「mrcImageAutoRotationCorrelation」の版間の差分
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2013年12月10日 (火) 02:20時点における版
mrcImageAutoRotationCorrelationとは画像の回転を考慮した画像間の相関を行うEosのコマンドである。
目次
オプション一覧
メインオプション
オプション | 必須項目/選択項目 | 説明 | デフォルト |
---|---|---|---|
-i | 必須 | 入力ファイル: mrcImage | NULL |
-r | 必須 | 参照ファイル: mrcImage | NULL |
-o | 選択 | 出力: パラメータ: mrcImage | NULL |
-O | 選択 | 出力: パラメータ: ASCII | stdout |
-cor | 選択 | 出力: 最大値の相関マップ (RefineMode=0で使用): mrcImage | NULL |
-cor2 | 選択 | 出力: 最大値の相関マップ (RefineMode=1で使用): mrcImage | NULL |
-corAll | 選択 | 出力: 最大値の相関マップ(どちらのモードでも使用): mrcImage | NULL |
-fit | 選択 | 出力: 類似度の一番高い位置、回転角でのテスト画像(RefineMode=0で使用): mrcImage | NULL |
-fit2 | 選択 | 出力: 類似度の一番高い位置、回転角でのテスト画像(RefineMode=1で使用): mrcImage | NULL |
-nRot1 | 選択 | Rotation number of Ref for Rot1 | 1 |
-nRot2 | 選択 | Rotation number of Ref for Rot2 | 1 |
-nRot3 | 選択 | Rotation number of Ref for Rot3 | 1 |
-dRot1 | 選択 | Delta Angle [Degree] of Ref for Rot1; Def.: 360/nRot1 | 1.0 |
-dRot2 | 選択 | Delta Angle [Degree] of Ref for Rot2; Def.: 360/nRot2 | 1.0 |
-dRot3 | 選択 | Delta Angle [Degree] of Ref for Rot3; Def.: 360/nRot3 | 1.0 |
-startRot1 | 選択 | Start Angle [Degree] of Ref for Rot1 | 0.0 |
-startRot2 | 選択 | Start Angle [Degree] of Ref for Rot2 | 0.0 |
-startRot3 | 選択 | Start Angle [Degree] of Ref for Rot3 | 0.0 |
-range | 選択 | 入力: SearchRange: Rotation around the vertical axis against image plane (minAngle, maxAngle) | (-5.0, 5.0) |
-refStep1 | 選択 | SearchStep for Ref: Each Image along Rot1 | 1 |
-refStep2 | 選択 | SearchStep for Ref: Each Image along Rot2 | 1 |
-refStep3 | 選択 | SearchStep for Ref: Each Image along Rot3 | 1 |
-nRot1Area | 選択 | number of Ref for Rot1 (nRot1AreaMin, nRot1AreaMax, nRot1AreaStep) | (-360, 360, 25) |
-nRot2Area | 選択 | number of Ref for Rot2 (nRot2AreaMin, nRot2AreaMax, nRot2AreaStep) | (-360, 360, 25) |
-nRot3Area | 選択 | number of Ref for Rot3 (nRot3AreaMin, nRot3AreaMax, nRot3AreaStep) | (-360, 360, 25) |
-Iter | 選択 | Iteration for Rotation around the vertical axis against image plane | 1 |
-s | 選択 | SearchRegion [pixel] (sminx, sminy, smaxx, smaxy): used in lmrcImageAutoRotationCorrelation | (0, 0, 0, 0) |
-Shift | 選択 | Image Shift, when in > ref | |
-RepeatX | 選択 | RepeatX[A] | 27.3 |
-RepeatXDelta | 選択 | RepeatXDelta[A] | 5 |
-RepeatY | 選択 | RepeatY[A] | 27.3 |
-RepeatYDelta | 選択 | RepeatYDelta[A] | 5 |
-Xshift | 選択 | X-Shift Only | |
-NoShift | 選択 | No-Shift | |
-Log | 選択 | 出力: ログファイル | stdout |
-pvm | 選択 | Task Number | 1 |
-pvmList | 選択 | pvmList (コンフィグファイル) | NULL |
-c | 選択 | コンフィグファイル設定 | NULL |
-Method | 選択 | 0: Correlation, 1: SSDA | 0 |
-StackOrder | 選択 | Stack Order for Stacked 2D of references, refer to attention | 0 |
-RefineMode | 選択 | RefinementStep | 0 |
-m | 選択 | モードを設定 | 0 |
-h | 選択 | ヘルプを表示 |
-n または -range を設定しなければならない。(参照ファイルの回転で使用する)
-nRot1, 2, 3、-dRot1, 2, 3、-startRot1, 2, 3を設定しなければならない。
-nRot1, 2, 3、-dRot1, 2, 3、-startRot1, 2, 3を設定しなければならない。
例)mrc3Dto2D -Rot1 89 91 1 -Rot2 0 359 2 -Rot3 3 12 3の場合 -nRot1 3 -dRot1 1 -startRot1 89 -nRot2 180 -dRot2 2 -startRot2 0 -nRot3 4 -dRot1 3 -startRot1 3
モードの詳細
Method=0のとき
モード | 説明 |
---|---|
0 | Normal Correlation FxG* |
1 | Phase Correlation FxG*/ |FxG*| |
2 | Phase Correlation FxG*/sqrt(|FxG*|) |
3 | Normalized Normal Correlation FxG*/|F||G|) |
16 | (0,0) = 0 |
Refinement Correlation Map
モード | 説明 |
---|---|
0 | sqrt(Sum |Fi-Gi|^2 / Sum |Gi|^2) |
1 | Sum |Gi||phaseFi - phaseGi| / Sum |Gi| |
2 | sqrt(Sum |Gi||phaseFi - phaseGi|^2 / Sum |Gi| ) |
You must not set bit 16: bit 16 is set in this program as default.
Method=1のとき
SSDA:Sequential Similarity Detection Algorithm
Method=2のとき
Rotational Cross-Correlation Function
-m NotSupported
-StackOrder の詳細
モード | 説明 |
---|---|
0 | for pdb2mrc2d : default |
1 | for mrc3Dto2D |
-RefineMode の詳細
モード | 説明 |
---|---|
0 | for LinearCorrelation; default |
1 | for SetModeCorrelation |
-dRot と-nRotArea の関係
-dRotが設定されていない場合、nStepを算出できない。
Search Area
-refStep[1|2|3] Skip image number: Just skip ref-images or -nRot[1|2|3]Area Set the search area. You finally can refine parameters by each ref-image following -RefineMode.