「llExtractCtrlFileCreate」の版間の差分
提供: Eospedia
行14: | 行14: | ||
<td>-i</td> | <td>-i</td> | ||
<td>必須</td> | <td>必須</td> | ||
− | <td>入力ファイル: [[mrcImage]]</td> | + | <td>入力ファイル: [[mrcImage]](FFT)</td> |
<td>NULL</td> | <td>NULL</td> | ||
</tr> | </tr> | ||
行20: | 行20: | ||
<td>-o</td> | <td>-o</td> | ||
<td>必須</td> | <td>必須</td> | ||
− | <td>出力ファイル: [ | + | <td>出力ファイル: [[ASCII]]</td> |
<td>stdout</td> | <td>stdout</td> | ||
</tr> | </tr> | ||
行152: | 行152: | ||
</tr> | </tr> | ||
</table> | </table> | ||
+ | <br> | ||
===モードの詳細=== | ===モードの詳細=== | ||
行168: | 行169: | ||
</tr> | </tr> | ||
</table> | </table> | ||
+ | <br> | ||
== 実行例 == | == 実行例 == | ||
+ | ===[[:Media:1ATOMFil.fft|入力ファイル]]の画像=== | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td><p align="Center">[[画像:1ATOMFil-FFT.png]]<br> | ||
+ | [[mrcFFTExpression]](m=1)にて表示<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">サイズ<br> | ||
+ | モード<br> | ||
+ | Length<br> | ||
+ | 最小<br> | ||
+ | 最大<br> | ||
+ | 平均値<br> | ||
+ | 標準偏差<br> | ||
+ | 標準誤差<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">( 512, 1146, 1)<br> | ||
+ | mrcComplexFloatFT <br> | ||
+ | ( 2.000, 2.000, 0.000)<br> | ||
+ | 4.08519e-10 (257, 572, 0)<br> | ||
+ | 0.109661 (0, 0, 0)<br> | ||
+ | 0.00909953<br> | ||
+ | 0.00776913<br> | ||
+ | 1.01425e-05<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | <br> | ||
+ | |||
+ | ===オプション必須項目のみの場合=== | ||
+ | <div>出力結果</div> | ||
+ | <pre> | ||
+ | nlMax: 43 nnMax: 159 | ||
+ | </pre> | ||
+ | <br> | ||
+ | |||
+ | <div>出力ファイル</div> | ||
+ | <pre> | ||
+ | llData | ||
+ | 2 2 | ||
+ | 255 572 | ||
+ | In | ||
+ | Nea | ||
+ | Far | ||
+ | 0.0 | ||
+ | 0.0 | ||
+ | 0.0 | ||
+ | 0 | ||
+ | 0.0 | ||
+ | 0.0 | ||
+ | 256 | ||
+ | 1055 | ||
+ | 1024 | ||
+ | 0 | ||
+ | 0 0 0 0 255 0 255 0.5 | ||
+ | 13 0 0 0 255 0 255 0.5 | ||
+ | -13 0 0 0 255 0 255 0.5 | ||
+ | 26 0 0 0 255 0 255 0.5 | ||
+ | -26 0 0 0 255 0 255 0.5 | ||
+ | |||
+ | -中略- | ||
+ | |||
+ | 156 0 0 0 255 0 255 0.5 | ||
+ | -156 0 0 0 255 0 255 0.5 | ||
+ | 2 1 6 0 255 0 255 1.0 | ||
+ | -11 1 6 0 255 0 255 1.0 | ||
+ | 15 1 6 0 255 0 255 1.0 | ||
+ | -24 1 6 0 255 0 255 1.0 | ||
+ | 28 1 6 0 255 0 255 1.0 | ||
+ | -37 1 6 0 255 0 255 1.0 | ||
+ | 41 1 6 0 255 0 255 1.0 | ||
