llExtractWithLayerSeparation
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llExtractWithLayerSeparationとはEosのコマンドである。
オプション一覧
メインオプション
オプション | 必須項目/選択項目 | 説明 | デフォルト |
---|---|---|---|
-i | 必須 | 入力ファイル: mrcImage(フーリエ空間) | NULL |
-I | 選択 | 入力ファイル: llData(Already separated): (InLLNea, InLLFar) | (NULL, NULL) |
-r | 選択 | 参照ファイル: llData(Gnl(R) Space) | NULL |
-o | 必須 | 出力ファイル: llData(Average File) | NULL |
-o2 | 選択 | 出力ファイルリスト: llData(Each Filament which has the same orientation as average) | NULL |
-o3 | 選択 | 出力ファイルリスト: llData(Difference of each filament) | NULL |
-o4 | 選択 | 出力ファイルリスト: llData(Each Filament which has the same orientaion as original filament) | NULL |
-o5 | 選択 | 出力ファイルリスト: llData(P-Value) | NULL |
-o6 | 選択 | 出力ファイルリスト: llData(Q-Value) | NULL |
-o7 | 選択 | 出力ファイル: テキスト(Two subsets for resolution estimation) | NULL |
-o8 | 選択 | 出力ファイル: テキスト(For Back Projection) | NULL |
-o9 | 選択 | 出力ファイルリスト: テキスト(x shift, z shift and dY information) | NULL |
-comment | 選択 | Comment | NULL |
-symmetry | 選択 | Symmetry for back projection text file | 1.0 |
-l | 必須 | LayerLineInformation | NULL |
-lfinal | 選択 | LayerLineInformation(Final) | NULL |
-li | 選択 | LayerLineInformationImportant | NULL |
-liw | 選択 | Weight of Important Layer | 1.0 |
-liwStart | 選択 | Weight of Important Layer | 1.0 |
-liwStep/td> | 選択 | Weight of Important Layer | 1.0 |
-la | 選択 | LayerLineInformationForAxisSearch | NULL |
-law | 選択 | Weight of Important Layer for AS | 1.0 |
-lawStart | 選択 | Weight of Important Layer for AS | 1.0 |
-lawStep | 選択 | Weight of Important Layer for AS | 1.0 |
-truePitch | 必須 | true pitch [A] | 430.0 |
-rMax | 必須 | rMax [A] | 100.0 |
-rMaxMin | 選択 | rMaxMin [A] | 100.0 |
-RMax | 選択 | RMax [/A] | 0.1 |
-RMaxFirst | 選択 | RMaxFirst [/A] (Def: RMax) | 0.04 |
-RMaxStep | 選択 | RMaxStep [/A] | 0.02 |
-RRMax | 選択 | Radial RMax [/A] | 0.1 |
-RRMaxFirst | 選択 | Radial RMaxFirst [/A] (Def: RMax) | 0.04 |
-RRMaxStep | 選択 | Radial RMaxStep [/A] | 0.02 |
-delBR | 選択 | delBR [/A] | 0.0002 |
-rms | 選択 | rms | 1e-6 |
-narrowSearch | 選択 | narrowSearch [Degree]: P-value and Q-value | 1.0 |
-nextTimes | 選択 | nextTimes: rms | 1e-4 |
-maxIter | 選択 | max Iteration | 10 |
-maxIter2 | 選択 | max Iteration on the same RMax and RRMax | 1 |
-maxIter3 | 選択 | max Iteration on the same RMax, RRMax, and Weight | 1 |
-lambda | 選択 | lambda | 1.0 |
-ctf | 選択 | CTF Compensation | 0 |
-WhiteNoise | 選択 | 白色ノイズ比 | 0.0 |
-below | 選択 | below | 90.0 |
-noantipole | 選択 | No Antipole | |
-magLimit | 選択 | magLimit | |
-eachTime | 選択 | each time | |
-continue | 選択 | continue | NULL |
-forContinue | 選択 | For continue | NULL |
-phi | 選択 | phi [degree]: (phimin, phimax, delphi)) | (0.0, 360.0, 10.0) |
-z | 選択 | z [A]: (zmin, zmax, delz) | (0.0, 30.0, 5.0) |
-shift | 選択 | shift [A]: (shiftmin, shiftmax, delshift) | (-10.0, 10.0, 1.0) |
-log | 選択 | ログファイル | stdout |
-Normalization | 選択 | 正規化 | |
-pvm | 選択 | pvmNumber | 0 |
-pvmList | 選択 | pvmList | NULL |
-pvmServer | 選択 | Work as a server | |
-pvmClient | 選択 | Work as a client | |
-wd | 選択 | Working Directory | ./ |
-c | 選択 | コンフィグファイル設定 | NULL |
-m | 選択 | モードを設定 | 0 |
-h | 選択 | ヘルプを表示 |
If -ctf, the file list indicated by -i must include the below information filename weight defocus[A] Cs[mm] AccV[kV] ratioOfAmpToPhase mode
>> llDataSepartionControlFile << llMax(different) nl Z numberOfN n0 n1 n2...
-m の詳細
モード | 説明 |
---|---|
0 | The 1st version algorism(Sharing) |
1 | The 2nd version algorism(Least Square) |
-ctf の詳細
モード | 説明 |
---|---|
0 | |CTFi|/Sigma(SQR(CTFi)) |
1 | CTFi /Sigma(SQR(CTFi)) |