「llExtract」の版間の差分

提供: Eospedia
移動: 案内検索
行173: 行173:
  
 
</pre>
 
</pre>
 +
<div>[[llExtractCtrlFileCreate]]にて作成することが出来る。</div>
 
<div>入力されたオプションがある設定は読み込まないが、各設定値の行の省略は不可</div>
 
<div>入力されたオプションがある設定は読み込まないが、各設定値の行の省略は不可</div>
 
<br>
 
<br>
行206: 行207:
  
 
===オプション -c===
 
===オプション -c===
====コンフィグファイル1====
+
====[[Media:Input-LLConf.txt|コンフィグファイル1]]====
 
<div>以下のデータで実行</div>
 
<div>以下のデータで実行</div>
 
<pre>
 
<pre>
LLData
+
llData
 
2 2
 
2 2
1 1
+
255 572
-iのファイル名
+
In
-1のファイル名
+
Nea
-2のファイル名
+
Far
 +
0.0
 +
0.0
 +
0.0
 
0
 
0
 +
0.0
 +
0.0
 +
256
 +
12
 
1024
 
1024
 
0
 
0
0 0 0 0 128 0 128 1
+
    0     0     0 0 255 0 255 0.5
-1 13 39 0 128 0 128 1
+
    2      2    72 0 255 0 255 1.0
-2 26 78 0 128 0 128 1
+
    4      4    144 0 255 0 255 1.0
4 4 12 0 128 0 128 1
+
    -3    11    -66 0 255 0 255 1.0
2 2 6 0 128 0 128 1
+
    -1    13     6 0 255 0 255 1.0
1 15 45 0 128 0 128 1
+
    1    15    78 0 255 0 255 1.0
0 28 84 0 128 0 128 1
+
    3    17    150 0 255 0 255 1.0
 +
    -4    24    -60 0 255 0 255 1.0
 +
    -2    26    12 0 255 0 255 1.0
 +
    0     28     84 0 255 0 255 1.0
 +
    2    30    156 0 255 0 255 1.0
 +
    4    32    228 0 255 0 255 1.0
  
 
</pre>
 
</pre>
行238: 行244:
 
<div>-1 のデータ</div>
 
<div>-1 のデータ</div>
 
<pre>
 
<pre>
LAYERLINE  0 NEAR................................................................................ 1.00000e+00   0    0
+
LAYERLINE  0 NEAR................................................................................ 5.00000e-01   0    0
 
  0.00000e+00 1.09661e-01 1.00179e-05
 
  0.00000e+00 1.09661e-01 1.00179e-05
  9.76562e-04 1.07064e-01 1.80000e+02
+
  9.76562e-04 1.07064e-01 1.66569e-07
 
  1.95312e-03 9.94539e-02 1.79314e-06
 
  1.95312e-03 9.94539e-02 1.79314e-06
  2.92969e-03 8.73620e-02 1.80000e+02
+
  2.92969e-03 8.73620e-02 1.63306e-06
 
  3.90625e-03 7.16275e-02 9.95900e-07
 
  3.90625e-03 7.16275e-02 9.95900e-07
  
 
-中略-
 
-中略-
  
  1.24023e-01 3.14948e-02 1.80000e+02
+
  2.48047e-01 2.45430e-02 1.00179e-05
  1.25000e-01 3.65537e-02 1.46361e-06
+
  2.49023e-01 2.57134e-02 1.00179e-05
 
  0.00000e+00 0.00000e+00 0.00000e+00
 
  0.00000e+00 0.00000e+00 0.00000e+00
LAYERLINE  1 NEAR................................................................................ 1.00000e+00   -1  13
+
LAYERLINE  1 NEAR................................................................................ 1.00000e+00   2    2
  0.00000e+00 3.75686e-04 7.96337e+01
+
  0.00000e+00 2.36747e-04 3.27016e+02
  9.76562e-04 1.62436e-02 8.60504e+01
+
  9.76562e-04 2.19473e-05 3.21478e+02
  1.95312e-03 3.17395e-02 2.65967e+02
+
  1.95312e-03 9.17815e-05 1.00204e+02
  2.92969e-03 4.50322e-02 8.59337e+01
+
  2.92969e-03 2.42726e-04 4.08337e+01
  3.90625e-03 5.52094e-02 2.65913e+02
+
  3.90625e-03 7.48780e-04 1.25217e+01
  
