「mrcImageAutoFilamentExtract」の版間の差分
行50: | 行50: | ||
<td>-rUnbent</td> | <td>-rUnbent</td> | ||
<td>選択</td> | <td>選択</td> | ||
− | <td>可変入力: (roiLine, ...)</td> | + | <td>[[可変入力]]: (roiLine, ...)</td> |
<td>0.0 ...</td> | <td>0.0 ...</td> | ||
</tr> | </tr> | ||
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===オプション -rROI=== | ===オプション -rROI=== | ||
====rROI=(5, 5, 5, 10, 10, 5, 10, 10)で実行==== | ====rROI=(5, 5, 5, 10, 10, 5, 10, 10)で実行==== | ||
+ | =====その他のオプション設定なし===== | ||
<div>-oE の画像</div> | <div>-oE の画像</div> | ||
<table> | <table> | ||
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</pre> | </pre> | ||
+ | <br> | ||
+ | |||
+ | =====x=12で実行===== | ||
+ | <div>-oE の画像</div> | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>[[画像:Outdata-x-mrcImageAutoFilamentExtract.png]]</td> | ||
+ | <td><p align="left">最小<br> | ||
+ | 最大<br> | ||
+ | 平均値<br> | ||
+ | 標準偏差<br> | ||
+ | 標準誤差<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">-0.0103828 (6, 75, 0)<br> | ||
+ | 9.68415 (6, 4, 0)<br> | ||
+ | 0.919217<br> | ||
+ | 1.99873<br> | ||
+ | 0.0571999<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | <br> | ||
+ | |||
+ | =====ddYmax=0.8, ddYmin=0.3で実行===== | ||
+ | <div>-oE の画像</div> | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>[[画像:Outdata-ddY-mrcImageAutoFilamentExtract.png]]</td> | ||
+ | <td><p align="left">最小<br> | ||
+ | 最大<br> | ||
+ | 平均値<br> | ||
+ | 標準偏差<br> | ||
+ | 標準誤差<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">-0.0103828 (8, 80, 0)<br> | ||
+ | 9.68415 (8, 9, 0)<br> | ||
+ | 0.698235<br> | ||
+ | 1.77859<br> | ||
+ | 0.0197536<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
<br> | <br> | ||
===オプション -rUnbent=== | ===オプション -rUnbent=== | ||
====rUnbent=(1, 2, 4, 4, 6, 7, 9, 9)で実行==== | ====rUnbent=(1, 2, 4, 4, 6, 7, 9, 9)で実行==== | ||
+ | =====その他のオプション設定なし===== | ||
<div>-oE の画像</div> | <div>-oE の画像</div> | ||
<table> | <table> | ||
行282: | 行326: | ||
1.80953<br> | 1.80953<br> | ||
0.0207349<br></p> | 0.0207349<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | <br> | ||
+ | |||
+ | =====x=12で実行===== | ||
+ | <div>-oE の画像</div> | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>[[画像:Outdata1-x-mrcImageAutoFilamentExtract.png]]</td> | ||
+ | <td><p align="left">最小<br> | ||
+ | 最大<br> | ||
+ | 平均値<br> | ||
+ | 標準偏差<br> | ||
+ | 標準誤差<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">0 (2, 48, 0)<br> | ||
+ | 10 (0, 21, 0)<br> | ||
+ | 0.813816<br> | ||
+ | 1.89001<br> | ||
+ | 0.0515542<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | <br> | ||
+ | |||
+ | =====ddYmax=0.8, ddYmin=0.3で実行===== | ||
+ | <div>-oE の画像</div> | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>[[画像:Outdata1-ddY-mrcImageAutoFilamentExtract.png]]</td> | ||
+ | <td><p align="left">最小<br> | ||
+ | 最大<br> | ||
+ | 平均値<br> | ||
+ | 標準偏差<br> | ||
+ | 標準誤差<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">0 (65, 0, 0)<br> | ||
+ | 10.8167 (60, 12, 0)<br> | ||
+ | 0.727515<br> | ||
+ | 1.77394<br> | ||
+ | 0.0194763<br></p> | ||
</td> | </td> | ||
</tr> | </tr> | ||
</table> | </table> | ||
<br> | <br> |
2014年2月21日 (金) 06:04時点における版
mrcImageAutoFilamentExtractとはEosのコマンドである。
オプション一覧
メインオプション
オプション | 必須項目/選択項目 | 説明 | デフォルト |
---|---|---|---|
-i | 必須 | 入力ファイル: mrcImage | NULL |
-iS | 必須 | 入力ファイル: mrcImage(SourceFile) | NULL |
-oE | 必須 | 出力ファイル: mrcImage(FileForExtraction) | NULL |
-o | 選択 | 出力ファイル: ログファイル | stdout |
-oF | 選択 | 出力ファイル: FinalFile | stdout |
-rROI | 選択 | Rectangle ROI: (blx, bly, brx, bry, trx, try, tlx, tly) | (0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0) |
-rUnbent | 選択 | 可変入力: (roiLine, ...) | 0.0 ... |
