「llExtract」の版間の差分

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'''llExtract'''とは[[Eos]]の[[コマンド]]である。
+
'''llExtract'''とは[[mrcImage]]([[FFT]])データを[[LL]]データに変換する[[Eos]]の[[コマンド]]である。出力ファイルは[[llDataPrint]]
−
 
+
からグラフとして確認することが出来る。
  
 
== オプション一覧 ==
 
== オプション一覧 ==
行194: 行194:
 
<td><p align="left">(      512,      1146,          1)<br>  
 
<td><p align="left">(      512,      1146,          1)<br>  
 
mrcComplexFloatFT <br>  
 
mrcComplexFloatFT <br>  
−
(    2.500,      2.500,      0.000)<br>
+
(    2.000,      2.000,      0.000)<br>
−
1.11621e-05 (283, 584, 0)<br>
+
4.08519e-10 (257, 572, 0)<br>
−
0.0587469 (0, 0, 0)<br>
+
0.109661 (0, 0, 0)<br>
−
0.00712658<br>
+
0.00909953<br>
−
0.00508972<br>
+
0.00776913<br>
−
6.64457e-06<br></p>
+
1.01425e-05<br></p>
 
</td>
 
</td>
 
</tr>
 
</tr>
行210: 行210:
 
<pre>
 
<pre>
 
LLData
 
LLData
−
2.5 2.5
+
2 2
 
1 1
 
1 1
 
-iのファイル名
 
-iのファイル名
行222: 行222:
 
0
 
0
 
0
 
0
−
4
+
7
−
1280
+
1024
 
0
 
0
−
1 15 6.25 10.0 50.0 10.0 50.0 40.0
+
0 0 0 0 128 0 128 1
−
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+
-1 13 39 0 128 0 128 1
−
2 30 22.5 30.0 70.0 30.0 70.0 20.0
+
-2 26 78 0 128 0 128 1
−
3 11 26.25 40.0 80.0 40.0 80.0 10.0
+
4 4 12 0 128 0 128 1
 +
2 2 6 0 128 0 128 1
 +
1 15 45 0 128 0 128 1
 +
0 28 84 0 128 0 128 1
  
 
</pre>
 
</pre>
行235: 行238:
 
<div>-1 のデータ</div>
 
<div>-1 のデータ</div>
 
<pre>
 
<pre>
−
LAYERLINE  0 NEAR................................................................................ 4.00000e+01   1  15
+
LAYERLINE  0 NEAR................................................................................ 1.00000e+00   0    0
−
  7.81250e-03 4.75181e-03 3.45110e+00
+
  0.00000e+00 1.09661e-01 1.00179e-05
−
8.59375e-03 4.93187e-03 1.28935e+01
+
  9.76562e-04 1.07064e-01 1.80000e+02
−
  9.37500e-03 5.06885e-03 2.22849e+01
+
  1.95312e-03 9.94539e-02 1.79314e-06
−
  1.01562e-02 5.16248e-03 3.16742e+01
+
  2.92969e-03 8.73620e-02 1.80000e+02
−
1.09375e-02 5.21332e-03 4.11042e+01
+
  3.90625e-03 7.16275e-02 9.95900e-07
−
  1.17188e-02 5.22277e-03 5.06143e+01
+
−
1.25000e-02 5.19300e-03 6.02422e+01
+
−
  1.32813e-02 5.12698e-03 7.00254e+01
+
−
1.40625e-02 5.02840e-03 8.00021e+01
+
  
 
-中略-
 
-中略-
  
−
  3.59375e-02 1.42865e-03 7.60526e+01
+
  1.24023e-01 3.14948e-02 1.80000e+02
−
3.67187e-02 1.28697e-03 9.75779e+01
+
  1.25000e-01 3.65537e-02 1.46361e-06
−
3.75000e-02 1.22130e-03 1.21849e+02
+
−
  3.82813e-02 1.25465e-03 1.46886e+02
+
−
3.90625e-02 1.38519e-03 1.70028e+02
+
 
