「llExtract」の版間の差分

提供: Eospedia
移動: 案内検索
行210: 行210:
 
<pre>
 
<pre>
 
LLData
 
LLData
8 8
+
2.5 2.5
 
1 1
 
1 1
 
-iのファイル名
 
-iのファイル名
行222: 行222:
 
0
 
0
 
0
 
0
1
+
4
784
+
1280
 
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+
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 +
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 +
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 +
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行232: 行235:
 
<div>-1 のデータ</div>
 
<div>-1 のデータ</div>
 
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LAYERLINE  0 NEAR................................................................................ 1.00000e+01  10  10
+
LAYERLINE  0 NEAR................................................................................ 4.00000e+01    15
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+
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+
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+
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+
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+
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+
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  8.92857e-03 7.67185e+06 3.59029e+02
+
1.32813e-02 5.12698e-03 7.00254e+01
  1.02041e-02 1.33295e+07 3.58503e+02
+
1.40625e-02 5.02840e-03 8.00021e+01
  1.14796e-02 8.03404e+06 1.78572e+02
+
 
  1.27551e-02 1.08629e+07 1.78417e+02
+
-中略-
  1.40306e-02 6.28298e+06 3.57967e+02
+
 
  1.53061e-02 7.88479e+06 3.57148e+02
+
  3.59375e-02 1.42865e-03 7.60526e+01
  1.65816e-02 1.23028e+06 1.50172e+02
+
3.67187e-02 1.28697e-03 9.75779e+01
  1.78571e-02 1.01623e+07 1.81218e+02
+
3.75000e-02 1.22130e-03 1.21849e+02
  1.91327e-02 5.06039e+05 1.93357e+02
+
  3.82813e-02 1.25465e-03 1.46886e+02
 +
3.90625e-02 1.38519e-03 1.70028e+02
 +
  0.00000e+00 0.00000e+00 0.00000e+00
 +
LAYERLINE  1 NEAR................................................................................ 3.00000e+01    2    2
 +
1.56250e-02 2.45618e-02 4.26320e-01
 +
1.64062e-02 2.51792e-02 6.55033e+00
 +
1.71875e-02 2.56040e-02 1.28444e+01
 +
1.79687e-02 2.58259e-02 1.93007e+01
 +
1.87500e-02 2.58380e-02 2.59156e+01
 +
 
 +
-中略-
 +
 
 +
  4.37500e-02 1.16819e-02 5.55012e+01
 +
4.45312e-02 1.08921e-02 6.66763e+01
 +
4.53125e-02 1.00111e-02 7.87734e+01
 +
  4.60938e-02 9.08816e-03 9.21548e+01
 +
4.68750e-02 8.19041e-03 1.07275e+02
 +
0.00000e+00 0.00000e+00 0.00000e+00
 +
LAYERLINE  2 NEAR................................................................................ 2.00000e+01    2  30
 +
2.34375e-02 2.19277e-02 3.06912e+02
 +
  2.42187e-02 2.23369e-02 3.13087e+02
 +
2.50000e-02 2.26138e-02 3.19446e+02
 +
  2.57812e-02 2.27523e-02 3.25992e+02
 +
2.65625e-02 2.27487e-02 3.32729e+02
 +
 
 +
-中略-
 +
 
 +
  5.15625e-02 1.22076e-02 3.22988e+02
 +
5.23437e-02 1.15468e-02 3.32616e+02
 +
  5.31250e-02 1.07697e-02 3.42527e+02
 +
5.39063e-02 9.89288e-03 3.52883e+02
 +
  5.46875e-02 8.93828e-03 3.91357e+00
 +
0.00000e+00 0.00000e+00 0.00000e+00
 +
LAYERLINE  3 NEAR................................................................................ 1.00000e+01    3  11
 +
3.12500e-02 1.85198e-02 2.63578e+02
 +
3.20312e-02 1.86078e-02 2.70889e+02
 +
  3.28125e-02 1.86063e-02 2.78342e+02
 +
3.35938e-02 1.85114e-02 2.85943e+02
 +
3.43750e-02 1.83204e-02 2.93701e+02
 +
 
