mrcImageAutoFilamentExtract

提供: Eospedia
2014年2月21日 (金) 06:04時点におけるKinoshita (トーク | 投稿記録)による版

移動: 案内検索

mrcImageAutoFilamentExtractとはEosコマンドである。


オプション一覧

メインオプション

オプション 必須項目/選択項目 説明 デフォルト
-i 必須 入力ファイル: mrcImage NULL
-iS 必須 入力ファイル: mrcImage(SourceFile) NULL
-oE 必須 出力ファイル: mrcImage(FileForExtraction) NULL
-o 選択 出力ファイル: ログファイル stdout
-oF 選択 出力ファイル: FinalFile stdout
-rROI 選択 Rectangle ROI: (blx, bly, brx, bry, trx, try, tlx, tly) (0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0)
-rUnbent 選択 可変入力: (roiLine, ...) 0.0 ...
-x 選択 x range for ROI or Unbent 120
-ddYmax 選択 delta dY max 0.9
-ddYmin 選択 delta dY min 0.2
-T 選択 corresponding to mrcImageTransepose mode 0
-maxdY 選択 Maximum number of layer line 12
-HR 選択 Height Range: [Pixel] 0
-RMaxX 選択 RMaxX: [A] (m=1で使用) 0.05
-mag 選択 拡大率 1.1
-truePitch 選択 True Pitch: [A] 430
-PixelSize 選択 Pixel Size: [A] 5
-finaly 選択 final y: [Pixel] 0
-Ignore 選択 Ignore the final y 0
-c 選択 コンフィグファイル設定 NULL
-m 選択 モードを設定 0
-h 選択 ヘルプを表示  
-i, -iS, -oE, -oF のファイル名は合わせて半角100文字程度まで入力可能

-oE のファイルは空ファイルでもよいので存在していなければならない。

-oF は -finaly を設定し、かつ -Ignore のフラグがオフのときのみ出力する。
HR option is stranger than caliculated HR
-rROI, -rUnbent, -iS, -ddYmax, -ddYmin and -T options are for ROI
-oE file use as extraction file.
-finaly and -oF is for final extraction
-truePitch, -Ly and -dY are for magnification change
This extract do with magnification and header change


モードの詳細

モード 説明
0 Meridian Reflection
1 All layer-lines


実行例

入力ファイルの画像

Input1-ThickFilaments2.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

34.3095 (46, 0, 0)
3.39165
5.70621

0.0686946


Input-GaussDisc.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

1.523e-07 (0, 0, 0)

10 (6, 6, 0)
0.743568
1.77904

0.136849


オプション -rROI

rROI=(5, 5, 5, 10, 10, 5, 10, 10)で実行

その他のオプション設定なし
-oE の画像
Outdata-mrcImageAutoFilamentExtract.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-0.0103828 (8, 75, 0)

9.68415 (8, 4, 0)
0.755095
1.84468

0.0213906


-o のデータ
Input.mrc  PixelRange 83 to 111 dY= 1     MeridianReflection CaliculatedCenter= 94
calcdY=       1.173362 deltadY=       0.173362 calcHeightRange=      29.818186 HeightRange= 28
x= 67  y= 111    ddYmin= 0.200000 ddYmax 0.900000
Pixel              1              2              3              4              5              6              7              8              9             10             11             12
111      24.939898      26.411268      29.165232      33.826350      41.825014      56.994501      93.747607     291.586041     246.364016      85.102205      50.813451      35.679218
109      21.355566      22.785396      25.437223      29.880555      37.457968      51.920744      88.580146     361.915639     152.740375      58.021856      32.539099      19.652260
107      11.239812      12.193001      13.934799      16.809605      21.670564      31.031374      56.202839     402.785306      68.252066      28.025271      15.360295       9.347690
105       0.000002       0.000004       0.000006       0.000004       0.000011       0.000003       0.000006     411.250354       0.000002       0.000006       0.000004       0.000001
103      11.483227      12.537153      14.480081      17.744637      23.459917      35.296266      74.386898     387.734560      47.487777      22.232041      12.424145       8.462652
101      22.272878      24.024796      27.340045      33.111104      43.680740      67.055346     157.656256     337.566971      73.993813      37.540689      21.715088      12.102961
99      27.410008      29.411951      33.286315      40.256626      53.622531      85.417218     237.338153     270.463100      83.515881      48.321479      33.105184      24.018005
97      24.178634      26.022284      29.653201      36.368865      49.805294      84.302352     303.954704     194.186697      77.431901      51.585340      41.981712      39.572366
95      15.556900      16.875386      19.509445      24.499116      34.886849      63.802463     353.064738     113.416149      54.816551      40.822712      37.320026      40.632478
93       5.278561       5.771517       6.768182       8.696228      12.865444      25.546931     380.648479      35.046496      19.430746      15.621639      15.382953      18.369992
91       5.343862       5.867417       6.936182       9.041914      13.766204      29.665950     381.381765      30.376014      18.430218      15.494405      15.930941      20.304329
89      16.138727      17.717944      20.964423      27.459210      42.564072      99.919929     351.455913      72.287696      45.912968      38.955693      40.381460      53.421714
87      25.696982      28.185836      33.320638      43.710350      68.735178     179.353016     292.385924      85.156063      53.786727      43.499756      42.299679      53.583240
85      29.854554      32.896417      39.161540      51.910730      83.683861     256.354499     213.833645      72.872970      42.673526      28.827498      19.406370       7.916183
83      24.898937      27.886718      33.978180      46.352527      78.302056     316.704250     131.254212      47.871354      24.303054      11.964985      17.570240      78.378229


x=12で実行
-oE の画像
Outdata-x-mrcImageAutoFilamentExtract.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-0.0103828 (6, 75, 0)

9.68415 (6, 4, 0)
0.919217
1.99873

0.0571999


ddYmax=0.8, ddYmin=0.3で実行
-oE の画像
Outdata-ddY-mrcImageAutoFilamentExtract.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-0.0103828 (8, 80, 0)

9.68415 (8, 9, 0)
0.698235
1.77859

0.0197536


オプション -rUnbent

rUnbent=(1, 2, 4, 4, 6, 7, 9, 9)で実行

その他のオプション設定なし
-oE の画像
Outdata-rUnbent-mrcImageAutoFilamentExtract.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (65, 0, 0)

10.8167 (60, 12, 0)
0.752281
1.80953

0.0207349


x=12で実行
-oE の画像
Outdata1-x-mrcImageAutoFilamentExtract.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (2, 48, 0)

10 (0, 21, 0)
0.813816
1.89001

0.0515542


ddYmax=0.8, ddYmin=0.3で実行
-oE の画像
Outdata1-ddY-mrcImageAutoFilamentExtract.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (65, 0, 0)

10.8167 (60, 12, 0)
0.727515
1.77394

0.0194763