「mrcImageAutoRotationCorrelation3D」の版間の差分
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== オプション一覧 == | == オプション一覧 == | ||
下記に必要となる引数を記す。-i/-rは必須の引数である。 | 下記に必要となる引数を記す。-i/-rは必須の引数である。 | ||
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===メインオプション=== | ===メインオプション=== | ||
<table border="1"> | <table border="1"> | ||
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<th>説明</th> | <th>説明</th> | ||
<th>デフォルト</th> | <th>デフォルト</th> | ||
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</tr> | </tr> | ||
<tr> | <tr> | ||
<td>-i</td> | <td>-i</td> | ||
<td>必須</td> | <td>必須</td> | ||
| − | <td>入力テストファイル:[[mrcImage]] | + | <td>入力テストファイル: [[mrcImage]]</td> |
<td>NULL</td> | <td>NULL</td> | ||
</tr> | </tr> | ||
| 行25: | 行25: | ||
<td>-r</td> | <td>-r</td> | ||
<td>必須</td> | <td>必須</td> | ||
| − | <td>参照テストファイル:[[mrcImage]] | + | <td>参照テストファイル: [[mrcImage]]</td> |
<td>NULL</td> | <td>NULL</td> | ||
</tr> | </tr> | ||
| 行31: | 行31: | ||
<td>-o</td> | <td>-o</td> | ||
<td>選択</td> | <td>選択</td> | ||
| − | <td>出力ファイル:パラメータ</td> | + | <td>出力ファイル: パラメータ</td> |
| − | <td>stdout( | + | <td>stdout(設定しなければ標準出力)</td> |
</tr> | </tr> | ||
<tr> | <tr> | ||
<td>-cor</td> | <td>-cor</td> | ||
<td>選択</td> | <td>選択</td> | ||
| − | <td>出力ファイル:相関マップ:[[mrcImage]] | + | <td>出力ファイル: 相関マップ: [[mrcImage]]</td> |
<td>NULL</td> | <td>NULL</td> | ||
</tr> | </tr> | ||
| 行43: | 行43: | ||
<td>-fit</td> | <td>-fit</td> | ||
<td>選択</td> | <td>選択</td> | ||
| − | <td>類似度の一番高い位置、回転角でのテスト画像:[[mrcImage]] | + | <td>出力: 類似度の一番高い位置、回転角でのテスト画像: [[mrcImage]]</td> |
<td>NULL</td> | <td>NULL</td> | ||
</tr> | </tr> | ||
| 行49: | 行49: | ||
<td>-EA</td> | <td>-EA</td> | ||
<td>選択</td> | <td>選択</td> | ||
| − | <td>[[オイラー角]]の選択:４文字 | + | <td>入力: [[オイラー角]]の選択:４文字</td> |
| − | <td>YOYS</td> | + | <td>YOYS</td> |
</tr> | </tr> | ||
<tr> | <tr> | ||
<td>-Rot1</td> | <td>-Rot1</td> | ||
<td>選択</td> | <td>選択</td> | ||
| − | <td>[[オイラー角]]の第１角の範囲:min max delta | + | <td>入力: [[オイラー角]]の第１角の範囲:min max delta</td> |
| − | <td>0.0 360.0 5.0</td> | + | <td>0.0 360.0 5.0</td> |
</tr> | </tr> | ||
<tr> | <tr> | ||
<td>-Rot2</td> | <td>-Rot2</td> | ||
<td>選択</td> | <td>選択</td> | ||
| − | <td>[[オイラー角]]の第２角の範囲:min max delta | + | <td>入力: [[オイラー角]]の第２角の範囲:min max delta</td> |
| − | <td>0.0 180.0 5.0</td> | + | <td>0.0 180.0 5.0</td> |
</tr> | </tr> | ||
<tr> | <tr> | ||
<td>-Rot3</td> | <td>-Rot3</td> | ||
<td>選択</td> | <td>選択</td> | ||
| − | <td>[[オイラー角]]の第３角の範囲:min max delta | + | <td>入力: [[オイラー角]]の第３角の範囲:min max delta</td> |
| − | <td>0.0 360.0 5.0</td> | + | <td>0.0 360.0 5.0</td> |
</tr> | </tr> | ||
<tr> | <tr> | ||
<td>-Xrange</td> | <td>-Xrange</td> | ||
<td>選択</td> | <td>選択</td> | ||
| − | <td>min max (INPUT) [pixel] | + | <td>min max (INPUT) [pixel]</td> |