 +
-中略-
 +
 
 +
  5.93750e-02 1.79796e-02 3.19400e+02
 +
6.01562e-02 1.80080e-02 3.28315e+02
 +
6.09375e-02 1.78950e-02 3.37159e+02
 +
  6.17188e-02 1.76400e-02 3.45945e+02
 +
6.25000e-02 1.72439e-02 3.54687e+02
 
  0.00000e+00 0.00000e+00 0.00000e+00
 
  0.00000e+00 0.00000e+00 0.00000e+00
 
</pre>
 
</pre>
行255: 行304:
 
<div>-2 のデータ</div>
 
<div>-2 のデータ</div>
 
<pre>
 
<pre>
LAYERLINE  0 FAR ................................................................................ 1.00000e+01  10  10
+
LAYERLINE  0 FAR ................................................................................ 4.00000e+01    15
  6.37755e-03 1.65067e+07 1.79171e+02
+
  7.81250e-03 4.27632e-03 6.07429e+01
  7.65306e-03 1.04134e+07 1.82559e+02
+
8.59375e-03 4.54366e-03 5.14264e+01
  8.92857e-03 7.67185e+06 9.71081e-01
+
9.37500e-03 4.76728e-03 4.23648e+01
  1.02041e-02 1.33295e+07 1.49682e+00
+
1.01562e-02 4.94371e-03 3.34829e+01
  1.14796e-02 8.03404e+06 1.81428e+02
+
1.09375e-02 5.07039e-03 2.47222e+01
  1.27551e-02 1.08629e+07 1.81583e+02
+
1.17188e-02 5.14562e-03 1.60346e+01
  1.40306e-02 6.28298e+06 2.03292e+00
+
  1.25000e-02 5.16855e-03 7.37801e+00
  1.53061e-02 7.88479e+06 2.85197e+00
+
1.32813e-02 5.13916e-03 3.58712e+02
  1.65816e-02 1.23028e+06 2.09828e+02
+
1.40625e-02 5.05822e-03 3.49997e+02
  1.78571e-02 1.01623e+07 1.78782e+02
+
1.48437e-02 4.92738e-03 3.41187e+02
  1.91327e-02 5.06039e+05 1.66643e+02
+
 
  2.04082e-02 1.37522e+07 3.59430e+02
+
-中略-
  2.16837e-02 4.93648e+06 1.77848e+02
+
 
  2.29592e-02 6.61627e+06 1.81681e+02
+
  3.51562e-02 4.39810e-03 8.37058e+00
  2.42347e-02 1.35687e+06 1.84974e+02
+
3.59375e-02 4.34286e-03 6.19610e-01
  2.55102e-02 1.02347e+07 1.68528e+00
+
3.67187e-02 4.24027e-03 3.52995e+02
 +
3.75000e-02 4.09173e-03 3.45481e+02
 +
3.82813e-02 3.89925e-03 3.38068e+02
 +
3.90625e-02 3.66543e-03 3.30750e+02
 +
0.00000e+00 0.00000e+00 0.00000e+00
 +
LAYERLINE  1 FAR ................................................................................ 3.00000e+01   2    2
 +
  1.56250e-02 2.49306e-02 1.39663e-01
 +
1.64062e-02 2.57017e-02 3.53969e+02
 +
  1.71875e-02 2.62836e-02 3.47601e+02
 +
1.79687e-02 2.66632e-02 3.41043e+02
 +
  1.87500e-02 2.68306e-02 3.34298e+02
 +
 
