「instamatic」の版間の差分
提供: Eospedia
(→必要要件) |
|||
行1: | 行1: | ||
== 必要要件 == | == 必要要件 == | ||
* Windows | * Windows | ||
− | * JEOL TEMCON | + | * Python3 |
− | * | + | * JEOL TEMを使う場合 |
+ | ** JEOL TEMCON | ||
+ | * シミュレーションモードを使う場合 | ||
+ | ** 特になし | ||
== インストール == | == インストール == | ||
行24: | 行27: | ||
python setup.py install | python setup.py install | ||
</pre> | </pre> | ||
+ | |||
+ | == シミュレーションモード == | ||
+ | 実際にTEM、カメラに接続せず、シミュレーションモードで動作させる方法。 | ||
+ | === 初期設定 === | ||
+ | Powershellを開き、instamaticを起動する。 | ||
+ | <pre> | ||
+ | instamatic.exe | ||
+ | </pre> | ||
+ | 初回起動の時は、設定ファイルを格納したディレクトリを自動で作ってくれる。執筆者環境の場合、C:\Users\kttn8\AppData\Roaming\instamatic\config が作成された。 | ||
+ | |||
+ | コンフィグが作成されたら、autoconfigで設定を変えられる。 | ||
+ | <pre> | ||
+ | instamatic.autoconfig.exe | ||
+ | </pre> | ||
+ | インタラクティブなプロンプトが表示されるので、適宜答えていく。今回はシミュレーションモードで設定をしてみる。 | ||
+ | |||
+ | ↓プロンプトでのやりとり | ||
+ | <pre> | ||
+ | PS C:\Users\kttn8> instamatic.autoconfig.exe | ||
+ | Config directory: C:\Users\kttn8\AppData\Roaming\instamatic\config | ||
+ | |||
+ | 1: jeol | ||
+ | 2: fei | ||
+ | 3: simulate | ||
+ | |||
+ | Which microscope can I connect to? [simulate] >> | ||
+ | simulate | ||
+ | |||
+ | 1: None | ||
+ | 2: gatan | ||
+ | 3: tvips | ||
+ | 4: simulate | ||
+ | |||
+ | Which camera can I connect to? [simulate] >> | ||
+ | simulate | ||
+ | |||
+ | 1: C:\Users\kttn8\AppData\Local\Programs\Python\Python38\lib\site-packages\instamatic-1.3.0-py3.8.egg\instamatic\config\camera\orius.yaml | ||
+ | 2: C:\Users\kttn8\AppData\Local\Programs\Python\Python38\lib\site-packages\instamatic-1.3.0-py3.8.egg\instamatic\config\camera\simulate.yaml | ||
+ | 3: C:\Users\kttn8\AppData\Local\Programs\Python\Python38\lib\site-packages\instamatic-1.3.0-py3.8.egg\instamatic\config\camera\simulateDLL.yaml | ||
+ | 4: C:\Users\kttn8\AppData\Local\Programs\Python\Python38\lib\site-packages\instamatic-1.3.0-py3.8.egg\instamatic\config\camera\timepix.yaml | ||
+ | 5: C:\Users\kttn8\AppData\Local\Programs\Python\Python38\lib\site-packages\instamatic-1.3.0-py3.8.egg\instamatic\config\camera\tvips-f416.yaml | ||
+ | 6: C:\Users\kttn8\AppData\Local\Programs\Python\Python38\lib\site-packages\instamatic-1.3.0-py3.8.egg\instamatic\config\camera\tvips-xf416.yaml | ||
+ | 7: None | ||
+ | |||
+ | Which camera type do you want to use (select closest one and modify if needed)? [None] >> | ||
+ | None | ||
+ | |||
+ | Mode: mag1 | ||
+ | High tension: 200 kV | ||
+ | Current density: 100221.24 pA/cm2 | ||
+ | GunShift(x=57788, y=11163) | ||
+ | GunTilt(x=42281, y=34217) | ||
+ | BeamShift(x=32772, y=30285) | ||
+ | BeamTilt(x=36439, y=255) | ||
+ | ImageShift1(x=37126, y=55930) | ||
+ | ImageShift2(x=42692, y=62856) | ||
+ | DiffShift(x=52452, y=45943) | ||
+ | Stage(x=52584.0, y=-33851.0, z=-8761.0, a=35.0, b=-9.0) | ||
+ | Magnification(value=25000, index=10) | ||
+ | DiffFocus(value=n/a) | ||
+ | Brightness(value=20770) | ||
+ | SpotSize(1) | ||
+ | Saved alignments: ('neutral.yaml',) | ||
+ | |||
+ | |||
+ | Wrote files config files: | ||
+ | Copy simulate_tem.yaml -> `C:\Users\kttn8\AppData\Roaming\instamatic\config\simulate_tem.yaml` | ||
+ | Copy simulate_calib.yaml -> `C:\Users\kttn8\AppData\Roaming\instamatic\config\simulate_calib.yaml` | ||
