「llExtract」の版間の差分

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(同じ利用者による、間の4版が非表示)
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'''llExtract'''とは[[Eos]]の[[コマンド]]である。
+
'''llExtract'''とは[[mrcImage]]([[FFT]])を[[LL]]に変換する[[Eos]]の[[コマンド]]である。出力ファイルは[[llDataPrint]]
 
+
からグラフとして確認することが出来る。
  
 
== オプション一覧 ==
 
== オプション一覧 ==
行38: 行38:
 
<td>-1</td>  
 
<td>-1</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
<td>出力ファイル: NearSide: [llData]</td>  
+
<td>出力ファイル: [[LL]](NearSide)</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行44: 行44:
 
<td>-2</td>  
 
<td>-2</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
<td>出力ファイル: FarSide: [llData]</td>  
+
<td>出力ファイル: [[LL]](FarSide)</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行173: 行173:
  
 
</pre>
 
</pre>
 +
<div>[[llExtractCtrlFileCreate]]にて作成することが出来る。</div>
 
<div>入力されたオプションがある設定は読み込まないが、各設定値の行の省略は不可</div>
 
<div>入力されたオプションがある設定は読み込まないが、各設定値の行の省略は不可</div>
 
<br>
 
<br>
行178: 行179:
 
== 実行例 ==
 
== 実行例 ==
 
===[[:Media:1ATOMFil.fft|入力ファイル]]の画像===
 
===[[:Media:1ATOMFil.fft|入力ファイル]]の画像===
 +
<div>[[mrcFFTExpression]](m=1)にて表示</div>
 
<table>
 
<table>
 
<tr>
 
<tr>
 
<td><p align="Center">[[画像:1ATOMFil-FFT.png]]<br>
 
<td><p align="Center">[[画像:1ATOMFil-FFT.png]]<br>
[[mrcFFTExpression]](m=1)にて表示<br></p>  
+
全体<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="Center">[[画像:1ATOMFil-FFT1.png]]<br>
 +
中心付近<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
 
<td><p align="left">サイズ<br>  
 
<td><p align="left">サイズ<br>  
行194: 行199:
 
<td><p align="left">(      512,      1146,          1)<br>  
 
<td><p align="left">(      512,      1146,          1)<br>  
 
mrcComplexFloatFT <br>  
 
mrcComplexFloatFT <br>  
(    2.500,      2.500,      0.000)<br>
+
(    2.000,      2.000,      0.000)<br>
1.11621e-05 (283, 584, 0)<br>
+
4.08519e-10 (257, 572, 0)<br>
0.0587469 (0, 0, 0)<br>
+
0.109661 (0, 0, 0)<br>
0.00712658<br>
+
0.00909953<br>
0.00508972<br>
+
0.00776913<br>
6.64457e-06<br></p>
+
1.01425e-05<br></p>
 
</td>
 
</td>
 
</tr>
 
</tr>
行206: 行211:
  
 
===オプション -c===
 
===オプション -c===
====コンフィグファイル1====
+
====[[Media:Input-LLConf.txt|コンフィグファイル1]]====
 
<div>以下のデータで実行</div>
 
<div>以下のデータで実行</div>
 
<pre>
 
<pre>
LLData
+
llData
2.5 2.5
+
2 2
1 1
+
255 572
-iのファイル名
+
In
-1のファイル名
+
Nea
-2のファイル名
+
Far
 +
0.0
 +
0.0
 +
0.0
 
0
 
0
 
0
 
0
 +
0.0
 +
256
 +
12
 +
1024
 +
0
 +
    0     0      0 0 255 0 255 0.5
 +
    2      2    72 0 255 0 255 1.0
 +
    4     4    144 0 255 0 255 1.0
 +
    -3    11    -66 0 255 0 255 1.0
 +
    -1    13      6 0 255 0 255 1.0
 +
    1    15     78 0 255 0 255 1.0
 +
    3    17    150 0 255 0 255 1.0
 +
    -4    24    -60 0 255 0 255 1.0
 +
    -2     26    12 0 255 0 255 1.0
 +
    0     28    84 0 255 0 255 1.0
 +
    2    30    156 0 255 0 255 1.0
 +
    4    32    228 0 255 0 255 1.0
  
