「mrcImage(API)」の版間の差分

2015年3月23日 (月) 05:47時点における最新版

DataManip/mrcImageは、mrcImage型の画像を取り扱うための低水準APIです。

定数

マスク処理

typedef unsigned int mrcStatusMask;
typedef unsigned int mrcStatusType;

#define  mrcStatusMask_ExitFailure  ((mrcStatusMask)0x80000000L)
#define  mrcStatusMask_Warning      ((mrcStatusMask)0x40000000L)
#define  mrcStatusMask_Information  ((mrcStatusMask)0x20000000L)
#define  mrcStatusMask_Message      ((mrcStatusMask)0x10000000L)
#define  mrcStatusMask_1B           ((mrcStatusMask)0x08000000L)
#define  mrcStatusMask_1A           ((mrcStatusMask)0x04000000L)
#define  mrcStatusMask_19           ((mrcStatusMask)0x02000000L)
#define  mrcStatusMask_18           ((mrcStatusMask)0x01000000L)
#define  mrcStatusMask_17           ((mrcStatusMask)0x00800000L)
#define  mrcStatusMask_16           ((mrcStatusMask)0x00400000L)
#define  mrcStatusMask_15           ((mrcStatusMask)0x00200000L)
#define  mrcStatusMask_14           ((mrcStatusMask)0x00100000L)
#define  mrcStatusMask_ReferMRCInfo ((mrcStatusMask)0x00080000L)
#define  mrcStatusMask_Mode         ((mrcStatusMask)0x00040000L)
#define  mrcStatusMask_ReferMemory  ((mrcStatusMask)0x00020000L)
#define  mrcStatusMask_ReferFile    ((mrcStatusMask)0x00010000L)

mrcファイルの状態

#define  MRC_Status_OK              ((mrcStatusType)0x00000000L)

#define  MRC_FileCanNotOpened       ((mrcStatusType)0x00000000L|mrcStatusMask_ReferFile)
#define  MRC_ImageHeaderCanNotRead  ((mrcStatusType)0x00000001L|mrcStatusMask_ReferFile)
#define  MRC_ImageDataCanNotRead    ((mrcStatusType)0x00000002L|mrcStatusMask_ReferFile)
#define  MRC_ImageHeaderCanNotWrite ((mrcStatusType)0x00000003L|mrcStatusMask_ReferFile)
#define  MRC_ImageDataCanNotWrite   ((mrcStatusType)0x00000004L|mrcStatusMask_ReferFile)
#define  MRC_FileCanNotClosed       ((mrcStatusType)0x00000005L|mrcStatusMask_ReferFile)

#define  MRC_MemoryNotAllocate      ((mrcStatusType)0x00000000L|mrcStatusMask_ReferMemory)

#define  MRC_ModeNotSupported       ((mrcStatusType)0x00000000L|mrcStatusMask_Mode)
#define  MRC_ModeZNot1FFTMode       ((mrcStatusType)0x00000001L|mrcStatusMask_Mode)

#define  MRC_SizeOfZero             ((mrcStatusType)0x00000000L|mrcStatusMask_ReferMRCInfo)

extern char* mrcImageGeneralTypeList[];

サイズ

ヘッダサイズ

#define MRC_HEADER (1024)

テイラサイズ

#define MRC_TAILER (1024)

画像モード

mrcファイル互換のための定義

typedef	mrcImageParaTypeInteger mrcImageMode;
#define	MRC_char_image	    	 ((mrcImageMode)0)
#define	MRC_short_image	    	 ((mrcImageMode)1)
#define	MRC_float_image	    	 ((mrcImageMode)2)
#define	MRC_complex_short_ft     ((mrcImageMode)3)
#define	MRC_complex_float_ft     ((mrcImageMode)4)
#define	MRC_long_image	         ((mrcImageMode)101)
#define	MRC_double_image	     ((mrcImageMode)102)
#define	MRC_complex_long_ft      ((mrcImageMode)103)
#define	MRC_complex_double_ft    ((mrcImageMode)104)
#define	MRC_complex_short_fft    ((mrcImageMode)1003)
#define	MRC_complex_float_fft    ((mrcImageMode)1004)
#define	MRC_complex_long_fft     ((mrcImageMode)1103)
#define	MRC_complex_double_fft   ((mrcImageMode)1104)
#define	MRC_NotSuppotedMode      ((mrcImageMode)0xffffffffL)

#define	mrcCharImage	    	 ((mrcImageMode)0)
#define	mrcShortImage	    	 ((mrcImageMode)1)
#define	mrcFloatImage	    	 ((mrcImageMode)2)
#define	mrcComplexShortFT        ((mrcImageMode)3)
#define	mrcComplexFloatFT        ((mrcImageMode)4)
#define	mrcComplexFloatOneDimFT  ((mrcImageMode)5)

IMOD

#define	mrcUShortImage           ((mrcImageMode)6)
#define	mrcCharImageRGB          ((mrcImageMode)16)

IMOD: (6,7) -> (26,27)

#define	mrcFloatRadonImage       ((mrcImageMode)26)
#define	mrcFloatRadonFT          ((mrcImageMode)27)
#define	mrcLongImage	         ((mrcImageMode)101)
#define	mrcDoubleImage	         ((mrcImageMode)102)
#define	mrcComplexLongFT         ((mrcImageMode)103)
#define	mrcComplexDoubleFT       ((mrcImageMode)104)
#define	mrcComplexShortFFT       ((mrcImageMode)1003)
#define	mrcComplexFloatFFT       ((mrcImageMode)1004)
#define	mrcComplexLongFFT        ((mrcImageMode)1103)
#define	mrcComplexDoubleFFT      ((mrcImageMode)1104)
#define	mrcNotSuppotedMode       ((mrcImageMode)0xffffffffL)

#define MRC_MAX_LABEL_N    (10)
#define MRC_MAX_LABEL_LEN  (80)
#define MRC_MAX_EXTRA      (29)
#define MRC_MAX_EXTRA_CCP4 (15)

2D投影モード

#define  mrcImageTailerMode2DProjection 0

画像情報

統計データの算出モード

typedef enum mrcImageInformationMode {
	meanOfAll             = 0,
	meanOfSphereSurface   = 1,
	meanOfCylinderSurface = 2,
	meanOfEdge            = 3, 
	meanOfCentre          = 4,
	meanOfSparse          = 5,
	meanOf2DEdgeY         = 6,
	RMSofAllPixels       = 7
} mrcImageInformationMode;

