mrcImageCTFCompensation

mrcImageCTFCompensationとは、透過型電子顕微鏡で撮影されたmrcImage形式のファイルに対して、そのCTF(コントラスト伝達関数)を補正するEosのコマンドである。

オプション一覧

メインオプション

オプション	必須項目/選択項目	説明	デフォルト
-i	必須	入力ファイル名: mrcImage(FFT)	stdion
-o	必須	出力ファイル名: mrcImage(CTF)	stdout
-info	選択	CTF情報(Essential Parameter only)	NULL
-info2	選択	CTF情報(Display2/ctfDisplay)	NULL
-kV	選択	AccVol[kV]	200
-Cs	選択	Cs[mm]	2.1
-df	選択	Defocus[A]:under(+)	27000
-white	選択	WhiteNoise(N/S)	0.1
-SinWin	選択	Windowing by sine function from Rmin[/A] to Rmax[/A].Default: No Window. (SinWinRmin, SinWinRmax)	(0.1, 1.0)
-A	選択	The ratio of amplitude contrast to phase contrast	0.1
-Astig	選択	With Astigmatism: (difMin, dfMax, asAxis))	(0, 0 , 0)
-NoAstig	選択	Without Astigmatism
-c	選択	コンフィグファイル設定	NULL
-m	選択	モードを設定	0
-h	選択	ヘルプを表示

-NoAstig選択時、-Astig, -Info2は無視される。

モードの詳細

モード	説明
0	No Correction
1	x ctf/|ctf|, phase flipping
2	x ctf, phase flipping and ctf-multiplying
3	x 1/ctf (0.1<|ctf| phase flipping and ctf-divided
4	x ctf/(SQR(ctf)+SQR(NS)) phase-flipping + Winner Filtering
5	x SQR(ctf) x ctf/|ctf| phase-flipping + ctf-Weighted
6	x 1/|ctf| (0.1<|ctf|) No phase-flipping + ctf-divided
7	x |ctf|/(SQR(ctf)+SQR(NS)) No phase flipping + Winner Filtering
8	x ctf /(SQR(ctf)+SQR(NS*exp(a*R))) phase flipping + Winner Filtering + NS-raising
9	x |ctf|/(SQR(ctf)+SQR(NS*exp(a*R))) No phase flipping + Winner Filtering + NS-raising

-info のファイルのフォーマット

defocus Cs kV AmplitudeContrast

llExtractWithLayerSeparationFilamentInfo -oI で作成される。

実行例

入力ファイルの画像

最小 最大 平均値 標準偏差 標準誤差

5.8388e-05 (34, 19, 25) 269.463 (0, 0, 0) 0.184947 0.853561 0.00121937

オプション必須項目のみの場合

最小 最大 平均値 標準偏差 標準誤差

-6.10352e-07 (64, 12, 32) 2 (18, 16, 34) 0.384947 0.605556 0.00086508

オプション　-m

m=1

m=1のみで実行

最小 最大 平均値 標準偏差 標準誤差

nan (0, 0, 0) nan (0, 0, 0) nan nan nan

info=CTF情報, m=1で実行

CTF情報のデータ

27000.000000 2.100000 200.000000 0.100000

出力画像

最小 最大 平均値 標準偏差 標準誤差

-2.34783 (35, 41, 97) 1.79235 (55, 53, 49) -0.384947 0.605556 0.00086508

kV=200, m=1で実行

最小 最大 平均値 標準偏差 標準誤差

-1.164 (33, 44, 0) 1.94 (15, 17, 49) 6.1438e-10 0.439006 0.000627152

Cs=2.1, kV=200, m=1で実行

最小 最大 平均値 標準偏差 標準誤差

-0.384948 (6, 45, 80) 1.61505 (18, 16, 34) -2.46763e-09 0.605556 0.00086508

df=27000, kV=200, m=1で実行

最小 最大 平均値 標準偏差 標準誤差

-1.97408 (35, 41, 97) 2.18517 (55, 17, 50) 3.93495e-09 0.605556 0.00086508

A=0.1, kV=200, m=1で実行

最小 最大 平均値 標準偏差 標準誤差

-2.328 (33, 41, 4) 1.88 (15, 17, 49) -0.384947 0.605556 0.00086508

Astig=(2000, 3000, 30), kV=200, m=1で実行

最小 最大 平均値 標準偏差 標準誤差

-1.94766 (33, 44, 99) 2.27385 (15, 53, 50) 3.69918e-09 0.605553 0.000865076