  0.00000e+00 0.00000e+00 0.00000e+00
 
  0.00000e+00 0.00000e+00 0.00000e+00
−
LAYERLINE  1 NEAR................................................................................ 3.00000e+01    2    2
+
LAYERLINE  1 NEAR................................................................................ 1.00000e+00  -1  13
−
  1.56250e-02 2.45618e-02 4.26320e-01
+
  0.00000e+00 3.75686e-04 7.96337e+01
−
  1.64062e-02 2.51792e-02 6.55033e+00
+
  9.76562e-04 1.62436e-02 8.60504e+01
−
  1.71875e-02 2.56040e-02 1.28444e+01
+
  1.95312e-03 3.17395e-02 2.65967e+02
−
  1.79687e-02 2.58259e-02 1.93007e+01
+
  2.92969e-03 4.50322e-02 8.59337e+01
−
  1.87500e-02 2.58380e-02 2.59156e+01
+
  3.90625e-03 5.52094e-02 2.65913e+02
  
 
-中略-
 
-中略-
  
−
  4.37500e-02 1.16819e-02 5.55012e+01
+
  1.24023e-01 2.05413e-02 2.58122e+02
−
  4.45312e-02 1.08921e-02 6.66763e+01
+
  1.25000e-01 1.28055e-02 7.55576e+01
−
4.53125e-02 1.00111e-02 7.87734e+01
+
−
4.60938e-02 9.08816e-03 9.21548e+01
+
−
4.68750e-02 8.19041e-03 1.07275e+02
+
 
  0.00000e+00 0.00000e+00 0.00000e+00
 
  0.00000e+00 0.00000e+00 0.00000e+00
−
LAYERLINE  2 NEAR................................................................................ 2.00000e+01    2  30
+
LAYERLINE  2 NEAR................................................................................ 1.00000e+00  -2  26
−
  2.34375e-02 2.19277e-02 3.06912e+02
+
  0.00000e+00 1.18971e-03 1.59267e+02
−
2.42187e-02 2.23369e-02 3.13087e+02
+
  9.76562e-04 1.99280e-03 3.47481e+02
−
  2.50000e-02 2.26138e-02 3.19446e+02
+
  1.95312e-03 5.18225e-03 1.71234e+02
−
  2.57812e-02 2.27523e-02 3.25992e+02
+
  2.92969e-03 1.04370e-02 3.51985e+02
−
  2.65625e-02 2.27487e-02 3.32729e+02
+
  
 
-中略-
 
-中略-
  
−
  5.15625e-02 1.22076e-02 3.22988e+02
+
  1.24023e-01 1.95372e-02 9.22948e+01
−
  5.23437e-02 1.15468e-02 3.32616e+02
+
  1.25000e-01 1.18086e-02 2.74364e+02
−
5.31250e-02 1.07697e-02 3.42527e+02
+
−
5.39063e-02 9.89288e-03 3.52883e+02
+
−
5.46875e-02 8.93828e-03 3.91357e+00
+
 
  0.00000e+00 0.00000e+00 0.00000e+00
 
  0.00000e+00 0.00000e+00 0.00000e+00
−
LAYERLINE  3 NEAR................................................................................ 1.00000e+01   3   11
+
LAYERLINE  6 NEAR................................................................................ 1.00000e+00   0   28
−
  3.12500e-02 1.85198e-02 2.63578e+02
+
  0.00000e+00 1.08425e-01 3.51518e+02
−
  3.20312e-02 1.86078e-02 2.70889e+02
+
  9.76562e-04 1.05630e-01 1.71514e+02
−
  3.28125e-02 1.86063e-02 2.78342e+02
+
  1.95312e-03 9.79113e-02 3.51501e+02
−
  3.35938e-02 1.85114e-02 2.85943e+02
+
  2.92969e-03 8.58195e-02 1.71474e+02
−
  3.43750e-02 1.83204e-02 2.93701e+02
+
  3.90625e-03 7.02058e-02 3.51426e+02
  
