「llExtractWithLayerSeparationFilamentInfo」の版間の差分

提供: Eospedia
移動: 案内、検索
細 (Kinoshita がページ「LlExtractWithLayerSeparationFilamentInfo」を「llExtractWithLayerSeparationFilamentInfo」に移動しました)
 
(同じ利用者による、間の1版が非表示)
行14: 行14:
 
<td>-i</td>  
 
<td>-i</td>  
 
<td>必須</td>  
 
<td>必須</td>  
−
<td>入力ファイル</td>  
+
<td>入力ファイル: [[mrcImage]]([[FFT]])</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行20: 行20:
 
<td>-o</td>  
 
<td>-o</td>  
 
<td>必須</td>  
 
<td>必須</td>  
−
<td>出力ファイル</td>  
+
<td>出力ファイル: [[ASCII]]</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行32: 行32:
 
<td>-oI</td>  
 
<td>-oI</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
−
<td>出力ファイル</td>  
+
<td>出力ファイル: [[ASCII]]</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行42: 行42:
 
</tr>  
 
</tr>  
 
<tr>  
 
<tr>  
−
<td>-Pixel Size</td>  
+
<td>-PixelSize</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>ピクセルサイズ: [A]</td>  
 
<td>ピクセルサイズ: [A]</td>  
行96: 行96:
 
</tr>  
 
</tr>  
 
</table>  
 
</table>  
 +
<div>-oF はファイル名のみ -o にて使用する</div>
 +
<br>
  
 
===モードの詳細===
 
===モードの詳細===
行108: 行110:
 
</tr>  
 
</tr>  
 
</table>  
 
</table>  
 +
<br>
  
 +
===出力ファイルのフォーマット===
 +
<div>-o のフォーマット</div>
 +
<pre>
 +
-oFのファイル名  turn  defocus  Cs  kV  AmplitudeContrast  Mag
 +
</pre>
 +
<br>
 +
 +
<div>-oI のフォーマット</div>
 +
<pre>
 +
defocus  Cs  kV  AmplitudeContrast
 +
</pre>
 +
<div>[[mrcImageCTFCompensation]]等で使用可能</div>
 +
<br>
  
