「mrcImageCTFCompensation」の版間の差分

2013年11月18日 (月) 02:37時点における版

mrcImageCTFCompensationとは、透過型電子顕微鏡で撮影されたmrcImage形式のファイルに対して、そのCTF(コントラスト伝達関数)を補正するEosのコマンドである。

オプション一覧

メインオプション

オプション	必須項目/選択項目	説明	デフォルト
-i	必須	入力ファイル名: mrcImage(FFT)	stdion
-o	必須	出力ファイル名: mrcImage(CTF)	stdout
-info	選択	CTF情報(Essential Parameter only)	NULL
-info2	選択	CTF情報(Display2/ctfDisplay)	NULL
-kV	選択	AccVol[kV]	200
-Cs	選択	Cs[mm]	2.1
-df	選択	Defocus[A]:under(+)	27000
-white	選択	WhiteNoise(N/S)	0.1
-SinWin	選択	Windowing by sine function from Rmin[/A] to Rmax[/A].Default: No Window. (SinWinRmin, SinWinRmax)	(0.1, 1.0)
-A	選択	The ratio of amplitude contrast to phase contrast	0.1
-Astig	選択	With Astigmatism: (difMin, dfMax, asAxis))	(0, 0 , 0)
-NoAstig	選択	Without Astigmatism
-c	選択	コンフィグファイル設定	NULL
-m	選択	モードを設定	0
-h	選択	ヘルプを表示

-NoAstig選択時、-Astig, -Info2は無視される。

モードの詳細

モード	説明
0	No Correction
1	x ctf/\|ctf\|, phase flipping
2	x ctf, phase flipping and ctf-multiplying
3	x 1/ctf (0.1<\|ctf\| phase flipping and ctf-divided
4	x ctf/(SQR(ctf)+SQR(NS)) phase-flipping + Winner Filtering
5	x SQR(ctf) x ctf/\|ctf\| phase-flipping + ctf-Weighted
6	x 1/\|ctf\| (0.1<\|ctf\|) No phase-flipping + ctf-divided
7	x \|ctf\|/(SQR(ctf)+SQR(NS)) No phase flipping + Winner Filtering
8	x ctf /(SQR(ctf)+SQR(NSexp(aR))) phase flipping + Winner Filtering + NS-raising
9	x \|ctf\|/(SQR(ctf)+SQR(NSexp(aR))) No phase flipping + Winner Filtering + NS-raising

-info のファイルのフォーマット

defocus Cs kV AmplitudeContrast

llExtractWithLayerSeparationFilamentInfo -oI で作成される。

実行例

入力ファイルの画像

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

5.8388e-05 (34, 19, 25)

269.463 (0, 0, 0)
0.184947
0.853561

0.00121937

-info のデータ

CTF情報

27000.000000 2.100000 200.000000 0.100000

オプション必須項目のみの場合

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-6.10352e-07 (64, 12, 32)

2 (18, 16, 34)
0.384947
0.605556

0.00086508

オプション　-m

m=1

m=1のみで実行

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

nan (0, 0, 0)

nan (0, 0, 0)
nan
nan

nan

m=1, info=CTF情報で実行

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-2.34783 (35, 41, 97)

1.79235 (55, 53, 49)
-0.384947
0.605556

0.00086508

kV=200, m=1で実行

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-1.164 (33, 44, 0)

1.94 (15, 17, 49)
6.1438e-10
0.439006

0.000627152

Cs=2.1, kV=200, m=1で実行

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-0.384948 (6, 45, 80)

1.61505 (18, 16, 34)
-2.46763e-09
0.605556

0.00086508

df=27000, kV=200, m=1で実行

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-1.97408 (35, 41, 97)

2.18517 (55, 17, 50)
3.93495e-09
0.605556

0.00086508

A=0.1, kV=200, m=1で実行

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-2.328 (33, 41, 4)

1.88 (15, 17, 49)
-0.384947
0.605556

0.00086508

Astig=(2000, 3000, 30), kV=200, m=1で実行

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-1.94766 (33, 44, 99)

2.27385 (15, 53, 50)
3.69918e-09
0.605553

0.000865076

m=2

m=2, info=CTF情報で実行

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-1.31723 (33, 41, 98)

1.97077 (15, 17, 49)
-0.0384947
0.445077

0.000635824

m=3

m=3, info=CTF情報で実行

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-11.7244 (35, 40, 4)

0.119125 (0, 64, 25)
-3.84947
3.39122

0.0048446

m=4

m=4, info=CTF情報で実行

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-6.99735 (35, 41, 1)

