272e+07 :      1.000000e-03
 +
  -2          -8.041104e+05 :      1.000000e-02
 +
  -3          -1.196710e+04 :      1.000000e-01
 +
---------------------------------------------
 +
Avg.  -1.377960e+07 [A]  +- S.D.    1.891300e+07 [A]
 +
Avg.    -1377.96 [um]    +- S.D.    1891.30 [um]
 +
</pre>
 +
 +
<div>-oI のデータ</div>
 +
<pre>
 +
stdin 13352485.000000 2.000000 200.000000 0.050000
 +
</pre>
 +
 +
 +
===オプション　-A===
 +
====A=0.1, R=(0.001, 0.01, 0.1)で実行====
 +
<pre>
 +
>>> Underfocus
 +
Ring Number  Amount of defocus[A]  R[1/A]
 +
    1            3.862291e+07 :      1.000000e-03
 +
    2            7.851137e+05 :      1.000000e-02
 +
    3            1.190596e+04 :      1.000000e-01
 +
---------------------------------------------
 +
Avg.    1.313998e+07 [A]  +- S.D.    1.802192e+07 [A]
 +
Avg.    1314.00 [um]    +- S.D.    1802.19 [um]
 +
>>> Overfocus
 +
Ring Number  Amount of defocus[A]  R[1/A]
 +
  -1          -4.115387e+07 :      1.000000e-03
 +
  -2          -8.104219e+05 :      1.000000e-02
 +
  -3          -1.202707e+04 :      1.000000e-01
 +
---------------------------------------------
 +
Avg.  -1.399211e+07 [A]  +- S.D.    1.920903e+07 [A]
 +
Avg.    -1399.21 [um]    +- S.D.    1920.90 [um]
 +
</pre>

2014年8月20日 (水) 01:37時点における最新版

defocusDeterminationFromThonRingとはEosのコマンドである。


オプション一覧

メインオプション

オプション 必須項目/選択項目 説明 デフォルト
-i 選択 入力ファイル設定 stdin
-iN 選択 InputNameInInformationFile stdin
-iR 選択 InputReferenceForLength: mrcImage stdin
-o 選択 出力ファイル設定: ASCII stdout
-oI 選択 OutputInformationFile1: ASCII(mrcImageMultiCTFCompensation and mrcImageCTFCompensation) stdout
-oI2 選択 OutputInformationFile2: ASCII(llDataCTFCompensate -I2) stdout
-oI3 選択 OutputInformationFile3: ASCII(llExtractWithLayerSeparation)
Options: -truePitch, -PixelSize, -deltadY and -ctfMode		 stdout
-kV 選択 加速電圧: [kV] 200
-Cs 選択 球面収差係数: [mm] 2.1
-A 選択 The ratio of amplitude contrast to phase contrast 0.05
-truePitch 選択 True Pitch 430
-PixelSize 選択 ピクセルサイズ [A] 5
-deltadY 選択 A range of deltadY to determine dY. 0.5
-R 選択 可変入力: トーンリング: [/A] NULL ...
-c 選択 コンフィグファイル設定 NULL
-m 選択 モードを設定 0
-ctfMode 選択 CTFMode 0
-h 選択 ヘルプを表示 　

モードの詳細

モード 説明
0

CTFModeの詳細

モード 説明
0 Phase CTF
1 PhaseCTF + ratio*AmpCTF


実行例

オプション必須項目のみの場合

>>> Underfocus
Ring Number   Amount of defocus[A]   R[1/A] 
---------------------------------------------
Avg.             nan [A]  +- S.D.             nan [A] 
Avg.         nan [um]     +- S.D.         nan [um] 
>>> Overfocus
Ring Number   Amount of defocus[A]   R[1/A] 
---------------------------------------------
Avg.             nan [A]  +- S.D.             nan [A] 
Avg.         nan [um]     +- S.D.         nan [um]