 
== 実行例 ==
 
== 実行例 ==
 +
===[[:Media:1ATOMFil.fft|入力ファイル]]の画像===
 +
<div>[[mrcFFTExpression]](m=1)にて表示</div>
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td><p align="Center">[[画像:1ATOMFil-FFT.png]]<br>
 +
全体<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="Center">[[画像:1ATOMFil-FFT1.png]]<br>
 +
中心付近<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">サイズ<br>
 +
モード<br>
 +
Length<br>
 +
最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">(      512,      1146,          1)<br>
 +
mrcComplexFloatFT <br>
 +
(    2.000,      2.000,      0.000)<br>
 +
4.08519e-10 (257, 572, 0)<br>
 +
0.109661 (0, 0, 0)<br>
 +
0.00909953<br>
 +
0.00776913<br>
 +
1.01425e-05<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
<br>
 +
 +
===オプション必須項目のみの場合===
 +
<div>出力結果</div>
 +
<pre>
 +
LengthY 5730.000000 [A] = LengthY 1146 [Pixel] x PixelSize 5.000000 [A/Pixel] x Mag 1.000000
 +
Final CalculatedY        13.325582
 +
      CalculatedY        13.000000
 +
      deltadY            0.325582
 +
</pre>
 +
<br>
 +
 +
<div>-o のデータ</div>
 +
<pre>
 +
oF-Outdata 13 27000.000000 2.100000 200.000000 0.100000 1.0
 +
</pre>
 +
<br>
 +
 +
<div>-oI のデータ</div>
 +
<pre>
 +
27000.000000 2.100000 200.000000 0.100000
 +
</pre>
 +
<br>
 +
 +
===オプション　-truePitch===
 +
====truePitch=364で実行====
 +
<div>出力結果</div>
 +
<pre>
 +
LengthY 5730.000000 [A] = LengthY 1146 [Pixel] x PixelSize 5.000000 [A/Pixel] x Mag 1.000000
 +
Final CalculatedY        15.741758
 +
      CalculatedY        16.000000
 +
      deltadY            0.258242
 +
</pre>
 +
<br>
 +
 +
<div>-o のデータ</div>
 +
<pre>
 +
oF-Outdata 16 27000.000000 2.100000 200.000000 0.100000 1.0
 +
</pre>
 +
<br>
 +
 +
===オプション　-PixelSize===
 +
====PixelSize=2で実行====
 +
<div>出力結果</div>
 +
<pre>
 +
LengthY 2292.000000 [A] = LengthY 1146 [Pixel] x PixelSize 2.000000 [A/Pixel] x Mag 1.000000
 +
Final CalculatedY        5.330233
 +
      CalculatedY        5.000000
 +
      deltadY            0.330233
 +
</pre>
 +
<br>
 +
 +
<div>-o のデータ</div>
 +
<pre>
 +
oF-Outdata 5 27000.000000 2.100000 200.000000 0.100000 1.0
 +
</pre>
 +
<br>
 +
 +
===オプション　-deltadY===
 +
====deltadY=0.1で実行====
 +
<div>出力結果</div>
 +
<pre>
 +
LengthY 5730.000000 [A] = LengthY 1146 [Pixel] x PixelSize 5.000000 [A/Pixel] x Mag 1.000000
 +
Final CalculatedY        13.325582
 +
      CalculatedY        13.000000
 +
      deltadY            0.325582
 +
The deltadY value 0.325582 is larger than permitted deltadY range 0.100000
 +
dY could not be determined
 +
</pre>
 +
<br>
 +
 +
===オプション　-kV===
 +
====kV=100で実行====
 +
<div>-o のデータ</div>
 +
<pre>
 +
oF-Outdata 13 27000.000000 2.100000 100.000000 0.100000 1.0
 +
</pre>
 +
<br>
 +
 +
<div>-oI のデータ</div>
 +
<pre>
 +
27000.000000 2.100000 100.000000 0.100000
 +
</pre>
 +
<br>
 +
 +
===オプション　-Cs===
 +
====Cs=1.7で実行====
 +
<div>-o のデータ</div>
 +
<pre>
 +
oF-Outdata 13 27000.000000 1.700000 200.000000 0.100000 1.0
 +
</pre>
 +
<br>
 +
 +
<div>-oI のデータ</div>
 +
<pre>
 +
27000.000000 1.700000 200.000000 0.100000
 +
</pre>
 +
<br>
 +
 +
===オプション　-df===
 +
====df=20000で実行====
 +
<div>-o のデータ</div>
 +
<pre>
 +
oF-Outdata 13 20000.000000 2.100000 200.000000 0.100000 1.0
 +
</pre>
 +
<br>
 +
 +
<div>-oI のデータ</div>
 +
<pre>
 +
20000.000000 2.100000 200.000000 0.100000
 +
</pre>
 +
<br>
 +
 +
===オプション　-A===
 +
====A=0.2で実行====
 +
<div>-o のデータ</div>
 +
<pre>
 +
oF-Outdata 13 27000.000000 2.100000 200.000000 0.200000 1.0
 +
</pre>
 +
<br>
 +
 +
<div>-oI のデータ</div>
 +
<pre>
 +
27000.000000 2.100000 200.000000 0.200000
 +
</pre>
 +
<br>

2014年2月28日 (金) 02:05時点における最新版

llExtractWithLayerSeparationFilamentInfoとはEosのコマンドである。


オプション一覧

メインオプション

オプション 必須項目/選択項目 説明 デフォルト
-i 必須 入力ファイル: mrcImage(FFT) NULL
-o 必須 出力ファイル: ASCII NULL
-oF 選択 出力ファイル NULL
-oI 選択 出力ファイル: ASCII NULL
-truePitch 選択 True Pitch 430
-PixelSize 選択 ピクセルサイズ: [A] 5
-deltadY 選択 A range of deltaY to determine dY. 0.5
-kV 選択 AccVol: [kV] 200
-Cs 選択 Cs: [mm] 2.1
-df 選択 Defocus: [A]: under(+) 27000
-A 選択 AmplitudeContrast / PhaseContrast 0.1
-c 選択 コンフィグファイル設定 NULL
-m 選択 モードを設定 0
-h 選択 ヘルプを表示 　
-oF はファイル名のみ -o にて使用する