平均値などを算出する関数(lmrcImageInformation、lmrcImageSolventFlattening(API)など)のモードとして設定します。
mrcImageInformation.modeの値として使用します。

ピクセルデータ

データの種類

typedef enum mrcPixelDataType {
    mrcPixelRePart = 0,
    mrcPixelImPart,
    mrcPixelMag,
    mrcPixelPow,
    mrcPixelLogMag,
    mrcPixelLogPow,
    mrcPixelPhase
} mrcPixelDataType;

設定・取得するピクセルデータのタイプで、mrcPixselDataSetやmrcPixselDataGetの引数(mode)として使用します。

モード	実画像	FT画像
mrcPixelRePart	データ	実部データ
mrcPixelImPart	対応無し	虚部データ
mrcPixelMag	データ	振幅: (実部^2 + 虚部^2)^(1/2)
mrcPixelPow	データ^2	強度: 実部^2 + 虚部^2
mrcPixelLogMag	対応無し	ログ振幅: (log10(実部^2 + 虚部^2)) / 2
mrcPixelLogPow	対応無し	ログ強度: log10(実部^2 + 虚部^2)
mrcPixelPhase	対応無し	位相

補間方法

typedef enum mrcPixelDataHowToGet {
    mrcPixelHowNearest = 0,
    mrcPixelHowLinear,
    mrcPixelHowCubicConv,
    mrcPixelHowPolySig
} mrcPixelDataHowToGet;

ピクセルデータの補間方法で、mrcPixselDataGetの引数(how)として使用します。

モード	設定値	補間方法
mrcPixelHowNearest	0	最近傍法
mrcPixelHowLinear	1	線形補間法
mrcPixelHowCubicConv	2	３次補間法
mrcPixelHowPolySig	3	２次曲面補間法

mrcImageDataSetMode

typedef enum mrcImageDataSetMode {
	mrcImageDataSetModeCentre = 0,
	mrcImageDataSetModeOrigin = 1
} mrcImageDataSetMode;

mrcImageDataSetのモードとして使用します。

定数名	値	説明
mrcImageDataSetModeCentre	0	画像の中心から取得する
mrcImageDataSetModeOrigin	1	原点から取得する

構造体

マスク処理

typedef union MRC_Status_t {
   mrcStatusType all;
   struct Content {
#ifdef M68
       unsigned char level;
       unsigned char category;
       short detail;
#else
       short detail;
       unsigned char category;
       unsigned char level;
#endif
	} status;
} MRC_Status_t;

#ifdef M68
typedef int mrcImageParaTypeInteger;
#else
typedef int mrcImageParaTypeInteger;
#endif

typedef float mrcImageParaTypeReal;
typedef unsigned char mrcImageParaTypeCharacter;

座標

整数: ピクセルデータなどを扱うときに使用します。

typedef struct mrcImageParaTypeIntegerCoord {
	mrcImageParaTypeInteger x;
	mrcImageParaTypeInteger y;
	mrcImageParaTypeInteger z;
} mrcImageParaTypeIntegerCoord;

実数: 実データやPDBデータなどを扱うときに使用します。

typedef struct mrcImageParaTypeRealCoord {
	mrcImageParaTypeReal x;
	mrcImageParaTypeReal y;
	mrcImageParaTypeReal z;
} mrcImageParaTypeRealCoord;

mrcImageの構造

typedef struct mrcImage {
	mrcImageHeader          Header;
	size_t BytePerImage;
	mrcImageParaTypeInteger BytePerBand;
	mrcImageParaTypeInteger BandPerPixel;
	size_t PixelPerImage;
	mrcStatusType           status;
	char*           Image;
	unsigned char*  ImageCharImage;
	unsigned short* ImageShortImage;
	unsigned long*  ImageLongImage;
	float*          ImageFloatImage;
	double*         ImageDoubleImage;

	/* Tailer */
	mrcImageTailer*         Tailer;	
	mrcImageParaTypeInteger numTailer;

	/* FEIextendedHeader */
	FEIextendedHeader*      FEIHeader;
	mrcImageParaTypeInteger numFEIHeader;

 	/* Dummy */
	char*     dummyHeader;
	mrcImageParaTypeInteger dummyHeaderByte;

	/* Swap Bytes */
	mrcImageParaTypeInteger flagByteSwap;

	/* flag CCP4-2000 */
	mrcImageParaTypeInteger   flagCCP4;
	mrcImageParaTypeInteger   ImageOffset; 
	mrcImageSymmetryOperator* SymmetryOperator;
} mrcImage;

構成	対応メンバ	役割
ヘッダ情報	Header	画像モード、サイズなど
隠しデータ	BytePerImage, BytePerBand, BandPerPixel, PixelPerImage	1ピクセル当たりのオングストロームなど
ステータス	status	ファイルの状態
画像データ	Image, ImageCharImage, ... , ImageDoubleImage	画像データ本体(実体はImage、他メンバはポインタで管理)
テイラ情報	Tailer, numTailer	角度情報など
FEIヘッダ	FEIHeader, numFEIHeader	FEI用の拡張ヘッダ
ダミー	dummyHeaderByte	ダミーデータ
バイトスワップ	flagByteSwap	処理系によったエンディアン関連のフラグ
CCP4-2000	flagCCP4, ImageOffset, SymmetryOperator	CCP4-2000用

ヘッダ情報

デフォルト

typedef struct _mrcImageHeader {
	mrcImageParaTypeIntegerCoord        N;	    /* Data Numbers */
	mrcImageMode                        Mode;   /* Data Type */
	mrcImageParaTypeIntegerCoord        StartN; /* First in map */
	mrcImageParaTypeIntegerCoord        M;	    /* Number of Intervals */
	mrcImageParaTypeRealCoord           Length; /* Cell Dimensions : Angstrom */
	mrcImageParaTypeReal                Alpha;  /* Cell Angle : Degree */
	mrcImageParaTypeReal                Beta;
	mrcImageParaTypeReal                Gamma;
	mrcImageParaTypeInteger             MAPC;   /* Which Axis Corresponds to Columns */
	mrcImageParaTypeInteger             MAPR;   /* Which Axis Corresponds to Rows */
	mrcImageParaTypeInteger             MAPS;   /* Which Axis Corresponds to Sections */
	mrcImageParaTypeReal                AMin;   /* Minimum Density Value */
	mrcImageParaTypeReal                AMax;   /* Maximum Density Value */
	mrcImageParaTypeReal                AMean;  /* Mean Density Value */
	mrcImageParaTypeInteger             ISPG;   /* Space Group */
	mrcImageParaTypeInteger             NSYMBT; /* Number of bytes */
	mrcImageParaTypeReal                EXTRA[MRC_MAX_EXTRA]; /* Extra, user defined storage space */
	mrcImageParaTypeReal                OriginX;
	mrcImageParaTypeReal                OriginY;
	mrcImageParaTypeInteger             LabelN;
	char                                Label[MRC_MAX_LABEL_N][MRC_MAX_LABEL_LEN];
} _mrcImageHeader;

