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== 実行例 ==
 
== 実行例 ==
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===入力ファイルの画像===
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<table>
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<tr>
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<td>[[画像:Input-mrcImage3DPad.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">0 (0, 0, 0)<br>
 +
2 (35, 35, 5)<br>
 +
0.384947<br>
 +
0.605556<br>
 +
0.00086508<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
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 +
===オプション必須項目のみの場合===
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<table>
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<tr>
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<td>[[画像:Outdata-mrcImage3DPad.png]]</td>
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<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
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平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">0 (0, 0, 0)<br>
 +
2 (35, 35, 5)<br>
 +
0.384947<br>
 +
0.605556<br>
 +
0.00086508<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
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 +
<div>デフォルト設定の場合、画像に変化はない</div>
 +
 +
===オプション　-r===
 +
====r=20で実行====
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<table>
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<tr>
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<td>[[画像:Outdata-r-mrcImage3DPad.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">0 (31, 15, 0)<br>
 +
2 (35, 35, 5)<br>
 +
0.799661<br>
 +
0.290065<br>
 +
0.000414379<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 +
===オプション　-Nx, -Ny, -Nz===
 +
====Nx=100, Ny=100, Nz=100で実行====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata-NxNyNz-mrcImage3DPad.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">0 (0, 0, 0)<br>
 +
2 (50, 50, 5)<br>
 +
0.188624<br>
 +
0.465525<br>
 +
0.000465525<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 +
===オプション　-v===
 +
====v=2, Nx=100, Ny=100, Nz=100で実行====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata-v-mrcImage3DPad.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">0 (15, 15, 0)<br>
 +
2 (0, 0, 0)<br>
 +
1.20862<br>
 +
0.911877<br>
 +
0.000911877<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 +
===オプション　-Floating===
 +
====Floating, v=2, Nx=100, Ny=100, Nz=100で実行====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata-Floating-mrcImage3DPad.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">-2 (15, 15, 0)<br>
 +
0 (0, 0, 0)<br>
 +
-0.791376<br>
 +
0.911877<br>
 +
0.000911877<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 +
===オプション　-m===
 +
====m=1, r=20で実行====
 +
=====その他のオプションなし=====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata-m1-mrcImage3DPad.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">0 (31, 16, 0)<br>
 +
2 (35, 35, 5)<br>
 +
0.763544<br>
 +
0.291466<br>
 +
0.00041638<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 +
=====w=5で実行=====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata-m1w-mrcImage3DPad.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">0 (31, 20, 0)<br>
 +
2 (35, 35, 5)<br>
 +
0.524018<br>
 +
0.346496<br>
 +
0.000494995<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 +
===オプション　-M===
 +
====M=1, r=30で実行====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata-M1-mrcImage3DPad.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">0 (14, 31, 28)<br>
 +
2 (15, 31, 27)<br>
 +
0.845077<br>
 +
0.245951<br>
 +
0.000351358<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>

2013年11月21日 (木) 03:16時点における版

mrcImage3DPadとはパディング（3D）を行うEosのコマンドである。


オプション一覧

メインオプション

オプション 必須項目/選択項目 説明 デフォルト
-i 必須 入力ファイル: mrcImage NULL
-o 必須 出力ファイル: mrcImage NULL
-r 選択 Threshold radius of signal.Default is Nx. 0
-w 選択 Width of slope. For mode 1. 1
-v 選択 Value of out of threshold. 0
-Nx 選択 Number of x.Default is inputfile. 0
-Ny 選択 Number of y.Default is inputfile. 0
-Nz 選択 Number of z.Default is inputfile. 0
-Floating 選択 Floating
-c 選択 コンフィグファイル設定 NULL
-m 選択 モードを設定 0
-M 選択 モード2を設定 0
-h 選択 ヘルプを表示 　

-m の詳細

モード 説明
0 Default: Out of threshold is avrage of threshold plain.
1 Mulplying cos function. Default: Out of threshold is avrage of threshold plain.

-M の詳細

モード 説明
0 For filaments. R is calculated from its axis.
1 For particles. R is calculated from its center.


実行例

入力ファイルの画像

Input-mrcImage3DPad.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

2 (35, 35, 5)
0.384947
0.605556

0.00086508

オプション必須項目のみの場合

Outdata-mrcImage3DPad.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

2 (35, 35, 5)
0.384947
0.605556

0.00086508
デフォルト設定の場合、画像に変化はない

オプション　-r

r=20で実行

Outdata-r-mrcImage3DPad.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (31, 15, 0)

2 (35, 35, 5)
0.799661
0.290065

0.000414379

オプション　-Nx, -Ny, -Nz

Nx=100, Ny=100, Nz=100で実行

Outdata-NxNyNz-mrcImage3DPad.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

2 (50, 50, 5)
0.188624
0.465525

0.000465525

オプション　-v

v=2, Nx=100, Ny=100, Nz=100で実行

Outdata-v-mrcImage3DPad.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (15, 15, 0)

2 (0, 0, 0)
1.20862
0.911877

0.000911877

オプション　-Floating

Floating, v=2, Nx=100, Ny=100, Nz=100で実行

Outdata-Floating-mrcImage3DPad.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-2 (15, 15, 0)

0 (0, 0, 0)
-0.791376
0.911877

0.000911877

オプション　-m

m=1, r=20で実行

その他のオプションなし
Outdata-m1-mrcImage3DPad.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (31, 16, 0)

2 (35, 35, 5)
0.763544
0.291466

0.00041638
w=5で実行
Outdata-m1w-mrcImage3DPad.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (31, 20, 0)

2 (35, 35, 5)
0.524018
0.346496

0.000494995

オプション　-M

M=1, r=30で実行

Outdata-M1-mrcImage3DPad.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (14, 31, 28)

2 (15, 31, 27)
0.845077
0.245951

0.000351358

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