| − | <td>0 0</td> | + | <td>0 0(設定しなければ、Ｘ方向の全範囲)</td> |
</tr> | </tr> | ||
<tr> | <tr> | ||
<td>-Yrange</td> | <td>-Yrange</td> | ||
<td>選択</td> | <td>選択</td> | ||
| − | <td>min max (INPUT) [pixel] | + | <td>min max (INPUT) [pixel]</td> |
| − | <td>0 0</td> | + | <td>0 0(設定しなければ、Y方向の全範囲)</td> |
</tr> | </tr> | ||
<tr> | <tr> | ||
<td>-Zrange</td> | <td>-Zrange</td> | ||
<td>選択</td> | <td>選択</td> | ||
| − | <td>min max (INPUT) [pixel] | + | <td>min max (INPUT) [pixel]</td> |
| − | <td>0 0</td> | + | <td>0 0(設定しなければ、Z方向の全範囲)</td> |
</tr> | </tr> | ||
<tr> | <tr> | ||
<td>-M</td> | <td>-M</td> | ||
<td>選択</td> | <td>選択</td> | ||
| − | <td> | + | <td>入力: 相関関数の選択</td> |
| − | <td>0</td> | + | <td>0</td> |
</tr> | </tr> | ||
<tr> | <tr> | ||
<td>-MR</td> | <td>-MR</td> | ||
<td>選択</td> | <td>選択</td> | ||
| − | <td> | + | <td>入力: 画像回転の取り扱い 1: 平均値で周辺を埋める 0: 楕円体としての回転 +16: 直方体としての回転</td> |
<td>0</td> | <td>0</td> | ||
| − | |||
</tr> | </tr> | ||
<tr> | <tr> | ||
<td>-m</td> | <td>-m</td> | ||
<td>選択</td> | <td>選択</td> | ||
| − | <td> | + | <td>入力: 画像の補間モード: 0: 最近傍、1:１次補間、2:３次補間</td> |
| − | <td>0</td> | + | <td>0</td> |
</tr> | </tr> | ||
</div> | </div> | ||
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==== 回転のモード: -MR ==== | ==== 回転のモード: -MR ==== | ||
| − | < | + | <table border="1"> |
| − | + | <tr> | |
| − | + | <th>モード</th> | |
| − | + | <th>説明</th> | |
| − | + | </tr> | |
| − | </ | + | <tr> |
| + | <td>0</td> | ||
| + | <td>padding 0 </td> | ||
| + | </tr> | ||
| + | <tr> | ||
| + | <td>1</td> | ||
| + | <td>平均値で周辺を埋める</td> | ||
| + | </tr> | ||
| + | <tr> | ||
| + | <td>+0</td> | ||
| + | <td>楕円体としての回転</td> | ||
| + | </tr> | ||
| + | <tr> | ||
| + | <td>+16</td> | ||
| + | <td>直方体としての回転</td> | ||
| + | </tr> | ||
| + | </table> | ||
| + | <div>単粒子であり、周辺が媒体と考えられる場合には、０が推奨<br> | ||
| + | そうではなく、周辺まで像があるときには、１６が推奨</div> | ||
==== 相関関数のモード: -M ==== | ==== 相関関数のモード: -M ==== | ||
| − | < | + | <table border="1"> |
| − | 0 | + | <tr> |
| − | 1 | + | <th>モード</th> |
| − | 2 | + | <th>説明</th> |
| − | 3 | + | </tr> |
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| − | </ | + | <td>0</td> |
| + | <td>Normal Correlation FxG*</td> | ||
| + | </tr> | ||
| + | <tr> | ||
| + | <td>1</td> | ||
| + | <td>Phase Correlation FxG*/ |FxG*|</td> | ||
| + | </tr> | ||
| + | <tr> | ||
| + | <td>2</td> | ||
| + | <td>Phase Correlation FxG*/sqrt(|FxG*|)</td> | ||
| + | </tr> | ||
| + | <tr> | ||
| + | <td>3</td> | ||
| + | <td>Normalized Normal Correlation FxG*/|F||G|)</td> | ||
| + | </tr> | ||
| + | <tr> | ||
| + | <td>16</td> | ||
| + | <td>(0,0) = 0 </td> | ||
| + | </tr> | ||
| + | </table> | ||
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| + | ==== 補間のモード： -m ==== | ||