モードの詳細

モード 説明
0


出力ファイルのフォーマット

-o のフォーマット
-oFのファイル名  turn  defocus  Cs  kV  AmplitudeContrast  Mag


-oI のフォーマット
defocus  Cs  kV  AmplitudeContrast
mrcImageCTFCompensation等で使用可能


実行例

入力ファイルの画像

mrcFFTExpression(m=1)にて表示

1ATOMFil-FFT.png
全体

1ATOMFil-FFT1.png
中心付近

サイズ

モード
Length
最小
最大
平均値
標準偏差

標準誤差

( 512, 1146, 1)

mrcComplexFloatFT
( 2.000, 2.000, 0.000)
4.08519e-10 (257, 572, 0)
0.109661 (0, 0, 0)
0.00909953
0.00776913

1.01425e-05


オプション必須項目のみの場合

出力結果
LengthY 5730.000000 [A] = LengthY 1146 [Pixel] x PixelSize 5.000000 [A/Pixel] x Mag 1.000000
Final CalculatedY        13.325582
      CalculatedY        13.000000
      deltadY             0.325582


-o のデータ
oF-Outdata 13 27000.000000 2.100000 200.000000 0.100000 1.0


-oI のデータ
27000.000000 2.100000 200.000000 0.100000


オプション　-truePitch

truePitch=364で実行

出力結果
LengthY 5730.000000 [A] = LengthY 1146 [Pixel] x PixelSize 5.000000 [A/Pixel] x Mag 1.000000
Final CalculatedY        15.741758
      CalculatedY        16.000000
      deltadY             0.258242


-o のデータ
oF-Outdata 16 27000.000000 2.100000 200.000000 0.100000 1.0


オプション　-PixelSize

PixelSize=2で実行

出力結果
LengthY 2292.000000 [A] = LengthY 1146 [Pixel] x PixelSize 2.000000 [A/Pixel] x Mag 1.000000
Final CalculatedY         5.330233
      CalculatedY         5.000000
      deltadY             0.330233


-o のデータ
oF-Outdata 5 27000.000000 2.100000 200.000000 0.100000 1.0


オプション　-deltadY

deltadY=0.1で実行

出力結果
LengthY 5730.000000 [A] = LengthY 1146 [Pixel] x PixelSize 5.000000 [A/Pixel] x Mag 1.000000
Final CalculatedY        13.325582
      CalculatedY        13.000000
      deltadY             0.325582
The deltadY value 0.325582 is larger than permitted deltadY range 0.100000
dY could not be determined


オプション　-kV

kV=100で実行

-o のデータ
oF-Outdata 13 27000.000000 2.100000 100.000000 0.100000 1.0


-oI のデータ
27000.000000 2.100000 100.000000 0.100000


オプション　-Cs

Cs=1.7で実行

-o のデータ
oF-Outdata 13 27000.000000 1.700000 200.000000 0.100000 1.0


-oI のデータ
27000.000000 1.700000 200.000000 0.100000


オプション　-df

df=20000で実行

-o のデータ
oF-Outdata 13 20000.000000 2.100000 200.000000 0.100000 1.0


-oI のデータ
20000.000000 2.100000 200.000000 0.100000


オプション　-A

A=0.2で実行

-o のデータ
oF-Outdata 13 27000.000000 2.100000 200.000000 0.200000 1.0


-oI のデータ
27000.000000 2.100000 200.000000 0.200000



「https://www.yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp/EosJ/index.php?title=llExtractWithLayerSeparationFilamentInfo&oldid=6627」から取得