「mrcImage2pdb」の版間の差分

提供: Eospedia
移動: 案内、検索
(ページの作成:「'''mrcImage2pdb'''とはEosのコマンドである。 == オプション一覧 == ===メインオプション=== <table border="1"> <tr> <th>オプ...」)
 
 
(同じ利用者による、間の4版が非表示)
行1: 行1:
−
'''mrcImage2pdb'''とは[[Eos]]の[[コマンド]]である。
+
'''mrcImage2pdb'''とは[[mrcImage]]ファイルから[[PDB]]ファイルに変換する[[Eos]]の[[コマンド]]である。出力する[[PDB]]ファイルは全てアルファ炭素で構成される。
  
  
行20: 行20:
 
<td>-o</td>  
 
<td>-o</td>  
 
<td>必須</td>  
 
<td>必須</td>  
−
<td>出力ファイル: pdb</td>  
+
<td>出力ファイル: [[PDB]]</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行32: 行32:
 
<td>-lo</td>  
 
<td>-lo</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
−
<td>Value of low threshold. Default is the MIN.</td>  
+
<td>Value of low threshold. Default is the MIN.(m=0, 1で使用)</td>  
 
<td>0</td>  
 
<td>0</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行38: 行38:
 
<td>-L</td>  
 
<td>-L</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
−
<td>Atoms are on lattice points</td>  
+
<td>原子が格子点上にある(m=2 - 4で使用)</td>  
 
<td></td>  
 
<td></td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行56: 行56:
 
<td>-d</td>  
 
<td>-d</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
−
<td>Delta to select atoms to avoid too much concentration. (範囲: 0 - 0.5) (モード2 - 4で使用)</td>  
+
<td>Delta to select atoms to avoid too much concentration.<br>
 +
(範囲: 0 - 0.5) (m=2 - 4で使用)</td>  
 
<td>0.1</td>  
 
<td>0.1</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行78: 行79:
 
</tr>  
 
</tr>  
 
</table>  
 
</table>  
 +
<br>
  
 
===モードの詳細===
 
===モードの詳細===
行87: 行89:
 
<tr>  
 
<tr>  
 
<td>0</td>  
 
<td>0</td>  
−
<td>One atom for one boxel.</td>  
+
<td>1ボクセルに1原子</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 
<tr>  
 
<tr>  
 
<td>1</td>  
 
<td>1</td>  
−
<td>Eight atoms for one boxel.</td>  
+
<td>1ボクセルに8原子</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 
<tr>  
 
<tr>  
行110: 行112:
 
