「mrcImageCTFCompensation」の版間の差分
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<td>-i</td> | <td>-i</td> | ||
<td>必須</td> | <td>必須</td> | ||
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<td>stdion</td> | <td>stdion</td> | ||
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<td>-o</td> | <td>-o</td> | ||
<td>必須</td> | <td>必須</td> | ||
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<td>stdout</td> | <td>stdout</td> | ||
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<td>選択</td> | <td>選択</td> | ||
<td>CTF情報(Essential Parameter only)</td> | <td>CTF情報(Essential Parameter only)</td> | ||
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<td>選択</td> | <td>選択</td> | ||
<td>CTF情報(Display2/ctfDisplay)</td> | <td>CTF情報(Display2/ctfDisplay)</td> | ||
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| + | <td>-kV</td> | ||
| + | <td>選択</td> | ||
| + | <td>AccVol[kV]</td> | ||
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| + | <td>-Cs</td> | ||
| + | <td>選択</td> | ||
| + | <td>Cs[mm]</td> | ||
| + | <td>2.1</td> | ||
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| + | <td>-df</td> | ||
| + | <td>選択</td> | ||
| + | <td>Defocus[A]:under(+)</td> | ||
| + | <td>27000</td> | ||
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| + | <td>-white</td> | ||
| + | <td>選択</td> | ||
| + | <td>WhiteNoise(N/S)</td> | ||
| + | <td>0.1</td> | ||
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| + | <td>-SinWin</td> | ||
| + | <td>選択</td> | ||
| + | <td>Windowing by sine function from Rmin[/A] to Rmax[/A].Default: No Window.<br> | ||
| + | (SinWinRmin, SinWinRmax)</td> | ||
| + | <td>(0.1, 1.0)</td> | ||
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| + | <td>-A</td> | ||
| + | <td>選択</td> | ||
| + | <td>The ratio of amplitude contrast to phase contrast</td> | ||
| + | <td>0.1</td> | ||
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| + | <td>-Astig</td> | ||
| + | <td>選択</td> | ||
| + | <td>With Astigmatism: (difMin, dfMax, asAxis))</td> | ||
| + | <td>(0, 0 , 0)</td> | ||
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| + | <td>-NoAstig</td> | ||
| + | <td>選択</td> | ||
| + | <td>Without Astigmatism</td> | ||
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| + | <td>-c</td> | ||
| + | <td>選択</td> | ||
| + | <td>コンフィグファイル設定</td> | ||
| + | <td>NULL</td> | ||
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| + | <tr> | ||
| + | <td>-m</td> | ||
| + | <td>選択</td> | ||
| + | <td>モードを設定</td> | ||
| + | <td>0</td> | ||
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| + | <td>-h</td> | ||
| + | <td>選択</td> | ||
| + | <td>ヘルプを表示</td> | ||
| + | <td> </td> | ||
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| + | <div>-NoAstig選択時、-Astig, -Info2は無視される。</div> | ||
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| − | + | <td>x ctf/|ctf|, phase flipping</td> | |
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| − | + | <td>2</td> | |
| − | + | <td>x ctf, phase flipping and ctf-multiplying</td> | |
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| + | <td>3</td> | ||
| + | <td>x 1/ctf (0.1<|ctf| phase flipping and ctf-divided</td> | ||
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| + | <td>4</td> | ||
| + | <td>x ctf/(SQR(ctf)+SQR(NS)) phase-flipping + Winner Filtering</td> | ||
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| + | <td>5</td> | ||
| + | <td>x SQR(ctf) x ctf/|ctf| phase-flipping + ctf-Weighted</td> | ||
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| + | <td>6</td> | ||
| + | <td>x 1/|ctf| (0.1<|ctf|) No phase-flipping + ctf-divided</td> | ||
| + | </tr> | ||
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| + | <td>7</td> | ||
| + | <td>x |ctf|/(SQR(ctf)+SQR(NS)) No phase flipping + Winner Filtering </td> | ||
| + | </tr> | ||
| + | <tr> | ||
| + | <td>8</td> | ||
| + | <td>x ctf /(SQR(ctf)+SQR(NS*exp(a*R))) phase flipping + Winner Filtering + NS-raising </td> | ||
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| + | <tr> | ||
| + | <td>9</td> | ||
| + | <td>x |ctf|/(SQR(ctf)+SQR(NS*exp(a*R))) No phase flipping + Winner Filtering + NS-raising </td> | ||
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| − | + | ===-info のファイルのフォーマット=== | |
| + | <pre> | ||
| + | defocus Cs kV AmplitudeContrast | ||
| + | </pre> | ||
| + | <div>llExtractWithLayerSeparationFilamentInfo -oI で作成される。</div> | ||
== 実行例 == | == 実行例 == | ||
2013年11月15日 (金) 04:16時点における版
mrcImageCTFCompensationとは、透過型電子顕微鏡で撮影されたmrcImage形式のファイルに対して、そのCTF(コントラスト伝達関数)を補正するEosのコマンドである。
オプション一覧
メインオプション
| オプション | 必須項目/選択項目 | 説明 | デフォルト |
|---|---|---|---|
| -i | 必須 | 入力ファイル名: mrcImage | stdion |
| -o | 必須 | 出力ファイル名: mrcImage | stdout |
| -info | 選択 | CTF情報(Essential Parameter only) | NULL |
| -info2 | 選択 | CTF情報(Display2/ctfDisplay) | NULL |
| -kV | 選択 | AccVol[kV] | 200 |
| -Cs | 選択 | Cs[mm] | 2.1 |
| -df | 選択 | Defocus[A]:under(+) | 27000 |
| -white | 選択 | WhiteNoise(N/S) | 0.1 |
| -SinWin | 選択 | Windowing by sine function from Rmin[/A] to Rmax[/A].Default: No Window. (SinWinRmin, SinWinRmax) |
(0.1, 1.0) |
| -A | 選択 | The ratio of amplitude contrast to phase contrast | 0.1 |
| -Astig | 選択 | With Astigmatism: (difMin, dfMax, asAxis)) | (0, 0 , 0) |
| -NoAstig | 選択 | Without Astigmatism | |
| -c | 選択 | コンフィグファイル設定 | NULL |
| -m | 選択 | モードを設定 | 0 |
| -h | 選択 | ヘルプを表示 |
-NoAstig選択時、-Astig, -Info2は無視される。
モードの詳細
| モード | 説明 |
|---|---|
| 0 | No Correction |
| 1 | x ctf/|ctf|, phase flipping |
| 2 | x ctf, phase flipping and ctf-multiplying |
| 3 | x 1/ctf (0.1<|ctf| phase flipping and ctf-divided |
| 4 | x ctf/(SQR(ctf)+SQR(NS)) phase-flipping + Winner Filtering |
| 5 | x SQR(ctf) x ctf/|ctf| phase-flipping + ctf-Weighted |
| 6 | x 1/|ctf| (0.1<|ctf|) No phase-flipping + ctf-divided |
| 7 | x |ctf|/(SQR(ctf)+SQR(NS)) No phase flipping + Winner Filtering |
| 8 | x ctf /(SQR(ctf)+SQR(NS*exp(a*R))) phase flipping + Winner Filtering + NS-raising |
| 9 | x |ctf|/(SQR(ctf)+SQR(NS*exp(a*R))) No phase flipping + Winner Filtering + NS-raising |
-info のファイルのフォーマット
defocus Cs kV AmplitudeContrast
llExtractWithLayerSeparationFilamentInfo -oI で作成される。
