「llData(API)」の版間の差分
提供: Eospedia
(ページの作成:「DataManip/'''llData'''はAPI です。 == 定数 == #define LTLG_TITLE_LENGTH (80) #define LTLG_SIDE_LENGTH ( 4) #define LTLG_FTN_RECORD (64*4) == 構造体 == t...」) |
|||
行1: | 行1: | ||
− | DataManip/'''llData''' | + | DataManip/'''llData'''は[[LL]]データのための[[API]]です。 |
== 定数 == | == 定数 == | ||
− | #define | + | #define llDataStatusOK ((llDataStatusType)0x00000000) |
− | #define | + | |
− | #define | + | === ReferFile === |
+ | #define llDataCanNotReadFile ((llDataStatusType)0x00010000); | ||
+ | #define llDataCanNotWriteFile ((llDataStatusType)0x00010001); | ||
+ | |||
+ | char* llDataReferenceData[] = { | ||
+ | "Amos,L.A. & Klug,A. J.Mol.Biol(1975),99,51-73", | ||
+ | " Three-dimensional Image Reconstructions of the Contractile Tail of T4 Bacteriophage", | ||
+ | " Appendix: Combination of Data from Helical Particles : Correlation and Selection", | ||
+ | " Amos,L.A", | ||
+ | " delta(theta)= -n*delta(phi) + 2*PI*Z*delta(z)", | ||
+ | " Klug,A. Crick,A., F.H.C. & Wyckoff,H.W. Acta Crystallogr.sect.(1958),11,199-213", | ||
+ | NULL | ||
+ | }; | ||
+ | |||
+ | #else | ||
+ | extern char* llDataErrorMsgReferFile[]; | ||
+ | extern char* llDataReferenceData[]; | ||
+ | #endif | ||
+ | |||
+ | #define DefaultStringLength (256) | ||
+ | #define NearSide (0) | ||
+ | #define FarSide (1) | ||
+ | #define AverageSide (2) | ||
+ | #define SidePosition (14) | ||
+ | #define CommentLength (80) | ||
+ | #define WeightPosition (SidePosition+4+CommentLength) | ||
+ | #define NNPosition (WeightPosition+12) | ||
+ | #define NLPosition (NNPosition+5) | ||
+ | #define LLDataFormat "%12.5e%12.5e%12.5e\n" | ||
+ | #define LLDataFormat0 "%12.5e%12.5e%12.5e" | ||
+ | #define LLDataFormat1 "%12.5e %12.5e %12.5e" | ||
+ | #define RRPosition (0) | ||
+ | #define FPosition (RRPosition+12) | ||
+ | #define PHIPosition (FPosition +12) | ||
+ | |||
+ | #define PVALUE_MODE (0x01) | ||
+ | #define QVALUE_MODE (0x02) | ||
+ | #define RVALUE_MODE (0x04) | ||
+ | #define Q2VALUE_MODE (0x08) | ||
+ | |||
+ | typedef enum llDataPole { | ||
+ | llDataPoleNormal = 0, | ||
+ | llDataPoleAnti = 1 | ||
+ | } llDataPole; | ||
+ | |||
+ | typedef enum llDataMode { | ||
+ | llDataModeMemoryNotAllocate = 0, | ||
+ | llDataModeMemoryAllocate = 1 | ||
+ | } llDataMode; | ||
== 構造体 == | == 構造体 == | ||
− | typedef | + | typedef unsigned int llDataStatusType; |
− | typedef float | + | typedef int llDataParaTypeInteger; |
+ | typedef float llDataParaTypeReal; | ||
− | typedef | + | typedef struct llComplex { |
− | + | llDataParaTypeReal R; /* Spherical R */ | |
− | + | llDataParaTypeReal RR; /* Radial R */ | |
− | } | + | llDataParaTypeReal F; /* F*exp(PHI) */ |
+ | llDataParaTypeReal PHI; | ||
+ | llDataParaTypeReal Re; /* Re + i * Im */ | ||
+ | llDataParaTypeReal Im; | ||
+ | } llComplex; | ||
− | typedef | + | typedef struct oneLLData { |
− | + | char Head[DefaultStringLength]; /* Comment */ | |
− | + | llDataParaTypeReal Weight; /* Weight of This Layer Line */ | |
− | + | llDataParaTypeInteger nn; /* The [n] dim. Bessel function */ | |
− | + | llDataParaTypeInteger nl; /* The [l]th layer line */ | |
− | + | llDataParaTypeInteger nm; /* [l] = t*[n]+s*[m] */ | |
+ | llComplex* data; /* Layer line data */ | ||
+ | llDataParaTypeInteger Side; /* Near/Far Side/Average */ | ||
+ | llDataParaTypeInteger nR; /* Number of layer line data */ | ||
− | + | llDataParaTypeReal Z; | |