 +
-中略-
 +
 
 +
4.37500e-02 1.52194e-02 3.14808e+02
 +
  4.45312e-02 1.42945e-02 3.04495e+02
 +
4.53125e-02 1.32131e-02 2.93628e+02
 +
  4.60938e-02 1.20105e-02 2.81950e+02
 +
4.68750e-02 1.07350e-02 2.69087e+02
 +
0.00000e+00 0.00000e+00 0.00000e+00
 +
LAYERLINE  2 FAR ................................................................................ 2.00000e+01    2  30
 +
  2.34375e-02 1.58475e-02 2.82280e+02
 +
  2.42187e-02 1.60496e-02 2.76790e+02
 +
2.50000e-02 1.61500e-02 2.71070e+02
 +
2.57812e-02 1.61427e-02 2.65119e+02
 +
  2.65625e-02 1.60238e-02 2.58933e+02
 +
 
 +
-中略-
 +
 
 +
5.15625e-02 8.30352e-03 2.59903e+02
 +
5.23437e-02 7.43559e-03 2.49610e+02
 +
  5.31250e-02 6.46842e-03 2.38266e+02
 +
5.39063e-02 5.43589e-03 2.25119e+02
 +
5.46875e-02 4.39760e-03 2.08723e+02
 +
0.00000e+00 0.00000e+00 0.00000e+00
 +
LAYERLINE  3 FAR ................................................................................ 1.00000e+01    3  11
 +
3.12500e-02 2.01139e-02 3.48878e+02
 +
  3.20312e-02 2.00614e-02 3.41063e+02
 +
3.28125e-02 1.98990e-02 3.33142e+02
 +
  3.35938e-02 1.96252e-02 3.25106e+02
 +
3.43750e-02 1.92399e-02 3.16944e+02
 +
 
 +
-中略-
 +
 
 +
  5.93750e-02 1.62983e-02 2.87742e+02
 +
6.01562e-02 1.61019e-02 2.79858e+02
 +
  6.09375e-02 1.57728e-02 2.72147e+02
 +
6.17188e-02 1.53151e-02 2.64624e+02
 +
6.25000e-02 1.47348e-02 2.57313e+02
 
  0.00000e+00 0.00000e+00 0.00000e+00
 
  0.00000e+00 0.00000e+00 0.00000e+00
 
</pre>
 
</pre>
 
<br>
 
<br>

2014年2月26日 (水) 08:39時点における版

llExtractとはEosコマンドである。


オプション一覧

メインオプション

オプション 必須項目/選択項目 説明 デフォルト
-t 選択 タイトル: ASCII[80] NULL
-s 選択 Step[A]: (xStep, yStep) (1.0, 1.0)
-M 選択 Max[GridUnit]: (MaxX, MaxY) (1.0, 1.0)
-i 選択 入力ファイル: mrcImage(FFT) NULL
-1 選択 出力ファイル: NearSide: [llData] NULL
-2 選択 出力ファイル: FarSide: [llData] NULL
-R 選択 回転角度: [Degree] 0.0
-O 選択 Omega: [Degree] 0.0
-S 選択 Shear: [Degree] 0.0
-I 選択 ievery 0
-axl 選択 axl 0.0
-ayl 選択 ayl 0.0
-x 選択 xShift: [GridUnit] 0.0
-l 選択 llMax 0
-d 選択 delRInv: [A] 0.0
-f 選択 flagOutputInfo
-L 選択 可変入力: LayerLineInfo: (n, l, Y, leftMin, leftMax, rightMin, rightMax, weight) ... (0, 0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 1.0)
-c 選択 コンフィグファイル設定: ASCII NULL
-m 選択 モードを設定 0
-h 選択 ヘルプを表示  
-s: (Lengthx, Lengthy) に設定する必要がある
-d: Nx * Lengthx に設定する必要がある


モードの詳細

モード 説明
0


コンフィグファイルのフォーマット

タイトル
xStep  yStep
MaxX  MaxY
入力ファイル名
出力ファイル名(NearSide)
出力ファイル名(FarSide)
回転角度
Omega
Share
ievery
axl
ayl
xShift
llMax
delRInv
flagOutputInfo
n0  l0  Y0  leftMin0  leftMax0  rightMin0  rightMax0  weight0
n1  l1  Y1  leftMin1  leftMax1  rightMin1  rightMax1  weight1
.
.