 
</pre>
 
</pre>
行235: 行248:
 
<div>-1 のデータ</div>
 
<div>-1 のデータ</div>
 
<pre>
 
<pre>
LAYERLINE  0 NEAR................................................................................ 4.00000e+01    1  15
+
LAYERLINE  0 NEAR................................................................................ 5.00000e-01    0    0
  7.81250e-03 4.75181e-03 3.45110e+00
+
  0.00000e+00 1.09661e-01 1.00179e-05
8.59375e-03 4.93187e-03 1.28935e+01
+
  9.76562e-04 1.07064e-01 1.66569e-07
  9.37500e-03 5.06885e-03 2.22849e+01
+
  1.95312e-03 9.94539e-02 1.79314e-06
1.01562e-02 5.16248e-03 3.16742e+01
+
  2.92969e-03 8.73620e-02 1.63306e-06
  1.09375e-02 5.21332e-03 4.11042e+01
+
  3.90625e-03 7.16275e-02 9.95900e-07
1.17188e-02 5.22277e-03 5.06143e+01
+
  1.25000e-02 5.19300e-03 6.02422e+01
+
  1.32813e-02 5.12698e-03 7.00254e+01
+
1.40625e-02 5.02840e-03 8.00021e+01
+
  
 
-中略-
 
-中略-
  
  3.59375e-02 1.42865e-03 7.60526e+01
+
  2.48047e-01 2.45430e-02 1.00179e-05
3.67187e-02 1.28697e-03 9.75779e+01
+
  2.49023e-01 2.57134e-02 1.00179e-05
  3.75000e-02 1.22130e-03 1.21849e+02
+
3.82813e-02 1.25465e-03 1.46886e+02
+
3.90625e-02 1.38519e-03 1.70028e+02
+
 
  0.00000e+00 0.00000e+00 0.00000e+00
 
  0.00000e+00 0.00000e+00 0.00000e+00
LAYERLINE  1 NEAR................................................................................ 3.00000e+01   2    2
+
LAYERLINE  1 NEAR................................................................................ 1.00000e+00   2    2
  1.56250e-02 2.45618e-02 4.26320e-01
+
  0.00000e+00 2.36747e-04 3.27016e+02
  1.64062e-02 2.51792e-02 6.55033e+00
+
  9.76562e-04 2.19473e-05 3.21478e+02
  1.71875e-02 2.56040e-02 1.28444e+01
+
  1.95312e-03 9.17815e-05 1.00204e+02
  1.79687e-02 2.58259e-02 1.93007e+01
+
  2.92969e-03 2.42726e-04 4.08337e+01
  1.87500e-02 2.58380e-02 2.59156e+01
+
  3.90625e-03 7.48780e-04 1.25217e+01
  
 
-中略-
 
-中略-
  
  4.37500e-02 1.16819e-02 5.55012e+01
+
  2.48047e-01 5.52613e-03 7.64794e+01
4.45312e-02 1.08921e-02 6.66763e+01
+
  2.49023e-01 6.03607e-03 8.58422e+01
  4.53125e-02 1.00111e-02 7.87734e+01
+
4.60938e-02 9.08816e-03 9.21548e+01
+
4.68750e-02 8.19041e-03 1.07275e+02
+
 
  0.00000e+00 0.00000e+00 0.00000e+00
 
  0.00000e+00 0.00000e+00 0.00000e+00
LAYERLINE  2 NEAR................................................................................ 2.00000e+01   2  30
+
LAYERLINE  2 NEAR................................................................................ 1.00000e+00   4    4
  2.34375e-02 2.19277e-02 3.06912e+02
+
  0.00000e+00 1.56065e-03 2.94032e+02
  2.42187e-02 2.23369e-02 3.13087e+02
+
  9.76562e-04 1.02912e-03 2.90051e+02
  2.50000e-02 2.26138e-02 3.19446e+02
+
  1.95312e-03 7.23528e-04 2.77422e+02
  2.57812e-02 2.27523e-02 3.25992e+02
+
  2.92969e-03 6.94803e-04 2.59534e+02
  2.65625e-02 2.27487e-02 3.32729e+02
+
  3.90625e-03 8.97704e-04 2.50892e+02
  