 
-中略-
 
-中略-
  
  1.24023e-01 2.05413e-02 2.58122e+02
+
  2.48047e-01 5.52613e-03 7.64794e+01
  1.25000e-01 1.28055e-02 7.55576e+01
+
  2.49023e-01 6.03607e-03 8.58422e+01
 
  0.00000e+00 0.00000e+00 0.00000e+00
 
  0.00000e+00 0.00000e+00 0.00000e+00
LAYERLINE  2 NEAR................................................................................ 1.00000e+00   -2  26
+
LAYERLINE  2 NEAR................................................................................ 1.00000e+00   4    4
  0.00000e+00 1.18971e-03 1.59267e+02
+
  0.00000e+00 1.56065e-03 2.94032e+02
  9.76562e-04 1.99280e-03 3.47481e+02
+
  9.76562e-04 1.02912e-03 2.90051e+02
  1.95312e-03 5.18225e-03 1.71234e+02
+
  1.95312e-03 7.23528e-04 2.77422e+02
  2.92969e-03 1.04370e-02 3.51985e+02
+
  2.92969e-03 6.94803e-04 2.59534e+02
 +
3.90625e-03 8.97704e-04 2.50892e+02
  
 
-中略-
 
-中略-
  
1.24023e-01 1.95372e-02 9.22948e+01
+
LAYERLINE  3 NEAR................................................................................ 1.00000e+00  -3   11
1.25000e-01 1.18086e-02 2.74364e+02
+
0.00000e+00 0.00000e+00 0.00000e+00
+
LAYERLINE  6 NEAR................................................................................ 1.00000e+00    28
+
0.00000e+00 1.08425e-01 3.51518e+02
+
9.76562e-04 1.05630e-01 1.71514e+02
+
1.95312e-03 9.79113e-02 3.51501e+02
+
2.92969e-03 8.58195e-02 1.71474e+02
+
3.90625e-03 7.02058e-02 3.51426e+02
+
  
 
-中略-
 
-中略-
  
  1.21094e-01 4.90601e-03 3.31901e+02
+
LAYERLINE 11 NEAR................................................................................ 1.00000e+00    4  32
  1.22070e-01 1.48039e-02 1.65108e+02
+
 
  1.23047e-01 2.35342e-02 3.47500e+02
+
-中略-
  1.24023e-01 3.04654e-02 1.68448e+02
+
 
  1.25000e-01 3.52233e-02 3.48922e+02
+
2.45117e-01 2.10039e-02 3.42847e+02
 +
  2.46094e-01 2.36644e-02 3.43764e+02
 +
  2.47070e-01 2.59560e-02 3.44583e+02
 +
  2.48047e-01 2.78412e-02 3.45314e+02
 +
  2.49023e-01 2.92789e-02 3.45958e+02
 
  0.00000e+00 0.00000e+00 0.00000e+00
 
  0.00000e+00 0.00000e+00 0.00000e+00
 
</pre>
 
</pre>
行293: 行296:
 
<div>-2 のデータ</div>
 
<div>-2 のデータ</div>
 
<pre>
 
<pre>
LAYERLINE  0 FAR ................................................................................ 1.00000e+00   0    0
+
LAYERLINE  0 FAR ................................................................................ 5.00000e-01   0    0
 
  0.00000e+00 1.09661e-01 1.00179e-05
 
  0.00000e+00 1.09661e-01 1.00179e-05
  9.76562e-04 1.07064e-01 1.80000e+02
+
  9.76562e-04 1.07064e-01 1.00179e-05
 
  1.95312e-03 9.94539e-02 1.00179e-05
 
  1.95312e-03 9.94539e-02 1.00179e-05
  2.92969e-03 8.73620e-02 1.80000e+02
+
  2.92969e-03 8.73620e-02 1.00179e-05
 
