「mrcImage2pdb」の版間の差分
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− | '''mrcImage2pdb'''とは[[Eos]]の[[コマンド]] | + | '''mrcImage2pdb'''とは[[mrcImage]]ファイルから[[PDB]]ファイルに変換する[[Eos]]の[[コマンド]]である。出力する[[PDB]]ファイルは全てアルファ炭素で構成される。 |
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<td>-o</td> | <td>-o</td> | ||
<td>必須</td> | <td>必須</td> | ||
− | <td>出力ファイル: | + | <td>出力ファイル: [[PDB]]</td> |
<td>NULL</td> | <td>NULL</td> | ||
</tr> | </tr> | ||
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<td>-lo</td> | <td>-lo</td> | ||
<td>選択</td> | <td>選択</td> | ||
− | <td>Value of low threshold. Default is the MIN.</td> | + | <td>Value of low threshold. Default is the MIN.(m=0, 1で使用)</td> |
<td>0</td> | <td>0</td> | ||
</tr> | </tr> | ||
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<td>-L</td> | <td>-L</td> | ||
<td>選択</td> | <td>選択</td> | ||
− | <td> | + | <td>原子が格子点上にある(m=2 - 4で使用)</td> |
<td></td> | <td></td> | ||
</tr> | </tr> | ||
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<td>-d</td> | <td>-d</td> | ||
<td>選択</td> | <td>選択</td> | ||
− | <td>Delta to select atoms to avoid too much concentration. (範囲: 0 - 0.5) ( | + | <td>Delta to select atoms to avoid too much concentration.<br> |
+ | (範囲: 0 - 0.5) (m=2 - 4で使用)</td> | ||
<td>0.1</td> | <td>0.1</td> | ||
</tr> | </tr> | ||
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</tr> | </tr> | ||
</table> | </table> | ||
+ | <br> | ||
===モードの詳細=== | ===モードの詳細=== | ||
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<tr> | <tr> | ||
<td>0</td> | <td>0</td> | ||
− | <td> | + | <td>1ボクセルに1原子</td> |
</tr> | </tr> | ||
<tr> | <tr> | ||
<td>1</td> | <td>1</td> | ||
− | <td> | + | <td>1ボクセルに8原子</td> |
</tr> | </tr> | ||
<tr> | <tr> | ||
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</tr> | </tr> | ||
</table> | </table> | ||
− | + | <br> | |
== 実行例 == | == 実行例 == | ||
− | === | + | ===[[Media:Input-ThickFilaments1.mrc | 入力ファイル]]の画像=== |
<table> | <table> | ||
<tr> | <tr> | ||
− | <td>[[画像:Input- | + | <td><p align="Center">[[画像:Input-mrcImageHelicalAveraging.png]]<br> |
+ | xy平面<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="Center">[[画像:Input1-mrcImageHelicalAveraging.png]]<br> | ||
+ | yz平面<br></p> | ||
+ | </td> | ||
<td><p align="left">最小<br> | <td><p align="left">最小<br> | ||
最大<br> | 最大<br> | ||
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</td> | </td> | ||
<td><p align="left">0 (0, 0, 0)<br> | <td><p align="left">0 (0, 0, 0)<br> | ||
− | + | 4.07334 (34, 9, 75)<br> | |
− | 0. | + | 0.00164516<br> |
− | 0. | + | 0.0572113<br> |
− | + | 8.29149e-05<br></p> | |
</td> | </td> | ||
</tr> | </tr> | ||
</table> | </table> | ||
+ | <br> | ||
===オプション -hi=== | ===オプション -hi=== | ||
− | ====hi= | + | ====hi=1e-3で実行==== |
− | < | + | <table> |
− | + | <tr> | |
− | + | <td>[[画像:Outdata-hi-mrcImage2pdb.png]]</td> | |
− | + | <td><p align="left">重心<br> | |
− | </ | + | 最大半径<br> |
− | + | 最大半径(座標)<br> </p> | |
− | + | </td> | |
− | + | <td><p align="left">2.708889e+02 2.744812e+02 3.518376e+02<br> | |
− | < | + | 3.279044e+02 <br> |
− | + | 205.11 206.48 252.16<br></p> | |
− | + | </td> | |
− | + | </table> | |
− | </ | + | <br> |
===オプション -Skip=== | ===オプション -Skip=== | ||
− | ====Skip= | + | ====Skip=10, hi=1e-3で実行==== |
− | < | + | <table> |
