「mrc2Dto3D」の版間の差分

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===RotationOrderの詳細===
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一桁目: どの軸から回転を始めるか設定
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二桁目: 回転軸の順番を設定1
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O…Z→Y→Xの順に回転軸を変更する
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E…Z→X→Yの順に回転軸を変更する
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三桁目: 回転軸の順番の設定2
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Y…順番を維持する
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N…順番を逆順にする
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四桁目: 回転方法を設定
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Y…物体そのものをまわす
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D…座標を移動させる

2010年11月9日 (火) 07:59時点における版

mrc2Dto3D電子顕微鏡画像である2D画像3D画像にするEosコマンドである。 切り出し粒子角度情報から、逆投影法を用いて3次元構造を再構築する。 出力はdsn63dファイルとなっており、密度マップを分子ビュアー(VMDchimeraなど)で表示することが可能である。


オプション一覧

メインオプション

各パラメータ設定やモード指定を行う。

オプション 必須項目/選択項目 説明 デフォルト
-i 選択 入力ファイル設定 NULL
-I 選択 入力ファイル設定 NULL
-o 必須 出力ファイル設定 NULL
-O 選択 出力ファイル設定 NULL
-single 選択 傾斜軸を一つに設定 1
-InterpolationMode 選択 展開モード 1
-Double 選択 傾斜軸を2つに設定  
-DoubleCounter 選択 -Doubleを宣言した上で使用
2つの傾斜軸を選択し、設定する
NULL
-CounterThreshold 選択 -Doubleを宣言した上で使用
波形の谷の閾値
1e-6
-CounterThresholdMode 選択 -Doubleを宣言した上で使用
波形の谷の閾値のモード
0
-WeightMode 選択 -Doubleを宣言した上で使用
重心のモード
0
-thicknessWeight 選択 -Doubleを宣言した上で使用
重心の深さ
 
-Sub 選択 -Doubleを宣言した上で使用
下位サンプリング
1
-PlusXrot 選択 rasmolのためにx軸を180°回転  
-SIRT 選択 同時反復再構成法  
-max 選択 -SIRTを宣言した上で使用
同時反復再構成法の最大値設定
30
-rms 選択 -SIRTを宣言した上で使用
同時反復再構成法の平方2乗平均を設定
1.0
-CTF 選択 -SIRTを宣言した上で使用
CTFInfoファイルを設定
NULL
-m 選択 モード 0
-h 選択 ヘルプを表示  

-mの詳細

投影像のモード指定を行う。

モード 説明
0 単純な逆投影
1 フィルター逆投影

-singleの詳細

傾斜軸を指定する。

モード 説明
0 傾斜軸をx軸と平行にする
1 傾斜軸をy軸と平行にする

-WeightModeの詳細

計算時の重みを指定する。

モード 説明
1 実空間:円(同じ密度)
2 実空間:円(加重密度)
3 実空間:正方形(加重密度)
4 フーリエ空間:平面(同じ密度)-CounterThreshold 0.5とする
5 フーリエ空間:線形包配 -CounterThreshold 0.5とする
6 フーリエ空間:cos包配 -CounterThreshold 0.5とする

-InterpolationModeの詳細

計算方法を指定する。

モード 説明
0 最短距離法
1 線形補間法
2 3次補間法
3 多項式法

オプション-Iのファイルフォーマット

filename0 RotationOrder0 rot1 rot2 rot3
filename1 RotationOrder1 rot1 rot2 rot3
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RotationOrderの詳細

一桁目:	どの軸から回転を始めるか設定
二桁目:	回転軸の順番を設定1
O…Z→Y→Xの順に回転軸を変更する
E…Z→X→Yの順に回転軸を変更する
三桁目:	回転軸の順番の設定2
Y…順番を維持する
N…順番を逆順にする
四桁目:	回転方法を設定
Y…物体そのものをまわす
D…座標を移動させる