オプション　-R

R=(0.001, 0.01, 0.1)で実行

>>> Underfocus
Ring Number   Amount of defocus[A]   R[1/A] 
    1            3.925407e+07 :      1.000000e-03
    2            7.914252e+05 :      1.000000e-02
    3            1.196908e+04 :      1.000000e-01
---------------------------------------------
Avg.    1.335249e+07 [A]  +- S.D.    1.831795e+07 [A] 
Avg.     1335.25 [um]     +- S.D.     1831.79 [um] 
>>> Overfocus
Ring Number   Amount of defocus[A]   R[1/A] 
   -1           -4.052272e+07 :      1.000000e-03
   -2           -8.041104e+05 :      1.000000e-02
   -3           -1.196396e+04 :      1.000000e-01
---------------------------------------------
Avg.   -1.377960e+07 [A]  +- S.D.    1.891301e+07 [A] 
Avg.    -1377.96 [um]     +- S.D.     1891.30 [um]


オプション　-o, -oI, -oI2

o, oI, oI2をファイル指定, R=(0.001, 0.01, 0.1)で実行

-o のデータ
>>> Underfocus
Ring Number   Amount of defocus[A]   R[1/A] 
    1            3.925407e+07 :      1.000000e-03
    2            7.914252e+05 :      1.000000e-02
    3            1.196908e+04 :      1.000000e-01
---------------------------------------------
Avg.    1.335249e+07 [A]  +- S.D.    1.831795e+07 [A] 
Avg.     1335.25 [um]     +- S.D.     1831.79 [um] 
>>> Overfocus
Ring Number   Amount of defocus[A]   R[1/A] 
   -1           -4.052272e+07 :      1.000000e-03
   -2           -8.041104e+05 :      1.000000e-02
   -3           -1.196396e+04 :      1.000000e-01
---------------------------------------------
Avg.   -1.377960e+07 [A]  +- S.D.    1.891301e+07 [A] 
Avg.    -1377.96 [um]     +- S.D.     1891.30 [um]
-oI のデータ
stdin 13352487.000000 2.100000 200.000000 0.050000
-oI2 のデータ
13352487.000000 2.100000 200.000000 0.050000


オプション　-iR

iRをファイル指定, R=(0.001, 0.01, 0.1)で実行

-iR の画像
Refer-defocusDeterminationFromThonRing.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

255 (49, 32, 0)
21.0538
47.6709

0.595886


-oI3をファイル指定で実行
出力結果 
>>> Underfocus
Ring Number   Amount of defocus[A]   R[1/A] 
    1            3.925407e+07 :      1.000000e-03
    2            7.914252e+05 :      1.000000e-02
    3            1.196908e+04 :      1.000000e-01
---------------------------------------------
Avg.    1.335249e+07 [A]  +- S.D.    1.831795e+07 [A] 
Avg.     1335.25 [um]     +- S.D.     1831.79 [um] 
>>> Overfocus
Ring Number   Amount of defocus[A]   R[1/A] 
   -1           -4.052272e+07 :      1.000000e-03
   -2           -8.041104e+05 :      1.000000e-02
   -3           -1.196396e+04 :      1.000000e-01
---------------------------------------------
Avg.   -1.377960e+07 [A]  +- S.D.    1.891301e+07 [A] 
Avg.    -1377.96 [um]     +- S.D.     1891.30 [um] 
LengthY 400.000000 [A] = LengthY 80 [Pixel] x PixelSize 5.000000 [A/Pixel] x Mag 1.000000
Final CalculatedY         0.930233
      CalculatedY         1.000000
      deltadY             0.069767
-oI3 のデータ 
stdin 1 13352487.000000 2.100000 200.000000 0.050000 0


truePitch=300で実行
>>> Underfocus
Ring Number   Amount of defocus[A]   R[1/A] 
    1            3.925407e+07 :      1.000000e-03
    2            7.914252e+05 :      1.000000e-02
    3            1.196908e+04 :      1.000000e-01
---------------------------------------------
Avg.    1.335249e+07 [A]  +- S.D.    1.831795e+07 [A] 
Avg.     1335.25 [um]     +- S.D.     1831.79 [um] 
>>> Overfocus
Ring Number   Amount of defocus[A]   R[1/A] 
   -1           -4.052272e+07 :      1.000000e-03
   -2           -8.041104e+05 :      1.000000e-02
   -3           -1.196396e+04 :      1.000000e-01
---------------------------------------------
Avg.   -1.377960e+07 [A]  +- S.D.    1.891301e+07 [A] 
Avg.    -1377.96 [um]     +- S.D.     1891.30 [um] 
LengthY 400.000000 [A] = LengthY 80 [Pixel] x PixelSize 5.000000 [A/Pixel] x Mag 1.000000
Final CalculatedY         1.333333
      CalculatedY         1.000000
      deltadY             0.333333


