「mrcImageCTFCompensation」の版間の差分

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行161: 行161:
 
defocus Cs kV AmplitudeContrast
 
defocus Cs kV AmplitudeContrast
 
</pre>
 
</pre>
<div>llExtractWithLayerSeparationFilamentInfo -oI で作成される。</div>
+
<div>[[llExtractWithLayerSeparationFilamentInfo]] -oI で作成される。</div>
  
  
 
== 実行例 ==
 
== 実行例 ==
===[[:Media:Input-3D-Data.fft | 入力ファイル]]の画像===
+
===[[:Media:Input-B120-CTF.fft | 入力ファイル]]の画像===
 
<table>  
 
<table>  
 
<tr>  
 
<tr>  
<td>[[画像:Input-mrcImageCTFCompensation.png]]</td>  
+
<td>[[画像:Input-B120-CTF.png]]</td>  
 
<td><p align="left">最小<br>  
 
<td><p align="left">最小<br>  
 
最大<br>  
 
最大<br>  
行175: 行175:
 
標準誤差<br></p>  
 
標準誤差<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
<td><p align="left">5.8388e-05 (34, 19, 25)<br>  
+
<td><p align="left">0.000514398 (78, 51, 0)<br>  
269.463 (0, 0, 0)<br>  
+
1684.3 (0, 0, 0)<br>  
0.184947<br>  
+
9.67542<br>  
0.853561<br>  
+
65.3969<br>  
0.00121937<br></p>  
+
0.817461<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 
</table>  
 
</table>  
 +
  
 
===-info のデータ===
 
===-info のデータ===
行190: 行191:
  
 
</pre>
 
</pre>
 +
  
 
===オプション必須項目のみの場合===
 
===オプション必須項目のみの場合===
行201: 行203:
 
標準誤差<br></p>  
 
標準誤差<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
<td><p align="left">-6.10352e-07 (64, 12, 32)<br>  
+
<td><p align="left">-298.592 (37, 36, 0)<br>  
2 (18, 16, 34)<br>  
+
46.4642 (56, 19, 0)<br>  
0.384947<br>  
+
-21.0538<br>  
0.605556<br>  
+
52.1224<br>  
0.00086508<br></p>  
+
0.65153<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 
</table>  
 
</table>  
 +
  
 
===オプション -m===
 
===オプション -m===
====m=1====  
+
====m=1, kV=200で実行====  
=====m=1のみで実行=====  
+
=====その他のオプションなし=====  
 
<table>  
 
<table>  
 
<tr>  
 
<tr>  
<td> </td>  
+
<td>[[画像:Outdata-m1kV-mrcImageCTFCompensation.png]] </td>  
 
<td><p align="left">最小<br>  
 
<td><p align="left">最小<br>  
 
最大<br>  
 
最大<br>  
行222: 行225:
 
標準誤差<br></p>  
 
標準誤差<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
<td><p align="left">nan (0, 0, 0)<br>  
+
<td><p align="left">0 (0, 0, 0)<br>  
nan (0, 0, 0)<br>  
+
0 (0, 0, 0)<br>  
nan<br>  
+
0<br>  
nan<br>  
+
0<br>  
nan<br></p>  
+
0<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 
</table>
 
</table>
  
=====m=1, info=CTF情報で実行=====
+
 
 +
=====info=CTF情報で実行=====
 
<table>  
 
<table>  
 
<tr>  
 
<tr>  
行241: 行245:
 
標準誤差<br></p>  
 
標準誤差<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
<td><p align="left">-2.34783 (35, 41, 97)<br>  
+
<td><p align="left">-38.9125 (41, 61, 0)<br>  
1.79235 (55, 53, 49)<br>  
+
268.151 (39, 35, 0)<br>  
-0.384947<br>  
+
21.0538<br>  
0.605556<br>  
+
52.1224<br>  
0.00086508<br></p>  
+
0.65153<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 
</table>
 
</table>
  
=====kV=200, m=1で実行=====
 
<table>
 
<tr>
 
<td>[[画像:Outdata-m1kV-mrcImageCTFCompensation.png]]</td>
 
<td><p align="left">最小<br>
 
最大<br>
 
平均値<br>
 
標準偏差<br>
 
標準誤差<br></p>
 
</td>
 
<td><p align="left">-1.164 (33, 44, 0)<br>
 
1.94 (15, 17, 49)<br>
 
6.1438e-10<br>
 
0.439006<br>
 
0.000627152<br></p>
 
</td>
 
</tr>
 
</table>
 
  
=====Cs=2.1, kV=200, m=1で実行=====
+
=====Cs=2.1で実行=====
 
<table>  
 
<table>  
 
<tr>  
 
<tr>  
行279: 行265:
 