 
-中略-
 
-中略-
  
−
  5.93750e-02 1.79796e-02 3.19400e+02
+
  1.21094e-01 4.90601e-03 3.31901e+02
−
  6.01562e-02 1.80080e-02 3.28315e+02
+
  1.22070e-01 1.48039e-02 1.65108e+02
−
  6.09375e-02 1.78950e-02 3.37159e+02
+
  1.23047e-01 2.35342e-02 3.47500e+02
−
  6.17188e-02 1.76400e-02 3.45945e+02
+
  1.24023e-01 3.04654e-02 1.68448e+02
−
  6.25000e-02 1.72439e-02 3.54687e+02
+
  1.25000e-01 3.52233e-02 3.48922e+02
 
  0.00000e+00 0.00000e+00 0.00000e+00
 
  0.00000e+00 0.00000e+00 0.00000e+00
 
</pre>
 
</pre>
行304: 行293:
 
<div>-2 のデータ</div>
 
<div>-2 のデータ</div>
 
<pre>
 
<pre>
−
LAYERLINE  0 FAR ................................................................................ 4.00000e+01   1  15
+
LAYERLINE  0 FAR ................................................................................ 1.00000e+00   0    0
−
  7.81250e-03 4.27632e-03 6.07429e+01
+
  0.00000e+00 1.09661e-01 1.00179e-05
−
8.59375e-03 4.54366e-03 5.14264e+01
+
  9.76562e-04 1.07064e-01 1.80000e+02
−
  9.37500e-03 4.76728e-03 4.23648e+01
+
  1.95312e-03 9.94539e-02 1.00179e-05
−
1.01562e-02 4.94371e-03 3.34829e+01
+
  2.92969e-03 8.73620e-02 1.80000e+02
−
  1.09375e-02 5.07039e-03 2.47222e+01
+
  3.90625e-03 7.16275e-02 1.00179e-05
−
1.17188e-02 5.14562e-03 1.60346e+01
+
−
  1.25000e-02 5.16855e-03 7.37801e+00
+
−
1.32813e-02 5.13916e-03 3.58712e+02
+
−
  1.40625e-02 5.05822e-03 3.49997e+02
+
−
1.48437e-02 4.92738e-03 3.41187e+02
+
  
 
-中略-
 
-中略-
  
−
  3.51562e-02 4.39810e-03 8.37058e+00
+
  1.24023e-01 3.14948e-02 1.80000e+02
−
3.59375e-02 4.34286e-03 6.19610e-01
+
  1.25000e-01 3.65537e-02 1.00179e-05
−
3.67187e-02 4.24027e-03 3.52995e+02
+
−
  3.75000e-02 4.09173e-03 3.45481e+02
+
−
3.82813e-02 3.89925e-03 3.38068e+02
+
−
3.90625e-02 3.66543e-03 3.30750e+02
+
 
  0.00000e+00 0.00000e+00 0.00000e+00
 
  0.00000e+00 0.00000e+00 0.00000e+00
−
LAYERLINE  1 FAR ................................................................................ 3.00000e+01    2    2
+
LAYERLINE  1 FAR ................................................................................ 1.00000e+00  -1  13
−
  1.56250e-02 2.49306e-02 1.39663e-01
+
  0.00000e+00 3.75686e-04 7.96337e+01
−
  1.64062e-02 2.57017e-02 3.53969e+02
+
  9.76562e-04 1.69433e-02 2.65795e+02
−
  1.71875e-02 2.62836e-02 3.47601e+02
+
  1.95312e-03 3.23023e-02 8.58793e+01
−
  1.79687e-02 2.66632e-02 3.41043e+02
+
  2.92969e-03 4.53812e-02 2.65921e+02
−
  1.87500e-02 2.68306e-02 3.34298e+02
+
  3.90625e-03 5.52877e-02 8.59562e+01
  