 
-中略-
 
-中略-
  
5.15625e-02 1.22076e-02 3.22988e+02
+
LAYERLINE  3 NEAR................................................................................ 1.00000e+00  -3  11
5.23437e-02 1.15468e-02 3.32616e+02
+
5.31250e-02 1.07697e-02 3.42527e+02
+
5.39063e-02 9.89288e-03 3.52883e+02
+
5.46875e-02 8.93828e-03 3.91357e+00
+
0.00000e+00 0.00000e+00 0.00000e+00
+
LAYERLINE  3 NEAR................................................................................ 1.00000e+01    3  11
+
3.12500e-02 1.85198e-02 2.63578e+02
+
3.20312e-02 1.86078e-02 2.70889e+02
+
3.28125e-02 1.86063e-02 2.78342e+02
+
3.35938e-02 1.85114e-02 2.85943e+02
+
3.43750e-02 1.83204e-02 2.93701e+02
+
  
 
-中略-
 
-中略-
  
  5.93750e-02 1.79796e-02 3.19400e+02
+
LAYERLINE 11 NEAR................................................................................ 1.00000e+00    4  32
  6.01562e-02 1.80080e-02 3.28315e+02
+
 
  6.09375e-02 1.78950e-02 3.37159e+02
+
-中略-
  6.17188e-02 1.76400e-02 3.45945e+02
+
 
  6.25000e-02 1.72439e-02 3.54687e+02
+
2.45117e-01 2.10039e-02 3.42847e+02
 +
  2.46094e-01 2.36644e-02 3.43764e+02
 +
  2.47070e-01 2.59560e-02 3.44583e+02
 +
  2.48047e-01 2.78412e-02 3.45314e+02
 +
  2.49023e-01 2.92789e-02 3.45958e+02
 
  0.00000e+00 0.00000e+00 0.00000e+00
 
  0.00000e+00 0.00000e+00 0.00000e+00
 
</pre>
 
</pre>
行304: 行300:
 
<div>-2 のデータ</div>
 
<div>-2 のデータ</div>
 
<pre>
 
<pre>
LAYERLINE  0 FAR ................................................................................ 4.00000e+01    1  15
+
LAYERLINE  0 FAR ................................................................................ 5.00000e-01    0    0
  7.81250e-03 4.27632e-03 6.07429e+01
+
  0.00000e+00 1.09661e-01 1.00179e-05
8.59375e-03 4.54366e-03 5.14264e+01
+
  9.76562e-04 1.07064e-01 1.00179e-05
  9.37500e-03 4.76728e-03 4.23648e+01
+
  1.95312e-03 9.94539e-02 1.00179e-05
1.01562e-02 4.94371e-03 3.34829e+01
+
  2.92969e-03 8.73620e-02 1.00179e-05
  1.09375e-02 5.07039e-03 2.47222e+01
+
  3.90625e-03 7.16275e-02 1.00179e-05
1.17188e-02 5.14562e-03 1.60346e+01
+
  1.25000e-02 5.16855e-03 7.37801e+00
+
1.32813e-02 5.13916e-03 3.58712e+02
+
  1.40625e-02 5.05822e-03 3.49997e+02
+
1.48437e-02 4.92738e-03 3.41187e+02
+
  
 
-中略-
 
-中略-
  
  3.51562e-02 4.39810e-03 8.37058e+00
+
  2.48047e-01 2.45430e-02 5.44967e-07
3.59375e-02 4.34286e-03 6.19610e-01
+
  2.49023e-01 2.57134e-02 8.66931e-07
3.67187e-02 4.24027e-03 3.52995e+02
+
  3.75000e-02 4.09173e-03 3.45481e+02
+
3.82813e-02 3.89925e-03 3.38068e+02
+
3.90625e-02 3.66543e-03 3.30750e+02
+
 