| + | <table border="1"> | ||
| + | <tr> | ||
| + | <th>モード</th> | ||
| + | <th>説明</th> | ||
| + | </tr> | ||
| + | <tr> | ||
| + | <td>0</td> | ||
| + | <td>Nearest </td> | ||
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| + | <tr> | ||
| + | <td>1</td> | ||
| + | <td>Bilinear</td> | ||
| + | </tr> | ||
| + | <tr> | ||
| + | <td>2</td> | ||
| + | <td>CubicConvolution</td> | ||
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== 実行例 == | == 実行例 == | ||
2013年11月25日 (月) 08:01時点における版
mrcImageAutoRotationCorrelation3DとはmrcImageファイルの３次元データ間の相関値を計算するためのEosのコマンドである。参照画像に対してもっとも合う３次元画像の向きを決定していく。そのもっともよく合った画像を出力することもできる。
目次
アルゴリズム
リファレンスの３次元画像を回転させて、もっともよく合う回転角を相関値から見出す。相関値は、いくつかの関数系をもつが、基本的には、フーリエ空間での計算から相関関数を求め、その最大値を探索する。
オプション一覧
下記に必要となる引数を記す。-i/-rは必須の引数である。
メインオプション
| オプション | 必須項目/選択項目 | 説明 | デフォルト |
|---|---|---|---|
| -i | 必須 | 入力テストファイル: mrcImage | NULL |
| -r | 必須 | 参照テストファイル: mrcImage | NULL |
| -o | 選択 | 出力ファイル: パラメータ | stdout(設定しなければ標準出力) |
| -cor | 選択 | 出力ファイル: 相関マップ: mrcImage | NULL |
| -fit | 選択 | 出力: 類似度の一番高い位置、回転角でのテスト画像: mrcImage | NULL |
| -EA | 選択 | 入力: オイラー角の選択:４文字 | YOYS |
| -Rot1 | 選択 | 入力: オイラー角の第１角の範囲:min max delta | 0.0 360.0 5.0 |
| -Rot2 | 選択 | 入力: オイラー角の第２角の範囲:min max delta | 0.0 180.0 5.0 |
| -Rot3 | 選択 | 入力: オイラー角の第３角の範囲:min max delta | 0.0 360.0 5.0 |
| -Xrange | 選択 | min max (INPUT) [pixel] | 0 0(設定しなければ、Ｘ方向の全範囲) |
| -Yrange | 選択 | min max (INPUT) [pixel] | 0 0(設定しなければ、Y方向の全範囲) |
| -Zrange | 選択 | min max (INPUT) [pixel] | 0 0(設定しなければ、Z方向の全範囲) |
| -M | 選択 | 入力: 相関関数の選択 | 0 |
| -MR | 選択 | 入力: 画像回転の取り扱い 1: 平均値で周辺を埋める 0: 楕円体としての回転 +16: 直方体としての回転 | 0 |
| -m | 選択 | 入力: 画像の補間モード: 0: 最近傍、1:１次補間、2:３次補間 | 0 |
モードの詳細
回転のモード: -MR
| モード | 説明 |
|---|---|
| 0 | padding 0 |
| 1 | 平均値で周辺を埋める |
| +0 | 楕円体としての回転 |
| +16 | 直方体としての回転 |
単粒子であり、周辺が媒体と考えられる場合には、０が推奨
そうではなく、周辺まで像があるときには、１６が推奨
そうではなく、周辺まで像があるときには、１６が推奨
相関関数のモード: -M
| モード | 説明 |
|---|---|
| 0 | Normal Correlation FxG* |
| 1 | Phase Correlation FxG*/ |FxG*| |
| 2 | Phase Correlation FxG*/sqrt(|FxG*|) |
| 3 | Normalized Normal Correlation FxG*/|F||G|) |
| 16 | (0,0) = 0 |
補間のモード： -m
| モード | 説明 |
|---|---|
| 0 | Nearest |
| 1 | Bilinear |
| 2 | CubicConvolution |
実行例
参照像test.refに対して、テスト画像test.inを合わせる場合の例。その際の相関値の計算結果がtest.paramに格納され、また、相関マップtest.corも手に入れている。 相関は、参照像を(オイラー角、この場合は、YOYSであるので、Ｙ軸回転(Rot1)、Ｘ軸回転(Rot2)、Ｚ軸回転(Rot3)の順に回転)に従って、３つの角度Rot1, Rot2, Rot3で指定した範囲と刻み幅で回転させる。 回転する際に、画像は直方体内全体にあると考え、その外側は平均値でパッドする。相関値は、F*G*でフーリエ空間の積の逆フーリエ変換で求められた相関関数（相関マップ）から求めるが、-Xrange/-Yrange/-Zrangeにより、その移動距離が制限される。
$ mrcImageAutoRotationCorrelation3D -i test.in -r test.ref -o test.param -cor test.cor -fit test.fit -EA YOYS -Rot1 -20 20 10 -Rot2 -30 30 15 -Rot3 -10 10 5 -Xrange -1 1 -Yrange -2 2 -Zrange 0 0 -MR 17 -M 16 -m 2
