「mrcImage1dShiftAverageByAnnealing」の版間の差分
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行32: | 行32: | ||
<td>-r</td> | <td>-r</td> | ||
<td>選択</td> | <td>選択</td> | ||
− | <td>Search range of shift. | + | <td>Search range of shift.</td> |
− | <td> | + | <td>Nx</td> |
</tr> | </tr> | ||
<tr> | <tr> | ||
行90: | 行90: | ||
</tr> | </tr> | ||
</table> | </table> | ||
+ | <br> | ||
===-m の詳細=== | ===-m の詳細=== | ||
行114: | 行115: | ||
</tr> | </tr> | ||
</table> | </table> | ||
+ | <br> | ||
===-M の詳細=== | ===-M の詳細=== | ||
行146: | 行148: | ||
</tr> | </tr> | ||
</table> | </table> | ||
+ | <br> | ||
+ | |||
+ | ===-i のフォーマット=== | ||
+ | <pre> | ||
+ | 1Dファイル1 | ||
+ | 1Dファイル2 | ||
+ | . | ||
+ | . | ||
+ | |||
+ | </pre> | ||
+ | <br> | ||
+ | |||
+ | ===-s のフォーマット=== | ||
+ | <pre> | ||
+ | sigpos0 sigval0 | ||
+ | sigpos1 sigval1 | ||
+ | . | ||
+ | . | ||
+ | |||
+ | </pre> | ||
+ | <br> | ||
== 実行例 == | == 実行例 == | ||
+ | ===入力ファイルのデータ=== | ||
+ | <pre> | ||
+ | Input-1VOM-1D.mrc | ||
+ | Input-1VOM-N-1D.mrc | ||
+ | Input-1VOM-N-Rot-1D.mrc | ||
+ | |||
+ | </pre> | ||
+ | <br> | ||
+ | |||
+ | <div>[[Media:Input-1VOM-1D.mrc|Input-1VOM-1D.mrc]]の画像</div> | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>[[画像:Input-1VOM-1D.png]]</td> | ||
+ | <td><p align="left">最小<br> | ||
+ | 最大<br> | ||
+ | 平均値<br> | ||
+ | 標準偏差<br> | ||
+ | 標準誤差<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">9528.98 (1, 0, 0)<br> | ||
+ | 1.05166e+06 (41, 0, 0)<br> | ||
+ | 577032<br> | ||
+ | 281935<br> | ||
+ | 22288.9<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | <br> | ||
+ | |||
+ | <div>[[Media:Input-1VOM-N-1D.mrc|Input-1VOM-N-1D.mrc]]の画像</div> | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>[[画像:Input-1VOM-N-1D.png]]</td> | ||
+ | <td><p align="left">最小<br> | ||
+ | 最大<br> | ||
+ | 平均値<br> | ||
+ | 標準偏差<br> | ||
+ | 標準誤差<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">-24564.9 (1, 0, 0)<br> | ||
+ | 1.12206e+06 (40, 0, 0)<br> | ||
+ | 577190<br> | ||
+ | 290698<br> | ||
+ | 22981.7<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | <br> | ||
+ | |||
+ | <div>[[Media:Input-1VOM-N-Rot-1D.mrc|Input-1VOM-N-Rot-1D.mrc]]の画像</div> | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>[[画像:Input-1VOM-N-Rot-1D.png]]</td> | ||
+ | <td><p align="left">最小<br> | ||
+ | 最大<br> | ||
+ | 平均値<br> | ||
+ | 標準偏差<br> | ||
+ | 標準誤差<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">-27531.3 (2, 0, 0)<br> | ||
+ | 1.11446e+06 (37, 0, 0)<br> | ||
+ | 526414<br> | ||
+ | 325460<br> | ||
+ | 25729.9<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | <br> | ||
+ | |||
+ | ===-s のデータ=== | ||
+ | <pre> | ||
+ | 0 1 | ||
+ | 1 1 | ||
+ | |||
+ | </pre> | ||
+ | <br> | ||
+ | |||
+ | ===オプション必須項目のみの場合=== | ||
+ | <div>出力結果</div> | ||
+ | <pre> | ||
+ | result 1 1 2 79 2.87532e+07 | ||
+ | </pre> | ||
+ | <br> | ||
+ | |||
+ | <div>-o の画像</div> | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>[[画像:Outdata-mrcImage1dShiftAverageByAnnealing.png]]</td> | ||
+ | <td><p align="left">最小<br> | ||
+ | 最大<br> | ||
+ | 平均値<br> | ||
+ | 標準偏差<br> | ||
