「mrcImageAverage」の版間の差分
行45: | 行45: | ||
== 実行例 == | == 実行例 == | ||
− | ===入力ファイルの内容=== | + | ===2次元画像の平均化=== |
− | + | ====入力ファイルの内容==== | |
+ | <pre> | ||
1vom-rot0.mrc | 1vom-rot0.mrc | ||
1vom-rot1.mrc | 1vom-rot1.mrc | ||
1vom-rot2.mrc | 1vom-rot2.mrc | ||
1vom-rot3.mrc | 1vom-rot3.mrc | ||
+ | </pre> | ||
− | ====1vom-rot0.mrcの詳細==== | + | =====1vom-rot0.mrcの詳細===== |
<table> | <table> | ||
<tr> | <tr> | ||
行71: | 行73: | ||
</table> | </table> | ||
− | ====1vom-rot1.mrcの詳細==== | + | =====1vom-rot1.mrcの詳細===== |
<table> | <table> | ||
<tr> | <tr> | ||
行90: | 行92: | ||
</table> | </table> | ||
− | ====1vom-rot2.mrcの詳細==== | + | =====1vom-rot2.mrcの詳細===== |
<table> | <table> | ||
<tr> | <tr> | ||
行109: | 行111: | ||
</table> | </table> | ||
− | ====1vom-rot3.mrcの詳細==== | + | =====1vom-rot3.mrcの詳細===== |
<table> | <table> | ||
<tr> | <tr> | ||
行128: | 行130: | ||
</table> | </table> | ||
− | ===実行結果=== | + | ====実行結果==== |
<table> | <table> | ||
<tr> | <tr> | ||
行146: | 行148: | ||
</tr> | </tr> | ||
</table> | </table> | ||
+ | <br> | ||
− | === | + | ===3次元画像の平均化=== |
+ | ====入力ファイルの内容==== | ||
+ | <div>-i のデータ</div> | ||
+ | <pre> | ||
+ | 1WDC-Tom-1.3d | ||
+ | 1WDC-Tom-2.3d | ||
+ | |||
+ | </pre> | ||
+ | |||
+ | <div>[[Media:1WDC-Tom-1.3d|1WDC-Tom-1.3d]]の画像</div> | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td><p align="Center">[[画像:1WDC-Tom-1-0.png]]<br> | ||
+ | xy平面<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="Center">[[画像:1WDC-Tom-1-1.png]]<br> | ||
+ | yz平面<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">最小<br> | ||
+ | 最大<br> | ||
+ | 平均値<br> | ||
+ | 標準偏差<br> | ||
+ | 標準誤差<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">-1.0037 (36, 18, 37)<br> | ||
+ | 1.99054 (33, 40, 32)<br> | ||
+ | 0.0116138<br> | ||
+ | 0.0958051<br> | ||
+ | 0.000187119<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | |||
+ | <div>[[Media:1WDC-Tom-2.3d|1WDC-Tom-1.3d]]の画像</div> | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td><p align="Center">[[画像:1WDC-Tom-2-0.png]]<br> | ||
+ | xy平面<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="Center">[[画像:1WDC-Tom-2-1.png]]<br> | ||
+ | yz平面<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">最小<br> | ||
+ | 最大<br> | ||
+ | 平均値<br> | ||
+ | 標準偏差<br> | ||
+ | 標準誤差<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">-1.085 (36, 18, 37)<br> | ||
+ | 2.01411 (37, 34, 35)<br> | ||
+ | 0.0116637<br> | ||
+ | 0.101949<br> | ||
+ | 0.000199119<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | <br> | ||
+ | |||
+ | <div>-w のデータ</div> | ||
+ | <pre> | ||
+ | 1WDC-Tom-1.3dcounter | ||
+ | 1WDC-Tom-2.3dcounter | ||
+ | |||
+ | </pre> | ||
+ | <div>[[Media:1WDC-Tom-1.3dcounter|1WDC-Tom-1.3dcounter]]</div> | ||