− | + | <tr> | |
− | + | <td>[[画像:Outdata-Skip-mrcImage2pdb.png]]</td> | |
− | + | <td><p align="left">重心<br> | |
− | </ | + | 最大半径<br> |
+ | 最大半径(座標)<br> </p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">2.617321e+02 2.673613e+02 3.468850e+02<br> | ||
+ | 3.360901e+02 <br> | ||
+ | 214.27 208.64 253.12<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | </table> | ||
+ | <br> | ||
===オプション -R=== | ===オプション -R=== | ||
− | ====R= | + | ====R=10, hi=1e-3で実行==== |
− | < | + | <table> |
− | + | <tr> | |
− | + | <td>[[画像:Outdata-R-mrcImage2pdb.png]]</td> | |
− | + | <td><p align="left">重心<br> | |
− | </ | + | 最大半径<br> |
+ | 最大半径(座標)<br> </p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">2.707916e+02 2.743434e+02 3.520507e+02<br> | ||
+ | 3.468584e+02 <br> | ||
+ | 225.08 226.31 271.93<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | </table> | ||
+ | <br> | ||
===オプション -m=== | ===オプション -m=== | ||
====m=0で実行==== | ====m=0で実行==== | ||
− | < | + | =====その他のオプション設定なし===== |
− | + | <table> | |
− | + | <tr> | |
− | + | <td>[[画像:Outdata-m0-mrcImage2pdb.png]]</td> | |
− | </ | + | <td><p align="left">重心<br> |
+ | 最大半径<br> | ||
+ | 最大半径(座標)<br> </p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">2.703961e+02 2.755795e+02 3.510611e+02<br> | ||
+ | 3.218664e+02 <br> | ||
+ | 201.60 203.58 248.94<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | </table> | ||
+ | <br> | ||
+ | |||
+ | ====lo=2で実行==== | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>[[画像:Outdata-m0lo-mrcImage2pdb.png]]</td> | ||
+ | <td><p align="left">重心<br> | ||
+ | 最大半径<br> | ||
+ | 最大半径(座標)<br> </p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">2.782154e+02 2.705846e+02 3.485538e+02<br> | ||
+ | 3.201251e+02<br> | ||
+ | 206.22 201.42 251.45<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | </table> | ||
+ | <br> | ||
====m=1で実行==== | ====m=1で実行==== | ||
− | < | + | <table> |
− | + | <tr> | |
− | + | <td>[[画像:Outdata-m1-mrcImage2pdb.png]]</td> | |
− | + | <td><p align="left">重心<br> | |
− | </ | + | 最大半径<br> |
+ | 最大半径(座標)<br> </p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">2.703961e+02 2.755795e+02 3.510611e+02<br> | ||
+ | 3.251428e+02<br> | ||
+ | 203.60 205.58 250.94<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | </table> | ||
+ | <br> | ||
− | ====m=2, hi= | + | ====m=2, hi=1e-3で実行==== |
− | < | + | =====その他のオプション設定なし===== |
− | + | <table> | |
− | + | <tr> | |
− | + | <td>[[画像:Outdata-m2-mrcImage2pdb.png]]</td> | |
− | </ | + | <td><p align="left">重心<br> |
+ | 最大半径<br> | ||
+ | 最大半径(座標)<br> </p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">2.705893e+02 2.743574e+02 3.518459e+02<br> | ||
+ | 3.277470e+02<br> | ||
+ | 209.41 210.36 256.15<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | </table> | ||
+ | <br> | ||
− | ==== | + | =====-Lで実行===== |
− | < | + | <table> |
− | + | <tr> | |
− | + | <td><p align="Center">[[画像:Outdata-m2L-mrcImage2pdb.png]]<br> | |
− | + | 水色: -Lあり 茶色: -Lなし<br></p> | |
− | </ | + | </td> |
+ | <td><p align="left">重心<br> | ||
+ | 最大半径<br> | ||
+ | 最大半径(座標)<br> </p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">2.706073e+02 2.744103e+02 3.517186e+02<br> | ||
+ | 3.247068e+02<br> | ||
+ | 205.39 206.41 252.28<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | </table> | ||