PixelSize=10で実行
>>> Underfocus
Ring Number   Amount of defocus[A]   R[1/A] 
    1            3.925407e+07 :      1.000000e-03
    2            7.914252e+05 :      1.000000e-02
    3            1.196908e+04 :      1.000000e-01
---------------------------------------------
Avg.    1.335249e+07 [A]  +- S.D.    1.831795e+07 [A] 
Avg.     1335.25 [um]     +- S.D.     1831.79 [um] 
>>> Overfocus
Ring Number   Amount of defocus[A]   R[1/A] 
   -1           -4.052272e+07 :      1.000000e-03
   -2           -8.041104e+05 :      1.000000e-02
   -3           -1.196396e+04 :      1.000000e-01
---------------------------------------------
Avg.   -1.377960e+07 [A]  +- S.D.    1.891301e+07 [A] 
Avg.    -1377.96 [um]     +- S.D.     1891.30 [um] 
LengthY 800.000000 [A] = LengthY 80 [Pixel] x PixelSize 10.000000 [A/Pixel] x Mag 1.000000
Final CalculatedY         1.860465
      CalculatedY         2.000000
      deltadY             0.139535


オプション　-kV

kV=100, R=(0.001, 0.01, 0.1)で実行

>>> Underfocus
Ring Number   Amount of defocus[A]   R[1/A] 
    1            2.659654e+07 :      1.000000e-03
    2            5.362301e+05 :      1.000000e-02
    3            8.208672e+03 :      1.000000e-01
---------------------------------------------
Avg.    9.046993e+06 [A]  +- S.D.    1.241128e+07 [A] 
Avg.      904.70 [um]     +- S.D.     1241.13 [um] 
>>> Overfocus
Ring Number   Amount of defocus[A]   R[1/A] 
   -1           -2.745611e+07 :      1.000000e-03
   -2           -5.448229e+05 :      1.000000e-02
   -3           -8.007123e+03 :      1.000000e-01
---------------------------------------------
Avg.   -9.336313e+06 [A]  +- S.D.    1.281450e+07 [A] 
Avg.     -933.63 [um]     +- S.D.     1281.45 [um]


オプション　-Cs

Cs=2.0, R=(0.001, 0.01, 0.1)で実行

出力結果 
>>> Underfocus
Ring Number   Amount of defocus[A]   R[1/A] 
    1            3.925407e+07 :      1.000000e-03
    2            7.914252e+05 :      1.000000e-02
    3            1.196594e+04 :      1.000000e-01
---------------------------------------------
Avg.    1.335248e+07 [A]  +- S.D.    1.831795e+07 [A] 
Avg.     1335.25 [um]     +- S.D.     1831.79 [um] 
>>> Overfocus
Ring Number   Amount of defocus[A]   R[1/A] 
   -1           -4.052272e+07 :      1.000000e-03
   -2           -8.041104e+05 :      1.000000e-02
   -3           -1.196710e+04 :      1.000000e-01
---------------------------------------------
Avg.   -1.377960e+07 [A]  +- S.D.    1.891300e+07 [A] 
Avg.    -1377.96 [um]     +- S.D.     1891.30 [um]
-oI のデータ
stdin 13352485.000000 2.000000 200.000000 0.050000


オプション　-A

A=0.1, R=(0.001, 0.01, 0.1)で実行

>>> Underfocus
Ring Number   Amount of defocus[A]   R[1/A] 
    1            3.862291e+07 :      1.000000e-03
    2            7.851137e+05 :      1.000000e-02
    3            1.190596e+04 :      1.000000e-01
---------------------------------------------
Avg.    1.313998e+07 [A]  +- S.D.    1.802192e+07 [A] 
Avg.     1314.00 [um]     +- S.D.     1802.19 [um] 
>>> Overfocus
Ring Number   Amount of defocus[A]   R[1/A] 
   -1           -4.115387e+07 :      1.000000e-03
   -2           -8.104219e+05 :      1.000000e-02
   -3           -1.202707e+04 :      1.000000e-01
---------------------------------------------
Avg.   -1.399211e+07 [A]  +- S.D.    1.920903e+07 [A] 
Avg.    -1399.21 [um]     +- S.D.     1920.90 [um]

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