lmrcImageCTFDetermination(API)
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DataManip/mrcImage/src/lmrcImageCTFDeterminationはmrcImageCTFDeterminationのためのAPI です。
定数
構造体
lmrcImageCTFDetermination、lmrcImageCTFDeterminationResultFFTで使用します。
typedef struct lmrcImageCTFDeterminationInfo { ctfInfo val; ctfInfo min; ctfInfo max; ctfInfo del; mrcImageParaTypeReal Rmax; mrcImageParaTypeReal Rmin; mrcImage Dif; double minResidual; double minDef; double minRatio; FILE* Out; int flagOutF; mrcImage resFFT; } lmrcImageCTFDeterminationInfo;
lmrcImageCTFDetermination、lmrcImageCTFDeterminationResultFFTで使用します。(モード)
typedef struct lmrcImageCTFDeterminationInfoMode { long FilterType; long WeightType; long SumType; long CTFInfoType; } lmrcImageCTFDeterminationInfoMode;
このAPIで使用します。
typedef struct lmrcImageCTFDeterminationInfoRef { FILE* fptIn; char* In; FILE* fptRef; char* Ref; FILE* fptOut; char* Out; char MrcOut[100]; mrcImage* in; mrcImage* out; long Width; float PixelSize; float truePitch; float firstDf; float withinDf; float firstAoverP; float withinAoverP; mrcImageParaTypeReal maxiter; mrcImageParaTypeReal iter; } lmrcImageCTFDeterminationInfoRef;
API
CTF推定
参照ref(FFT)に対して、入力in(FFT)の平均位相差を算出し、その最小値データをlinfo->minResidual(Def, Ratio)に、分布をlinfo->Difへ出力します。
extern void lmrcImageCTFDetermination (lmrcImageCTFDeterminationInfo *linfo, lmrcImageCTFDeterminationInfoRef *refinfo, mrcImage* in, mrcImage* ref, lmrcImageCTFDeterminationInfoMode *Mode);
参照ref(FFT)に対して、入力in(FFT)の位相差によるCTFを算出し、linfo->resFFTへ出力します。
extern void lmrcImageCTFDeterminationResultFFT (lmrcImageCTFDeterminationInfo *linfo, lmrcImageCTFDeterminationInfoRef *refinfo, mrcImage* in, mrcImage* ref, lmrcImageCTFDeterminationInfoMode *Mode);
重み付け
modeによる入力画像と参照画像の重みを出力します。
extern double MagWeightForCTFDetermine(double inMag, double refMag, long mode);
mode | 重み付け方法 |
---|---|
0 | 1 |
1 | (inMag + refMag)/2 |
ミオシンフィラメント用の参照画像作成
初期データの作成(llData): 未実装
extern void lmrcImageCTFDeterminationCreateRefFilebyNearFar3DReconstInitializeLL (lmrcImageCTFDeterminationInfoRef *refinfo, lllDataCTFCompensateInfo *llctfinfo, lll2ltlgInfo *ll2ltlginfo, lltlg2mrcInfo *ltlg2mrcinfo);
初期化データの作成(mrcImage)
extern void lmrcImageCTFDeterminationCreateRefFilebyNearFar3DReconstInitializeMRC (lmrcImageCTFDeterminationInfoRef *refinfo, mrcImageInformation *solinfo, lmrcImageProjectionInfo *projinfo, lmrcImageCrystalCreateInfo *cryinfo, lmrcImagePadInfo *padinfo);
参照画像の作成(llData)
extern void lmrcImageCTFDeterminationCreateRefFilebyNearFar3DReconstLL (lmrcImageCTFDeterminationInfoRef *refinfo, lllDataCTFCompensateInfo *llctfinfo, lll2ltlgInfo *ll2ltlginfo, lltlg2mrcInfo *ltlg2mrcinfo);
参照画像の作成(mrcImage)
extern void lmrcImageCTFDeterminationCreateRefFilebyNearFar3DReconstMRC (lmrcImageCTFDeterminationInfoRef *refinfo, mrcImageInformation *solinfo, lmrcImageProjectionInfo *projinfo, lmrcImageCrystalCreateInfo *cryinfo, lmrcImagePadInfo *padinfo);