「mrc2Dto3D」の版間の差分
提供: Eospedia
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== オプション一覧 == | == オプション一覧 == | ||
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+ | <th>必須項目/選択項目</th> | ||
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+ | <td>選択</td> | ||
+ | <td>入力ファイル設定</td> | ||
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+ | <td>選択</td> | ||
+ | <td>入力ファイル設定</td> | ||
+ | <td>NULL</td> | ||
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+ | <td>-o</td> | ||
+ | <td>必須</td> | ||
+ | <td>出力ファイル設定</td> | ||
+ | <td>NULL</td> | ||
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+ | <td>-O</td> | ||
+ | <td>選択</td> | ||
+ | <td>出力ファイル設定</td> | ||
+ | <td>NULL</td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>-single</td> | ||
+ | <td>選択</td> | ||
+ | <td>傾斜軸を一つに設定</td> | ||
+ | <td>1</td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>-InterpolationMode</td> | ||
+ | <td>選択</td> | ||
+ | <td>展開モード</td> | ||
+ | <td>1</td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>-Double</td> | ||
+ | <td>選択</td> | ||
+ | <td>傾斜軸を2つに設定</td> | ||
+ | <td> </td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>-DoubleCounter</td> | ||
+ | <td>選択</td> | ||
+ | <td>-Doubleを宣言した上で使用<br> | ||
+ | 2つの傾斜軸を選択し、設定する</td> | ||
+ | <td>NULL</td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>-CounterThreshold</td> | ||
+ | <td>選択</td> | ||
+ | <td>-Doubleを宣言した上で使用<br> | ||
+ | 波形の谷の閾値</td> | ||
+ | <td>1e-6</td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>-CounterThresholdMode</td> | ||
+ | <td>選択</td> | ||
+ | <td>-Doubleを宣言した上で使用<br> | ||
+ | 波形の谷の閾値のモード</td> | ||
+ | <td>0</td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>-WeightMode</td> | ||
+ | <td>選択</td> | ||
+ | <td>-Doubleを宣言した上で使用<br> | ||
+ | 重心のモード</td> | ||
+ | <td>0</td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>-thicknessWeight</td> | ||
+ | <td>選択</td> | ||
+ | <td>-Doubleを宣言した上で使用<br> | ||
+ | 重心の深さ</td> | ||
+ | <td> </td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>-Sub</td> | ||
+ | <td>選択</td> | ||
+ | <td>-Doubleを宣言した上で使用<br> | ||
+ | 下位サンプリング</td> | ||
+ | <td>1</td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>-PlusXrot</td> | ||
+ | <td>選択</td> | ||
+ | <td>rasmolのためにx軸を180°回転</td> | ||
+ | <td> </td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>-SIRT</td> | ||
+ | <td>選択</td> | ||
+ | <td>同時反復再構成法</td> | ||
+ | <td> </td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>-max</td> | ||
+ | <td>選択</td> | ||
+ | <td>-SIRTを宣言した上で使用<br> | ||
+ | 同時反復再構成法の最大値設定</td> | ||
+ | <td>30</td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>-rms</td> | ||
+ | <td>選択</td> | ||
+ | <td>-SIRTを宣言した上で使用<br> | ||
+ | 同時反復再構成法の平方2乗平均を設定</td> | ||
+ | <td>1.0</td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>-CTF</td> | ||
+ | <td>選択</td> | ||
+ | <td>-SIRTを宣言した上で使用<br> | ||
+ | CTFInfoファイルを設定</td> | ||
+ | <td>NULL</td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>-m</td> | ||
+ | <td>選択</td> | ||
+ | <td>モード</td> | ||
+ | <td>0</td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>-h</td> | ||
+ | <td>選択</td> | ||
+ | <td>ヘルプを表示</td> | ||
+ | <td> </td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> |
2010年11月8日 (月) 09:19時点における版
mrc2Dto3Dは電子顕微鏡画像である2D画像を3D画像にするEosのコマンドである。
オプション一覧
オプション | 必須項目/選択項目 | 説明 | デフォルト |
---|---|---|---|
-i | 選択 | 入力ファイル設定 | NULL |
-I | 選択 | 入力ファイル設定 | NULL |
-o | 必須 | 出力ファイル設定 | NULL |
-O | 選択 | 出力ファイル設定 | NULL |
-single | 選択 | 傾斜軸を一つに設定 | 1 |
-InterpolationMode | 選択 | 展開モード | 1 |
-Double | 選択 | 傾斜軸を2つに設定 | |
-DoubleCounter | 選択 | -Doubleを宣言した上で使用 2つの傾斜軸を選択し、設定する |
NULL |
-CounterThreshold | 選択 | -Doubleを宣言した上で使用 波形の谷の閾値 |
1e-6 |
-CounterThresholdMode | 選択 | -Doubleを宣言した上で使用 波形の谷の閾値のモード |
0 |
-WeightMode | 選択 | -Doubleを宣言した上で使用 重心のモード |
0 |
-thicknessWeight | 選択 | -Doubleを宣言した上で使用 重心の深さ |
|
-Sub | 選択 | -Doubleを宣言した上で使用 下位サンプリング |
1 |
-PlusXrot | 選択 | rasmolのためにx軸を180°回転 | |
-SIRT | 選択 | 同時反復再構成法 | |
-max | 選択 | -SIRTを宣言した上で使用 同時反復再構成法の最大値設定 |
30 |
-rms | 選択 | -SIRTを宣言した上で使用 同時反復再構成法の平方2乗平均を設定 |
1.0 |
-CTF | 選択 | -SIRTを宣言した上で使用 CTFInfoファイルを設定 |
NULL |
-m | 選択 | モード | 0 |
-h | 選択 | ヘルプを表示 |