  0.00000e+00 0.00000e+00 0.00000e+00
 
  0.00000e+00 0.00000e+00 0.00000e+00
LAYERLINE  1 FAR ................................................................................ 3.00000e+01   2    2
+
LAYERLINE  1 FAR ................................................................................ 1.00000e+00   2    2
  1.56250e-02 2.49306e-02 1.39663e-01
+
  0.00000e+00 2.36747e-04 3.27016e+02
  1.64062e-02 2.57017e-02 3.53969e+02
+
  9.76562e-04 5.38817e-04 3.33733e+02
  1.71875e-02 2.62836e-02 3.47601e+02
+
  1.95312e-03 9.34154e-04 3.39000e+02
  1.79687e-02 2.66632e-02 3.41043e+02
+
  2.92969e-03 1.47219e-03 3.43420e+02
  1.87500e-02 2.68306e-02 3.34298e+02
+
  3.90625e-03 2.23950e-03 3.46949e+02
  
 
-中略-
 
-中略-
  
  4.37500e-02 1.52194e-02 3.14808e+02
+
  2.48047e-01 6.32650e-03 7.40293e+01
  4.45312e-02 1.42945e-02 3.04495e+02
+
  2.49023e-01 6.41878e-03 8.40146e+01
4.53125e-02 1.32131e-02 2.93628e+02
+
4.60938e-02 1.20105e-02 2.81950e+02
+
4.68750e-02 1.07350e-02 2.69087e+02
+
 
  0.00000e+00 0.00000e+00 0.00000e+00
 
  0.00000e+00 0.00000e+00 0.00000e+00
LAYERLINE  2 FAR ................................................................................ 2.00000e+01   2  30
+
LAYERLINE  2 FAR ................................................................................ 1.00000e+00   4    4
  2.34375e-02 1.58475e-02 2.82280e+02
+
  0.00000e+00 1.56065e-03 2.94032e+02
  2.42187e-02 1.60496e-02 2.76790e+02
+
  9.76562e-04 2.26294e-03 2.94056e+02
  2.50000e-02 1.61500e-02 2.71070e+02
+
  1.95312e-03 3.08391e-03 2.92763e+02
  2.57812e-02 1.61427e-02 2.65119e+02
+
  2.92969e-03 3.96259e-03 2.91127e+02
  2.65625e-02 1.60238e-02 2.58933e+02
+
  3.90625e-03 4.82953e-03 2.89482e+02
  
 
-中略-
 
-中略-
  
5.15625e-02 8.30352e-03 2.59903e+02
+
LAYERLINE  3 FAR ................................................................................ 1.00000e+00  -3  11
5.23437e-02 7.43559e-03 2.49610e+02
+
 
5.31250e-02 6.46842e-03 2.38266e+02
+
-中略-
5.39063e-02 5.43589e-03 2.25119e+02
+
 
5.46875e-02 4.39760e-03 2.08723e+02
+
LAYERLINE  11 FAR ................................................................................ 1.00000e+00    4  32
0.00000e+00 0.00000e+00 0.00000e+00
+
LAYERLINE  3 FAR ................................................................................ 1.00000e+01    3  11
+
3.12500e-02 2.01139e-02 3.48878e+02
+
3.20312e-02 2.00614e-02 3.41063e+02
+
3.28125e-02 1.98990e-02 3.33142e+02
+
3.35938e-02 1.96252e-02 3.25106e+02
+
3.43750e-02 1.92399e-02 3.16944e+02
+
  
 
-中略-
 
-中略-
  
  5.93750e-02 1.62983e-02 2.87742e+02
+
  2.45117e-01 2.58909e-02 3.47760e+02
  6.01562e-02 1.61019e-02 2.79858e+02
+
  2.46094e-01 2.80857e-02 3.47725e+02
  6.09375e-02 1.57728e-02 2.72147e+02
+
  2.47070e-01 2.95940e-02 3.47578e+02
  6.17188e-02 1.53151e-02 2.64624e+02
+
  2.48047e-01 3.04287e-02 3.47325e+02
  6.25000e-02 1.47348e-02 2.57313e+02
+
  2.49023e-01 3.06231e-02 3.46968e+02
 