 
-中略-
 
-中略-
  
−
  4.37500e-02 1.52194e-02 3.14808e+02
+
  1.24023e-01 1.96308e-02 7.94592e+01
−
4.45312e-02 1.42945e-02 3.04495e+02
+
  1.25000e-01 1.20422e-02 2.58008e+02
−
  4.53125e-02 1.32131e-02 2.93628e+02
+
−
4.60938e-02 1.20105e-02 2.81950e+02
+
−
4.68750e-02 1.07350e-02 2.69087e+02
+
 
  0.00000e+00 0.00000e+00 0.00000e+00
 
  0.00000e+00 0.00000e+00 0.00000e+00
−
LAYERLINE  2 FAR ................................................................................ 2.00000e+01    2  30
+
LAYERLINE  2 FAR ................................................................................ 1.00000e+00  -2  26
−
  2.34375e-02 1.58475e-02 2.82280e+02
+
  0.00000e+00 1.18971e-03 1.59267e+02
−
  2.42187e-02 1.60496e-02 2.76790e+02
+
  9.76562e-04 2.81470e-03 3.44267e+02
−
  2.50000e-02 1.61500e-02 2.71070e+02
+
  1.95312e-03 6.74610e-03 1.67762e+02
−
  2.57812e-02 1.61427e-02 2.65119e+02
+
  2.92969e-03 1.26281e-02 3.49222e+02
−
  2.65625e-02 1.60238e-02 2.58933e+02
+
  3.90625e-03 1.99091e-02 1.69957e+02
  
 
-中略-
 
-中略-
  
−
  5.15625e-02 8.30352e-03 2.59903e+02
+
  1.24023e-01 2.05949e-02 2.73907e+02
−
5.23437e-02 7.43559e-03 2.49610e+02
+
  1.25000e-01 1.27080e-02 9.73726e+01
−
  5.31250e-02 6.46842e-03 2.38266e+02
+
−
5.39063e-02 5.43589e-03 2.25119e+02
+
−
5.46875e-02 4.39760e-03 2.08723e+02
+
 
  0.00000e+00 0.00000e+00 0.00000e+00
 
  0.00000e+00 0.00000e+00 0.00000e+00
−
LAYERLINE  3 FAR ................................................................................ 1.00000e+01   3   11
+
LAYERLINE  6 FAR ................................................................................ 1.00000e+00   0   28
−
  3.12500e-02 2.01139e-02 3.48878e+02
+
  0.00000e+00 1.08425e-01 3.51518e+02
−
  3.20312e-02 2.00614e-02 3.41063e+02
+
  9.76562e-04 1.06086e-01 1.71513e+02
−
  3.28125e-02 1.98990e-02 3.33142e+02
+
  1.95312e-03 9.87625e-02 3.51498e+02
−
  3.35938e-02 1.96252e-02 3.25106e+02
+
  2.92969e-03 8.69524e-02 1.71471e+02
−
  3.43750e-02 1.92399e-02 3.16944e+02
+
  3.90625e-03 7.14630e-02 3.51423e+02
  
 
-中略-
 
-中略-
  
−
  5.93750e-02 1.62983e-02 2.87742e+02
+
  1.21094e-01 4.92116e-03 3.30712e+02
−
  6.01562e-02 1.61019e-02 2.79858e+02
+
  1.22070e-01 1.54478e-02 1.64955e+02
−
  6.09375e-02 1.57728e-02 2.72147e+02
+
  1.23047e-01 2.48239e-02 3.47448e+02
−
  6.17188e-02 1.53151e-02 2.64624e+02
+
  1.24023e-01 3.23489e-02 1.68448e+02
−
  6.25000e-02 1.47348e-02 2.57313e+02
+
  1.25000e-01 3.76040e-02 3.48967e+02
 
  0.00000e+00 0.00000e+00 0.00000e+00
 
  0.00000e+00 0.00000e+00 0.00000e+00
 
</pre>
 
</pre>
 
<br>
 
<br>

2014年2月27日 (木) 01:57時点における版

llExtractとはmrcImage(FFT)データをLLデータに変換するEosのコマンドである。出力ファイルはllDataPrint からグラフとして確認することが出来る。