  3.90625e-03 7.16275e-02 1.00179e-05
 
  3.90625e-03 7.16275e-02 1.00179e-05
  
 
-中略-
 
-中略-
  
  1.24023e-01 3.14948e-02 1.80000e+02
+
  2.48047e-01 2.45430e-02 5.44967e-07
  1.25000e-01 3.65537e-02 1.00179e-05
+
  2.49023e-01 2.57134e-02 8.66931e-07
 
  0.00000e+00 0.00000e+00 0.00000e+00
 
  0.00000e+00 0.00000e+00 0.00000e+00
LAYERLINE  1 FAR ................................................................................ 1.00000e+00   -1  13
+
LAYERLINE  1 FAR ................................................................................ 1.00000e+00   2    2
  0.00000e+00 3.75686e-04 7.96337e+01
+
  0.00000e+00 2.36747e-04 3.27016e+02
  9.76562e-04 1.69433e-02 2.65795e+02
+
  9.76562e-04 5.38817e-04 3.33733e+02
  1.95312e-03 3.23023e-02 8.58793e+01
+
  1.95312e-03 9.34154e-04 3.39000e+02
  2.92969e-03 4.53812e-02 2.65921e+02
+
  2.92969e-03 1.47219e-03 3.43420e+02
  3.90625e-03 5.52877e-02 8.59562e+01
+
  3.90625e-03 2.23950e-03 3.46949e+02
  
 
-中略-
 
-中略-
  
  1.24023e-01 1.96308e-02 7.94592e+01
+
  2.48047e-01 6.32650e-03 7.40293e+01
  1.25000e-01 1.20422e-02 2.58008e+02
+
  2.49023e-01 6.41878e-03 8.40146e+01
 
  0.00000e+00 0.00000e+00 0.00000e+00
 
  0.00000e+00 0.00000e+00 0.00000e+00
LAYERLINE  2 FAR ................................................................................ 1.00000e+00   -2  26
+
LAYERLINE  2 FAR ................................................................................ 1.00000e+00   4    4
  0.00000e+00 1.18971e-03 1.59267e+02
+
  0.00000e+00 1.56065e-03 2.94032e+02
  9.76562e-04 2.81470e-03 3.44267e+02
+
  9.76562e-04 2.26294e-03 2.94056e+02
  1.95312e-03 6.74610e-03 1.67762e+02
+
  1.95312e-03 3.08391e-03 2.92763e+02
  2.92969e-03 1.26281e-02 3.49222e+02
+
  2.92969e-03 3.96259e-03 2.91127e+02
  3.90625e-03 1.99091e-02 1.69957e+02
+
  3.90625e-03 4.82953e-03 2.89482e+02
  
 
-中略-
 
-中略-
  
1.24023e-01 2.05949e-02 2.73907e+02
+
LAYERLINE  3 FAR ................................................................................ 1.00000e+00  -3  11
1.25000e-01 1.27080e-02 9.73726e+01
+
 
0.00000e+00 0.00000e+00 0.00000e+00
+
-中略-
LAYERLINE  6 FAR ................................................................................ 1.00000e+00    28
+
 
  0.00000e+00 1.08425e-01 3.51518e+02
+
LAYERLINE 11 FAR ................................................................................ 1.00000e+00    4  32
9.76562e-04 1.06086e-01 1.71513e+02
+
1.95312e-03 9.87625e-02 3.51498e+02
+
2.92969e-03 8.69524e-02 1.71471e+02
+
3.90625e-03 7.14630e-02 3.51423e+02
+
  
 
-中略-
 
-中略-
  
  1.21094e-01 4.92116e-03 3.30712e+02
+
  2.45117e-01 2.58909e-02 3.47760e+02
  1.22070e-01 1.54478e-02 1.64955e+02
+
  2.46094e-01 2.80857e-02 3.47725e+02
  1.23047e-01 2.48239e-02 3.47448e+02
+
  2.47070e-01 2.95940e-02 3.47578e+02
  1.24023e-01 3.23489e-02 1.68448e+02
+
  2.48047e-01 3.04287e-02 3.47325e+02
  1.25000e-01 3.76040e-02 3.48967e+02
+
  2.49023e-01 3.06231e-02 3.46968e+02
 