+ | 標準誤差<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">-5553.38 (1, 0, 0)<br> | ||
+ | 3.11413e+06 (41, 0, 0)<br> | ||
+ | 1.68064e+06<br> | ||
+ | 876078<br> | ||
+ | 69260<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | <br> | ||
+ | |||
+ | ===オプション -r=== | ||
+ | ====r=78で実行==== | ||
+ | <div>出力結果</div> | ||
+ | <pre> | ||
+ | result 1 1 2 0 2.87481e+07 | ||
+ | </pre> | ||
+ | <br> | ||
+ | |||
+ | <div>-o の画像</div> | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>[[画像:Outdata-r-mrcImage1dShiftAverageByAnnealing.png]]</td> | ||
+ | <td><p align="left">最小<br> | ||
+ | 最大<br> | ||
+ | 平均値<br> | ||
+ | 標準偏差<br> | ||
+ | 標準誤差<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">-16386 (2, 0, 0)<br> | ||
+ | 3.09391e+06 (38, 0, 0)<br> | ||
+ | 1.68064e+06<br> | ||
+ | 880057<br> | ||
+ | 69574.6<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | <br> | ||
+ | |||
+ | ===オプション -d=== | ||
+ | ====d=3で実行==== | ||
+ | <div>出力結果</div> | ||
+ | <pre> | ||
+ | result 1 81 2 159 2.87532e+07 | ||
+ | </pre> | ||
+ | <br> | ||
+ | |||
+ | <div>-o の画像</div> | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>[[画像:Outdata-d-mrcImage1dShiftAverageByAnnealing.png]]</td> | ||
+ | <td><p align="left">最小<br> | ||
+ | 最大<br> | ||
+ | 平均値<br> | ||
+ | 標準偏差<br> | ||
+ | 標準誤差<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">-18002.3 (1, 1, 0)<br> | ||
+ | 3.11413e+06 (41, 0, 0)<br> | ||
+ | 1.68056e+06<br> | ||
+ | 876228<br> | ||
+ | 69271.9<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | <br> |
2014年3月5日 (水) 05:23時点における最新版
mrcImage1dShiftAverageByAnnealingとはEosのコマンドである。
目次
オプション一覧
メインオプション
オプション | 必須項目/選択項目 | 説明 | デフォルト |
---|---|---|---|
-i | 必須 | 入力ファイル | NULL |
-s | 必須 | File to define position of signal | NULL |
-o | 必須 | 出力ファイル | NULL |
-r | 選択 | Search range of shift. | Nx |
-d | 選択 | Spacing of molecule(Pixel). | 1.0 |
-T | 選択 | Initial temperature. | 1.0 |
-iter | 選択 | Number of iteration before reducing temperature. | 1000 |
-eps | 選択 | Temperature(T) reduced to (1-epsilon)T. | 0.001 |
-tol | 選択 | Number to identify convergence | 1e-2 |
-c | 選択 | コンフィグファイル設定 | NULL |
-m | 選択 | モードを設定 | 0 |
-M | 選択 | モード2を設定 | 0 |
-h | 選択 | ヘルプを表示 |
-m の詳細
モード | 説明 |
---|---|
0 | All search |
1 | annealing method |
2 | mode 1 and refine by powel |
3 | mode 1 and refine by annealing |
-M の詳細
モード | 説明 |
---|---|
0 | by amplitude |
1 | by power |
2 | by amplitude using only phase |
3 | by power using only phase |
4 | by amplitude using S/sqrt(S) |
5 | by power using only S/sqrt(S) |
-i のフォーマット
1Dファイル1 1Dファイル2 . .
-s のフォーマット
sigpos0 sigval0 sigpos1 sigval1 . .
実行例
入力ファイルのデータ
Input-1VOM-1D.mrc Input-1VOM-N-1D.mrc Input-1VOM-N-Rot-1D.mrc
最小 最大 |
9528.98 (1, 0, 0) 1.05166e+06 (41, 0, 0) |
最小 最大 |
-24564.9 (1, 0, 0) 1.12206e+06 (40, 0, 0) |
最小 最大 |
-27531.3 (2, 0, 0) 1.11446e+06 (37, 0, 0) |
-s のデータ
0 1 1 1
オプション必須項目のみの場合
出力結果
result 1 1 2 79 2.87532e+07
-o の画像
最小 最大 |
-5553.38 (1, 0, 0) 3.11413e+06 (41, 0, 0) |
オプション -r
r=78で実行
出力結果
result 1 1 2 0 2.87481e+07
-o の画像
最小 最大 |
-16386 (2, 0, 0) 3.09391e+06 (38, 0, 0) |
オプション -d
d=3で実行
出力結果
result 1 81 2 159 2.87532e+07
-o の画像
最小 最大 |
-18002.3 (1, 1, 0) 3.11413e+06 (41, 0, 0) |