+ | -50 1 6 0 255 0 255 1.0 | ||
+ | |||
+ | -中略- | ||
+ | |||
+ | 97 42 252 0 255 0 255 1.0 | ||
+ | -98 42 252 0 255 0 255 1.0 | ||
+ | 110 42 252 0 255 0 255 1.0 | ||
+ | -111 42 252 0 255 0 255 1.0 | ||
+ | 123 42 252 0 255 0 255 1.0 | ||
+ | -124 42 252 0 255 0 255 1.0 | ||
+ | 136 42 252 0 255 0 255 1.0 | ||
+ | -137 42 252 0 255 0 255 1.0 | ||
+ | 149 42 252 0 255 0 255 1.0 | ||
+ | -150 42 252 0 255 0 255 1.0 | ||
+ | |||
+ | </pre> | ||
+ | <br> | ||
+ | |||
+ | ===オプション -t, -u=== | ||
+ | ====t=-13, u=28で実行==== | ||
+ | <div>出力ファイル</div> | ||
+ | <pre> | ||
+ | llData | ||
+ | 2 2 | ||
+ | 255 572 | ||
+ | In | ||
+ | Nea | ||
+ | Far | ||
+ | 0.0 | ||
+ | 0.0 | ||
+ | 0.0 | ||
+ | 0 | ||
+ | 0.0 | ||
+ | 0.0 | ||
+ | 256 | ||
+ | 490 | ||
+ | 1024 | ||
+ | 0 | ||
+ | 0 0 0 0 255 0 255 0.5 | ||
+ | 28 0 6 0 255 0 255 1.0 | ||
+ | -28 0 -6 0 255 0 255 1.0 | ||
+ | 56 0 12 0 255 0 255 1.0 | ||
+ | -56 0 -12 0 255 0 255 1.0 | ||
+ | 84 0 18 0 255 0 255 1.0 | ||
+ | -84 0 -18 0 255 0 255 1.0 | ||
+ | 112 0 24 0 255 0 255 1.0 | ||
+ | -112 0 -24 0 255 0 255 1.0 | ||
+ | 140 0 30 0 255 0 255 1.0 | ||
+ | -140 0 -30 0 255 0 255 1.0 | ||
+ | -13 1 0 0 255 0 255 0.5 | ||
+ | 15 1 6 0 255 0 255 1.0 | ||
+ | -41 1 -6 0 255 0 255 1.0 | ||
+ | 43 1 12 0 255 0 255 1.0 | ||
+ | |||
+ | -中略- | ||
+ | |||
+ | 42 42 126 0 255 0 255 1.0 | ||
+ | -42 42 108 0 255 0 255 1.0 | ||
+ | 70 42 132 0 255 0 255 1.0 | ||
+ | -70 42 102 0 255 0 255 1.0 | ||
+ | 98 42 138 0 255 0 255 1.0 | ||
+ | -98 42 96 0 255 0 255 1.0 | ||
+ | 126 42 144 0 255 0 255 1.0 | ||
+ | -126 42 90 0 255 0 255 1.0 | ||
+ | 154 42 150 0 255 0 255 1.0 | ||
+ | -154 42 84 0 255 0 255 1.0 | ||
+ | </pre> | ||
+ | <br> | ||
+ | |||
+ | ===オプション -N=== | ||
+ | ====N=2で実行==== | ||
+ | <div>出力ファイル</div> | ||
+ | <pre> | ||
+ | llData | ||
+ | 2 2 | ||
+ | 255 572 | ||
+ | In | ||
+ | Nea | ||
+ | Far | ||
+ | 0.0 | ||
+ | 0.0 | ||
+ | 0.0 | ||
+ | 0 | ||
+ | 0.0 | ||
+ | 0.0 | ||
+ | 256 | ||
+ | 1055 | ||
+ | 1024 | ||
+ | 0 | ||
+ | 0 0 0 0 255 0 255 0.5 | ||
+ | 13 0 0 0 255 0 255 0.5 | ||
+ | -13 0 0 0 255 0 255 0.5 | ||
+ | 26 0 0 0 255 0 255 0.5 | ||
+ | -26 0 0 0 255 0 255 0.5 | ||
+ | |||
+ | -中略- | ||
+ | |||
+ | 156 0 0 0 255 0 255 0.5 | ||
+ | -156 0 0 0 255 0 255 0.5 | ||