標準誤差<br></p>  
 
標準誤差<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
<td><p align="left">-0.384948 (6, 45, 80)<br>  
+
<td><p align="left">-277.543 (37, 36, 0)<br>  
1.61505 (18, 16, 34)<br>  
+
67.5181 (56, 19, 0)<br>  
-2.46763e-09<br>  
+
-1.29646e-08<br>  
0.605556<br>  
+
52.1224<br>  
0.00086508<br></p>  
+
0.65153<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 
</table>
 
</table>
  
=====df=27000, kV=200, m=1で実行=====
+
 
 +
=====df=27000で実行=====
 
<table>  
 
<table>  
 
<tr>  
 
<tr>  
行298: 行285:
 
標準誤差<br></p>  
 
標準誤差<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
<td><p align="left">-1.97408 (35, 41, 97)<br>  
+
<td><p align="left">-59.6211 (51, 54, 0)<br>  
2.18517 (55, 17, 50)<br>  
+
244.573 (39, 35, 0)<br>  
3.93495e-09<br>  
+
1.41363e-08<br>  
0.605556<br>  
+
52.1224<br>  
0.00086508<br></p>  
+
0.65153<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 
</table>
 
</table>
  
=====A=0.1, kV=200, m=1で実行=====
+
 
 +
=====A=0.1で実行=====
 
<table>  
 
<table>  
 
<tr>  
 
<tr>  
行317: 行305:
 
標準誤差<br></p>  
 
標準誤差<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
<td><p align="left">-2.328 (33, 41, 4)<br>  
+
<td><p align="left">-46.4642 (56, 19, 0)<br>  
1.88 (15, 17, 49)<br>  
+
298.592 (37, 36, 0)<br>  
-0.384947<br>  
+
21.0538<br>  
0.605556<br>  
+
52.1224<br>  
0.00086508<br></p>  
+
0.65153<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 
</table>
 
</table>
  
=====Astig=(2000, 3000, 30), kV=200, m=1で実行=====  
+
 
 +
=====Astig=(2000, 3000, 30)で実行=====  
 
<table>  
 
<table>  
 
<tr>  
 
<tr>  
行336: 行325:
 
標準誤差<br></p>  
 
標準誤差<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
<td><p align="left">-1.94766 (33, 44, 99)<br>  
+
<td><p align="left">-63.7102 (56, 19, 0)<br>  
2.27385 (15, 53, 50)<br>  
+
278.233 (37, 35, 0)<br>  
3.69918e-09<br>  
+
-2.56419e-07<br>  
0.605553<br>  
+
52.1224<br>  
0.000865076<br></p>  
+
0.65153<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 
</table>
 
</table>
  
====m=2====
+
 
=====m=2, info=CTF情報で実行=====
+
====m=2, info=CTF情報で実行====
 
<table>  
 
<table>  
 
<tr>  
 
<tr>  
行356: 行345:
 
標準誤差<br></p>  
 
標準誤差<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
<td><p align="left">-1.31723 (33, 41, 98)<br>  
+
<td><p align="left">-62.4959 (28, 30, 0)<br>  
1.97077 (15, 17, 49)<br>  
+
115.688 (39, 34, 0)<br>  
-0.0384947<br>  
+
2.10538<br>  
0.445077<br>  
+
20.8081<br>  
0.000635824<br></p>  
+
0.260101<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 
</table>
 
</table>
  
====m=3====
+
 
=====m=3, info=CTF情報で実行=====
+
====m=3, info=CTF情報で実行====
 
<table>  
 
<table>  
 
<tr>  
 
<tr>  
行376: 行365:
 
標準誤差<br></p>  
 
標準誤差<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
<td><p align="left">-11.7244 (35, 40, 4)<br>  
+
<td><p align="left">-49.5112 (2, 15, 0)<br>  
0.119125 (0, 64, 25)<br>  
+
1120.94 (39, 39, 0)<br>  
-3.84947<br>  
+
210.538<br>  
3.39122<br>  
+
256.745<br>  
0.0048446<br></p>  
+
3.20931<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 
</table>
 
</table>
  
====m=4====  
+
 
=====m=4, info=CTF情報で実行=====
+
====m=4, info=CTF情報で実行====  
 +
=====その他のオプションなし=====
 
<table>  
 
<table>  
 
<tr>  
 
<tr>  
行396: 行386:
 
標準誤差<br></p>  
 
標準誤差<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
<td><p align="left">-6.99735 (35, 41, 1)<br>  
+
<td><p align="left">-76.6069 (1, 16, 0)<br>  
0.915836 (11, 38, 49)<br>  
+
835.557 (40, 39, 0)<br>  
-1.92473<br>  
+
105.269<br>  
2.04063<br>  
+
192.376<br>  
0.00291518<br></p>  
+
2.4047<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 
</table>
 
