llExtractWithLayerSeparation

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llExtractWithLayerSeparationとはEosコマンドである。


オプション一覧

メインオプション

オプション 必須項目/選択項目 説明 デフォルト
-i 必須 入力ファイル: mrcImage(フーリエ空間) NULL
-I 選択 入力ファイル: llData(Already separated): (InLLNea, InLLFar) (NULL, NULL)
-r 選択 参照ファイル: llData(Gnl(R) Space) NULL
-o 必須 出力ファイル: llData(Average File) NULL
-o2 選択 出力ファイルリスト: llData(Each Filament which has the same orientation as average) NULL
-o3 選択 出力ファイルリスト: llData(Difference of each filament) NULL
-o4 選択 出力ファイルリスト: llData(Each Filament which has the same orientaion as original filament) NULL
-o5 選択 出力ファイルリスト: llData(P-Value) NULL
-o6 選択 出力ファイルリスト: llData(Q-Value) NULL
-o7 選択 出力ファイル: ASCII(Two subsets for resolution estimation) NULL
-o8 選択 出力ファイル: ASCII(For Back Projection) NULL
-o9 選択 出力ファイルリスト: ASCII(x shift, z shift and dY information) NULL
-comment 選択 Comment NULL
-symmetry 選択 Symmetry for back projection text file 1.0
-l 必須 LayerLineInformation NULL
-lfinal 選択 LayerLineInformation(Final) NULL
-li 選択 LayerLineInformationImportant NULL
-liw 選択 Weight of Important Layer 1.0
-liwStart 選択 Weight of Important Layer 1.0
-liwStep/td> 選択 Weight of Important Layer 1.0
-la 選択 LayerLineInformationForAxisSearch NULL
-law 選択 Weight of Important Layer for AS 1.0
-lawStart 選択 Weight of Important Layer for AS 1.0
-lawStep 選択 Weight of Important Layer for AS 1.0
-truePitch 必須 true pitch [A] 430.0
-rMax 必須 rMax [A] 100.0
-rMaxMin 選択 rMaxMin [A] 100.0
-RMax 選択 RMax [/A] 0.1
-RMaxFirst 選択 RMaxFirst [/A] (Def: RMax) 0.04
-RMaxStep 選択 RMaxStep [/A] 0.02
-RRMax 選択 Radial RMax [/A] 0.1
-RRMaxFirst 選択 Radial RMaxFirst [/A] (Def: RMax) 0.04
-RRMaxStep 選択 Radial RMaxStep [/A] 0.02
-delBR 選択 delBR [/A] 0.0002
-rms 選択 rms 1e-6
-narrowSearch 選択 narrowSearch [Degree]: P-value and Q-value 1.0
-nextTimes 選択 nextTimes: rms 1e-4
-maxIter 選択 max Iteration 10
-maxIter2 選択 max Iteration on the same RMax and RRMax 1
-maxIter3 選択 max Iteration on the same RMax, RRMax, and Weight 1
-lambda 選択 lambda 1.0
-ctf 選択 CTF Compensation 0
-WhiteNoise 選択 白色ノイズ比 0.0
-below 選択 below 90.0
-noantipole 選択 No Antipole
-magLimit 選択 magLimit
-eachTime 選択 each time
-continue 選択 continue NULL
-forContinue 選択 For continue NULL
-phi 選択 phi [degree]: (phimin, phimax, delphi)) (0.0, 360.0, 10.0)
-z 選択 z [A]: (zmin, zmax, delz) (0.0, 30.0, 5.0)
-shift 選択 shift [A]: (shiftmin, shiftmax, delshift) (-10.0, 10.0, 1.0)
-log 選択 ログファイル stdout
-Normalization 選択 正規化
-pvm 選択 pvmNumber 0
-pvmList 選択 pvmList NULL
-pvmServer 選択 Work as a server
-pvmClient 選択 Work as a client
-wd 選択 Working Directory ./
-c 選択 コンフィグファイル設定 NULL
-m 選択 モードを設定 0
-h 選択 ヘルプを表示  
If -ctf, the file list indicated by -i must include the below information
filename weight  defocus[A] Cs[mm] AccV[kV] ratioOfAmpToPhase mode
>> llDataSepartionControlFile <<
llMax(different)
nl Z numberOfN n0 n1 n2...

-m の詳細

モード 説明
0 The 1st version algorism(Sharing)
1 The 2nd version algorism(Least Square)

-ctf の詳細

モード 説明
0 |CTFi|/Sigma(SQR(CTFi))
1 CTFi /Sigma(SQR(CTFi))


実行例