  0.00000e+00 0.00000e+00 0.00000e+00
 
  0.00000e+00 0.00000e+00 0.00000e+00
 
</pre>
 
</pre>
 
<br>
 
<br>

2015年3月18日 (水) 00:49時点における最新版

llExtractとはmrcImage(FFT)をLLに変換するEosコマンドである。出力ファイルはllDataPrint からグラフとして確認することが出来る。

オプション一覧

メインオプション

オプション 必須項目/選択項目 説明 デフォルト
-t 選択 タイトル: ASCII[80] NULL
-s 選択 Step[A]: (xStep, yStep) (1.0, 1.0)
-M 選択 Max[GridUnit]: (MaxX, MaxY) (1.0, 1.0)
-i 選択 入力ファイル: mrcImage(FFT) NULL
-1 選択 出力ファイル: LL(NearSide) NULL
-2 選択 出力ファイル: LL(FarSide) NULL
-R 選択 回転角度: [Degree] 0.0
-O 選択 Omega: [Degree] 0.0
-S 選択 Shear: [Degree] 0.0
-I 選択 ievery 0
-axl 選択 axl 0.0
-ayl 選択 ayl 0.0
-x 選択 xShift: [GridUnit] 0.0
-l 選択 llMax 0
-d 選択 delRInv: [A] 0.0
-f 選択 flagOutputInfo
-L 選択 可変入力: LayerLineInfo: (n, l, Y, leftMin, leftMax, rightMin, rightMax, weight) ... (0, 0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 1.0)
-c 選択 コンフィグファイル設定: ASCII NULL
-m 選択 モードを設定 0
-h 選択 ヘルプを表示  
-s: (Lengthx, Lengthy) に設定する必要がある
-d: Nx * Lengthx に設定する必要がある


モードの詳細

モード 説明
0


コンフィグファイルのフォーマット

タイトル
xStep  yStep
MaxX  MaxY
入力ファイル名
出力ファイル名(NearSide)
出力ファイル名(FarSide)
回転角度
Omega
Share
ievery
axl
ayl
xShift
llMax
delRInv
flagOutputInfo
n0  l0  Y0  leftMin0  leftMax0  rightMin0  rightMax0  weight0
n1  l1  Y1  leftMin1  leftMax1  rightMin1  rightMax1  weight1
.
.

llExtractCtrlFileCreateにて作成することが出来る。
入力されたオプションがある設定は読み込まないが、各設定値の行の省略は不可


実行例

入力ファイルの画像

mrcFFTExpression(m=1)にて表示

1ATOMFil-FFT.png
全体

1ATOMFil-FFT1.png
中心付近

サイズ

モード
Length
最小
最大
平均値
標準偏差

標準誤差

( 512, 1146, 1)

mrcComplexFloatFT
( 2.000, 2.000, 0.000)
4.08519e-10 (257, 572, 0)
0.109661 (0, 0, 0)
0.00909953
0.00776913

1.01425e-05


オプション -c

コンフィグファイル1

以下のデータで実行
llData
2 2
255 572
In
Nea
Far
0.0
0.0
0.0
0
0.0
0.0
256
12
1024
0
     0      0      0 0 255 0 255 0.5
     2      2     72 0 255 0 255 1.0
     4      4    144 0 255 0 255 1.0
    -3     11    -66 0 255 0 255 1.0
    -1     13      6 0 255 0 255 1.0
     1     15     78 0 255 0 255 1.0
     3     17    150 0 255 0 255 1.0
    -4     24    -60 0 255 0 255 1.0
    -2     26     12 0 255 0 255 1.0
     0     28     84 0 255 0 255 1.0
     2     30    156 0 255 0 255 1.0
     4     32    228 0 255 0 255 1.0


-1 のデータ
LAYERLINE   0 NEAR................................................................................ 5.00000e-01    0    0
 0.00000e+00 1.09661e-01 1.00179e-05
 9.76562e-04 1.07064e-01 1.66569e-07
 1.95312e-03 9.94539e-02 1.79314e-06
 2.92969e-03 8.73620e-02 1.63306e-06
 3.90625e-03 7.16275e-02 9.95900e-07