入力されたオプションがある設定は読み込まないが、各設定値の行の省略は不可


実行例

入力ファイルの画像

1ATOMFil-FFT.png
mrcFFTExpression(m=1)にて表示

サイズ

モード
Length
最小
最大
平均値
標準偏差

標準誤差

( 512, 1146, 1)

mrcComplexFloatFT
( 2.500, 2.500, 0.000)
1.11621e-05 (283, 584, 0)
0.0587469 (0, 0, 0)
0.00712658
0.00508972

6.64457e-06


オプション -c

コンフィグファイル1

以下のデータで実行
LLData
2.5 2.5
1 1
-iのファイル名
-1のファイル名
-2のファイル名
0
0
0
0
0
0
0
4
1280
0
1 15 6.25 10.0 50.0 10.0 50.0 40.0
2 2 15.0 20.0 60.0 20.0 60.0 30.0
2 30 22.5 30.0 70.0 30.0 70.0 20.0
3 11 26.25 40.0 80.0 40.0 80.0 10.0


-1 のデータ
LAYERLINE   0 NEAR................................................................................ 4.00000e+01    1   15
 7.81250e-03 4.75181e-03 3.45110e+00
 8.59375e-03 4.93187e-03 1.28935e+01
 9.37500e-03 5.06885e-03 2.22849e+01
 1.01562e-02 5.16248e-03 3.16742e+01
 1.09375e-02 5.21332e-03 4.11042e+01
 1.17188e-02 5.22277e-03 5.06143e+01
 1.25000e-02 5.19300e-03 6.02422e+01
 1.32813e-02 5.12698e-03 7.00254e+01
 1.40625e-02 5.02840e-03 8.00021e+01

-中略-

 3.59375e-02 1.42865e-03 7.60526e+01
 3.67187e-02 1.28697e-03 9.75779e+01
 3.75000e-02 1.22130e-03 1.21849e+02
 3.82813e-02 1.25465e-03 1.46886e+02
 3.90625e-02 1.38519e-03 1.70028e+02
 0.00000e+00 0.00000e+00 0.00000e+00
LAYERLINE   1 NEAR................................................................................ 3.00000e+01    2    2
 1.56250e-02 2.45618e-02 4.26320e-01
 1.64062e-02 2.51792e-02 6.55033e+00
 1.71875e-02 2.56040e-02 1.28444e+01
 1.79687e-02 2.58259e-02 1.93007e+01
 1.87500e-02 2.58380e-02 2.59156e+01

-中略-

 4.37500e-02 1.16819e-02 5.55012e+01
 4.45312e-02 1.08921e-02 6.66763e+01
 4.53125e-02 1.00111e-02 7.87734e+01
 4.60938e-02 9.08816e-03 9.21548e+01
 4.68750e-02 8.19041e-03 1.07275e+02
 0.00000e+00 0.00000e+00 0.00000e+00
LAYERLINE   2 NEAR................................................................................ 2.00000e+01    2   30
 2.34375e-02 2.19277e-02 3.06912e+02
 2.42187e-02 2.23369e-02 3.13087e+02
 2.50000e-02 2.26138e-02 3.19446e+02
 2.57812e-02 2.27523e-02 3.25992e+02
 2.65625e-02 2.27487e-02 3.32729e+02

-中略-

 5.15625e-02 1.22076e-02 3.22988e+02
 5.23437e-02 1.15468e-02 3.32616e+02
 5.31250e-02 1.07697e-02 3.42527e+02
 5.39063e-02 9.89288e-03 3.52883e+02
 5.46875e-02 8.93828e-03 3.91357e+00
 0.00000e+00 0.00000e+00 0.00000e+00
LAYERLINE   3 NEAR................................................................................ 1.00000e+01    3   11
 3.12500e-02 1.85198e-02 2.63578e+02
 3.20312e-02 1.86078e-02 2.70889e+02
 3.28125e-02 1.86063e-02 2.78342e+02
 3.35938e-02 1.85114e-02 2.85943e+02
 3.43750e-02 1.83204e-02 2.93701e+02