</table>
  
=====white=0.5, m=4, info=CTF情報で実行=====
+
 
 +
=====white=0.5で実行=====
 
<table>  
 
<table>  
 
<tr>  
 
<tr>  
行415: 行406:
 
標準誤差<br></p>  
 
標準誤差<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
<td><p align="left">-1.69647 (36, 48, 3)<br>  
+
<td><p align="left">-59.6252 (50, 54, 0)<br>  
1.94975 (55, 53, 51)<br>  
+
195.105 (39, 35, 0)<br>  
-0.148057<br>  
+
8.0976<br>  
0.486022<br>  
+
38.5767<br>  
0.000694317<br></p>  
+
0.482208<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 
</table>
 
</table>
  
====m=5====
+
 
=====m=5, info=CTF情報で実行=====
+
====m=5, info=CTF情報で実行====
 
<table>  
 
<table>  
 
<tr>  
 
<tr>  
行435: 行426:
 
標準誤差<br></p>  
 
標準誤差<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
<td><p align="left">-1.21637 (33, 41, 1)<br>  
+
<td><p align="left">-63.7521 (29, 30, 0)<br>  
1.97072 (15, 17, 50)<br>  
+
81.6286 (39, 34, 0)<br>  
-0.00384947<br>  
+
0.210538<br>  
0.440895<br>  
+
16.0662<br>  
0.00062985<br></p>  
+
0.200828<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 
</table>
 
</table>
  
====m=6====
+
 
=====m=6, info=CTF情報で実行=====
+
====m=6, info=CTF情報で実行====
 
<table>  
 
<table>  
 
<tr>  
 
<tr>  
行455: 行446:
 
標準誤差<br></p>  
 
標準誤差<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
<td><p align="left">-2.10211 (0, 69, 11)<br>  
+
<td><p align="left">-1338.09 (37, 36, 0)<br>  
13.2178 (35, 44, 7)<br>  
+
212.611 (2, 70, 0)<br>  
3.84947<br>  
+
-210.538<br>  
3.43904<br>  
+
272.238<br>  
0.00491291<br></p>  
+
3.40297<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 
</table>
 
</table>
  
====m=7====  
+
====m=7, info=CTF情報で実行====  
=====m=7, info=CTF情報で実行=====
+
=====その他のオプションなし=====
 
<table>  
 
<table>  
 
<tr>  
 
<tr>  
行475: 行466:
 
標準誤差<br></p>  
 
標準誤差<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
<td><p align="left">-0.223602 (0, 41, 0)<br>  
+
<td><p align="left">-885.311 (37, 36, 0)<br>  
6.68785 (35, 43, 7)<br>  
+
43.1237 (2, 0, 0)<br>  
1.92473<br>  
+
-105.269<br>  
2.04063<br>  
+
192.376<br>  
0.00291518<br></p>  
+
2.4047<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 
</table>
 
</table>
  
=====white=0.5, m=7, info=CTF情報で実行=====
+
=====white=0.5=====
 
<table>  
 
<table>  
 
<tr>  
 
<tr>  
行494: 行485:
 
標準誤差<br></p>  
 
標準誤差<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
<td><p align="left">-0.703801 (35, 43, 6)<br>  
+
<td><p align="left">-221.279 (37, 36, 0)<br>  
1.85387 (59, 38, 48)<br>  
+
60.2085 (29, 27, 0)<br>  
0.148057<br>  
+
-8.0976<br>  
0.486022<br>  
+
38.5767<br>  
0.000694317<br></p>  
+
0.482208<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 
</table>
 
</table>

2013年12月26日 (木) 01:50時点における版

mrcImageCTFCompensationとは、透過型電子顕微鏡で撮影されたmrcImage形式のファイルに対して、そのCTF(コントラスト伝達関数)を補正するEosコマンドである。

オプション一覧

メインオプション

オプション 必須項目/選択項目 説明 デフォルト
-i 必須 入力ファイル名: mrcImage(FFT) stdion
-o 必須 出力ファイル名: mrcImage(CTF) stdout
-info 選択 CTF情報(Essential Parameter only) NULL
-info2 選択 CTF情報(Display2/ctfDisplay) NULL
-kV 選択 加速電圧[kV] 200
-Cs 選択 球面収差[mm] 2.1
-df 選択 デフォーカス量(+がアンダーフォーカス): [A] 27000
-white 選択 白色ノイズ比(Noise/Signal) 0.1
-SinWin 選択 Windowing by sine function from Rmin[/A] to Rmax[/A].Default: No Window.
(SinWinRmin, SinWinRmax)
(0.1, 1.0)
-A 選択 強度コントラスト比(Amplitude/Phase) 0.1
-Astig 選択 With Astigmatism: (difMin, dfMax, asAxis)) (0, 0 , 0)
-NoAstig 選択 Without Astigmatism
-c 選択 コンフィグファイル設定 NULL
-m 選択 モードを設定 0
-h 選択 ヘルプを表示  
-NoAstig選択時、-Astig, -Info2は無視される。