CCP4 2000

typedef struct _mrcImageHeaderCCP4 {
	mrcImageParaTypeIntegerCoord        N;	    /* Data Numbers */
	mrcImageMode                        Mode;   /* Data Type */
	mrcImageParaTypeIntegerCoord        StartN; /* First in map */
	mrcImageParaTypeIntegerCoord        NI;	    /* Number of Intervals */
	mrcImageParaTypeRealCoord           Length; /* Cell Dimensions : Angstrom */
	mrcImageParaTypeReal                Alpha;  /* Cell Angle : Degree */
	mrcImageParaTypeReal                Beta;
	mrcImageParaTypeReal                Gamma;
	mrcImageParaTypeInteger             MAPC;   /* Which Axis Corresponds to Columns */
	mrcImageParaTypeInteger             MAPR;   /* Which Axis Corresponds to Rows */
	mrcImageParaTypeInteger             MAPS;   /* Which Axis Corresponds to Sections */
	mrcImageParaTypeReal                AMin;   /* Minimum Density Value */
	mrcImageParaTypeReal                AMax;   /* Maximum Density Value */
	mrcImageParaTypeReal                AMean;  /* Mean Density Value */
	mrcImageParaTypeInteger             ISPG;   /* Space Group */
	mrcImageParaTypeInteger             NSYMBT; /* Number of bytes used for storing symmetry operators */
	mrcImageParaTypeInteger             LSKFLG; /* Flag for Skew transformation */
	mrcImageParaTypeReal 				SKWMAT[9]; /* Skew matrix S */
	mrcImageParaTypeReal 				SKWTRN[3]; /* Skew translation */
	mrcImageParaTypeReal                EXTRA[MRC_MAX_EXTRA_CCP4]; /* Extra, user defined storage space */
	mrcImageParaTypeCharacter  			MAP[4];
	mrcImageParaTypeInteger  			MARCHST;
	mrcImageParaTypeReal                ARMS;
	mrcImageParaTypeInteger             LabelN;
	char                                Label[MRC_MAX_LABEL_N][MRC_MAX_LABEL_LEN];
} _mrcImageHeaderCCP4;

IMOD

typedef struct _mrcImageHeaderIMOD {
	mrcImageParaTypeIntegerCoord        N;	    /* Data Numbers */
	mrcImageMode                        Mode;   /* Data Type */
	mrcImageParaTypeIntegerCoord        StartN; /* First in map */
	mrcImageParaTypeIntegerCoord        M;	    /* Number of Intervals */
	mrcImageParaTypeRealCoord           Length; /* PixelSize=Len/M: Angstrom */
	mrcImageParaTypeReal                Alpha;  /* Cell Angle : Degree */
	mrcImageParaTypeReal                Beta;
	mrcImageParaTypeReal                Gamma;
	mrcImageParaTypeInteger             MAPC;   /* Which Axis Corresponds to Columns */
	mrcImageParaTypeInteger             MAPR;   /* Which Axis Corresponds to Rows */
	mrcImageParaTypeInteger             MAPS;   /* Which Axis Corresponds to Sections */
	mrcImageParaTypeReal                AMin;   /* Minimum Density Value */
	mrcImageParaTypeReal                AMax;   /* Maximum Density Value */
	mrcImageParaTypeReal                AMean;  /* Mean Density Value */
	mrcImageParaTypeInteger             ISPG;   /* Space Group */
	mrcImageParaTypeInteger             NSYMBT; /* Number of bytes used for extended header */
	short                               creatid; /* Flag for Skew transformation */
	short                               extra1[15]; /* Flag for Skew transformation */
	short                               nint;
	short                               nreal; /*l Skew matrix S */
	mrcImageParaTypeReal                extra2[5]; /* Extra, user defined storage space */
	mrcImageParaTypeInteger             imodStamp;   
	mrcImageParaTypeInteger             imodFlags;   
	short                               idtype;   
	short                               lnes;   
	short                               nd1;   
	short                               nd2;   
	short                               vd1;   
	short                               vd2;   
	mrcImageParaTypeReal                tiltangles[6]; /* Extra, user defined storage space */
	mrcImageParaTypeReal                xorg; /* Extra, user defined storage space */
	mrcImageParaTypeReal                yorg; /* Extra, user defined storage space */
	mrcImageParaTypeReal                zorg; /* Extra, user defined storage space */
	mrcImageParaTypeCharacter  			MAP[4];
	mrcImageParaTypeInteger  			MARCHST;
	mrcImageParaTypeReal                ARMS;
	mrcImageParaTypeInteger             LabelN;
	char                                Label[MRC_MAX_LABEL_N][MRC_MAX_LABEL_LEN];
} _mrcImageHeaderIMOD;

ヘッダの共用体

以上で定義したヘッダを共用体とします。

typedef union mrcImageHeader {
  unsigned char           All[MRC_HEADER];
  mrcImageParaTypeInteger Int[MRC_HEADER/4];
  mrcImageParaTypeReal    Real[MRC_HEADER/4];
  _mrcImageHeader         Cont;
  _mrcImageHeaderCCP4     ContCCP4;
  _mrcImageHeaderIMOD     ContIMOD;
} mrcImageHeader;