+ | <div>[[Media:1WDC-Tom-2.3dcounter|1WDC-Tom-2.3dcounter]]</div> | ||
+ | <br> | ||
+ | |||
+ | ====オプション必須項目のみの場合==== | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td><p align="Center">[[画像:Outdata0-mrcImageAverage.png]]<br> | ||
+ | xy平面<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="Center">[[画像:Outdata1-mrcImageAverage.png]]<br> | ||
+ | yz平面<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">最小<br> | ||
+ | 最大<br> | ||
+ | 平均値<br> | ||
+ | 標準偏差<br> | ||
+ | 標準誤差<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">-1.04435 (36, 18, 37)<br> | ||
+ | 1.74931 (33, 40, 32)<br> | ||
+ | 0.0116387<br> | ||
+ | 0.0856551<br> | ||
+ | 0.000167295<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | <br> | ||
+ | |||
+ | ====オプション -w==== | ||
+ | =====-w (重み付き)を使用して実行===== | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td><p align="Center">[[画像:Outdata0-w-mrcImageAverage.png]]<br> | ||
+ | xy平面<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="Center">[[画像:Outdata1-w-mrcImageAverage.png]]<br> | ||
+ | yz平面<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">最小<br> | ||
+ | 最大<br> | ||
+ | 平均値<br> | ||
+ | 標準偏差<br> | ||
+ | 標準誤差<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">-1.08915 (36, 18, 37)<br> | ||
+ | 1.90308 (33, 40, 32)<br> | ||
+ | 0.0116386<br> | ||
+ | 0.088767<br> | ||
+ | 0.000173373<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | <div>-oWを設定すると-o の出力ファイルにおける重みファイルが作成され、再度平均化するときに使用できる。</div> | ||
+ | <br> |
2014年6月4日 (水) 06:57時点における版
mrcImageAverageとは複数の画像から平均画像を生成するEosのコマンドである。単粒子解析のように大量の粒子画像を扱う場合、平均画像の取得は有効である。画像を平均化するとノイズが低減する。これにより、角度決定の精度が向上し、3次元再構成したときの分解能向上が期待される。詳細は画像の平均化を参照のこと。
また、3次元画像等で全ての投影方向が手に入っていない画像同士を平均化しようとする場合には、ミッシングエリア等の情報を使って平均化することが有効である。そのために、mrc2Dto3Dで求められるDoubleCounterのファイルなどの画像の再構成に用いられた際に得られる情報を重み(-wにより指定)として利用して再構成することは有効である。DoubleCounterで指定されたファイルは、投影画像のファイル数も反映したものであるため、そのまま平均することができる。
目次
オプション一覧
オプション | 必須項目/選択項目 | 説明 | デフォルト |
---|---|---|---|
-i | 必須 | 入力ファイル設定(ファイル名のリスト) | NULL |
-o | 必須 | 出力ファイル設定(ファイル名) | NULL |
-w | 選択 | 重みファイル設定(ファイル名のリスト):mrc2Dto3DによるDoubleCounterファイル | NULL |
-oW | 選択 | 重みファイルの出力設定(ファイル名) | NULL |
-h | 選択 | ヘルプを表示 |
実行例
2次元画像の平均化
入力ファイルの内容
1vom-rot0.mrc 1vom-rot1.mrc 1vom-rot2.mrc 1vom-rot3.mrc
1vom-rot0.mrcの詳細
最小 最大 |
0 73.1421 |
1vom-rot1.mrcの詳細
最小 最大 |
0 77.0909 |
1vom-rot2.mrcの詳細
最小 最大 |
0 83.9283 |
1vom-rot3.mrcの詳細
最小 最大 |
0 87.0306 |
実行結果
最小 最大 |
0 70.8404 |
3次元画像の平均化
入力ファイルの内容
1WDC-Tom-1.3d 1WDC-Tom-2.3d
最小 最大 |
-1.0037 (36, 18, 37) 1.99054 (33, 40, 32) |
最小 最大 |
-1.085 (36, 18, 37) 2.01411 (37, 34, 35) |
1WDC-Tom-1.3dcounter 1WDC-Tom-2.3dcounter
オプション必須項目のみの場合
最小 最大 |
-1.04435 (36, 18, 37) 1.74931 (33, 40, 32) |
オプション -w
-w (重み付き)を使用して実行
最小 最大 |
-1.08915 (36, 18, 37) 1.90308 (33, 40, 32) |