「llExtractCtrlFileCreate」の版間の差分
提供: Eospedia
行44: | 行44: | ||
<td>-Y1</td> | <td>-Y1</td> | ||
<td>選択</td> | <td>選択</td> | ||
− | <td>Y1 [pixel]: | + | <td>Y1 [pixel]: l = |t| となる層線の位置<br> |
− | + | (初めて |n|=1&&m=0 となる位置)</td> | |
<td>36</td> | <td>36</td> | ||
</tr> | </tr> | ||
行51: | 行51: | ||
<td>-Y0</td> | <td>-Y0</td> | ||
<td>選択</td> | <td>選択</td> | ||
− | <td>Y0 [pixel]: | + | <td>Y0 [pixel]: n = 0 となる層線の位置<br> |
− | l != 0 | + | (初めて l != 0 となる位置)</td> |
<td>78</td> | <td>78</td> | ||
</tr> | </tr> | ||
行324: | 行324: | ||
<br> | <br> | ||
− | <div> | + | <div>以降、t=-13, u=28で実行</div> |
===オプション -N=== | ===オプション -N=== | ||
====N=2で実行==== | ====N=2で実行==== | ||
行377: | 行377: | ||
<br> | <br> | ||
+ | ===オプション -Y1, -Y0=== | ||
+ | ====Y1=6, Y0=84で実行==== | ||
+ | <div>出力ファイル</div> | ||
+ | <pre> | ||
+ | llData | ||
+ | 2 2 | ||
+ | 255 572 | ||
+ | In | ||
+ | Nea | ||
+ | Far | ||
+ | 0.0 | ||
+ | 0.0 | ||
+ | 0.0 | ||
+ | 0 | ||
+ | 0.0 | ||
+ | 0.0 | ||
+ | 256 | ||
+ | 490 | ||
+ | 1024 | ||
+ | 0 | ||
+ | 0 0 0 0 255 0 255 0.5 | ||
+ | 28 0 924 0 255 0 255 1.0 | ||
+ | -28 0 -924 0 255 0 255 1.0 | ||
+ | 56 0 1848 0 255 0 255 1.0 | ||
+ | -56 0 -1848 0 255 0 255 1.0 | ||
+ | 84 0 2772 0 255 0 255 1.0 | ||
+ | -84 0 -2772 0 255 0 255 1.0 | ||
+ | 112 0 3696 0 255 0 255 1.0 | ||
+ | -112 0 -3696 0 255 0 255 1.0 | ||
+ | 140 0 4620 0 255 0 255 1.0 | ||
+ | -140 0 -4620 0 255 0 255 1.0 | ||
+ | -13 1 -426 0 255 0 255 1.0 | ||
+ | 15 1 498 0 255 0 255 1.0 | ||
+ | -41 1 -1350 0 255 0 255 1.0 | ||
+ | 43 1 1422 0 255 0 255 1.0 | ||
+ | -69 1 -2274 0 255 0 255 1.0 | ||
+ | 71 1 2346 0 255 0 255 1.0 | ||
+ | -97 1 -3198 0 255 0 255 1.0 | ||
+ | 99 1 3270 0 255 0 255 1.0 | ||
+ | -125 1 -4122 0 255 0 255 1.0 | ||
+ | 127 1 4194 0 255 0 255 1.0 | ||
+ | -153 1 -5046 0 255 0 255 1.0 | ||
+ | 155 1 5118 0 255 0 255 1.0 | ||
+ | 2 2 72 0 255 0 255 1.0 | ||
+ | -26 2 -852 0 255 0 255 1.0 | ||
+ | 30 2 996 0 255 0 255 1.0 | ||
+ | -54 2 -1776 0 255 0 255 1.0 | ||
+ | 58 2 1920 0 255 0 255 1.0 | ||
+ | |||
+ | -中略- | ||
+ | |||
+ | 42 42 1512 0 255 0 255 1.0 | ||
+ | -42 42 -1260 0 255 0 255 1.0 | ||
+ | 70 42 2436 0 255 0 255 1.0 | ||
+ | -70 42 -2184 0 255 0 255 1.0 | ||
+ | 98 42 3360 0 255 0 255 1.0 | ||
+ | -98 42 -3108 0 255 0 255 1.0 | ||
+ | 126 42 4284 0 255 0 255 1.0 | ||
+ | -126 42 -4032 0 255 0 255 1.0 | ||
+ | 154 42 5208 0 255 0 255 1.0 | ||
+ | -154 42 -4956 0 255 0 255 1.0 | ||
+ | </pre> | ||
+ | <br> | ||
+ | |||
+ | <div>以降、Y1=6, Y0=84で実行</div> | ||
