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2013年12月10日 (火) 02:32時点における版

mrcImage2pdbとはEosコマンドである。


オプション一覧

メインオプション

オプション 必須項目/選択項目 説明 デフォルト
-i 必須 入力ファイル: mrcImage NULL
-o 必須 出力ファイル: pdb NULL
-hi 選択 Value of high threshold. Default is the MAX. 0
-lo 選択 Value of low threshold. Default is the MIN. 0
-L 選択 原子が格子点上にある
-Skip 選択 Skip atoms. 1
-R 選択 Random 0
-d 選択 Delta to select atoms to avoid too much concentration.
(範囲: 0 - 0.5) (モード2 - 4で使用)
0.1
-c 選択 コンフィグファイル設定 NULL
-m 選択 モードを設定 5
-h 選択 ヘルプを表示  

モードの詳細

モード 説明
0 1ボクセルに1原子
1 1ボクセルに8原子
2 On the surface of high threshold. Atoms few.
3 On the surface of high threshold. Atoms medium.
4 On the surface of high threshold. Atoms many
5 (Default) : On the surface of high threshold. Mesh mode.


実行例

入力ファイルの画像

Input-mrcImage2pdb.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

2 (35, 35, 5)
0.384947
0.605556

0.00086508

オプション -hi

hi=1.0で実行

Gravity Centre(CA)       :    1.749823e+02    1.737775e+02    1.243445e+02
Atom far from Centre(CA) :    1.815248e+02 
Atom far from Centre(CA, Axis) :     117.52     158.72     101.84

オプション -lo

lo=0.5, hi=1.0で実行

Gravity Centre(CA)       :    1.749823e+02    1.737775e+02    1.243445e+02
Atom far from Centre(CA) :    1.815248e+02 
Atom far from Centre(CA, Axis) :     117.52     158.72     101.84

オプション -Skip

Skip=2, hi=1.0で実行

Gravity Centre(CA)       :    1.749981e+02    1.742436e+02    1.716905e+02
Atom far from Centre(CA) :    2.047065e+02 
Atom far from Centre(CA, Axis) :     122.50     163.26     149.19

オプション -R

R=1, hi=1.0で実行

Gravity Centre(CA)       :    1.749804e+02    1.737764e+02    1.243504e+02
Atom far from Centre(CA) :    1.823116e+02 
Atom far from Centre(CA, Axis) :     118.76     159.96     103.08

オプション -m

m=0で実行

Gravity Centre(CA)       :    1.749908e+02    1.745666e+02    2.098081e+02
Atom far from Centre(CA) :    1.852709e+02 
Atom far from Centre(CA, Axis) :     115.01     150.43     174.81

m=1で実行

Gravity Centre(CA)       :    1.749392e+02    1.724724e+02    8.514080e+01
Atom far from Centre(CA) :    1.232507e+02 
Atom far from Centre(CA, Axis) :      86.31     118.78      51.39

m=2, hi=1.0で実行

Gravity Centre(CA)       :    1.750000e+02    1.750000e+02    2.500000e+02
Atom far from Centre(CA) :    2.275000e+02 
Atom far from Centre(CA, Axis) :     122.50     162.50     227.50

m=3, hi=1.0で実行

Gravity Centre(CA)       :    1.749981e+02    1.742436e+02    1.717032e+02
Atom far from Centre(CA) :    2.046984e+02 
Atom far from Centre(CA, Axis) :     122.50     163.26     149.20

m=4, hi=1.0で実行

Gravity Centre(CA)       :    1.749823e+02    1.737776e+02    1.243959e+02
Atom far from Centre(CA) :    1.815000e+02 
Atom far from Centre(CA, Axis) :     117.52     158.72     101.90