0.915836 (11, 38, 49)
-1.92473
2.04063

0.00291518

white=0.5, m=4, info=CTF情報で実行

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-1.69647 (36, 48, 3)

1.94975 (55, 53, 51)
-0.148057
0.486022

0.000694317

m=5

m=5, info=CTF情報で実行

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-1.21637 (33, 41, 1)

1.97072 (15, 17, 50)
-0.00384947
0.440895

0.00062985

m=6

m=6, info=CTF情報で実行

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-2.10211 (0, 69, 11)

13.2178 (35, 44, 7)
3.84947
3.43904

0.00491291

m=7

m=7, info=CTF情報で実行

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-0.223602 (0, 41, 0)

6.68785 (35, 43, 7)
1.92473
2.04063

0.00291518

white=0.5, m=7, info=CTF情報で実行

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-0.703801 (35, 43, 6)

1.85387 (59, 38, 48)
0.148057
0.486022

0.000694317

@@ 行183: / 行183: @@
 		</tr>
 	</table>
+===-info のデータ===
+<div>CTF情報</div>
+<pre>
+.000000 2.100000 200.000000 0.100000
+</pre>
 ===オプション必須項目のみの場合===
@@ 行224: / 行231: @@
 	</table>
-=====info=CTF情報, m=1で実行=====
+=====m=1, info=CTF情報で実行=====
-<div>CTF情報のデータ</div>
-<pre>
-.000000 2.100000 200.000000 0.100000
-</pre>
-<div>出力画像</div>
 	<table>
 		<tr>
@@ 行342: / 行341: @@
 .605553<br>
 .000865076<br></p>
+			</td>
+		</tr>
+	</table>
+====m=2====
+=====m=2, info=CTF情報で実行=====
+	<table>
+		<tr>
+			<td>[[画像:Outdata-m2-mrcImageCTFCompensation.png]]</td>
+			<td><p align="left">最小<br>
+				最大<br>
+				平均値<br>
+				標準偏差<br>
+				標準誤差<br></p>
+			</td>
+			<td><p align="left">-1.31723 (33, 41, 98)<br>
+.97077 (15, 17, 49)<br>
+				-0.0384947<br>
+.445077<br>
+.000635824<br></p>
+			</td>
+		</tr>
+	</table>
+====m=3====
+=====m=3, info=CTF情報で実行=====
+	<table>
+		<tr>
+			<td>[[画像:Outdata-m3-mrcImageCTFCompensation.png]]</td>
+			<td><p align="left">最小<br>
+				最大<br>
+				平均値<br>
+				標準偏差<br>
+				標準誤差<br></p>
+			</td>
+			<td><p align="left">-11.7244 (35, 40, 4)<br>
+.119125 (0, 64, 25)<br>
+				-3.84947<br>
+.39122<br>
+.0048446<br></p>
+			</td>
+		</tr>
+	</table>
+====m=4====
+=====m=4, info=CTF情報で実行=====
+	<table>
+		<tr>
+			<td>[[画像:Outdata-m4-mrcImageCTFCompensation.png]]</td>
+			<td><p align="left">最小<br>
+				最大<br>
+				平均値<br>
+				標準偏差<br>
+				標準誤差<br></p>
+			</td>
+			<td><p align="left">-6.99735 (35, 41, 1)<br>
+.915836 (11, 38, 49)<br>
+				-1.92473<br>
+.04063<br>
+.00291518<br></p>
+			</td>
+		</tr>
+	</table>
+=====white=0.5, m=4, info=CTF情報で実行=====
+	<table>
+		<tr>
+			<td>[[画像:Outdata-m4white-mrcImageCTFCompensation.png]]</td>
+			<td><p align="left">最小<br>
+				最大<br>
+				平均値<br>
+				標準偏差<br>
+				標準誤差<br></p>
+			</td>
+			<td><p align="left">-1.69647 (36, 48, 3)<br>
+.94975 (55, 53, 51)<br>
+				-0.148057<br>
+.486022<br>
+.000694317<br></p>
+			</td>
+		</tr>
+	</table>
+====m=5====
+=====m=5, info=CTF情報で実行=====
+	<table>
+		<tr>
+			<td>[[画像:Outdata-m5-mrcImageCTFCompensation.png]]</td>
+			<td><p align="left">最小<br>
+				最大<br>
+				平均値<br>
+				標準偏差<br>
+				標準誤差<br></p>
+			</td>
+			<td><p align="left">-1.21637 (33, 41, 1)<br>
+.97072 (15, 17, 50)<br>
+				-0.00384947<br>
+.440895<br>
+.00062985<br></p>
+			</td>
+		</tr>
+	</table>
+====m=6====
+=====m=6, info=CTF情報で実行=====
+	<table>
+		<tr>
+			<td>[[画像:Outdata-m6-mrcImageCTFCompensation.png]]</td>
+			<td><p align="left">最小<br>
+				最大<br>
+				平均値<br>
+				標準偏差<br>
+				標準誤差<br></p>
+			</td>
+			<td><p align="left">-2.10211 (0, 69, 11)<br>
+.2178 (35, 44, 7)<br>
+.84947<br>
+.43904<br>
+.00491291<br></p>
+			</td>
+		</tr>
+	</table>
+====m=7====
+=====m=7, info=CTF情報で実行=====
+	<table>
+		<tr>
+			<td>[[画像:Outdata-m7-mrcImageCTFCompensation.png]]</td>
+			<td><p align="left">最小<br>
+				最大<br>
+				平均値<br>
+				標準偏差<br>
+				標準誤差<br></p>
+			</td>
+			<td><p align="left">-0.223602 (0, 41, 0)<br>
+.68785 (35, 43, 7)<br>
+.92473<br>
+.04063<br>
+.00291518<br></p>
+			</td>
+		</tr>
+	</table>
+=====white=0.5, m=7, info=CTF情報で実行=====
+	<table>
+		<tr>
+			<td>[[画像:Outdata-m7white-mrcImageCTFCompensation.png]]</td>
+			<td><p align="left">最小<br>
+				最大<br>
+				平均値<br>
+				標準偏差<br>
+				標準誤差<br></p>
+			</td>
+			<td><p align="left">-0.703801 (35, 43, 6)<br>
+.85387 (59, 38, 48)<br>
+.148057<br>
+.486022<br>
+.000694317<br></p>
 			</td>
 		</tr>
 	</table>