モードの詳細

モード 説明
0 No Correction
1 x ctf/|ctf|, phase flipping
2 x ctf, phase flipping and ctf-multiplying
3 x 1/ctf (0.1<|ctf| phase flipping and ctf-divided
4 x ctf/(SQR(ctf)+SQR(NS)) phase-flipping + Winner Filtering
5 x SQR(ctf) x ctf/|ctf| phase-flipping + ctf-Weighted
6 x 1/|ctf| (0.1<|ctf|) No phase-flipping + ctf-divided
7 x |ctf|/(SQR(ctf)+SQR(NS)) No phase flipping + Winner Filtering
8 x ctf /(SQR(ctf)+SQR(NS*exp(a*R))) phase flipping + Winner Filtering + NS-raising
9 x |ctf|/(SQR(ctf)+SQR(NS*exp(a*R))) No phase flipping + Winner Filtering + NS-raising

-info のファイルのフォーマット

defocus Cs kV AmplitudeContrast


実行例

入力ファイルの画像

Input-B120-CTF.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0.000514398 (78, 51, 0)

1684.3 (0, 0, 0)
9.67542
65.3969

0.817461


-info のデータ

CTF情報
27000.000000 2.100000 200.000000 0.100000


オプション必須項目のみの場合

Outdata-mrcImageCTFCompensation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-298.592 (37, 36, 0)

46.4642 (56, 19, 0)
-21.0538
52.1224

0.65153


オプション -m

m=1, kV=200で実行

その他のオプションなし
Outdata-m1kV-mrcImageCTFCompensation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

0 (0, 0, 0)
0
0

0


info=CTF情報で実行
Outdata-m1info-mrcImageCTFCompensation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-38.9125 (41, 61, 0)

268.151 (39, 35, 0)
21.0538
52.1224

0.65153


Cs=2.1で実行
Outdata-m1Cs-mrcImageCTFCompensation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-277.543 (37, 36, 0)

67.5181 (56, 19, 0)
-1.29646e-08
52.1224

0.65153


df=27000で実行
Outdata-m1df-mrcImageCTFCompensation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-59.6211 (51, 54, 0)

244.573 (39, 35, 0)
1.41363e-08
52.1224

0.65153


A=0.1で実行
Outdata-m1A-mrcImageCTFCompensation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-46.4642 (56, 19, 0)

298.592 (37, 36, 0)
21.0538
52.1224

0.65153


Astig=(2000, 3000, 30)で実行
Outdata-m1Astig-mrcImageCTFCompensation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-63.7102 (56, 19, 0)

278.233 (37, 35, 0)
-2.56419e-07
52.1224

0.65153


m=2, info=CTF情報で実行

Outdata-m2-mrcImageCTFCompensation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-62.4959 (28, 30, 0)

115.688 (39, 34, 0)
2.10538
20.8081

0.260101


m=3, info=CTF情報で実行

Outdata-m3-mrcImageCTFCompensation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-49.5112 (2, 15, 0)

1120.94 (39, 39, 0)
210.538
256.745

3.20931


m=4, info=CTF情報で実行

その他のオプションなし
Outdata-m4-mrcImageCTFCompensation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-76.6069 (1, 16, 0)

835.557 (40, 39, 0)
105.269
192.376

2.4047


white=0.5で実行
Outdata-m4white-mrcImageCTFCompensation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-59.6252 (50, 54, 0)

195.105 (39, 35, 0)
8.0976
38.5767

0.482208


m=5, info=CTF情報で実行

Outdata-m5-mrcImageCTFCompensation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-63.7521 (29, 30, 0)

81.6286 (39, 34, 0)
0.210538
16.0662

0.200828


m=6, info=CTF情報で実行

Outdata-m6-mrcImageCTFCompensation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-1338.09 (37, 36, 0)

212.611 (2, 70, 0)
-210.538
272.238

3.40297

m=7, info=CTF情報で実行

その他のオプションなし
Outdata-m7-mrcImageCTFCompensation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-885.311 (37, 36, 0)

43.1237 (2, 0, 0)
-105.269
192.376

2.4047

white=0.5
Outdata-m7white-mrcImageCTFCompensation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-221.279 (37, 36, 0)

60.2085 (29, 27, 0)
-8.0976
38.5767

0.482208