  0.00000e+00 0.00000e+00 0.00000e+00
 
  0.00000e+00 0.00000e+00 0.00000e+00
 
</pre>
 
</pre>
 
<br>
 
<br>

2014年2月27日 (木) 06:25時点における版

llExtractとはmrcImage(FFT)データをLLデータに変換するEosコマンドである。出力ファイルはllDataPrint からグラフとして確認することが出来る。

オプション一覧

メインオプション

オプション 必須項目/選択項目 説明 デフォルト
-t 選択 タイトル: ASCII[80] NULL
-s 選択 Step[A]: (xStep, yStep) (1.0, 1.0)
-M 選択 Max[GridUnit]: (MaxX, MaxY) (1.0, 1.0)
-i 選択 入力ファイル: mrcImage(FFT) NULL
-1 選択 出力ファイル: NearSide: [llData] NULL
-2 選択 出力ファイル: FarSide: [llData] NULL
-R 選択 回転角度: [Degree] 0.0
-O 選択 Omega: [Degree] 0.0
-S 選択 Shear: [Degree] 0.0
-I 選択 ievery 0
-axl 選択 axl 0.0
-ayl 選択 ayl 0.0
-x 選択 xShift: [GridUnit] 0.0
-l 選択 llMax 0
-d 選択 delRInv: [A] 0.0
-f 選択 flagOutputInfo
-L 選択 可変入力: LayerLineInfo: (n, l, Y, leftMin, leftMax, rightMin, rightMax, weight) ... (0, 0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 1.0)
-c 選択 コンフィグファイル設定: ASCII NULL
-m 選択 モードを設定 0
-h 選択 ヘルプを表示  
-s: (Lengthx, Lengthy) に設定する必要がある
-d: Nx * Lengthx に設定する必要がある


モードの詳細

モード 説明
0


コンフィグファイルのフォーマット

タイトル
xStep  yStep
MaxX  MaxY
入力ファイル名
出力ファイル名(NearSide)
出力ファイル名(FarSide)
回転角度
Omega
Share
ievery
axl
ayl
xShift
llMax
delRInv
flagOutputInfo
n0  l0  Y0  leftMin0  leftMax0  rightMin0  rightMax0  weight0
n1  l1  Y1  leftMin1  leftMax1  rightMin1  rightMax1  weight1
.
.

llExtractCtrlFileCreateにて作成することが出来る。
入力されたオプションがある設定は読み込まないが、各設定値の行の省略は不可


実行例

入力ファイルの画像

1ATOMFil-FFT.png
mrcFFTExpression(m=1)にて表示

サイズ

モード
Length
最小
最大
平均値
標準偏差

標準誤差

( 512, 1146, 1)

mrcComplexFloatFT
( 2.000, 2.000, 0.000)
4.08519e-10 (257, 572, 0)
0.109661 (0, 0, 0)
0.00909953
0.00776913

1.01425e-05


オプション -c

コンフィグファイル1

以下のデータで実行
llData
2 2
255 572
In
Nea
Far
0.0
0.0
0.0
0
0.0
0.0
256
12
1024
0
     0      0      0 0 255 0 255 0.5
     2      2     72 0 255 0 255 1.0
     4      4    144 0 255 0 255 1.0
    -3     11    -66 0 255 0 255 1.0
    -1     13      6 0 255 0 255 1.0
     1     15     78 0 255 0 255 1.0
     3     17    150 0 255 0 255 1.0
    -4     24    -60 0 255 0 255 1.0
    -2     26     12 0 255 0 255 1.0
     0     28     84 0 255 0 255 1.0
     2     30    156 0 255 0 255 1.0
     4     32    228 0 255 0 255 1.0


-1 のデータ
LAYERLINE   0 NEAR................................................................................ 5.00000e-01    0    0
 0.00000e+00 1.09661e-01 1.00179e-05
 9.76562e-04 1.07064e-01 1.66569e-07
 1.95312e-03 9.94539e-02 1.79314e-06
 2.92969e-03 8.73620e-02 1.63306e-06
 3.90625e-03 7.16275e-02 9.95900e-07