+ | <br> | ||
− | ====m= | + | =====d=1e-3で実行===== |
− | < | + | <table> |
− | + | <tr> | |
− | + | <td>[[画像:Outdata-m2d-mrcImage2pdb.png]]</td> | |
− | + | <td><p align="left">重心<br> | |
− | </ | + | 最大半径<br> |
+ | 最大半径(座標)<br> </p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">2.704110e+02 2.745547e+02 3.517133e+02<br> | ||
+ | 3.278861e+02<br> | ||
+ | 209.59 210.55 256.28<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | </table> | ||
+ | <br> | ||
+ | |||
+ | ====m=3, hi=1e-3で実行==== | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>[[画像:Outdata-m3-mrcImage2pdb.png]]</td> | ||
+ | <td><p align="left">重心<br> | ||
+ | 最大半径<br> | ||
+ | 最大半径(座標)<br> </p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">2.706223e+02 2.741782e+02 3.517764e+02<br> | ||
+ | 3.322329e+02 <br> | ||
+ | 209.37 210.18 256.22<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | </table> | ||
+ | <br> | ||
+ | |||
+ | ====m=4, hi=1e-3で実行==== | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>[[画像:Outdata-m4-mrcImage2pdb.png]]</td> | ||
+ | <td><p align="left">重心<br> | ||
+ | 最大半径<br> | ||
+ | 最大半径(座標)<br> </p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">2.707323e+02 2.740721e+02 3.517465e+02<br> | ||
+ | 3.347665e+02 <br> | ||
+ | 209.26 210.07 256.25<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | </table> | ||
+ | <br> |
2014年3月3日 (月) 23:58時点における最新版
mrcImage2pdbとはmrcImageファイルからPDBファイルに変換するEosのコマンドである。出力するPDBファイルは全てアルファ炭素で構成される。
オプション一覧
メインオプション
オプション | 必須項目/選択項目 | 説明 | デフォルト |
---|---|---|---|
-i | 必須 | 入力ファイル: mrcImage | NULL |
-o | 必須 | 出力ファイル: PDB | NULL |
-hi | 選択 | Value of high threshold. Default is the MAX. | 0 |
-lo | 選択 | Value of low threshold. Default is the MIN.(m=0, 1で使用) | 0 |
-L | 選択 | 原子が格子点上にある(m=2 - 4で使用) | |
-Skip | 選択 | Skip atoms. | 1 |
-R | 選択 | Random | 0 |
-d | 選択 | Delta to select atoms to avoid too much concentration. (範囲: 0 - 0.5) (m=2 - 4で使用) |
0.1 |
-c | 選択 | コンフィグファイル設定 | NULL |
-m | 選択 | モードを設定 | 5 |
-h | 選択 | ヘルプを表示 |
モードの詳細
モード | 説明 |
---|---|
0 | 1ボクセルに1原子 |
1 | 1ボクセルに8原子 |
2 | On the surface of high threshold. Atoms few. |
3 | On the surface of high threshold. Atoms medium. |
4 | On the surface of high threshold. Atoms many |
5 | (Default) : On the surface of high threshold. Mesh mode. |
実行例
入力ファイルの画像
最小 最大 |
0 (0, 0, 0) 4.07334 (34, 9, 75) |
オプション -hi
hi=1e-3で実行
重心 最大半径 |
2.708889e+02 2.744812e+02 3.518376e+02 3.279044e+02 |
オプション -Skip
Skip=10, hi=1e-3で実行
重心 最大半径 |
2.617321e+02 2.673613e+02 3.468850e+02 3.360901e+02 |
オプション -R
R=10, hi=1e-3で実行
重心 最大半径 |
2.707916e+02 2.743434e+02 3.520507e+02 3.468584e+02 |
オプション -m
m=0で実行
その他のオプション設定なし
重心 最大半径 |
2.703961e+02 2.755795e+02 3.510611e+02 3.218664e+02 |
lo=2で実行
重心 最大半径 |
2.782154e+02 2.705846e+02 3.485538e+02 3.201251e+02 |
m=1で実行
重心 最大半径 |
2.703961e+02 2.755795e+02 3.510611e+02 3.251428e+02 |
m=2, hi=1e-3で実行
その他のオプション設定なし
重心 最大半径 |
2.705893e+02 2.743574e+02 3.518459e+02 3.277470e+02 |
-Lで実行
重心 最大半径 |
2.706073e+02 2.744103e+02 3.517186e+02 3.247068e+02 |
d=1e-3で実行
重心 最大半径 |
2.704110e+02 2.745547e+02 3.517133e+02 3.278861e+02 |
m=3, hi=1e-3で実行
重心 最大半径 |
2.706223e+02 2.741782e+02 3.517764e+02 3.322329e+02 |
m=4, hi=1e-3で実行
重心 最大半径 |
2.707323e+02 2.740721e+02 3.517465e+02 3.347665e+02 |