+ | 4 1 12 0 255 0 255 1.0 | ||
+ | -9 1 12 0 255 0 255 1.0 | ||
+ | 17 1 12 0 255 0 255 1.0 | ||
+ | -22 1 12 0 255 0 255 1.0 | ||
+ | 30 1 12 0 255 0 255 1.0 | ||
+ | -35 1 12 0 255 0 255 1.0 | ||
+ | 43 1 12 0 255 0 255 1.0 | ||
+ | -48 1 12 0 255 0 255 1.0 | ||
+ | |||
+ | -中略- | ||
+ | |||
+ | 103 42 504 0 255 0 255 1.0 | ||
+ | -105 42 504 0 255 0 255 1.0 | ||
+ | 116 42 504 0 255 0 255 1.0 | ||
+ | -118 42 504 0 255 0 255 1.0 | ||
+ | 129 42 504 0 255 0 255 1.0 | ||
+ | -131 42 504 0 255 0 255 1.0 | ||
+ | 142 42 504 0 255 0 255 1.0 | ||
+ | -144 42 504 0 255 0 255 1.0 | ||
+ | 155 42 504 0 255 0 255 1.0 | ||
+ | -157 42 504 0 255 0 255 1.0 | ||
+ | </pre> | ||
+ | <br> | ||
+ | |||
+ | ===オプション -=== | ||
+ | ====で実行==== | ||
+ | <div>出力結果</div> | ||
+ | <pre> | ||
+ | |||
+ | </pre> | ||
+ | <br> | ||
+ | |||
+ | <div>出力ファイル</div> | ||
+ | <pre> | ||
+ | |||
+ | |||
+ | -中略- | ||
+ | |||
+ | |||
+ | |||
+ | -中略- | ||
+ | |||
+ | |||
+ | </pre> | ||
+ | <br> |
2014年2月27日 (木) 03:00時点における版
llExtractCtrlFileCreateとはmrcImage(FFT)をLLに変換する際に必要なコンフィグファイルを作成するEosのコマンドである。出力ファイルはllExtract(-c)にて使用することが出来る。
目次
オプション一覧
メインオプション
オプション | 必須項目/選択項目 | 説明 | デフォルト |
---|---|---|---|
-i | 必須 | 入力ファイル: mrcImage(FFT) | NULL |
-o | 必須 | 出力ファイル: ASCII | stdout |
-t | 選択 | Turn | -6 |
-u | 選択 | Unit | 13 |
-N | 選択 | N-strand | 1 |
-Y1 | 選択 | Y1 [pixel]: The Position of LayerLine which l = |t| i.e., |n|=1&&m=0 for the first time |
36 |
-Y0 | 選択 | Y0 [pixel]: The Position of LayerLine which n = 0 , l != 0 for the first time |
78 |
-rmax | 選択 | rmax[A] | 250 |
-Rmax | 選択 | Rmax[/A] | 0.1 |
-lx | 選択 | ピクセルサイズ x | 5.0 |
-ly | 選択 | ピクセルサイズ y | 5.0 |
-nx | 選択 | Image Size x [Pixel] | 1000.0 |
-ny | 選択 | Image Size y [Pixel] | 1000.0 |
-center | 選択 | nxの中心(フィラメントの中心)[Pixel] | 500.0 |
-layerline | 選択 | Number of Layer Line | 21.0 |
-Ax | 選択 | nxの長さ(lx * nx): [A] | 5000.0 |
-dY | 選択 | Range of Layer Line[pixel] | 12.0 |
-truePitch | 選択 | True Pitch | 430 |
-PixelSize | 選択 | ピクセルサイズ: [A] | 5 |
-deltadY | 選択 | A range of deltadY to determine dY.[pixel] | 0.5 |
-c | 選択 | コンフィグファイル設定 | NULL |
-m | 選択 | モードを設定 | 0 |
-h | 選択 | ヘルプを表示 |
モードの詳細
モード | 説明 |
---|---|
0 | ミオシン: t=1, u=9 |
1 | それ以外 |
実行例
入力ファイルの画像
|
サイズ モード |
( 512, 1146, 1) mrcComplexFloatFT |
