「mrcFETnormalizeBySD」の版間の差分

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(同じ利用者による、間の3版が非表示)
行14: 行14:
 
<td>-i</td>  
 
<td>-i</td>  
 
<td>必須</td>  
 
<td>必須</td>  
−
<td>入力ファイルリスト</td>  
+
<td>入力ファイルリスト: [[ASCII]]</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行32: 行32:
 
<td>-rSD</td>  
 
<td>-rSD</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
−
<td>FETSDfile読み出し</td>  
+
<td>FETSDfile読み出し: [[mrcImage]]</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行38: 行38:
 
<td>-wSD</td>  
 
<td>-wSD</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
−
<td>FETSDfile書き込み</td>  
+
<td>FETSDfile書き込み: [[mrcImage]]</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行70: 行70:
 
       do not use when the inputFileList is large
 
       do not use when the inputFileList is large
 
</pre>
 
</pre>
 +
<br>
  
 
===モードの詳細===
 
===モードの詳細===
行82: 行83:
 
</tr>  
 
</tr>  
 
</table>  
 
</table>  
 +
<br>
  
 +
===-i のフォーマット===
 +
<pre>
 +
FETファイル1
 +
FETファイル2
 +
.
 +
.
 +
 +
</pre>
 +
<br>
 +
 +
===-wSD のフォーマット===
 +
<div>以下のフォーマットで[[mrcImage]]を作成する</div>
 +
<pre>
 +
幅の平均        歪度の平均        尖度の平均
 +
幅の標準偏差  歪度の標準偏差  尖度の標準偏差
 +
</pre>
 +
<br>
  
 
== 実行例 ==
 
== 実行例 ==
 +
===入力ファイル===
 +
<div>-i のデータ</div>
 +
<pre>
 +
Input-1VOM-2D-FET.radon
 +
Input-1VOM-Rot-2D-FET.radon
 +
Input-1VOM-Rot3-2D-FET.radon
 +
 +
</pre>
 +
<br>
 +
 +
<div>[[:Media:Input-1VOM-2D-FET.radon|Input-1VOM-2D-FET.radon]]を[[mrcImageMakeDump]]で見た場合</div>
 +
<pre>
 +
      0.0533889        0.309261        2.42345
 +
      0.0535469        0.316717        2.42278
 +
      0.0537852        0.328374        2.42103
 +
      0.054231        0.323276        2.40269
 +
      0.0542998        0.329251        2.40747
 +
 +
-中略-
 +
 +
      0.0524661      -0.297861        2.44797
 +
      0.0529934      -0.293378        2.42465
 +
      0.0531624      -0.301725        2.42459
 +
      0.0533889      -0.309261        2.42345
 +
      0.0535469      -0.316717        2.42278
 +
 +
-中略-
 +
 +
      0.052111        0.276049        2.44385
 +
      0.0523056        0.288111        2.44664
 +
      0.0524661        0.297861        2.44797
 +
      0.0529934        0.293378        2.42465
 +
      0.0531625        0.301725        2.42459
 +
</pre>
 +
<br>
 +
 +
<div>[[:Media:Input-1VOM-Rot-2D-FET.radon|Input-1VOM-Rot-2D-FET.radon]]を[[mrcImageMakeDump]]で見た場合</div>
 +
<pre>
 +
      0.0296636      -0.0427556        1.98361
 +
      0.0295906      -0.0384619        1.97451
 +
      0.0294273      -0.0328908        1.96459
 +
      0.0293268      -0.0282282        1.95575
 +
      0.0292469      -0.0232475        1.94798
 +
 +
-中略-
 +
 +
      0.0301512      0.0511498        2.02086
 +
      0.0300728      0.0476488        2.01232
 +
      0.0300809      0.0480092        1.99483
 +
      0.0299709      0.0427557        1.98361
 +
      0.0298862        0.038462        1.97451
 +
 +
-中略-
 +
 +
      0.0304165      -0.0592456        2.04089
 +
      0.0301904      -0.0554404        2.03163
 +
      0.0299399      -0.0511498        2.02086
 +
      0.0298144      -0.0476488        2.01232
 +
      0.0297851      -0.0480091        1.99483
 +
</pre>
 +
<br>
 +
 +
<div>[[:Media:Input-1VOM-Rot3-2D-FET.radon|Input-1VOM-Rot3-2D-FET.radon]]を[[mrcImageMakeDump]]で見た場合</div>
 +
<pre>
 +
      0.0553769        0.289028        2.36296
 +
      0.0546224        0.299151        2.37506
 +
      0.0541597        0.296936        2.36456
 +
      0.0537064        0.294374        2.35207
 +
      0.0532336        0.291347        2.34144
 +
 +
-中略-
 +
 +
      0.0562323      -0.273584        2.39666
 +
      0.0559653      -0.274274          2.3896
 +
      0.0554794      -0.276069        2.38097
 +
      0.0553769      -0.289028        2.36296
 +
      0.0546224      -0.299152        2.37506
 +
 +
-中略-
 +
 +
      0.0567532        0.269964        2.41348
 +
      0.0565171        0.272261        2.40528
 +
      0.0562323        0.273584        2.39666
 +
      0.0559653        0.274274          2.3896
 +
      0.0554794        0.276069        2.38097
 +
</pre>
 +
<br>
 +
 +
===オプション必須項目のみの場合===
 +
<div>出力結果</div>
 +
<pre>
 +
0.046142  0.011605
 +
0.176595  0.159164
 +
2.266799  0.193134
 +
</pre>
 +
<br>
 +
 +
===オプション　-o, -wSD===
 +
<div>-o のファイルを[[mrcImageMakeDump]]で見た場合</div>
 +
<pre>
 +
        0.80458        0.624979        0.591161
 +
      -1.40951        -1.41115        -1.40819
 +
      0.604928        0.786169        0.817027
 +
</pre>
 +
<br>
 +
 +
<div>-wSD のファイルを[[mrcImageMakeDump]]で見た場合</div>
 +
<pre>
 +
      0.0116049        0.159164        0.193134
 +
      0.0461423        0.176595          2.2668
 +
</pre>
 +
<br>