オプション一覧

メインオプション

オプション 必須項目/選択項目 説明 デフォルト
-t 選択 タイトル: ASCII[80] NULL
-s 選択 Step[A]: (xStep, yStep) (1.0, 1.0)
-M 選択 Max[GridUnit]: (MaxX, MaxY) (1.0, 1.0)
-i 選択 入力ファイル: mrcImage(FFT) NULL
-1 選択 出力ファイル: NearSide: [llData] NULL
-2 選択 出力ファイル: FarSide: [llData] NULL
-R 選択 回転角度: [Degree] 0.0
-O 選択 Omega: [Degree] 0.0
-S 選択 Shear: [Degree] 0.0
-I 選択 ievery 0
-axl 選択 axl 0.0
-ayl 選択 ayl 0.0
-x 選択 xShift: [GridUnit] 0.0
-l 選択 llMax 0
-d 選択 delRInv: [A] 0.0
-f 選択 flagOutputInfo
-L 選択 可変入力: LayerLineInfo: (n, l, Y, leftMin, leftMax, rightMin, rightMax, weight) ... (0, 0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 1.0)
-c 選択 コンフィグファイル設定: ASCII NULL
-m 選択 モードを設定 0
-h 選択 ヘルプを表示 　
-s: (Lengthx, Lengthy) に設定する必要がある
-d: Nx * Lengthx に設定する必要がある


モードの詳細

モード 説明
0


コンフィグファイルのフォーマット

タイトル
xStep  yStep
MaxX  MaxY
入力ファイル名
出力ファイル名(NearSide)
出力ファイル名(FarSide)
回転角度
Omega
Share
ievery
axl
ayl
xShift
llMax
delRInv
flagOutputInfo
n0  l0  Y0  leftMin0  leftMax0  rightMin0  rightMax0  weight0
n1  l1  Y1  leftMin1  leftMax1  rightMin1  rightMax1  weight1
.
.
入力されたオプションがある設定は読み込まないが、各設定値の行の省略は不可


実行例

入力ファイルの画像

1ATOMFil-FFT.png
mrcFFTExpression(m=1)にて表示

サイズ

モード
Length
最小
最大
平均値
標準偏差

標準誤差

( 512, 1146, 1)

mrcComplexFloatFT
( 2.000, 2.000, 0.000)
4.08519e-10 (257, 572, 0)
0.109661 (0, 0, 0)
0.00909953
0.00776913

1.01425e-05


オプション　-c

コンフィグファイル1

以下のデータで実行
LLData
2 2
1 1
-iのファイル名
-1のファイル名
-2のファイル名
0
0
0
0
0
0
0
7
1024
0
0 0 0 0 128 0 128 1
-1 13 39 0 128 0 128 1
-2 26 78 0 128 0 128 1
4 4 12 0 128 0 128 1
2 2 6 0 128 0 128 1
1 15 45 0 128 0 128 1
0 28 84 0 128 0 128 1


-1 のデータ
LAYERLINE   0 NEAR................................................................................ 1.00000e+00    0    0
 0.00000e+00 1.09661e-01 1.00179e-05
 9.76562e-04 1.07064e-01 1.80000e+02
 1.95312e-03 9.94539e-02 1.79314e-06
 2.92969e-03 8.73620e-02 1.80000e+02
 3.90625e-03 7.16275e-02 9.95900e-07

-中略-

 1.24023e-01 3.14948e-02 1.80000e+02
 1.25000e-01 3.65537e-02 1.46361e-06
 0.00000e+00 0.00000e+00 0.00000e+00
LAYERLINE   1 NEAR................................................................................ 1.00000e+00   -1   13
 0.00000e+00 3.75686e-04 7.96337e+01
 9.76562e-04 1.62436e-02 8.60504e+01
 1.95312e-03 3.17395e-02 2.65967e+02
 2.92969e-03 4.50322e-02 8.59337e+01
 3.90625e-03 5.52094e-02 2.65913e+02