− | + | llDataParaTypeInteger iZ; | |
− | + | llDataParaTypeReal RMin; /* Radial R Info */ | |
− | + | llDataParaTypeInteger iRMin; | |
− | } | + | llDataParaTypeReal RMax; |
+ | llDataParaTypeInteger iRMax; | ||
+ | llDataParaTypeReal delBR; | ||
+ | llDataParaTypeReal Fmax; /* Fmax */ | ||
+ | long dummy; | ||
+ | } oneLLData; | ||
− | typedef struct | + | typedef struct llData { |
− | + | llDataMode mode; | |
− | + | llDataParaTypeInteger llMax; | |
− | + | llDataParaTypeInteger nRMax; | |
− | } | + | llDataParaTypeReal truePitch; |
+ | llDataParaTypeReal Weight; | ||
+ | llDataParaTypeReal rScale; | ||
+ | llDataPole Pole; | ||
+ | llDataParaTypeReal Side; | ||
+ | llDataParaTypeInteger RRInfoSet; | ||
+ | llDataParaTypeInteger FmaxSet; | ||
+ | llDataParaTypeInteger RValueSet; | ||
+ | llDataParaTypeInteger ZValueSet; | ||
+ | oneLLData* LL; | ||
+ | } llData; | ||
− | typedef struct | + | typedef struct llDataBoth { |
− | + | llData Nea; | |
− | + | llData Far; | |
− | + | } llDataBoth; | |
− | + | ||
− | + | ||
− | } | + | |
− | typedef struct | + | typedef struct llDataAttributes { |
− | + | llDataMode mode; | |
− | + | llDataParaTypeInteger llMax; | |
− | + | llDataParaTypeInteger nRMax; | |
− | + | llDataParaTypeReal truePitch; | |
− | + | llDataParaTypeReal Weight; | |
− | + | llDataParaTypeReal rScale; | |
− | + | llDataPole Pole; | |
− | + | llDataParaTypeReal Side; | |
− | } | + | oneLLData* LL; |
+ | } llDataAttributes; | ||
+ | |||
+ | /* in llDataIntensityInformationGet.c */ | ||
+ | typedef struct onelllDataIntensityInformation { | ||
+ | int LL; | ||
+ | int n; | ||
+ | int l; | ||
+ | int flagI; | ||
+ | double I; | ||
+ | int flagPeak; | ||
+ | double Peak; | ||
+ | } onelllDataIntensityInformation; | ||
+ | |||
+ | typedef struct lllDataIntensityInformation { | ||
+ | onelllDataIntensityInformation* onedata; | ||
+ | llDataParaTypeInteger llMax; | ||
+ | } lllDataIntensityInformation; | ||
== API == | == API == | ||
− | + | ==== llDataRead ==== | |
− | + | extern void llDataFileRead(FILE* fpt, llData* ll, llDataParaTypeInteger* status); | |
+ | extern void llDataFileReadFollowingllData(FILE* fpt, llData* ll, llData* Ref, llDataParaTypeInteger* status); | ||
+ | extern void llDataFileReadFollowingAttributes(FILE* fpt, llData* ll, llDataAttributes* attr, llDataParaTypeInteger* status); | ||
+ | |||
+ | ==== llDataWrite ==== | ||
+ | extern void llDataFileWrite(FILE* fpt, llData* ll, llDataParaTypeInteger* status); | ||
+ | |||
+ | ==== llDataInit ==== | ||
+ | extern void llDataInit(llData* ll); | ||
+ | extern void llDataInitWithReference(llData* ll, llData* ref); | ||
+ | extern void llDataInitWithReference2(llData* ll, llData* ref, int side); | ||
+ | extern void llDataHeaderInit(llData* ll); | ||
+ | extern void llDataDataInit(llData* ll); | ||
+ | extern void llDataFree(llData* ll); | ||
+ | extern void llDataHeaderFree(llData* ll); | ||
+ | extern void llDataDataFree(llData* ll); | ||
+ | |||
+ | ==== llDataInfo ==== | ||
+ | extern void llDataInfoPrint(FILE* fpt, llData* ll, long WhichLayer, long WhatInfo); | ||
+ | extern void llDataInfoPrintUsage(FILE* fpt); | ||
+ | |||
+ | ==== llDataUtil ==== | ||
+ | extern void llDataRValueSet(llData* dst, int mode); | ||
+ | extern void llDataFmaxSet(llData* dst, int mode); | ||
+ | extern void llDataZValueSet(llData* dst, int mode); | ||
+ | |||