メンバー呼び出しの省略表記を定義

#define HeaderN       Header.Cont.N       
#define HeaderMode    Header.Cont.Mode    
#define HeaderStartN  Header.Cont.StartN  
#define HeaderM       Header.Cont.M       
#define HeaderLength  Header.Cont.Length  
#define HeaderAlpha   Header.Cont.Alpha   
#define HeaderBeta    Header.Cont.Beta    
#define HeaderGamma   Header.Cont.Gamma   
#define HeaderMAPC    Header.Cont.MAPC    
#define HeaderMAPR    Header.Cont.MAPR    
#define HeaderMAPS    Header.Cont.MAPS    
#define HeaderAMin    Header.Cont.AMin    
#define HeaderAMax    Header.Cont.AMax    
#define HeaderAMean   Header.Cont.AMean   
#define HeaderISPG    Header.Cont.ISPG    
#define HeaderNSYMBT  Header.Cont.NSYMBT  
#define HeaderLSKFLG  Header.ContCCP4.LSKFLG
#define HeaderEXTRA   Header.Cont.EXTRA
#define HeaderOriginX Header.Cont.OriginX 
#define HeaderOriginY Header.Cont.OriginY  
#define HeaderLabelN  Header.Cont.LabelN
#define HeaderLabel   Header.Cont.Label

FEI

#define FEI_EXTENDED_HEADER_EACH (128)

typedef struct _FEIextendedHeader {
	mrcImageParaTypeReal aTilt;   // Alpha tilt, in degrees
	mrcImageParaTypeReal bTilt;   // Beta tilt, in degrees 
	mrcImageParaTypeReal xStage;  // Stage x position. 
								  // Normally in SI units (meters), 
								  // but some older files may be in micrometers. 
								  // Check by looking at values for x,y,z. 
								  // If one of these exceeds 1, it will be micrometers.
	mrcImageParaTypeReal yStage;  // Stage y position. For testing of units see x_stage.
	mrcImageParaTypeReal zStage;  // Stage z position. For testing of units see x_stage.
	mrcImageParaTypeReal xShift;  // Image shift x. For testing of units see x_stage.
	mrcImageParaTypeReal yShift;  // Image shift y. For testing of units see x_stage.
	mrcImageParaTypeReal defocus;  
	mrcImageParaTypeReal expTime;  
	mrcImageParaTypeReal mean;  
	mrcImageParaTypeReal tiltAxis;  
	mrcImageParaTypeReal pixelSize;  
	mrcImageParaTypeReal magnification;  
	mrcImageParaTypeReal ht;  
	mrcImageParaTypeReal binning;  
	mrcImageParaTypeReal appliedDefocus;  
	mrcImageParaTypeReal reminder[FEI_EXTENDED_HEADER_EACH/4-16];  
} _FEIextendedHeader;

typedef union FEIextendedHeader {
	mrcImageParaTypeReal Real[FEI_EXTENDED_HEADER_EACH/4];
	_FEIextendedHeader   Cont;
} FEIextendedHeader;

テイラ情報

typedef struct _mrcImageTailer {
	char                 		Code[4]; 
	mrcImageParaTypeInteger		Mode;  
	char                        EulerAngleMode[4];
	mrcImageParaTypeReal 		Rot1;   
	mrcImageParaTypeReal 		Rot2;
	mrcImageParaTypeReal 		Rot3;
	mrcImageParaTypeInteger 	Mirror;
} _mrcImageTailer;

typedef union mrcImageTailer {
  unsigned char           All[MRC_TAILER];
  mrcImageParaTypeInteger Int[MRC_TAILER/4];
  mrcImageParaTypeReal    Real[MRC_TAILER/4];
  _mrcImageTailer         Cont;
} mrcImageTailer;

typedef char mrcImageSymmetryOperator;

画像の統計データ

mrcImageの統計データを格納する構造体です。
データはmrcImageInformation(API)から取得して、主に入力情報として使用します。

typedef struct mrcImageInformation {
	double mean;
	double rootMeanSquare;
	double meanOfSphereSurface;
	double sdOfSphereSurface;
	double seOfSphereSurface;
	double meanOfCylinderSurface;
	double sdOfCylinderSurface;
	double seOfCylinderSurface;
	double meanOfEdge;
	double sdOfEdge;
	double seOfEdge;
	double max;
	mrcImageParaTypeRealCoord maxCoord;
	double min;
	mrcImageParaTypeRealCoord minCoord;
	double sd;
	double se;
	double rmax;
	long flagrmax;
	double RMS; /* Root mean square */
	int mode;

	/* For Search Area */
	int flagXrange;
	int flagYrange;
	int flagZrange;
	double XrangeMin; 
	double XrangeMax; 
	double YrangeMin; 
	double YrangeMax; 
	double ZrangeMin; 
	double ZrangeMax; 

	int flagCentre;
	double CentreX;
	double CentreY;
	double CentreZ;
} mrcImageInformation;

API毎の設定ファイル

lmrcImageSmoothingInfo

lmrcImageSmoothingの設定データとして使用します。

typedef struct lmrcImageSmoothingInfo  {
	long mode;
	mrcImageParaTypeReal sx; /* Filter kernel size */
	mrcImageParaTypeReal sy;
	mrcImageParaTypeReal sz;
	double sigma;            /* for Lee-Sigma filter  */
} lmrcImageSmoothingInfo;

lmrcImageCVEInfo

lmrcImageCVEの設定データとして使用します。

typedef struct lmrcImageCVEInfo {
	long sx; /* CVE domain size. */
	long sy; /* Apr.30,1996 */
	long sz;
} lmrcImageCVEInfo;

lmrcImageTfunctionInfo

lmrcImageTfunctionの設定データとして使用します。

typedef struct lmrcImageTfunctionInfo {
	long sx; /* Tfunction domain size. */
	long sy; /* June 11,1996 */
	long sz;
} lmrcImageTfunctionInfo;

lmrcImageHighlightInfo

lmrcImageHighlightingの設定データとして使用します。

typedef struct lmrcImageHighlightInfo {
	long mode;
	float Bias; /* May 1,1996 */
	float Grad;
} lmrcImageHighlightInfo;

lmrcImageLowPassFilterInfo

lmrcImageLowPassFilterの設定データとして使用します。

typedef struct lmrcImageLowPassFilterInfo 
{
	long mode; /* June 4,1996 */
	float hvp, width;
} lmrcImageLowPassFilterInfo;

lmrcImageHighPassFilterInfo

lmrcImageHighPassFilterの設定データとして使用します。

typedef struct lmrcImageHighPassFilterInfo 
{
	long mode; /* June 5,1996 */
	float hvp, width;
	float pathWindowLow;
	float pathWindowHigh;
} lmrcImageHighPassFilterInfo;