-中略-

 1.24023e-01 2.05413e-02 2.58122e+02
 1.25000e-01 1.28055e-02 7.55576e+01
 0.00000e+00 0.00000e+00 0.00000e+00
LAYERLINE   2 NEAR................................................................................ 1.00000e+00   -2   26
 0.00000e+00 1.18971e-03 1.59267e+02
 9.76562e-04 1.99280e-03 3.47481e+02
 1.95312e-03 5.18225e-03 1.71234e+02
 2.92969e-03 1.04370e-02 3.51985e+02

-中略-

 1.24023e-01 1.95372e-02 9.22948e+01
 1.25000e-01 1.18086e-02 2.74364e+02
 0.00000e+00 0.00000e+00 0.00000e+00
LAYERLINE   6 NEAR................................................................................ 1.00000e+00    0   28
 0.00000e+00 1.08425e-01 3.51518e+02
 9.76562e-04 1.05630e-01 1.71514e+02
 1.95312e-03 9.79113e-02 3.51501e+02
 2.92969e-03 8.58195e-02 1.71474e+02
 3.90625e-03 7.02058e-02 3.51426e+02

-中略-

 1.21094e-01 4.90601e-03 3.31901e+02
 1.22070e-01 1.48039e-02 1.65108e+02
 1.23047e-01 2.35342e-02 3.47500e+02
 1.24023e-01 3.04654e-02 1.68448e+02
 1.25000e-01 3.52233e-02 3.48922e+02
 0.00000e+00 0.00000e+00 0.00000e+00


-2 のデータ
LAYERLINE   0 FAR ................................................................................ 1.00000e+00    0    0
 0.00000e+00 1.09661e-01 1.00179e-05
 9.76562e-04 1.07064e-01 1.80000e+02
 1.95312e-03 9.94539e-02 1.00179e-05
 2.92969e-03 8.73620e-02 1.80000e+02
 3.90625e-03 7.16275e-02 1.00179e-05

-中略-

 1.24023e-01 3.14948e-02 1.80000e+02
 1.25000e-01 3.65537e-02 1.00179e-05
 0.00000e+00 0.00000e+00 0.00000e+00
LAYERLINE   1 FAR ................................................................................ 1.00000e+00   -1   13
 0.00000e+00 3.75686e-04 7.96337e+01
 9.76562e-04 1.69433e-02 2.65795e+02
 1.95312e-03 3.23023e-02 8.58793e+01
 2.92969e-03 4.53812e-02 2.65921e+02
 3.90625e-03 5.52877e-02 8.59562e+01

-中略-

 1.24023e-01 1.96308e-02 7.94592e+01
 1.25000e-01 1.20422e-02 2.58008e+02
 0.00000e+00 0.00000e+00 0.00000e+00
LAYERLINE   2 FAR ................................................................................ 1.00000e+00   -2   26
 0.00000e+00 1.18971e-03 1.59267e+02
 9.76562e-04 2.81470e-03 3.44267e+02
 1.95312e-03 6.74610e-03 1.67762e+02
 2.92969e-03 1.26281e-02 3.49222e+02
 3.90625e-03 1.99091e-02 1.69957e+02

-中略-

 1.24023e-01 2.05949e-02 2.73907e+02
 1.25000e-01 1.27080e-02 9.73726e+01
 0.00000e+00 0.00000e+00 0.00000e+00
LAYERLINE   6 FAR ................................................................................ 1.00000e+00    0   28
 0.00000e+00 1.08425e-01 3.51518e+02
 9.76562e-04 1.06086e-01 1.71513e+02
 1.95312e-03 9.87625e-02 3.51498e+02
 2.92969e-03 8.69524e-02 1.71471e+02
 3.90625e-03 7.14630e-02 3.51423e+02

-中略-

 1.21094e-01 4.92116e-03 3.30712e+02
 1.22070e-01 1.54478e-02 1.64955e+02
 1.23047e-01 2.48239e-02 3.47448e+02
 1.24023e-01 3.23489e-02 1.68448e+02
 1.25000e-01 3.76040e-02 3.48967e+02
 0.00000e+00 0.00000e+00 0.00000e+00



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