「mrc3Dto2D」の版間の差分
(2人の利用者による、間の15版が非表示) | |||
行2: | 行2: | ||
== オプション一覧 == | == オプション一覧 == | ||
− | ===メインオプション== | + | ===メインオプション=== |
− | <table border="1 | + | <table border="1"> |
− | + | ||
<tr> | <tr> | ||
<th>オプション</th> | <th>オプション</th> | ||
行44: | 行43: | ||
<td>-EulerMode</td> | <td>-EulerMode</td> | ||
<td>選択</td> | <td>選択</td> | ||
− | <td> | + | <td>[[オイラー角]]の回転モード設定</td> |
<td>ZOYS</td> | <td>ZOYS</td> | ||
</tr> | </tr> | ||
行75: | 行74: | ||
===モードの詳細=== | ===モードの詳細=== | ||
− | <table border="1 | + | <table border="1"> |
− | + | ||
<tr> | <tr> | ||
<th>モード</th> | <th>モード</th> | ||
行93: | 行91: | ||
===-InterpolationModeの詳細=== | ===-InterpolationModeの詳細=== | ||
− | <table border="1 | + | <table border="1"> |
− | + | ||
<tr> | <tr> | ||
<th>モード</th> | <th>モード</th> | ||
行114: | 行111: | ||
<td>3</td> | <td>3</td> | ||
<td>多項式法</td> | <td>多項式法</td> | ||
− | </tr> | + | </tr> |
− | + | ||
</table> | </table> | ||
+ | |||
+ | ===オプション-EAのRotModeの設定の詳細=== | ||
+ | 一桁目: どの軸から回転を始めるか設定 | ||
+ | 二桁目: 回転軸の順番を設定1 | ||
+ | O…Z→Y→Xの順に回転軸を変更する | ||
+ | E…Z→X→Yの順に回転軸を変更する | ||
+ | 三桁目: 回転軸の順番の設定2 | ||
+ | Y…順番を維持する | ||
+ | N…順番を逆順にする | ||
+ | 四桁目: 回転方法を設定 | ||
+ | S…物体そのものをまわす | ||
+ | R…座標を移動させる | ||
+ | |||
+ | |||
+ | == 実行例 == | ||
+ | ===入力画像=== | ||
+ | [[画像:121p.png]] | ||
+ | |||
+ | |||
+ | [[pdbInfo]]でみた入力ファイルの詳細 | ||
+ | |||
+ | [[画像:121p-Info.png]] | ||
+ | |||
+ | |||
+ | [[pdb2mrc]]で3Dの[[mrc]]ファイルに変更 | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>XY平面</td> | ||
+ | <td>YZ平面</td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>[[画像:121p.mrc.png]]</td> | ||
+ | <td>[[画像:121p.mrc-2.png]]</td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | <br> | ||
+ | |||
+ | ===オプション必須項目のみの場合=== | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>[[画像:121p.no2.out-m0.png]]</td> | ||
+ | <td>最小<br> | ||
+ | 最大<br> | ||
+ | 平均値<br> | ||
+ | 標準偏差<br> | ||
+ | 標準誤差<br> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td>0<br> | ||
+ | 0.186008<br> | ||
+ | 0.00302756<br> | ||
+ | 0.0128325<br> | ||
+ | 7.12722e-07<br> | ||
+ | </td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | <br> | ||
+ | |||
+ | ===オプション -Rot1 -Rot2 -Rot3=== | ||
+ | |||
+ | <div>すべてRot 0 180 30で設定<br> | ||
+ | </div> | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>XY平面</td> | ||
+ | <td>YZ平面</td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>[[画像:121p.no2.out-Rot-2.png]]</td> | ||
+ | <td>[[画像:121p.no2.out-Rot-1.png]]</td> | ||
+ | <td>最小<br> | ||
+ | 最大<br> | ||
+ | 平均値<br> | ||
+ | 標準偏差<br> | ||
+ | 標準誤差<br> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td>0<br> | ||
+ | 0.175<br> | ||
+ | 0.00302838<br> | ||
+ | 0.0129759<br> | ||
+ | 8.75794e-06<br> | ||
+ | </td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | <br> | ||
+ | |||
+ | ===オプション -EulerMode=== | ||
+ | |||
+ | <div>Rot1,Rot2,Rot3のすべて 0 180 30で、EulerModeをXOYSで設定<br> | ||
+ | </div> | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>XY平面</td> | ||
+ | <td>YZ平面</td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>[[画像:121p.no2.out-Rot-EY2.png]]</td> | ||
+ | <td>[[画像:121p.no2.out-Rot-EY.png]]</td> | ||
+ | <td>最小<br> | ||
+ | 最大<br> | ||
+ | 平均値<br> | ||
+ | 標準偏差<br> | ||
+ | 標準誤差<br> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td>0<br> | ||
+ | 0.175<br> | ||
+ | 0.00303008<br> | ||
+ | 0.0129694<br> | ||