===オプション -=== | ===オプション -=== | ||
====で実行==== | ====で実行==== |
2014年2月27日 (木) 04:42時点における版
llExtractCtrlFileCreateとはmrcImage(FFT)をLLに変換する際に必要なコンフィグファイルを作成するEosのコマンドである。出力ファイルはllExtract(-c)にて使用することが出来る。
目次
オプション一覧
メインオプション
オプション | 必須項目/選択項目 | 説明 | デフォルト |
---|---|---|---|
-i | 必須 | 入力ファイル: mrcImage(FFT) | NULL |
-o | 必須 | 出力ファイル: ASCII | stdout |
-t | 選択 | Turn | -6 |
-u | 選択 | Unit | 13 |
-N | 選択 | N-strand | 1 |
-Y1 | 選択 | Y1 [pixel]: l = |t| となる層線の位置 (初めて |n|=1&&m=0 となる位置) |
36 |
-Y0 | 選択 | Y0 [pixel]: n = 0 となる層線の位置 (初めて l != 0 となる位置) |
78 |
-rmax | 選択 | rmax[A] | 250 |
-Rmax | 選択 | Rmax[/A] | 0.1 |
-lx | 選択 | ピクセルサイズ x | 5.0 |
-ly | 選択 | ピクセルサイズ y | 5.0 |
-nx | 選択 | Image Size x [Pixel] | 1000.0 |
-ny | 選択 | Image Size y [Pixel] | 1000.0 |
-center | 選択 | nxの中心(フィラメントの中心)[Pixel] | 500.0 |
-layerline | 選択 | Number of Layer Line | 21.0 |
-Ax | 選択 | nxの長さ(lx * nx): [A] | 5000.0 |
-dY | 選択 | Range of Layer Line[pixel] | 12.0 |
-truePitch | 選択 | True Pitch | 430 |
-PixelSize | 選択 | ピクセルサイズ: [A] | 5 |
-deltadY | 選択 | A range of deltadY to determine dY.[pixel] | 0.5 |
-c | 選択 | コンフィグファイル設定 | NULL |
-m | 選択 | モードを設定 | 1 |
-h | 選択 | ヘルプを表示 |
モードの詳細
モード | 説明 |
---|---|
0 | ミオシン: t=1, u=9 |
1 | それ以外 |
実行例
入力ファイルの画像
|
サイズ モード |
( 512, 1146, 1) mrcComplexFloatFT |
オプション必須項目のみの場合
出力結果
nlMax: 43 nnMax: 159
出力ファイル
llData 2 2 255 572 In Nea Far 0.0 0.0 0.0 0 0.0 0.0 256 1055 1024 0 0 0 0 0 255 0 255 0.5 13 0 0 0 255 0 255 0.5 -13 0 0 0 255 0 255 0.5 26 0 0 0 255 0 255 0.5 -26 0 0 0 255 0 255 0.5 -中略- 156 0 0 0 255 0 255 0.5 -156 0 0 0 255 0 255 0.5 2 1 6 0 255 0 255 1.0 -11 1 6 0 255 0 255 1.0 15 1 6 0 255 0 255 1.0 -24 1 6 0 255 0 255 1.0 28 1 6 0 255 0 255 1.0 -37 1 6 0 255 0 255 1.0 41 1 6 0 255 0 255 1.0 -50 1 6 0 255 0 255 1.0 -中略- 97 42 252 0 255 0 255 1.0 -98 42 252 0 255 0 255 1.0 110 42 252 0 255 0 255 1.0 -111 42 252 0 255 0 255 1.0 123 42 252 0 255 0 255 1.0 -124 42 252 0 255 0 255 1.0 136 42 252 0 255 0 255 1.0 -137 42 252 0 255 0 255 1.0 149 42 252 0 255 0 255 1.0 -150 42 252 0 255 0 255 1.0
オプション -t, -u
t=-13, u=28で実行
出力ファイル
llData 2 2 255 572 In Nea Far 0.0 0.0 0.0 0 0.0 0.0 256 490 1024 0 0 0 0 0 255 0 255 0.5 28 0 6 0 255 0 255 1.0 -28 0 -6 0 255 0 255 1.0 56 0 12 0 255 0 255 1.0 -56 0 -12 0 255 0 255 1.0 84 0 18 0 255 0 255 1.0 -84 0 -18 0 255 0 255 1.0 112 0 24 0 255 0 255 1.0 -112 0 -24 0 255 0 255 1.0 140 0 30 0 255 0 255 1.0 -140 0 -30 0 255 0 255 1.0 -13 1 0 0 255 0 255 0.5 15 1 6 0 255 0 255 1.0 -41 1 -6 0 255 0 255 1.0 43 1 12 0 255 0 255 1.0 -69 1 -12 0 255 0 255 1.0 71 1 18 0 255 