「mrcImage3DPad」の版間の差分

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行38: 行38:
 
<td>-v</td>  
 
<td>-v</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
<td>境界外の値</td>  
+
<td>パディング値</td>  
 
<td>0</td>  
 
<td>0</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行74: 行74:
 
<td>-m</td>  
 
<td>-m</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
<td>境界外の処理方法を設定</td>  
+
<td>パディング値の算出方法を設定</td>  
 
<td>0</td>  
 
<td>0</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行99: 行99:
 
<tr>  
 
<tr>  
 
<td>0</td>  
 
<td>0</td>  
<td>平均値で埋める</td>  
+
<td>平均値でパディングする</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 
<tr>  
 
<tr>  

2014年1月14日 (火) 02:47時点における版

mrcImage3DPadとはフィラメントまたは粒子のmrcImage(3D)に対してパディングを行うEosコマンドである。


オプション一覧

メインオプション

オプション 必須項目/選択項目 説明 デフォルト
-i 必須 入力ファイル: mrcImage NULL
-o 必須 出力ファイル: mrcImage NULL
-r 選択 境界の半径(-M 参照) Nx
-w 選択 スロープの幅(m=1で使用) 1
-v 選択 パディング値 0
-Nx 選択 出力ファイルのNx 入力ファイルのNx
-Ny 選択 出力ファイルのNy 入力ファイルのNy
-Nz 選択 出力ファイルのNz 入力ファイルのNz
-Floating 選択 フローティング
-c 選択 コンフィグファイル設定 NULL
-m 選択 パディング値の算出方法を設定 0
-M 選択 -r の算出方法を設定 0
-h 選択 ヘルプを表示  

-m の詳細

モード 説明
0 平均値でパディングする
1 余弦関数を掛ける
パディング値は-v が優先される

-M の詳細

モード 説明
0 フィラメント用(半径を軸から算出する)
1 粒子用(半径を中心から算出する)


実行例

入力ファイルの画像

Input-ThickFilaments0-N.png
xy平面

Input1-ThickFilaments0-N.png
yz平面

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-0.307724 (52, 10, 79)

1.52145 (47, 41, 47)
0.00295664
0.0916201

0.000132783


M=1で使用する 入力ファイルの画像

Input-121P-O-N.png
xy平面

Input1-121P-O-N.png
yz平面

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-2255.49 (1, 42, 21)

4032.8 (49, 53, 30)
12.0338
475.034

0.48225


オプション必須項目のみの場合

出力結果
Tailer: 0
Program Start
N: 69 69 100
TailerNum 0
r: 34 
出力画像

Outdata-mrcImage3DPad.png
xy平面

Outdata1-mrcImage3DPad.png
yz平面

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-0.307724 (52, 10, 79)

1.52145 (47, 41, 47)
0.00295664
0.0916201

0.000132783

デフォルト設定の場合、画像に変化はない


オプション -Nx, -Ny, -Nz

Nx=50, Ny=50, Nz=75で実行

出力結果
Tailer: 0
Program Start
N: 50 50 75
TailerNum 0
r: 34 
出力画像

Outdata-NxNyNz-mrcImage3DPad.png
xy平面

Outdata1-NxNyNz-mrcImage3DPad.png
yz平面

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-0.295151 (23, 12, 71)

1.52145 (38, 32, 47)
0.00688378
0.1116

0.000257729


オプション -r

r=20で実行

出力結果
Tailer: 0
Program Start
N: 69 69 100
TailerNum 0
r: 20 
出力画像

Outdata-r-mrcImage3DPad.png
xy平面

Outdata1-r-mrcImage3DPad.png
yz平面

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-0.295151 (32, 21, 71)

1.52145 (47, 41, 47)
0.00236564
0.0675752

9.79351e-05


以降、r=20で実行


オプション -v

v=0.1で実行

出力結果
Tailer: 0
Program Start
N: 69 69 100
TailerNum 0
出力画像

Outdata-v-mrcImage3DPad.png
xy平面

Outdata1-v-mrcImage3DPad.png
yz平面

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-0.295151 (32, 21, 71)

1.52145 (47, 41, 47)
0.0766349
0.0778349

0.000112804


オプション -Floating

出力結果
Tailer: 0
Program Start
N: 69 69 100
TailerNum 0
r: 20 
Floating avg:-0.000912
出力画像

Outdata-Floating-mrcImage3DPad.png
xy平面

Outdata1-Floating-mrcImage3DPad.png
yz平面

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-0.294238 (32, 21, 71)

1.52236 (47, 41, 47)
0.00327779
0.0675752

9.79351e-05


オプション -m

m=1で実行

その他のオプションなし
出力結果
Tailer: 0
Program Start
N: 69 69 100
TailerNum 0
r: -0.000245498 
av: -0.000245498 
出力画像

Outdata-m1-mrcImage3DPad.png
xy平面

Outdata1-m1-mrcImage3DPad.png
yz平面

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-0.295151 (32, 21, 71)

1.52145 (47, 41, 47)
0.00286168
0.0672918

9.75243e-05


w=2で実行
出力結果
Tailer: 0
Program Start
N: 69 69 100
TailerNum 0
r: -0.000162708 
av: -0.000162708 
出力画像

Outdata-m1w-mrcImage3DPad.png
xy平面

Outdata1-m1w-mrcImage3DPad.png
yz平面

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-0.255166 (37, 36, 69)

1.06472 (47, 41, 47)
0.00197785
0.0497011

7.20306e-05


オプション -M

M=1, r=30で実行

出力結果
Tailer: 0
Program Start
N: 99 99 99
99 99 99
出力画像

Outdata-M1-mrcImage3DPad.png
xy平面

Outdata1-M1-mrcImage3DPad.png
yz平面

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-1991.84 (41, 38, 29)

4032.8 (49, 53, 30)
13.2658
197.192

0.200188