+ | extern llDataParaTypeInteger* llDataTableBetweenTwollDataCreate(llData* ll1, llData* ll2, int mode); | ||
+ | |||
+ | extern inline llDataParaTypeReal nearSidePhaseGet(llDataParaTypeReal phase, | ||
+ | llDataParaTypeInteger nn, | ||
+ | llDataParaTypeInteger side, | ||
+ | llDataParaTypeInteger pole); | ||
+ | extern inline llDataParaTypeReal farSidePhaseGet(llDataParaTypeReal phase, | ||
+ | llDataParaTypeInteger nn, | ||
+ | llDataParaTypeInteger side, | ||
+ | llDataParaTypeInteger pole); | ||
+ | extern void lllDataAttributeCopy(llData* ll1, llData* ll2); | ||
+ | extern void lllDataHeaderCopy(llData* ll1, llData* ll2); | ||
+ | extern void lllDataCopy(llData* ll1, llData* ll2); | ||
+ | extern void lllDataClear(llData* ll1); | ||
+ | extern void lllDataMul(llData* ll1, llData* ll2); | ||
+ | extern void lllDataPoleSet(llData* ll1, llDataPole pole); | ||
+ | extern void lllDataSideSet(llData* ll1, llDataParaTypeInteger Side); | ||
+ | extern void lllDataMultiplyReal(llData* ll1, llDataParaTypeReal f); | ||
+ | extern void lllDataDevidedByReal(llData* ll1, llDataParaTypeReal f); | ||
+ | |||
+ | ==== lllDataAdd ==== | ||
+ | extern void lllDataAdd(llData* ll1, llData* ll2); | ||
+ | extern void lllDataAdd2(llData* ll, llData* ll1, llData* ll2); | ||
− | extern void | + | ==== lllDataAvgTo ==== |
− | extern void | + | extern void lllDataAvgTo(llData* dst, llData* src, llDataParaTypeInteger Side); |
+ | extern void lllDataAvgToNea(llData* nea, llData* avg); | ||
+ | extern void lllDataAvgToFar(llData* far, llData* avg); | ||
− | extern void | + | ==== lllDataWeightSet ==== |
− | + | extern void lllDataWeightSet(FILE* fpt, llData* ll, llDataParaTypeReal w, long mode); | |
− | + | /* FILE FORMAT | |
− | + | nn nl weight | |
+ | ............ | ||
+ | Mode 0: llData.LL[].Weight = 0 without Definition | ||
+ | */ | ||
− | extern | + | ==== llDataGet ==== |
− | extern | + | extern inline long llDataValueGet(llData* ll, long l, double R, double* re, double *im); |
+ | extern inline long llDataValueGet2(llData* ll, long nn, long nl, double R, double* re, double *im); | ||
+ | extern long llDataLayerNumberGet(llData* ll, long n, long l); | ||
+ | extern long llDataNLNumberGet(llData* ll); | ||
− | extern void | + | ==== llDataSet ==== |
− | extern void | + | extern void llDataFandPHISet(llData* ll); |
− | extern void | + | extern void llDataReAndImSet(llData* ll); |
+ | extern void llDataRRSet(llData* ll); | ||
+ | extern void llDataRRInfoSet(llData* ll); | ||
+ | extern void llDataAttributesSet2(llData* dst, llData* src); | ||
− | extern long | + | ==== llDataCheck ==== |
− | + | extern long llDataSizeCheck(llData* ll1, llData* ll2, char* message); | |
− | + | ||
− | + | ||
− | extern | + | ==== llDataIntensityInformationGet ==== |
− | + | extern void lllDataIntensityInformationGet(llData* in, lllDataIntensityInformation* data, int mode); | |
− | + | ||
− | + | ||
− | + | ||
− | + | ||
− | + | ||
− | extern | + | ==== llDataError ==== |
− | + | extern void llDataError(char* s); | |
− | + | extern void llDataErrorMessage(void); | |
− | + | ||
− | + | ||
− | + |
2015年3月18日 (水) 06:02時点における最新版
DataManip/llDataはLLデータのためのAPIです。
目次
定数
#define llDataStatusOK ((llDataStatusType)0x00000000)
ReferFile
#define llDataCanNotReadFile ((llDataStatusType)0x00010000); #define llDataCanNotWriteFile ((llDataStatusType)0x00010001);