-中略-

 5.93750e-02 1.79796e-02 3.19400e+02
 6.01562e-02 1.80080e-02 3.28315e+02
 6.09375e-02 1.78950e-02 3.37159e+02
 6.17188e-02 1.76400e-02 3.45945e+02
 6.25000e-02 1.72439e-02 3.54687e+02
 0.00000e+00 0.00000e+00 0.00000e+00


-2 のデータ
LAYERLINE   0 FAR ................................................................................ 4.00000e+01    1   15
 7.81250e-03 4.27632e-03 6.07429e+01
 8.59375e-03 4.54366e-03 5.14264e+01
 9.37500e-03 4.76728e-03 4.23648e+01
 1.01562e-02 4.94371e-03 3.34829e+01
 1.09375e-02 5.07039e-03 2.47222e+01
 1.17188e-02 5.14562e-03 1.60346e+01
 1.25000e-02 5.16855e-03 7.37801e+00
 1.32813e-02 5.13916e-03 3.58712e+02
 1.40625e-02 5.05822e-03 3.49997e+02
 1.48437e-02 4.92738e-03 3.41187e+02

-中略-

 3.51562e-02 4.39810e-03 8.37058e+00
 3.59375e-02 4.34286e-03 6.19610e-01
 3.67187e-02 4.24027e-03 3.52995e+02
 3.75000e-02 4.09173e-03 3.45481e+02
 3.82813e-02 3.89925e-03 3.38068e+02
 3.90625e-02 3.66543e-03 3.30750e+02
 0.00000e+00 0.00000e+00 0.00000e+00
LAYERLINE   1 FAR ................................................................................ 3.00000e+01    2    2
 1.56250e-02 2.49306e-02 1.39663e-01
 1.64062e-02 2.57017e-02 3.53969e+02
 1.71875e-02 2.62836e-02 3.47601e+02
 1.79687e-02 2.66632e-02 3.41043e+02
 1.87500e-02 2.68306e-02 3.34298e+02

-中略-

 4.37500e-02 1.52194e-02 3.14808e+02
 4.45312e-02 1.42945e-02 3.04495e+02
 4.53125e-02 1.32131e-02 2.93628e+02
 4.60938e-02 1.20105e-02 2.81950e+02
 4.68750e-02 1.07350e-02 2.69087e+02
 0.00000e+00 0.00000e+00 0.00000e+00
LAYERLINE   2 FAR ................................................................................ 2.00000e+01    2   30
 2.34375e-02 1.58475e-02 2.82280e+02
 2.42187e-02 1.60496e-02 2.76790e+02
 2.50000e-02 1.61500e-02 2.71070e+02
 2.57812e-02 1.61427e-02 2.65119e+02
 2.65625e-02 1.60238e-02 2.58933e+02

-中略-

 5.15625e-02 8.30352e-03 2.59903e+02
 5.23437e-02 7.43559e-03 2.49610e+02
 5.31250e-02 6.46842e-03 2.38266e+02
 5.39063e-02 5.43589e-03 2.25119e+02
 5.46875e-02 4.39760e-03 2.08723e+02
 0.00000e+00 0.00000e+00 0.00000e+00
LAYERLINE   3 FAR ................................................................................ 1.00000e+01    3   11
 3.12500e-02 2.01139e-02 3.48878e+02
 3.20312e-02 2.00614e-02 3.41063e+02
 3.28125e-02 1.98990e-02 3.33142e+02
 3.35938e-02 1.96252e-02 3.25106e+02
 3.43750e-02 1.92399e-02 3.16944e+02

-中略-

 5.93750e-02 1.62983e-02 2.87742e+02
 6.01562e-02 1.61019e-02 2.79858e+02
 6.09375e-02 1.57728e-02 2.72147e+02
 6.17188e-02 1.53151e-02 2.64624e+02
 6.25000e-02 1.47348e-02 2.57313e+02
 0.00000e+00 0.00000e+00 0.00000e+00