-中略-

 2.48047e-01 2.45430e-02 1.00179e-05
 2.49023e-01 2.57134e-02 1.00179e-05
 0.00000e+00 0.00000e+00 0.00000e+00
LAYERLINE   1 NEAR................................................................................ 1.00000e+00    2    2
 0.00000e+00 2.36747e-04 3.27016e+02
 9.76562e-04 2.19473e-05 3.21478e+02
 1.95312e-03 9.17815e-05 1.00204e+02
 2.92969e-03 2.42726e-04 4.08337e+01
 3.90625e-03 7.48780e-04 1.25217e+01

-中略-

 2.48047e-01 5.52613e-03 7.64794e+01
 2.49023e-01 6.03607e-03 8.58422e+01
 0.00000e+00 0.00000e+00 0.00000e+00
LAYERLINE   2 NEAR................................................................................ 1.00000e+00    4    4
 0.00000e+00 1.56065e-03 2.94032e+02
 9.76562e-04 1.02912e-03 2.90051e+02
 1.95312e-03 7.23528e-04 2.77422e+02
 2.92969e-03 6.94803e-04 2.59534e+02
 3.90625e-03 8.97704e-04 2.50892e+02

-中略-

LAYERLINE   3 NEAR................................................................................ 1.00000e+00   -3   11

-中略-

LAYERLINE  11 NEAR................................................................................ 1.00000e+00    4   32

-中略-

 2.45117e-01 2.10039e-02 3.42847e+02
 2.46094e-01 2.36644e-02 3.43764e+02
 2.47070e-01 2.59560e-02 3.44583e+02
 2.48047e-01 2.78412e-02 3.45314e+02
 2.49023e-01 2.92789e-02 3.45958e+02
 0.00000e+00 0.00000e+00 0.00000e+00


-2 のデータ
LAYERLINE   0 FAR ................................................................................ 5.00000e-01    0    0
 0.00000e+00 1.09661e-01 1.00179e-05
 9.76562e-04 1.07064e-01 1.00179e-05
 1.95312e-03 9.94539e-02 1.00179e-05
 2.92969e-03 8.73620e-02 1.00179e-05
 3.90625e-03 7.16275e-02 1.00179e-05

-中略-

 2.48047e-01 2.45430e-02 5.44967e-07
 2.49023e-01 2.57134e-02 8.66931e-07
 0.00000e+00 0.00000e+00 0.00000e+00
LAYERLINE   1 FAR ................................................................................ 1.00000e+00    2    2
 0.00000e+00 2.36747e-04 3.27016e+02
 9.76562e-04 5.38817e-04 3.33733e+02
 1.95312e-03 9.34154e-04 3.39000e+02
 2.92969e-03 1.47219e-03 3.43420e+02
 3.90625e-03 2.23950e-03 3.46949e+02

-中略-

 2.48047e-01 6.32650e-03 7.40293e+01
 2.49023e-01 6.41878e-03 8.40146e+01
 0.00000e+00 0.00000e+00 0.00000e+00
LAYERLINE   2 FAR ................................................................................ 1.00000e+00    4    4
 0.00000e+00 1.56065e-03 2.94032e+02
 9.76562e-04 2.26294e-03 2.94056e+02
 1.95312e-03 3.08391e-03 2.92763e+02
 2.92969e-03 3.96259e-03 2.91127e+02
 3.90625e-03 4.82953e-03 2.89482e+02

-中略-

LAYERLINE   3 FAR ................................................................................ 1.00000e+00   -3   11

-中略-

LAYERLINE  11 FAR ................................................................................ 1.00000e+00    4   32

-中略-

 2.45117e-01 2.58909e-02 3.47760e+02
 2.46094e-01 2.80857e-02 3.47725e+02
 2.47070e-01 2.95940e-02 3.47578e+02
 2.48047e-01 3.04287e-02 3.47325e+02
 2.49023e-01 3.06231e-02 3.46968e+02
 0.00000e+00 0.00000e+00 0.00000e+00