</tr>  
 
</tr>  
 
</table>  
 
</table>  
−
 
+
<br>
  
 
== 実行例 ==
 
== 実行例 ==
 +
===[[Media:Input-ThickFilaments1.mrc | 入力ファイル]]の画像===
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td><p align="Center">[[画像:Input-mrcImageHelicalAveraging.png]]<br>
 +
xy平面<br></p>
 +
</td> 
 +
<td><p align="Center">[[画像:Input1-mrcImageHelicalAveraging.png]]<br>
 +
yz平面<br></p>
 +
</td> 
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">0 (0, 0, 0)<br>
 +
4.07334 (34, 9, 75)<br>
 +
0.00164516<br>
 +
0.0572113<br>
 +
8.29149e-05<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
<br>
 +
 +
===オプション　-hi===
 +
====hi=1e-3で実行====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata-hi-mrcImage2pdb.png]]</td>
 +
<td><p align="left">重心<br>
 +
最大半径<br>
 +
最大半径(座標)<br> </p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">2.708889e+02    2.744812e+02    3.518376e+02<br>
 +
3.279044e+02 <br>
 +
205.11    206.48    252.16<br></p>
 +
</td>
 +
</table>
 +
<br>
 +
 +
===オプション　-Skip===
 +
====Skip=10, hi=1e-3で実行====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata-Skip-mrcImage2pdb.png]]</td>
 +
<td><p align="left">重心<br>
 +
最大半径<br>
 +
最大半径(座標)<br> </p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">2.617321e+02    2.673613e+02    3.468850e+02<br>
 +
3.360901e+02 <br>
 +
214.27    208.64    253.12<br></p>
 +
</td>
 +
</table>
 +
<br>
 +
 +
===オプション　-R===
 +
====R=10, hi=1e-3で実行====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata-R-mrcImage2pdb.png]]</td>
 +
<td><p align="left">重心<br>
 +
最大半径<br>
 +
最大半径(座標)<br> </p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">2.707916e+02    2.743434e+02    3.520507e+02<br>
 +
3.468584e+02 <br>
 +
225.08    226.31    271.93<br></p>
 +
</td>
 +
</table>
 +
<br>
 +
 +
===オプション　-m===
 +
====m=0で実行====
 +
=====その他のオプション設定なし=====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata-m0-mrcImage2pdb.png]]</td>
 +
<td><p align="left">重心<br>
 +
最大半径<br>
 +
最大半径(座標)<br> </p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">2.703961e+02    2.755795e+02    3.510611e+02<br>
 +
3.218664e+02 <br>
 +
201.60    203.58    248.94<br></p>
 +
</td>
 +
</table>
 +
<br>
 +
 +
====lo=2で実行====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata-m0lo-mrcImage2pdb.png]]</td>
 +
<td><p align="left">重心<br>
 +
最大半径<br>
 +
最大半径(座標)<br> </p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">2.782154e+02    2.705846e+02    3.485538e+02<br>
 +
3.201251e+02<br>
 +
206.22    201.42    251.45<br></p>
 +
</td>
 +
</table>
 +
<br>
 +
 +
====m=1で実行====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata-m1-mrcImage2pdb.png]]</td>
 +
<td><p align="left">重心<br>
 +
最大半径<br>
 +
最大半径(座標)<br> </p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">2.703961e+02    2.755795e+02    3.510611e+02<br>
 +
3.251428e+02<br>
 +
203.60    205.58    250.94<br></p>
 +
</td>
 +
</table>
 +
<br>
 +
 +
====m=2, hi=1e-3で実行====
 +
=====その他のオプション設定なし=====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata-m2-mrcImage2pdb.png]]</td>
 +
<td><p align="left">重心<br>
 +
最大半径<br>
 +
最大半径(座標)<br> </p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">2.705893e+02    2.743574e+02    3.518459e+02<br>
 +
3.277470e+02<br>
 +
209.41    210.36    256.15<br></p>
 +
</td>
 +
</table>
 +
<br>
 +
 +
=====-Lで実行=====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td><p align="Center">[[画像:Outdata-m2L-mrcImage2pdb.png]]<br>
 +
水色: -Lあり 茶色: -Lなし<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">重心<br>
 +
最大半径<br>
 +
最大半径(座標)<br> </p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">2.706073e+02    2.744103e+02    3.517186e+02<br>
 +
3.247068e+02<br>
 +
205.39    206.41    252.28<br></p>
 +
</td>
 +
</table>
 +
<br>
 +
 +
=====d=1e-3で実行=====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata-m2d-mrcImage2pdb.png]]</td>
 +
<td><p align="left">重心<br>
 +
最大半径<br>
 +
最大半径(座標)<br> </p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">2.704110e+02    2.745547e+02    3.517133e+02<br>
 +
3.278861e+02<br>
 +
209.59    210.55    256.28<br></p>
 +
</td>
 +
</table>
 +
<br>
 +
 +
====m=3, hi=1e-3で実行====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata-m3-mrcImage2pdb.png]]</td>
 +
<td><p align="left">重心<br>
 +
最大半径<br>
 +
最大半径(座標)<br> </p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">2.706223e+02    2.741782e+02    3.517764e+02<br>
 +
3.322329e+02 <br>
 +
209.37    210.18    256.22<br></p>
 +
</td>
 +
</table>
 +
<br>
 +
 +
====m=4, hi=1e-3で実行====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata-m4-mrcImage2pdb.png]]</td>
 +
<td><p align="left">重心<br>
 +
最大半径<br>
 +
最大半径(座標)<br> </p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">2.707323e+02    2.740721e+02    3.517465e+02<br>
 +
3.347665e+02 <br>
 +
209.26    210.07    256.25<br></p>
 +
</td>
 +
</table>
 +
<br>