lmrcImageBandPassFilterInfo

lmrcImageBandPassFilterの設定データとして使用します。

typedef struct lmrcImageBandPassFilterInfo 
{
	long mode; /* June 5,1996 */
	float hvl, hvh, wl, wh;
	int flagLowWeight;
	double lowWeight;
} lmrcImageBandPassFilterInfo;

lmrcImageMultiCTFCompensationInfo

lmrcImageMultiCTFCompensationの設定データとして使用します。

typedef enum lmrcImageMultiCTFCompensationSolventFlatteningMode {
	lmrcImageMultiCTFCompensationSolventFlatteningModeDensityPeakIsSolvent=0,
	lmrcImageMultiCTFCompensationSolventFlatteningModeDefinedSTDIsSolvent=1
} lmrcImageMultiCTFCompensationSolventFlatteningMode;

typedef struct lmrcImageMultiCTFCompensationInfo {
	long   maxiteration;
	double okrms;
	long   diversefactor;
	double z;
	long   nhist;
	FILE*  logfile;
	lmrcImageMultiCTFCompensationSolventFlatteningMode solventMode;
	float  definedSTD;	 	
} lmrcImageMultiCTFCompensationInfo;

lmrcImageCTFSNInfo

lmrcImageCTFSNの設定データとして使用します。

typedef struct lmrcImageCTFSNInfo
{
	long mode, deg1, deg2;
	ctfInfo ctf;
} lmrcImageCTFSNInfo;

lmrcImageFourierPowerSpectrumInfo

lmrcImageFourierPowerSpectrumの設定データとして使用します。

typedef struct mrcImageFourierPowerSpectrum
{
	long n;
	double d, *h;
} mrcImageFourierPowerSpectrum;

typedef struct lmrcImageFourierPowerSpectrumInfo
{
	double dX, dY, dZ;
} lmrcImageFourierPowerSpectrumInfo;

API

初期化

画像データの初期化

extern mrcStatusType mrcInit(mrcImage* mrc, char* filaname);

ヘッダ情報(画像モードやサイズ)を別のmrcファイルから読み出す場合はfilenameにファイル名を指定し、NULLの場合はデフォルト設定となります。画像データをmrcのメンバーImageに新規作成し, ポインタをImageXXXXImage(XXXX: Char, Shortなど)に格納されます。

※ このAPIは無条件でmrc->Imageにメモリを確保しますので、mrc->Imageが空であることが保証されるときのみ使用して下さい。(空でない場合はmrcImageFreeでメモリを解放してから確認します。)

ヘッダ情報の初期化

extern mrcStatusType mrcDefaultHeaderValueSet(mrcImage* mrc);
extern mrcStatusType mrcDefaultHeaderValueSetOnlyFixedValue(mrcImage* mrc);

隠しデータの設定

extern mrcStatusType mrcHiddenDataSet(mrcImage* mrc, long mode);

テイラ情報の初期化

extern void mrcTailerInit(mrcImage* mrc, long mode);

画像データの解放

extern void mrcImageFree(mrcImage* mrc, char* message);

画像データの実体(Image)を解放し、Image, ImageXXXXImage(XXXX: Char, Shortなど)をNULLポインタとします。

ファイルの読み込み

filenameを読み出して、mrcへ格納する。

extern mrcStatusType mrcFileRead  (mrcImage* mrc, char* filename, char* message, long mode);

extern mrcStatusType mrcImageRead (mrcImage* mrc, char* filename, char* message, long mode);
extern mrcStatusType mrcHeaderRead(mrcImage* mrc, char* filename, char* message, long mode);
extern mrcStatusType mrcTailerRead(mrcImage* mrc, char* filename, char* message, long mode);

extern mrcStatusType mrcFileReadGeneral  (mrcImage* mrc, char* filename, char* type, char* message, long mode);
extern mrcStatusType mrcImageReadGeneral  (mrcImage* mrc, char* filename, char* type, char* message, long mode);
extern mrcStatusType mrcHeaderReadGeneral(mrcImage* mrc, char* filename, char* type, char* message, long mode);
extern mrcStatusType mrcTailerReadGeneral(mrcImage* mrc, char* filename, char* type, char* message, long mode);
extern mrcStatusType mrcFileGeneralListPrint(FILE* fpt);

extern mrcStatusType mrcFileReadFEIextendedMRC  (mrcImage* mrc, char* filename, char* message, long mode);
extern mrcStatusType mrcImageReadFEIextendedMRC (mrcImage* mrc, char* filename, char* message, long mode);
extern mrcStatusType mrcHeaderReadFEIextendedMRC(mrcImage* mrc, char* filename, char* message, long mode);
extern mrcStatusType mrcTailerReadFEIextendedMRC(mrcImage* mrc, char* filename, char* message, long mode);

extern mrcStatusType mrcFileReadIMODextendedMRC  (mrcImage* mrc, char* filename, char* message, long mode);
extern mrcStatusType mrcImageReadIMODextendedMRC (mrcImage* mrc, char* filename, char* message, long mode);
extern mrcStatusType mrcHeaderReadIMODextendedMRC(mrcImage* mrc, char* filename, char* message, long mode);
extern mrcStatusType mrcTailerReadIMODextendedMRC(mrcImage* mrc, char* filename, char* message, long mode);

message: エラーメッセージ用
mode: 読み込みデータを 0: 表示しない, 1: 表示する

ファイルの書き出し

extern mrcStatusType mrcFileWrite  (mrcImage* mrc, char* filename, char* message, long mode);
extern mrcStatusType mrcImageWrite (mrcImage* mrc, char* filename, char* message, long mode);
extern mrcStatusType mrcHeaderWrite(mrcImage* mrc, char* filename, char* message, long mode);
extern mrcStatusType mrcTailerWrite(mrcImage* mrc, char* filename, char* message, long mode);

#define mrcFileWriteModeGet(x)     BYTE4GETBYTE(x,0)
#define mrcImageWriteModeGet(x)    BYTE4GETBYTE(x,1)
#define mrcHeaderWriteModeGet(x)   BYTE4GETBYTE(x,2)
#define mrcTailerWriteModeGet(x)   BYTE4GETBYTE(x,3)
#define mrcFileWriteMode_InfoPrint         1
#define mrcFileWriteMode_NoCallForStatData 2

message: エラーメッセージ用
mode: +1: 書き出しデータを表示する, +2: 統計データを計算しない

低分解能での書き出し

ip2mrcなどで使用されています。

extern mrcStatusType mrcFileWriteLowerResolution(mrcImage* mrc, char* filename, char* message, long sample , long mode);

