「mrcImage3DPad」の版間の差分

提供: Eospedia
移動: 案内検索
(Kinoshita がページ「MrcImage3DPad」を「mrcImage3DPad」に移動しました)
(相違点なし)

2013年12月10日 (火) 02:02時点における版

mrcImage3DPadとはパディング(3D)を行うEosコマンドである。


オプション一覧

メインオプション

オプション 必須項目/選択項目 説明 デフォルト
-i 必須 入力ファイル: mrcImage NULL
-o 必須 出力ファイル: mrcImage NULL
-r 選択 Threshold radius of signal.Default is Nx. 0
-w 選択 Width of slope. For mode 1. 1
-v 選択 Value of out of threshold. 0
-Nx 選択 Number of x.Default is inputfile. 0
-Ny 選択 Number of y.Default is inputfile. 0
-Nz 選択 Number of z.Default is inputfile. 0
-Floating 選択 Floating
-c 選択 コンフィグファイル設定 NULL
-m 選択 モードを設定 0
-M 選択 モード2を設定 0
-h 選択 ヘルプを表示  

-m の詳細

モード 説明
0 Default: Out of threshold is avrage of threshold plain.
1 Mulplying cos function. Default: Out of threshold is avrage of threshold plain.

-M の詳細

モード 説明
0 For filaments. R is calculated from its axis.
1 For particles. R is calculated from its center.


実行例

入力ファイルの画像

Input-mrcImage3DPad.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

2 (35, 35, 5)
0.384947
0.605556

0.00086508

オプション必須項目のみの場合

Outdata-mrcImage3DPad.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

2 (35, 35, 5)
0.384947
0.605556

0.00086508

デフォルト設定の場合、画像に変化はない

オプション -r

r=20で実行

Outdata-r-mrcImage3DPad.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (31, 15, 0)

2 (35, 35, 5)
0.799661
0.290065

0.000414379

オプション -Nx, -Ny, -Nz

Nx=100, Ny=100, Nz=100で実行

Outdata-NxNyNz-mrcImage3DPad.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

2 (50, 50, 5)
0.188624
0.465525

0.000465525

オプション -v

v=2, Nx=100, Ny=100, Nz=100で実行

Outdata-v-mrcImage3DPad.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (15, 15, 0)

2 (0, 0, 0)
1.20862
0.911877

0.000911877

オプション -Floating

Floating, v=2, Nx=100, Ny=100, Nz=100で実行

Outdata-Floating-mrcImage3DPad.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-2 (15, 15, 0)

0 (0, 0, 0)
-0.791376
0.911877

0.000911877

オプション -m

m=1, r=20で実行

その他のオプションなし
Outdata-m1-mrcImage3DPad.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (31, 16, 0)

2 (35, 35, 5)
0.763544
0.291466

0.00041638

w=5で実行
Outdata-m1w-mrcImage3DPad.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (31, 20, 0)

2 (35, 35, 5)
0.524018
0.346496

0.000494995

オプション -M

M=1, r=30で実行

Outdata-M1-mrcImage3DPad.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (14, 31, 28)

2 (15, 31, 27)
0.845077
0.245951

0.000351358