0 255 1.0 -97 1 -18 0 255 0 255 1.0 99 1 24 0 255 0 255 1.0 -125 1 -24 0 255 0 255 1.0 127 1 30 0 255 0 255 1.0 -153 1 -30 0 255 0 255 1.0 155 1 36 0 255 0 255 1.0 2 2 6 0 255 0 255 1.0 -26 2 0 0 255 0 255 0.5 30 2 12 0 255 0 255 1.0 -54 2 -6 0 255 0 255 1.0 58 2 18 0 255 0 255 1.0 -中略- 42 42 126 0 255 0 255 1.0 -42 42 108 0 255 0 255 1.0 70 42 132 0 255 0 255 1.0 -70 42 102 0 255 0 255 1.0 98 42 138 0 255 0 255 1.0 -98 42 96 0 255 0 255 1.0 126 42 144 0 255 0 255 1.0 -126 42 90 0 255 0 255 1.0 154 42 150 0 255 0 255 1.0 -154 42 84 0 255 0 255 1.0
以降、t=-13, u=28で実行
オプション -N
N=2で実行
出力ファイル
llData 2 2 255 572 In Nea Far 0.0 0.0 0.0 0 0.0 0.0 256 488 1024 0 0 0 0 0 255 0 255 0.5 28 0 6 0 255 0 255 1.0 -28 0 -6 0 255 0 255 1.0 56 0 12 0 255 0 255 1.0 -56 0 -12 0 255 0 255 1.0 84 0 18 0 255 0 255 1.0 -84 0 -18 0 255 0 255 1.0 112 0 24 0 255 0 255 1.0 -112 0 -24 0 255 0 255 1.0 140 0 30 0 255 0 255 1.0 -140 0 -30 0 255 0 255 1.0 2 1 6 0 255 0 255 1.0 -26 1 0 0 255 0 255 0.5 30 1 12 0 255 0 255 1.0 -54 1 -6 0 255 0 255 1.0 58 1 18 0 255 0 255 1.0 -中略- 28 42 240 0 255 0 255 1.0 -28 42 228 0 255 0 255 1.0 56 42 246 0 255 0 255 1.0 -56 42 222 0 255 0 255 1.0 84 42 252 0 255 0 255 1.0 -84 42 216 0 255 0 255 1.0 112 42 258 0 255 0 255 1.0 -112 42 210 0 255 0 255 1.0 140 42 264 0 255 0 255 1.0 -140 42 204 0 255 0 255 1.0
オプション -Y1, -Y0
Y1=6, Y0=84で実行
出力ファイル
llData 2 2 255 572 In Nea Far 0.0 0.0 0.0 0 0.0 0.0 256 490 1024 0 0 0 0 0 255 0 255 0.5 28 0 924 0 255 0 255 1.0 -28 0 -924 0 255 0 255 1.0 56 0 1848 0 255 0 255 1.0 -56 0 -1848 0 255 0 255 1.0 84 0 2772 0 255 0 255 1.0 -84 0 -2772 0 255 0 255 1.0 112 0 3696 0 255 0 255 1.0 -112 0 -3696 0 255 0 255 1.0 140 0 4620 0 255 0 255 1.0 -140 0 -4620 0 255 0 255 1.0 -13 1 -426 0 255 0 255 1.0 15 1 498 0 255 0 255 1.0 -41 1 -1350 0 255 0 255 1.0 43 1 1422 0 255 0 255 1.0 -69 1 -2274 0 255 0 255 1.0 71 1 2346 0 255 0 255 1.0 -97 1 -3198 0 255 0 255 1.0 99 1 3270 0 255 0 255 1.0 -125 1 -4122 0 255 0 255 1.0 127 1 4194 0 255 0 255 1.0 -153 1 -5046 0 255 0 255 1.0 155 1 5118 0 255 0 255 1.0 2 2 72 0 255 0 255 1.0 -26 2 -852 0 255 0 255 1.0 30 2 996 0 255 0 255 1.0 -54 2 -1776 0 255 0 255 1.0 58 2 1920 0 255 0 255 1.0 -中略- 42 42 1512 0 255 0 255 1.0 -42 42 -1260 0 255 0 255 1.0 70 42 2436 0 255 0 255 1.0 -70 42 -2184 0 255 0 255 1.0 98 42 3360 0 255 0 255 1.0 -98 42 -3108 0 255 0 255 1.0 126 42 4284 0 255 0 255 1.0 -126 42 -4032 0 255 0 255 1.0 154 42 5208 0 255 0 255 1.0 -154 42 -4956 0 255 0 255 1.0
以降、Y1=6, Y0=84で実行
オプション -
で実行
出力結果
出力ファイル
-中略- -中略-