2014年3月12日 (水) 08:28時点における最新版

mrcFETnormalizeBySDとはEosのコマンドである。


オプション一覧

メインオプション

オプション 必須項目/選択項目 説明 デフォルト
-i 必須 入力ファイルリスト: ASCII NULL
-is 選択 入力ファイルリスト: [SDcalc用] NULL
-o 選択 出力ファイル: mrcImage NULL
-rSD 選択 FETSDfile読み出し: mrcImage NULL
-wSD 選択 FETSDfile書き込み: mrcImage NULL
-c 選択 コンフィグファイル設定 NULL
-m 選択 モードを設定 0
-h 選択 ヘルプを表示 　 
-is  :[inputsample] is FileList for SDcalculation.
           use when the inputFileList is large
-rSD : to use SDdata(without calculate) mrc format
-wSD : write out the SDdata as mrc format
       this file can be used next normalize with "-rSD"command.
-o   : save all normalized data into one mrcImage.
       do not use when the inputFileList is large


モードの詳細

モード 説明
0


-i のフォーマット

FETファイル1
FETファイル2
.
.


-wSD のフォーマット

以下のフォーマットでmrcImageを作成する
幅の平均        歪度の平均         尖度の平均
幅の標準偏差  歪度の標準偏差  尖度の標準偏差


実行例

入力ファイル

-i のデータ
Input-1VOM-2D-FET.radon
Input-1VOM-Rot-2D-FET.radon
Input-1VOM-Rot3-2D-FET.radon




      0.0533889        0.309261         2.42345 
      0.0535469        0.316717         2.42278 
      0.0537852        0.328374         2.42103 
       0.054231        0.323276         2.40269 
      0.0542998        0.329251         2.40747 

-中略-

      0.0524661       -0.297861         2.44797 
      0.0529934       -0.293378         2.42465 
      0.0531624       -0.301725         2.42459 
      0.0533889       -0.309261         2.42345 
      0.0535469       -0.316717         2.42278 

-中略-

       0.052111        0.276049         2.44385 
      0.0523056        0.288111         2.44664 
      0.0524661        0.297861         2.44797 
      0.0529934        0.293378         2.42465 
      0.0531625        0.301725         2.42459 



      0.0296636      -0.0427556         1.98361 
      0.0295906      -0.0384619         1.97451 
      0.0294273      -0.0328908         1.96459 
      0.0293268      -0.0282282         1.95575 
      0.0292469      -0.0232475         1.94798 

-中略-

      0.0301512       0.0511498         2.02086 
      0.0300728       0.0476488         2.01232 
      0.0300809       0.0480092         1.99483 
      0.0299709       0.0427557         1.98361 
      0.0298862        0.038462         1.97451 

-中略-

      0.0304165      -0.0592456         2.04089 
      0.0301904      -0.0554404         2.03163 
      0.0299399      -0.0511498         2.02086 
      0.0298144      -0.0476488         2.01232 
      0.0297851      -0.0480091         1.99483 



      0.0553769        0.289028         2.36296 
      0.0546224        0.299151         2.37506 
      0.0541597        0.296936         2.36456 
      0.0537064        0.294374         2.35207 
      0.0532336        0.291347         2.34144 

-中略-

      0.0562323       -0.273584         2.39666 
      0.0559653       -0.274274          2.3896 
      0.0554794       -0.276069         2.38097 
      0.0553769       -0.289028         2.36296 
      0.0546224       -0.299152         2.37506 

-中略-

      0.0567532        0.269964         2.41348 
      0.0565171        0.272261         2.40528 
      0.0562323        0.273584         2.39666 
      0.0559653        0.274274          2.3896 
      0.0554794        0.276069         2.38097


オプション必須項目のみの場合

出力結果
0.046142  0.011605
0.176595  0.159164
2.266799  0.193134


オプション　-o, -wSD

-o のファイルをmrcImageMakeDumpで見た場合
        0.80458        0.624979        0.591161 
       -1.40951        -1.41115        -1.40819 
       0.604928        0.786169        0.817027


-wSD のファイルをmrcImageMakeDumpで見た場合
      0.0116049        0.159164        0.193134 
      0.0461423        0.176595          2.2668



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