+ | 8.75351e-06<br> | ||
+ | </td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | <br> | ||
+ | |||
+ | <div>以降はすべてRot 0 180 30で設定</div> | ||
+ | |||
+ | ===オプション -InterpolationMode=== | ||
+ | ====InterpolationMode:0==== | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>[[画像:121p.no2.out-In0.png]]</td> | ||
+ | <td>最小<br> | ||
+ | 最大<br> | ||
+ | 平均値<br> | ||
+ | 標準偏差<br> | ||
+ | 標準誤差<br> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td>0<br> | ||
+ | 0.2125<br> | ||
+ | 0.00301082<br> | ||
+ | 0.0137354<br> | ||
+ | 9.27052e-06<br> | ||
+ | </td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | <br> | ||
+ | |||
+ | ====InterpolationMode:1==== | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>[[画像:121p.no2.out-In1.mrc.png]]</td> | ||
+ | <td>最小<br> | ||
+ | 最大<br> | ||
+ | 平均値<br> | ||
+ | 標準偏差<br> | ||
+ | 標準誤差<br> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td>0<br> | ||
+ | 0.175<br> | ||
+ | 0.00302838<br> | ||
+ | 0.0129759<br> | ||
+ | 8.75794e-06<br> | ||
+ | </td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | <div>デフォルトは1なので画像に変化はない。</div> | ||
+ | <br> | ||
+ | |||
+ | ====InterpolationMode:2==== | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>[[画像:121p.no2.out-In2.png]]</td> | ||
+ | <td>最小<br> | ||
+ | 最大<br> | ||
+ | 平均値<br> | ||
+ | 標準偏差<br> | ||
+ | 標準誤差<br> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td>-0.0325619<br> | ||
+ | 0.213961<br> | ||
+ | 0.00302793<br> | ||
+ | 0.0137247<br> | ||
+ | 9.26332e-06<br> | ||
+ | </td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | <br> | ||
+ | |||
+ | ====InterpolationMode:3==== | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>[[画像:121p.no2.out-In3.png]]</td> | ||
+ | <td>最小<br> | ||
+ | 最大<br> | ||
+ | 平均値<br> | ||
+ | 標準偏差<br> | ||
+ | 標準誤差<br> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td>-5.4667<br> | ||
+ | 184.383<br> | ||
+ | 3.28548<br> | ||
+ | 13.7206<br> | ||
+ | 0.00926055<br> | ||
+ | </td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> |
2014年1月20日 (月) 00:32時点における最新版
mrc3Dto2Dとは3D画像から2D画像を生成するEosのコマンドである。ここでいう3D画像と2D画像とは、それぞれ主に参照像、投影像のことを指す。類似構造や結晶構造(PDBファイル)から様々な角度の投影像を取得できる。得られた投影像は、単粒子解析において粒子の角度決定に用いられる。
オプション一覧
メインオプション
オプション | 必須項目/選択項目 | 説明 | デフォルト |
---|---|---|---|
-i | 必須 | 入力ファイル設定 | NULL |
-o | 必須 | 出力ファイル設定 | NULL |
-Rot1 | 選択 | 最初の回転 | 0.0 360.0 10 |
-Rot2 | 選択 | 2度目の回転 | 0.0 360.0 10 |
-Rot3 | 選択 | 最後の回転 | 0.0 360.0 10 |
-EulerMode | 選択 | オイラー角の回転モード設定 | ZOYS |
-InterpolationMode | 選択 | 展開モード | 1 |
-AreaMode | 選択 | エリアモード:投影をする全空間の形 0:立方体 1:球 |
0 |
-m | 選択 | モード | 0 |
-h | 選択 | ヘルプを表示 |
モードの詳細
モード | 説明 |
---|---|
0 | 投影像の数はそのまま |
1 | 回転角を減少させる nRot3=1とRot2の軸が2D画像平面に垂直であるなら、投影像の数を減少させることができる |
-InterpolationModeの詳細
モード | 説明 |
---|---|
0 | 最短距離法 |
1 | 線形補間法 |
2 | 3次補間法 |
3 | 多項式法 |
オプション-EAのRotModeの設定の詳細
一桁目: どの軸から回転を始めるか設定 二桁目: 回転軸の順番を設定1 O…Z→Y→Xの順に回転軸を変更する E…Z→X→Yの順に回転軸を変更する 三桁目: 回転軸の順番の設定2 Y…順番を維持する N…順番を逆順にする 四桁目: 回転方法を設定 S…物体そのものをまわす R…座標を移動させる
実行例
入力画像
pdbInfoでみた入力ファイルの詳細
XY平面 | YZ平面 |
オプション必須項目のみの場合
最小 最大 |
0 0.186008 |
オプション -Rot1 -Rot2 -Rot3
XY平面 | YZ平面 | ||
最小 最大 |
0 0.175 |
オプション -EulerMode
XY平面 | YZ平面 | ||
最小 最大 |
0 0.175 |
オプション -InterpolationMode
InterpolationMode:0
最小 最大 |
0 0.2125 |
InterpolationMode:1
最小 最大 |
0 0.175 |
InterpolationMode:2
最小 最大 |
-0.0325619 0.213961 |
InterpolationMode:3
最小 最大 |
-5.4667 184.383 |