-中略-

 2.48047e-01 2.45430e-02 1.00179e-05
 2.49023e-01 2.57134e-02 1.00179e-05
 0.00000e+00 0.00000e+00 0.00000e+00
LAYERLINE   1 NEAR................................................................................ 1.00000e+00    2    2
 0.00000e+00 2.36747e-04 3.27016e+02
 9.76562e-04 2.19473e-05 3.21478e+02
 1.95312e-03 9.17815e-05 1.00204e+02
 2.92969e-03 2.42726e-04 4.08337e+01
 3.90625e-03 7.48780e-04 1.25217e+01

-中略-

 2.48047e-01 5.52613e-03 7.64794e+01
 2.49023e-01 6.03607e-03 8.58422e+01
 0.00000e+00 0.00000e+00 0.00000e+00
LAYERLINE   2 NEAR................................................................................ 1.00000e+00    4    4
 0.00000e+00 1.56065e-03 2.94032e+02
 9.76562e-04 1.02912e-03 2.90051e+02
 1.95312e-03 7.23528e-04 2.77422e+02
 2.92969e-03 6.94803e-04 2.59534e+02
 3.90625e-03 8.97704e-04 2.50892e+02

-中略-

LAYERLINE   3 NEAR................................................................................ 1.00000e+00   -3   11

-中略-

LAYERLINE  11 NEAR................................................................................ 1.00000e+00    4   32

-中略-

 2.45117e-01 2.10039e-02 3.42847e+02
 2.46094e-01 2.36644e-02 3.43764e+02
 2.47070e-01 2.59560e-02 3.44583e+02
 2.48047e-01 2.78412e-02 3.45314e+02
 2.49023e-01 2.92789e-02 3.45958e+02
 0.00000e+00 0.00000e+00 0.00000e+00


-2 のデータ
LAYERLINE   0 FAR ................................................................................ 5.00000e-01    0    0
 0.00000e+00 1.09661e-01 1.00179e-05
 9.76562e-04 1.07064e-01 1.00179e-05
 1.95312e-03 9.94539e-02 1.00179e-05
 2.92969e-03 8.73620e-02 1.00179e-05
 3.90625e-03 7.16275e-02 1.00179e-05

-中略-

 2.48047e-01 2.45430e-02 5.44967e-07
 2.49023e-01 2.57134e-02 8.66931e-07
 0.00000e+00 0.00000e+00 0.00000e+00
LAYERLINE   1 FAR ................................................................................ 1.00000e+00    2    2
 0.00000e+00 2.36747e-04 3.27016e+02
 9.76562e-04 5.38817e-04 3.33733e+02
 1.95312e-03 9.34154e-04 3.39000e+02
 2.92969e-03 1.47219e-03 3.43420e+02
 3.90625e-03 2.23950e-03 3.46949e+02

-中略-

 2.48047e-01 6.32650e-03 7.40293e+01
 2.49023e-01 6.41878e-03 8.40146e+01
 0.00000e+00 0.00000e+00 0.00000e+00
LAYERLINE   2 FAR ................................................................................ 1.00000e+00    4    4
 0.00000e+00 1.56065e-03 2.94032e+02
 9.76562e-04 2.26294e-03 2.94056e+02
 1.95312e-03 3.08391e-03 2.92763e+02
 2.92969e-03 3.96259e-03 2.91127e+02
 3.90625e-03 4.82953e-03 2.89482e+02

-中略-

LAYERLINE   3 FAR ................................................................................ 1.00000e+00   -3   11

-中略-

LAYERLINE  11 FAR ................................................................................ 1.00000e+00    4   32

-中略-

 2.45117e-01 2.58909e-02 3.47760e+02
 2.46094e-01 2.80857e-02 3.47725e+02
 2.47070e-01 2.95940e-02 3.47578e+02
 2.48047e-01 3.04287e-02 3.47325e+02
 2.49023e-01 3.06231e-02 3.46968e+02
 0.00000e+00 0.00000e+00 0.00000e+00