オプション必須項目のみの場合
出力結果
nlMax: 43 nnMax: 159
出力ファイル
llData 2 2 255 572 In Nea Far 0.0 0.0 0.0 0 0.0 0.0 256 1055 1024 0 0 0 0 0 255 0 255 0.5 13 0 0 0 255 0 255 0.5 -13 0 0 0 255 0 255 0.5 26 0 0 0 255 0 255 0.5 -26 0 0 0 255 0 255 0.5 -中略- 156 0 0 0 255 0 255 0.5 -156 0 0 0 255 0 255 0.5 2 1 6 0 255 0 255 1.0 -11 1 6 0 255 0 255 1.0 15 1 6 0 255 0 255 1.0 -24 1 6 0 255 0 255 1.0 28 1 6 0 255 0 255 1.0 -37 1 6 0 255 0 255 1.0 41 1 6 0 255 0 255 1.0 -50 1 6 0 255 0 255 1.0 -中略- 97 42 252 0 255 0 255 1.0 -98 42 252 0 255 0 255 1.0 110 42 252 0 255 0 255 1.0 -111 42 252 0 255 0 255 1.0 123 42 252 0 255 0 255 1.0 -124 42 252 0 255 0 255 1.0 136 42 252 0 255 0 255 1.0 -137 42 252 0 255 0 255 1.0 149 42 252 0 255 0 255 1.0 -150 42 252 0 255 0 255 1.0
オプション -t, -u
t=-13, u=28で実行
出力ファイル
llData 2 2 255 572 In Nea Far 0.0 0.0 0.0 0 0.0 0.0 256 490 1024 0 0 0 0 0 255 0 255 0.5 28 0 6 0 255 0 255 1.0 -28 0 -6 0 255 0 255 1.0 56 0 12 0 255 0 255 1.0 -56 0 -12 0 255 0 255 1.0 84 0 18 0 255 0 255 1.0 -84 0 -18 0 255 0 255 1.0 112 0 24 0 255 0 255 1.0 -112 0 -24 0 255 0 255 1.0 140 0 30 0 255 0 255 1.0 -140 0 -30 0 255 0 255 1.0 -13 1 0 0 255 0 255 0.5 15 1 6 0 255 0 255 1.0 -41 1 -6 0 255 0 255 1.0 43 1 12 0 255 0 255 1.0 -中略- 42 42 126 0 255 0 255 1.0 -42 42 108 0 255 0 255 1.0 70 42 132 0 255 0 255 1.0 -70 42 102 0 255 0 255 1.0 98 42 138 0 255 0 255 1.0 -98 42 96 0 255 0 255 1.0 126 42 144 0 255 0 255 1.0 -126 42 90 0 255 0 255 1.0 154 42 150 0 255 0 255 1.0 -154 42 84 0 255 0 255 1.0
オプション -N
N=2で実行
出力ファイル
llData 2 2 255 572 In Nea Far 0.0 0.0 0.0 0 0.0 0.0 256 1055 1024 0 0 0 0 0 255 0 255 0.5 13 0 0 0 255 0 255 0.5 -13 0 0 0 255 0 255 0.5 26 0 0 0 255 0 255 0.5 -26 0 0 0 255 0 255 0.5 -中略- 156 0 0 0 255 0 255 0.5 -156 0 0 0 255 0 255 0.5 4 1 12 0 255 0 255 1.0 -9 1 12 0 255 0 255 1.0 17 1 12 0 255 0 255 1.0 -22 1 12 0 255 0 255 1.0 30 1 12 0 255 0 255 1.0 -35 1 12 0 255 0 255 1.0 43 1 12 0 255 0 255 1.0 -48 1 12 0 255 0 255 1.0 -中略- 103 42 504 0 255 0 255 1.0 -105 42 504 0 255 0 255 1.0 116 42 504 0 255 0 255 1.0 -118 42 504 0 255 0 255 1.0 129 42 504 0 255 0 255 1.0 -131 42 504 0 255 0 255 1.0 142 42 504 0 255 0 255 1.0 -144 42 504 0 255 0 255 1.0 155 42 504 0 255 0 255 1.0 -157 42 504 0 255 0 255 1.0
オプション -
で実行
出力結果
出力ファイル
-中略- -中略-