「defocusDeterminationFromThonRing」の版間の差分
提供: Eospedia
(ページの作成:「'''defocusDeterminationFromThonRing'''とはEosのコマンドである。 == オプション一覧 == ===メインオプション=== <table border="1"> <t...」) |
|||
行38: | 行38: | ||
<td>-oI</td> | <td>-oI</td> | ||
<td>選択</td> | <td>選択</td> | ||
− | <td>OutputInformationFile1</td> | + | <td>OutputInformationFile1(mrcImageMultiCTFCompensation and mrcImageCTFCompensation)</td> |
<td>stdout</td> | <td>stdout</td> | ||
</tr> | </tr> | ||
<tr> | <tr> | ||
− | <td>- | + | <td>-oI2</td> |
<td>選択</td> | <td>選択</td> | ||
− | <td>OutputInformationFile2</td> | + | <td>OutputInformationFile2(llDataCTFCompensate -I2)</td> |
<td>stdout</td> | <td>stdout</td> | ||
</tr> | </tr> | ||
<tr> | <tr> | ||
− | <td>- | + | <td>-oI3</td> |
<td>選択</td> | <td>選択</td> | ||
− | <td>OutputInformationFile3</td> | + | <td>OutputInformationFile3(llExtractWithLayerSeparation)<br> |
+ | Options: -truePitch, -PixelSize, -deltadY and -ctfMode</td> | ||
<td>stdout</td> | <td>stdout</td> | ||
</tr> | </tr> | ||
行80: | 行81: | ||
<td>-truePitch</td> | <td>-truePitch</td> | ||
<td>選択</td> | <td>選択</td> | ||
− | <td></td> | + | <td>True Pitch</td> |
− | <td></td> | + | <td>430</td> |
</tr> | </tr> | ||
<tr> | <tr> | ||
− | <td>-</td> | + | <td>-PixelSize</td> |
<td>選択</td> | <td>選択</td> | ||
− | <td></td> | + | <td>Pixel Size [A]</td> |
− | <td></td> | + | <td>5</td> |
</tr> | </tr> | ||
<tr> | <tr> | ||
− | <td>-</td> | + | <td>-deltadY</td> |
<td>選択</td> | <td>選択</td> | ||
<td></td> | <td></td> | ||
行96: | 行97: | ||
</tr> | </tr> | ||
<tr> | <tr> | ||
− | <td>-</td> | + | <td>-deltadY</td> |
<td>選択</td> | <td>選択</td> | ||
− | <td></td> | + | <td>A range of deltadY to determine dY.</td> |
− | <td></td> | + | <td>0.5</td> |
+ | </tr> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>-R</td> | ||
+ | <td>Variable</td> | ||
+ | <td>ThonRing[/A]</td> | ||
+ | <td>NULL</td> | ||
</tr> | </tr> | ||
<tr> | <tr> | ||
行134: | 行141: | ||
<td>1</td> | <td>1</td> | ||
<td></td> | <td></td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | |||
+ | ===CTFModeの詳細=== | ||
+ | <table border="1"> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <th>モード</th> | ||
+ | <th>説明</th> | ||
+ | </tr> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>0</td> | ||
+ | <td>Phase CTF </td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>1</td> | ||
+ | <td>PhaseCTF + ratio*AmpCTF </td> | ||
</tr> | </tr> | ||
</table> | </table> |
2013年10月18日 (金) 05:34時点における版
defocusDeterminationFromThonRingとはEosのコマンドである。
オプション一覧
メインオプション
オプション | 必須項目/選択項目 | 説明 | デフォルト |
---|---|---|---|
-i | 選択 | 入力ファイル設定 | stdin |
-iN | 選択 | InputNameInInformationFile | stdin |
-iR | 選択 | InputReferenceForLength | stdin |
-o | 選択 | 出力ファイル設定 | stdout |
-oI | 選択 | OutputInformationFile1(mrcImageMultiCTFCompensation and mrcImageCTFCompensation) | stdout |
-oI2 | 選択 | OutputInformationFile2(llDataCTFCompensate -I2) | stdout |
-oI3 | 選択 | OutputInformationFile3(llExtractWithLayerSeparation) Options: -truePitch, -PixelSize, -deltadY and -ctfMode |
stdout |
-kV | 選択 | kV | 200 |
-Cs | 選択 | Cs[mm] | 2.1 |
-AoveP | 選択 | The ratio of amplitude contrast to phase contrast | 0.05 |
-ctfMode | 選択 | CTFMode | 0 |
-truePitch | 選択 | True Pitch | 430 |
-PixelSize | 選択 | Pixel Size [A] | 5 |
-deltadY | 選択 | ||
-deltadY | 選択 | A range of deltadY to determine dY. | 0.5 |
-R | Variable | ThonRing[/A] | NULL |
-c | 選択 | コンフィグファイル設定 | NULL |
-m | 選択 | モードを設定 | 0 |
-h | 選択 | ヘルプを表示 |
モードの詳細
モード | 説明 |
---|---|
0 | |
1 |
CTFModeの詳細
モード | 説明 |
---|---|
0 | Phase CTF |
1 | PhaseCTF + ratio*AmpCTF |