char* llDataReferenceData[] = { "Amos,L.A. & Klug,A. J.Mol.Biol(1975),99,51-73", " Three-dimensional Image Reconstructions of the Contractile Tail of T4 Bacteriophage", " Appendix: Combination of Data from Helical Particles : Correlation and Selection", " Amos,L.A", " delta(theta)= -n*delta(phi) + 2*PI*Z*delta(z)", " Klug,A. Crick,A., F.H.C. & Wyckoff,H.W. Acta Crystallogr.sect.(1958),11,199-213", NULL };
- else
extern char* llDataErrorMsgReferFile[]; extern char* llDataReferenceData[];
- endif
#define DefaultStringLength (256) #define NearSide (0) #define FarSide (1) #define AverageSide (2) #define SidePosition (14) #define CommentLength (80) #define WeightPosition (SidePosition+4+CommentLength) #define NNPosition (WeightPosition+12) #define NLPosition (NNPosition+5) #define LLDataFormat "%12.5e%12.5e%12.5e\n" #define LLDataFormat0 "%12.5e%12.5e%12.5e" #define LLDataFormat1 "%12.5e %12.5e %12.5e" #define RRPosition (0) #define FPosition (RRPosition+12) #define PHIPosition (FPosition +12)
#define PVALUE_MODE (0x01) #define QVALUE_MODE (0x02) #define RVALUE_MODE (0x04) #define Q2VALUE_MODE (0x08)
typedef enum llDataPole { llDataPoleNormal = 0, llDataPoleAnti = 1 } llDataPole;
typedef enum llDataMode { llDataModeMemoryNotAllocate = 0, llDataModeMemoryAllocate = 1 } llDataMode;
構造体
typedef unsigned int llDataStatusType; typedef int llDataParaTypeInteger; typedef float llDataParaTypeReal;
typedef struct llComplex { llDataParaTypeReal R; /* Spherical R */ llDataParaTypeReal RR; /* Radial R */ llDataParaTypeReal F; /* F*exp(PHI) */ llDataParaTypeReal PHI; llDataParaTypeReal Re; /* Re + i * Im */ llDataParaTypeReal Im; } llComplex;
typedef struct oneLLData { char Head[DefaultStringLength]; /* Comment */ llDataParaTypeReal Weight; /* Weight of This Layer Line */ llDataParaTypeInteger nn; /* The [n] dim. Bessel function */ llDataParaTypeInteger nl; /* The [l]th layer line */ llDataParaTypeInteger nm; /* [l] = t*[n]+s*[m] */ llComplex* data; /* Layer line data */ llDataParaTypeInteger Side; /* Near/Far Side/Average */ llDataParaTypeInteger nR; /* Number of layer line data */
llDataParaTypeReal Z; llDataParaTypeInteger iZ; llDataParaTypeReal RMin; /* Radial R Info */ llDataParaTypeInteger iRMin; llDataParaTypeReal RMax; llDataParaTypeInteger iRMax; llDataParaTypeReal delBR; llDataParaTypeReal Fmax; /* Fmax */ long dummy; } oneLLData;
typedef struct llData { llDataMode mode; llDataParaTypeInteger llMax; llDataParaTypeInteger nRMax; llDataParaTypeReal truePitch; llDataParaTypeReal Weight; llDataParaTypeReal rScale; llDataPole Pole; llDataParaTypeReal Side; llDataParaTypeInteger RRInfoSet; llDataParaTypeInteger FmaxSet; llDataParaTypeInteger RValueSet; llDataParaTypeInteger ZValueSet; oneLLData* LL; } llData;
typedef struct llDataBoth { llData Nea; llData Far; } llDataBoth;
typedef struct llDataAttributes { llDataMode mode; llDataParaTypeInteger llMax; llDataParaTypeInteger nRMax; llDataParaTypeReal truePitch; llDataParaTypeReal Weight; llDataParaTypeReal rScale; llDataPole Pole; llDataParaTypeReal Side; oneLLData* LL; } llDataAttributes;
/* in llDataIntensityInformationGet.c */ typedef struct onelllDataIntensityInformation { int LL; int n; int l; int flagI; double I; int flagPeak; double Peak; } onelllDataIntensityInformation;
typedef struct lllDataIntensityInformation { onelllDataIntensityInformation* onedata; llDataParaTypeInteger llMax; } lllDataIntensityInformation;
API
llDataRead