モード	説明
0	No Correction
1	x ctf/\|ctf\|, phase flipping
2	x ctf, phase flipping and ctf-multiplying
3	x 1/ctf (0.1<\|ctf\| phase flipping and ctf-divided
4	x ctf/(SQR(ctf)+SQR(NS)) phase-flipping + Winner Filtering
5	x SQR(ctf) x ctf/\|ctf\| phase-flipping + ctf-Weighted
6	x 1/\|ctf\| (0.1<\|ctf\|) No phase-flipping + ctf-divided
7	x \|ctf\|/(SQR(ctf)+SQR(NS)) No phase flipping + Winner Filtering
8	x ctf /(SQR(ctf)+SQR(NSexp(aR))) phase flipping + Winner Filtering + NS-raising
9	x \|ctf\|/(SQR(ctf)+SQR(NSexp(aR))) No phase flipping + Winner Filtering + NS-raising

「mrcImageCTFCompensation」の版間の差分

2013年11月18日 (月) 02:37時点における版

目次

オプション一覧

メインオプション

モードの詳細

-info のファイルのフォーマット

実行例

入力ファイルの画像

-info のデータ

オプション必須項目のみの場合

オプション　-m

m=1

m=1のみで実行

m=1, info=CTF情報で実行

kV=200, m=1で実行

Cs=2.1, kV=200, m=1で実行

df=27000, kV=200, m=1で実行

A=0.1, kV=200, m=1で実行

Astig=(2000, 3000, 30), kV=200, m=1で実行

m=2

m=2, info=CTF情報で実行

m=3

m=3, info=CTF情報で実行

m=4

m=4, info=CTF情報で実行

white=0.5, m=4, info=CTF情報で実行

m=5

m=5, info=CTF情報で実行

m=6

m=6, info=CTF情報で実行

m=7

m=7, info=CTF情報で実行

white=0.5, m=7, info=CTF情報で実行

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「mrcImageCTFCompensation」の版間の差分

2013年11月18日 (月) 02:37時点における版

目次

オプション一覧

メインオプション

モードの詳細

-info のファイルのフォーマット

実行例

入力ファイルの画像

-info のデータ

オプション必須項目のみの場合

オプション -m

m=1

m=1のみで実行

m=1, info=CTF情報で実行

kV=200, m=1で実行

Cs=2.1, kV=200, m=1で実行

df=27000, kV=200, m=1で実行

A=0.1, kV=200, m=1で実行

Astig=(2000, 3000, 30), kV=200, m=1で実行

m=2

m=2, info=CTF情報で実行

m=3

m=3, info=CTF情報で実行

m=4

m=4, info=CTF情報で実行

white=0.5, m=4, info=CTF情報で実行

m=5

m=5, info=CTF情報で実行

m=6

m=6, info=CTF情報で実行

m=7

m=7, info=CTF情報で実行

white=0.5, m=7, info=CTF情報で実行

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オプション　-m