データコピー

src -> dst へコピーする

画像データのコピー

extern void lmrcImageCopy(mrcImage* dst, mrcImage* src, mrcImageParaTypeRealCoord to);

to: オフセット(座標)

テイラ情報のコピー

extern void mrcTailerCopy(mrcImage* dst, mrcImage* src, long mode);

mode: +1: 新規作成してコピーする, それ以外: そのままコピーする

画像モードのチェック

extern int IsFloatImage(mrcImage* mrc, char* message, mrcImageParaTypeInteger mode);
extern int IsFloatFT(mrcImage* mrc, char* message, mrcImageParaTypeInteger mode);
extern int IsImage(mrcImage* mrc, char* message, mrcImageParaTypeInteger mode);
extern int IsFT(mrcImage* mrc, char* message, mrcImageParaTypeInteger mode);
extern int IsFFT(mrcImage* mrc, char* message, mrcImageParaTypeInteger mode);

戻り値: 0: 該当しない, 1: 該当する

画素データの取得

ピクセル単位の画素データの取得

extern double mrcPixelDataGet(mrcImage* mrc,
                              mrcImageParaTypeReal x /* Pixel Unit */,
                              mrcImageParaTypeReal y /* Pixel Unit */,
                              mrcImageParaTypeReal z /* Pixel Unit */,
                              double* data,
                              mrcPixelDataType mode,
                              mrcPixelDataHowToGet how);

座標(x, y, z)におけるデータを取得し、dataに格納されます。
mode及びhowにより取得するデータが異なります。

オングストローム単位での画素データの取得

extern double mrcImageDataGetbyAU(mrcImage* mrc,
                              mrcImageParaTypeReal x /* Angstrom */,
                              mrcImageParaTypeReal y /* Angstrom */,
                              mrcImageParaTypeReal z /* Angstrom */,
                              double* data,
                              mrcPixelDataType mode,
                              mrcPixelDataHowToGet how);

インライン型関数の画素データの取得

extern inline double mrcPixelDataGetFloatImage(mrcImage* img,
                mrcImageParaTypeInteger x, mrcImageParaTypeInteger y, mrcImageParaTypeInteger z)

extern inline double mrcPixelDataGetFloatFTRe(mrcImage* fft,
                mrcImageParaTypeInteger x, mrcImageParaTypeInteger y, mrcImageParaTypeInteger z)

extern inline double mrcPixelDataGetFloatFTIm(mrcImage* fft,
                mrcImageParaTypeInteger x, mrcImageParaTypeInteger y, mrcImageParaTypeInteger z)

画素のデータの設定

画像情報の設定

extern void mrcInfoSet(mrcImage* mrc, FILE* fptIn, FILE* fptOut, mrcImageParaTypeInteger mode);

画素情報の設定

extern void mrcImageInfoSet(mrcImage* mrc, FILE* fptIn, FILE* fptOut, long mode);

フィラメントデータの作成

入力ファイルinを基にフィラメントデータoutを作成する。
mrcImageDataSetMode(mode)によって、inの取得位置が異なることに注意。

extern void mrcImageDataSet(mrcImage* out, 
							mrcImage* in, 
							mrcImageParaTypeReal x,
							mrcImageParaTypeReal y,
							mrcImageParaTypeReal z,
							float phi,
							mrcImageDataSetMode  mode);

ピクセル単位の画素データの設定

extern double mrcPixelDataSet(mrcImage* mrc,
			      mrcImageParaTypeReal x /* Pixel Unit */,
			      mrcImageParaTypeReal y /* Pixel Unit */,
			      mrcImageParaTypeReal z /* Pixel Unit */,
			      double data,
			      mrcPixelDataType mode);

オングストローム単位での画素データの設定

extern double mrcImageDataSetbyAU(mrcImage* mrc,
			      mrcImageParaTypeReal x /* Angstrom */,
			      mrcImageParaTypeReal y /* Angstrom */,
			      mrcImageParaTypeReal z /* Angstrom */,
			      double data,
			      mrcPixelDataType mode);

インライン型関数の画素データの設定

static inline void mrcPixelDataSetFloatImage(mrcImage* img, 
		mrcImageParaTypeInteger x, mrcImageParaTypeInteger y, mrcImageParaTypeInteger z, double data)

static inline void mrcPixelDataSetFloatFTRe(mrcImage* fft, 
		mrcImageParaTypeInteger x, mrcImageParaTypeInteger y, mrcImageParaTypeInteger z, double data)

static inline void mrcPixelDataSetFloatFTIm(mrcImage* fft, 
		mrcImageParaTypeInteger x, mrcImageParaTypeInteger y, mrcImageParaTypeInteger z, double data)

画素データの統計処理

最大値、最小値、平均値を算出(mrcのヘッダ情報に格納する)

extern void mrcStatDataSet(mrcImage* mrc, mrcImageParaTypeInteger mode);

画像処理一般のライブラリ

画像の演算(mrcImageOperation)

単項演算

加算

void lmrcImageAddedByReal(mrcImage* img, double d);                       img := img+d

減算

void lmrcImageMeanSubtraction(mrcImage* out, mrcImage* in)                      out  :=  in - mean
void lmrcImageMeanSubtraction(mrcImage* out, mrcImage* in)                      out  :=  in - mean
void lmrcImageSubtraction(mrcImage* out, mrcImage* in, double value)            out  :=  in - value

除算

void lmrcImageDevidedByReal(mrcImage* img, double d);                     img := img/d
void lmrcImageDevidedByRealForOnlyPositive(mrcImage* img, double d);      img := img/d, if img>=0, else img:=img;
void lmrcImageDevidedByImage(mrcImage* img, mrcImage* i1, mrcImage* i2);        img := i1/i2, 0 := 0/0, 0 := x/0

絶対値

void ImageAbs(mrcImage* out ,mrcImage* in);                               out := fabs(in);

２乗、平方根

void lmrcImageSquare(mrcImage* in);                                       in := in*in
void lmrcImageRoot(mrcImage* in ,double eps);                             in := sqrt(in), if in>eps else in:=0

２項演算

連続加算

void lmrcImageAdd(mrcImage* img2, mrcImage* img1, long* number);                img2 := img2 + img1, number++

２乗加算

void lmrcSQRImageAdd(mrcImage* img2, mrcImage* img1, long* number);             img2 := img2 + img1*img1, number++