extern void llDataFileRead(FILE* fpt, llData* ll, llDataParaTypeInteger* status); extern void llDataFileReadFollowingllData(FILE* fpt, llData* ll, llData* Ref, llDataParaTypeInteger* status); extern void llDataFileReadFollowingAttributes(FILE* fpt, llData* ll, llDataAttributes* attr, llDataParaTypeInteger* status);
llDataWrite
extern void llDataFileWrite(FILE* fpt, llData* ll, llDataParaTypeInteger* status);
llDataInit
extern void llDataInit(llData* ll); extern void llDataInitWithReference(llData* ll, llData* ref); extern void llDataInitWithReference2(llData* ll, llData* ref, int side); extern void llDataHeaderInit(llData* ll); extern void llDataDataInit(llData* ll); extern void llDataFree(llData* ll); extern void llDataHeaderFree(llData* ll); extern void llDataDataFree(llData* ll);
llDataInfo
extern void llDataInfoPrint(FILE* fpt, llData* ll, long WhichLayer, long WhatInfo); extern void llDataInfoPrintUsage(FILE* fpt);
llDataUtil
extern void llDataRValueSet(llData* dst, int mode); extern void llDataFmaxSet(llData* dst, int mode); extern void llDataZValueSet(llData* dst, int mode);
extern llDataParaTypeInteger* llDataTableBetweenTwollDataCreate(llData* ll1, llData* ll2, int mode);
extern inline llDataParaTypeReal nearSidePhaseGet(llDataParaTypeReal phase, llDataParaTypeInteger nn, llDataParaTypeInteger side, llDataParaTypeInteger pole); extern inline llDataParaTypeReal farSidePhaseGet(llDataParaTypeReal phase, llDataParaTypeInteger nn, llDataParaTypeInteger side, llDataParaTypeInteger pole); extern void lllDataAttributeCopy(llData* ll1, llData* ll2); extern void lllDataHeaderCopy(llData* ll1, llData* ll2); extern void lllDataCopy(llData* ll1, llData* ll2); extern void lllDataClear(llData* ll1); extern void lllDataMul(llData* ll1, llData* ll2); extern void lllDataPoleSet(llData* ll1, llDataPole pole); extern void lllDataSideSet(llData* ll1, llDataParaTypeInteger Side); extern void lllDataMultiplyReal(llData* ll1, llDataParaTypeReal f); extern void lllDataDevidedByReal(llData* ll1, llDataParaTypeReal f);
lllDataAdd
extern void lllDataAdd(llData* ll1, llData* ll2); extern void lllDataAdd2(llData* ll, llData* ll1, llData* ll2);
lllDataAvgTo
extern void lllDataAvgTo(llData* dst, llData* src, llDataParaTypeInteger Side); extern void lllDataAvgToNea(llData* nea, llData* avg); extern void lllDataAvgToFar(llData* far, llData* avg);
lllDataWeightSet
extern void lllDataWeightSet(FILE* fpt, llData* ll, llDataParaTypeReal w, long mode); /* FILE FORMAT nn nl weight ............ Mode 0: llData.LL[].Weight = 0 without Definition */
llDataGet
extern inline long llDataValueGet(llData* ll, long l, double R, double* re, double *im); extern inline long llDataValueGet2(llData* ll, long nn, long nl, double R, double* re, double *im); extern long llDataLayerNumberGet(llData* ll, long n, long l); extern long llDataNLNumberGet(llData* ll);
llDataSet
extern void llDataFandPHISet(llData* ll); extern void llDataReAndImSet(llData* ll); extern void llDataRRSet(llData* ll); extern void llDataRRInfoSet(llData* ll); extern void llDataAttributesSet2(llData* dst, llData* src);
llDataCheck
extern long llDataSizeCheck(llData* ll1, llData* ll2, char* message);
llDataIntensityInformationGet
extern void lllDataIntensityInformationGet(llData* in, lllDataIntensityInformation* data, int mode);
llDataError
extern void llDataError(char* s); extern void llDataErrorMessage(void);