+ | |||
+ | In `settings.yaml`: | ||
+ | microscope: simulate_tem | ||
+ | calibration: simulate_calib | ||
+ | |||
+ | Todo: Check and update the pixelsizes in `simulate_calib.yaml` | ||
+ | In real space, pixelsize in nm | ||
+ | In reciprocal space, pixelsize in px/Angstrom | ||
+ | </pre> | ||
+ | |||
+ | === 起動方法 === | ||
+ | 調査中。 |
2020年4月24日 (金) 00:23時点における版
必要要件
- Windows
- Python3
- JEOL TEMを使う場合
- JEOL TEMCON
- シミュレーションモードを使う場合
- 特になし
インストール
最新版のインストール方法について説明する。
https://github.com/stefsmeets/instamatic より、ソースコードをクローンする。
git clone https://github.com/stefsmeets/instamatic.git cd instamatic
依存ライブラリを記述したrequirements.txtがあるので、pipでそれらをインストールする。
pip install -r requirements.txt
instamaticをPython環境へインストールする。
python setup.py install
シミュレーションモード
実際にTEM、カメラに接続せず、シミュレーションモードで動作させる方法。
初期設定
Powershellを開き、instamaticを起動する。
instamatic.exe
初回起動の時は、設定ファイルを格納したディレクトリを自動で作ってくれる。執筆者環境の場合、C:\Users\kttn8\AppData\Roaming\instamatic\config が作成された。
コンフィグが作成されたら、autoconfigで設定を変えられる。
instamatic.autoconfig.exe
インタラクティブなプロンプトが表示されるので、適宜答えていく。今回はシミュレーションモードで設定をしてみる。
↓プロンプトでのやりとり
PS C:\Users\kttn8> instamatic.autoconfig.exe Config directory: C:\Users\kttn8\AppData\Roaming\instamatic\config 1: jeol 2: fei 3: simulate Which microscope can I connect to? [simulate] >> simulate 1: None 2: gatan 3: tvips 4: simulate Which camera can I connect to? [simulate] >> simulate 1: C:\Users\kttn8\AppData\Local\Programs\Python\Python38\lib\site-packages\instamatic-1.3.0-py3.8.egg\instamatic\config\camera\orius.yaml 2: C:\Users\kttn8\AppData\Local\Programs\Python\Python38\lib\site-packages\instamatic-1.3.0-py3.8.egg\instamatic\config\camera\simulate.yaml 3: C:\Users\kttn8\AppData\Local\Programs\Python\Python38\lib\site-packages\instamatic-1.3.0-py3.8.egg\instamatic\config\camera\simulateDLL.yaml 4: C:\Users\kttn8\AppData\Local\Programs\Python\Python38\lib\site-packages\instamatic-1.3.0-py3.8.egg\instamatic\config\camera\timepix.yaml 5: C:\Users\kttn8\AppData\Local\Programs\Python\Python38\lib\site-packages\instamatic-1.3.0-py3.8.egg\instamatic\config\camera\tvips-f416.yaml 6: C:\Users\kttn8\AppData\Local\Programs\Python\Python38\lib\site-packages\instamatic-1.3.0-py3.8.egg\instamatic\config\camera\tvips-xf416.yaml 7: None Which camera type do you want to use (select closest one and modify if needed)? [None] >> None Mode: mag1 High tension: 200 kV Current density: 100221.24 pA/cm2 GunShift(x=57788, y=11163) GunTilt(x=42281, y=34217) BeamShift(x=32772, y=30285) BeamTilt(x=36439, y=255) ImageShift1(x=37126, y=55930) ImageShift2(x=42692, y=62856) DiffShift(x=52452, y=45943) Stage(x=52584.0, y=-33851.0, z=-8761.0, a=35.0, b=-9.0) Magnification(value=25000, index=10) DiffFocus(value=n/a) Brightness(value=20770) SpotSize(1) Saved alignments: ('neutral.yaml',) Wrote files config files: Copy simulate_tem.yaml -> `C:\Users\kttn8\AppData\Roaming\instamatic\config\simulate_tem.yaml` Copy simulate_calib.yaml -> `C:\Users\kttn8\AppData\Roaming\instamatic\config\simulate_calib.yaml` In `settings.yaml`: microscope: simulate_tem calibration: simulate_calib Todo: Check and update the pixelsizes in `simulate_calib.yaml` In real space, pixelsize in nm In reciprocal space, pixelsize in px/Angstrom
起動方法
調査中。