減算

void lmrcImageSubtractionCalc(mrcImage* out, mrcImage* in1, mrcImage* in2)      out  :=  in1 - in2
void llmrcImageSub(mrcImage*out ,mrcImage* in1 ,mrcImage* in2)                  out  : = in1 - in2（上記と同じ機能）

畳み込み

extern void lmrcImageConvolution(mrcImage* out, mrcImage* in,  mrcImage* kernel, int mode);

統計

void lmrcImagetMapForZero(mrcImage* t, mrcImage* avg, mrcImage* se);           t  := avg/se,  at present, avg, se must be given.
void lmrcImageSN(mrcImage* sn, mrcImage* avg, mrcImage* sig);                  sn := avg/sig, at present, avg, sig must be given.
void mrcImageStdDev(mrcImage* sig, mrcImage* avg, mrcImage* avg2, long number); sig:= sqrt(avg2 - avg*avg), at present, avg, avg2 must be given.
void mrcImageStdErr(mrcImage* se, mrcImage* avg, mrcImage* avg2, long number);  se := sqrt(avg2 - avg*avg)/number, at present, avg, avg2 must be given.

エンディアン関連

extern int mrcImageByteSwap(mrcImage* mrc, long mode);

投影

extern void lmrcImageXSection(mrcImage* proj, mrcImage* img, double Y);
extern void lmrcImageYSection(mrcImage* proj, mrcImage* img, double X);
extern void lmrcImageXProjection(mrcImage* proj, mrcImage* img);
extern void lmrcImageYProjection(mrcImage* proj, mrcImage* img);
extern void lmrcImageZProjection(mrcImage* proj, mrcImage* img);
extern void lmrcImageXYProjection(mrcImage* proj, mrcImage* img);
extern void lmrcImageYZProjection(mrcImage* proj, mrcImage* img);
extern void lmrcImageZXProjection(mrcImage* proj, mrcImage* img);

ヒストグラム

extern void lmrcImageHistgram(double** hist, unsigned long nlevel, mrcImage* img);
extern void lmrcImageHistgram2(double** hist, double delta, mrcImage* img);
extern void lmrcImageHistgram5(double** hist, unsigned long nlevel, double Low, double High, mrcImage* img);
extern void lmrcImageHistgram3(double** hist, unsigned long nlevel, mrcImage* img);
extern void lmrcImageHistgram4(double** hist, double delta, mrcImage* img);
extern void lmrcImageHistgram6(double** hist, unsigned long nlevel, double Low, double High, mrcImage* img);

統計データの取得

mrcImageデータから画像の統計データを取得する。

extern void lmrcImageInformation(mrcImageInformation* info, mrcImage* img);

画素データ変換

画素データをint型に変換する

extern void lmrcImageToIntImage(mrcImage* dst, mrcImage* src, mrcImageParaTypeInteger mode);

FFT関連

extern void lfft2d(mrcImage* fft, mrcImage* img);

extern void lmrcImageFFT(mrcImage* fft, mrcImage* img, long mode);
extern void lmrcImageFFTFirstDimensionOnly(mrcImage* fft, mrcImage* img, long mode);
#ifdef FFTW
extern void lmrcImageFFTWFlagSet(unsigned int flag);
#endif
extern void lmrcFFTFGconj(mrcImage* out, mrcImage* in1, mrcImage* in2);
extern void lmrcFFTFxG(mrcImage* out, mrcImage* in1, mrcImage* in2);

画像データの相関

extern void lmrcImageCorrelation(mrcImage* out, mrcImage* in, mrcImage* ref, long mode);
extern void lmrcImageCorrelationModePrint(FILE* fpt);

extern void lmrcImageCorrelationWithCTFCompensation(mrcImage* out, mrcImage* in, ctfInfo* inctf, mrcImage* ref, ctfInfo* refctf, long mode);

エラー処理

extern mrcStatusType mrcError(char* message, char* inRtnName, char* callRtnName, mrcStatusType status);
extern mrcStatusType mrcErrorMsg(FILE* fpt, char* message, char* inRtnName, char* callRtnName, mrcStatusType status);

コマンド毎の処理

lmrcFFTInfo

extern floatVector* lmrcFSInfoXAxisMag(mrcImage* fft);
extern floatVector* lmrcFSInfoXAxisPhase(mrcImage* fft);
extern floatVector* lmrcFSInfoYAxisMag(mrcImage* fft);
extern floatVector* lmrcFSInfoYAxisPhase(mrcImage* fft);

extern floatVector* lmrcFSInfoScatteringAngularDistribution(mrcImage* fft);
extern floatVector* lmrcFSInfoScatteringAngularDistributionAverage(mrcImage* fft);
extern floatVector* lmrcFSInfoScatteringAngularDistributionSD(mrcImage* fft);
extern floatVector* lmrcFSInfoSpacing(mrcImage* fft);

mrcImageCheckSameSize

extern void lmrcImageCheckSameSize(mrcImage* in, mrcImage* ref);

mrcImageCheckFFT

入力ファイルinのモードに関係なくFFT画像をrefへ出力します。

extern void lmrcImageCheckFFT(mrcImage* in, mrcImage* ref);

lmrcImageSmoothing

設定データlmrcImageSmoothingInfoを使用します。

extern void lmrcImageSmoothingModeInfo(FILE* fpt);
extern void lmrcImageSmoothing(mrcImage* dst, mrcImage* src, lmrcImageSmoothingInfo* info, long mode);

lmrcImageCVE

設定データlmrcImageCVEInfoを使用します。

extern void lmrcImageCVE(mrcImage* dst, mrcImage* src, lmrcImageCVEInfo* info);

lmrcImageTfunction

設定データlmrcImageTfunctionInfoを使用します。

extern void lmrcImageTfunction(mrcImage* dst, mrcImage* src, lmrcImageTfunctionInfo* info, long mode);

lmrcImageHighlighting

設定データlmrcImageHighlightInfoを使用します。

extern void lmrcImageHighlightingInfoPrint(FILE* fpt);
extern void lmrcImageHighlighting(mrcImage* dst, mrcImage* src, lmrcImageHighlightInfo* info);

lmrcImageLowPassFilter

設定データlmrcImageLowPassFilterInfoを使用します。

extern void lmrcImageLowPassFilter(mrcImage* dst, mrcImage* src, lmrcImageLowPassFilterInfo* info, long mode);