-x | 選択 | x range for ROI or Unbent | 120 |
-ddYmax | 選択 | delta dY max | 0.9 |
-ddYmin | 選択 | delta dY min | 0.2 |
-T | 選択 | corresponding to mrcImageTransepose mode | 0 |
-maxdY | 選択 | Maximum number of layer line | 12 |
-HR | 選択 | Height Range: [Pixel] | 0 |
-RMaxX | 選択 | RMaxX: [A] (m=1で使用) | 0.05 |
-mag | 選択 | 拡大率 | 1.1 |
-truePitch | 選択 | True Pitch: [A] | 430 |
-PixelSize | 選択 | Pixel Size: [A] | 5 |
-finaly | 選択 | final y: [Pixel] | 0 |
-Ignore | 選択 | Ignore the final y | 0 |
-c | 選択 | コンフィグファイル設定 | NULL |
-m | 選択 | モードを設定 | 0 |
-h | 選択 | ヘルプを表示 |
-oE のファイルは空ファイルでもよいので存在していなければならない。
HR option is stranger than caliculated HR -rROI, -rUnbent, -iS, -ddYmax, -ddYmin and -T options are for ROI -oE file use as extraction file. -finaly and -oF is for final extraction -truePitch, -Ly and -dY are for magnification change This extract do with magnification and header change
モードの詳細
モード | 説明 |
---|---|
0 | Meridian Reflection |
1 | All layer-lines |
実行例
入力ファイルの画像
最小 最大 |
0 (0, 0, 0) 34.3095 (46, 0, 0) |
最小 最大 |
1.523e-07 (0, 0, 0) 10 (6, 6, 0) |
オプション -rROI
rROI=(5, 5, 5, 10, 10, 5, 10, 10)で実行
その他のオプション設定なし
最小 最大 |
-0.0103828 (8, 75, 0) 9.68415 (8, 4, 0) |
Input.mrc PixelRange 83 to 111 dY= 1 MeridianReflection CaliculatedCenter= 94 calcdY= 1.173362 deltadY= 0.173362 calcHeightRange= 29.818186 HeightRange= 28 x= 67 y= 111 ddYmin= 0.200000 ddYmax 0.900000 Pixel 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 111 24.939898 26.411268 29.165232 33.826350 41.825014 56.994501 93.747607 291.586041 246.364016 85.102205 50.813451 35.679218 109 21.355566 22.785396 25.437223 29.880555 37.457968 51.920744 88.580146 361.915639 152.740375 58.021856 32.539099 19.652260 107 11.239812 12.193001 13.934799 16.809605 21.670564 31.031374 56.202839 402.785306 68.252066 28.025271 15.360295 9.347690 105 0.000002 0.000004 0.000006 0.000004 0.000011 0.000003 0.000006 411.250354 0.000002 0.000006 0.000004 0.000001 103 11.483227 12.537153 14.480081 17.744637 23.459917 35.296266 74.386898 387.734560 47.487777 22.232041 12.424145 8.462652 101 22.272878 24.024796 27.340045 33.111104 43.680740 67.055346 157.656256 337.566971 73.993813 37.540689 21.715088 12.102961 99 27.410008 29.411951 33.286315 40.256626 53.622531 85.417218 237.338153 270.463100 83.515881 48.321479 33.105184 24.018005 97 24.178634 26.022284 29.653201 36.368865 49.805294 84.302352 303.954704 194.186697 77.431901 51.585340 41.981712 39.572366 95 15.556900 16.875386 19.509445 24.499116 34.886849 63.802463 353.064738 113.416149 54.816551 40.822712 37.320026 40.632478 93 5.278561 5.771517 6.768182 8.696228 12.865444 25.546931 380.648479 35.046496 19.430746 15.621639 15.382953 18.369992 91 5.343862 5.867417 6.936182 9.041914 13.766204 29.665950 381.381765 30.376014 18.430218 15.494405 15.930941 20.304329 89 16.138727 17.717944 20.964423 27.459210 42.564072 99.919929 351.455913 72.287696 45.912968 38.955693 40.381460 53.421714 87 25.696982 28.185836 33.320638 43.710350 68.735178 179.353016 292.385924 85.156063 53.786727 43.499756 42.299679 53.583240 85 29.854554 32.896417 39.161540 51.910730 83.683861 256.354499 213.833645 72.872970 42.673526 28.827498 19.406370 7.916183 83 24.898937 27.886718 33.978180 46.352527 78.302056 316.704250 131.254212 47.871354 24.303054 11.964985 17.570240 78.378229
x=12で実行
最小 最大 |
-0.0103828 (6, 75, 0) 9.68415 (6, 4, 0) |
ddYmax=0.8, ddYmin=0.3で実行
最小 最大 |
-0.0103828 (8, 80, 0) 9.68415 (8, 9, 0) |
オプション -rUnbent
rUnbent=(1, 2, 4, 4, 6, 7, 9, 9)で実行
その他のオプション設定なし
最小 最大 |
0 (65, 0, 0) 10.8167 (60, 12, 0) |
x=12で実行
最小 最大 |
0 (2, 48, 0) 10 (0, 21, 0) |
ddYmax=0.8, ddYmin=0.3で実行
最小 最大 |
0 (65, 0, 0) 10.8167 (60, 12, 0) |