2014年3月3日 (月) 23:58時点における最新版

mrcImage2pdbとはmrcImageファイルからPDBファイルに変換するEosのコマンドである。出力するPDBファイルは全てアルファ炭素で構成される。


オプション一覧

メインオプション

オプション 必須項目/選択項目 説明 デフォルト
-i 必須 入力ファイル: mrcImage NULL
-o 必須 出力ファイル: PDB NULL
-hi 選択 Value of high threshold. Default is the MAX. 0
-lo 選択 Value of low threshold. Default is the MIN.(m=0, 1で使用) 0
-L 選択 原子が格子点上にある(m=2 - 4で使用)
-Skip 選択 Skip atoms. 1
-R 選択 Random 0
-d 選択 Delta to select atoms to avoid too much concentration.
(範囲: 0 - 0.5) (m=2 - 4で使用)		 0.1
-c 選択 コンフィグファイル設定 NULL
-m 選択 モードを設定 5
-h 選択 ヘルプを表示 　


モードの詳細

モード 説明
0 1ボクセルに1原子
1 1ボクセルに8原子
2 On the surface of high threshold. Atoms few.
3 On the surface of high threshold. Atoms medium.
4 On the surface of high threshold. Atoms many
5 (Default) : On the surface of high threshold. Mesh mode.


実行例

入力ファイルの画像

Input-mrcImageHelicalAveraging.png
xy平面

Input1-mrcImageHelicalAveraging.png
yz平面

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

4.07334 (34, 9, 75)
0.00164516
0.0572113

8.29149e-05


オプション　-hi

hi=1e-3で実行

Outdata-hi-mrcImage2pdb.png

重心

最大半径

最大半径(座標)

2.708889e+02 2.744812e+02 3.518376e+02

3.279044e+02

205.11 206.48 252.16


オプション　-Skip

Skip=10, hi=1e-3で実行

Outdata-Skip-mrcImage2pdb.png

重心

最大半径

最大半径(座標)

2.617321e+02 2.673613e+02 3.468850e+02

3.360901e+02

214.27 208.64 253.12


オプション　-R

R=10, hi=1e-3で実行

Outdata-R-mrcImage2pdb.png

重心

最大半径

最大半径(座標)

2.707916e+02 2.743434e+02 3.520507e+02

3.468584e+02

225.08 226.31 271.93


オプション　-m

m=0で実行

その他のオプション設定なし
Outdata-m0-mrcImage2pdb.png

重心

最大半径

最大半径(座標)

2.703961e+02 2.755795e+02 3.510611e+02

3.218664e+02

201.60 203.58 248.94


lo=2で実行

Outdata-m0lo-mrcImage2pdb.png

重心

最大半径

最大半径(座標)

2.782154e+02 2.705846e+02 3.485538e+02

3.201251e+02

206.22 201.42 251.45


m=1で実行

Outdata-m1-mrcImage2pdb.png

重心

最大半径

最大半径(座標)

2.703961e+02 2.755795e+02 3.510611e+02

3.251428e+02

203.60 205.58 250.94


m=2, hi=1e-3で実行

その他のオプション設定なし
Outdata-m2-mrcImage2pdb.png

重心

最大半径

最大半径(座標)

2.705893e+02 2.743574e+02 3.518459e+02

3.277470e+02

209.41 210.36 256.15


-Lで実行

Outdata-m2L-mrcImage2pdb.png
水色: -Lあり 茶色: -Lなし

重心

最大半径

最大半径(座標)

2.706073e+02 2.744103e+02 3.517186e+02

3.247068e+02

205.39 206.41 252.28


d=1e-3で実行
Outdata-m2d-mrcImage2pdb.png

重心

最大半径

最大半径(座標)

2.704110e+02 2.745547e+02 3.517133e+02

3.278861e+02

209.59 210.55 256.28


m=3, hi=1e-3で実行

Outdata-m3-mrcImage2pdb.png

重心

最大半径

最大半径(座標)

2.706223e+02 2.741782e+02 3.517764e+02

3.322329e+02

209.37 210.18 256.22


m=4, hi=1e-3で実行

Outdata-m4-mrcImage2pdb.png

重心

最大半径

最大半径(座標)

2.707323e+02 2.740721e+02 3.517465e+02

3.347665e+02

209.26 210.07 256.25



「https://www.yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp/EosJ/index.php?title=mrcImage2pdb&oldid=6687」から取得