lmrcImageHighPassFilter

設定データlmrcImageHighPassFilterInfoを使用します。

extern void lmrcImageHighPassFilter(mrcImage* dst, mrcImage* src, lmrcImageHighPassFilterInfo* info, long mode);

lmrcImageBandPassFilter

設定データlmrcImageBandPassFilterInfoを使用します。

extern void lmrcImageBandPassFilter(mrcImage* dst, mrcImage* src, lmrcImageBandPassFilterInfo* info, long mode);

lmrcImageShrink

extern void lmrcImageShrink(mrcImage* dst, mrcImage* src, mrcImageParaTypeIntegerCoord S, long mode);

lmrcImageShift

extern void lmrcImageShift(mrcImage* out, mrcImage* in, mrcImageParaTypeRealCoord shift, mrcPixelDataHowToGet mode);
extern void lmrcImageShiftFollowingGC(mrcImage* out, mrcImage* in, int mode);

mrcImagePrint

extern  void mrcInfoPrint(FILE* fpt, mrcImage* mrc, mrcImageParaTypeInteger mode);

lmrcImageMultiCTFCompensation

設定データlmrcImageMultiCTFCompensationInfoを使用します。

extern void lmrcImageMultiCTFCompensationInfoInit(lmrcImageMultiCTFCompensationInfo* info);
extern void lmrcImageMultiCTFCompensationInfoSet(lmrcImageMultiCTFCompensationInfo* info);
extern void lmrcImageMultiCTFCompensation(mrcImage* dst, mrcImage* src, ctfInfo* ctf, long nfile, lmrcImageMultiCTFCompensationInfo info, long mode);

lmrcImageCTFObservation

extern void lmrcImageCTFObservation(mrcImage* dst, mrcImage* src, ctfInfo* ctf, long mode);
extern void lmrcImagesCTFObservation(mrcImage* dst, mrcImage* src, ctfInfo* ctf, long mode);

lmrcImageCTFCompensation

extern void lmrcImageCTFCompensation(mrcImage* src, ctfInfo* ctf, long mode);

lmrcImageCTFSN

設定データlmrcImageCTFSNInfoを使用します。

extern void lmrcImageCTFSN(mrcImage *outMrc, const mrcImage *inMrc, lmrcImageCTFSNInfo *info, long mode);

lmrcImageFourierPowerSpectrum

設定データlmrcImageFourierPowerSpectrumInfoを使用します。

extern mrcImageFourierPowerSpectrum lmrcImageFourierPowerSpectrumMakeSpectrum(const mrcImage *inFFT, lmrcImageFourierPowerSpectrumInfo *info);
extern void lmrcImageFourierPowerSpectrumDeleteSpectrum(mrcImageFourierPowerSpectrum theSpectrum);
extern mrcImageFourierPowerSpectrum lmrcImageFourierPowerSpectrum(const mrcImage *inMrc, lmrcImageFourierPowerSpectrumInfo *info, long mode);

extern void lmrcImageRotation3DModePrint(FILE* fpt);
extern void lmrcImageRotation3DFollowingEulerAngle(mrcImage* dst, mrcImage* src, const char* m, 
	mrcImageParaTypeReal rot1, mrcImageParaTypeReal rot2, mrcImageParaTypeReal rot3, mrcPixelDataHowToGet mode, int mode2);

extern void lmrcImageRotation3DFollowingMatrix3D(mrcImage* dst, mrcImage* src, Matrix3D mat, mrcPixelDataHowToGet mode, int mode2);

extern void lmrcImageRotation3DZXY(mrcImage* dst, mrcImage* src,  
	mrcImageParaTypeReal rotx, mrcImageParaTypeReal roty, mrcImageParaTypeReal rotz, mrcPixelDataHowToGet mode, int mode2);

extern void lmrcImageRotation2D(mrcImage* dst, mrcImage* src, double angle, mrcPixelDataHowToGet mode);

入力画像srcを角度angleで回転した画像をdstへ格納します。（mode: #補間方法）

extern void lmrcImageRotation2DPeriodicBoundary(mrcImage* dst, mrcImage* src, double angle, mrcPixelDataHowToGet mode);

mrcImageSectionGet

extern char* mrcImageSectionGetModeDescription(long mode);
extern void mrcImageSectionGet(mrcImage* dst, mrcImage* src, mrcImageParaTypeReal z, long mode);

mrcImageSectionSet

extern void mrcImageSectionSet(mrcImage* dst, mrcImage* src, mrcImageParaTypeReal z, long mode);
extern double lmrcImageMaxDataGet(mrcImage* src, long mode);

「mrcImage(API)」の版間の差分

2015年3月23日 (月) 05:47時点における最新版

目次

定数

マスク処理

mrcファイルの状態

サイズ

画像モード

mrcファイル互換のための定義

IMOD

IMOD: (6,7) -> (26,27)

2D投影モード

画像情報

ピクセルデータ

データの種類

補間方法

mrcImageDataSetMode

構造体

マスク処理

座標

mrcImageの構造

ヘッダ情報

デフォルト

CCP4 2000

IMOD

ヘッダの共用体

FEI

テイラ情報

画像の統計データ

API毎の設定ファイル

lmrcImageSmoothingInfo

lmrcImageCVEInfo

lmrcImageTfunctionInfo

lmrcImageHighlightInfo

lmrcImageLowPassFilterInfo

lmrcImageHighPassFilterInfo

lmrcImageBandPassFilterInfo

lmrcImageMultiCTFCompensationInfo

lmrcImageCTFSNInfo

lmrcImageFourierPowerSpectrumInfo

API

初期化

画像データの初期化

ヘッダ情報の初期化

隠しデータの設定

テイラ情報の初期化

画像データの解放

ファイルの読み込み

ファイルの書き出し

低分解能での書き出し

データコピー

画像データのコピー

テイラ情報のコピー

画像モードのチェック

画素データの取得

ピクセル単位の画素データの取得

オングストローム単位での画素データの取得

インライン型関数の画素データの取得

画素のデータの設定

画像情報の設定

画素情報の設定

フィラメントデータの作成

ピクセル単位の画素データの設定

オングストローム単位での画素データの設定

インライン型関数の画素データの設定

画素データの統計処理

画像処理一般のライブラリ

画像の演算(mrcImageOperation)

単項演算

加算

減算

除算

絶対値

２乗、平方根

２項演算

連続加算

２乗加算

減算

畳み込み

統計