mrcImageCTFCompensation

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mrcImageCTFCompensationとは、透過型電子顕微鏡で撮影されたmrcImage形式のファイルに対して、そのCTF(コントラスト伝達関数)を補正するEosコマンドである。

オプション一覧

メインオプション

オプション 必須項目/選択項目 説明 デフォルト
-i 必須 入力ファイル名: mrcImage(FFT) stdion
-o 必須 出力ファイル名: mrcImage(CTF) stdout
-info 選択 CTF情報(Essential Parameter only) NULL
-info2 選択 CTF情報(Display2/ctfDisplay) NULL
-kV 選択 AccVol[kV] 200
-Cs 選択 Cs[mm] 2.1
-df 選択 Defocus[A]:under(+) 27000
-white 選択 WhiteNoise(N/S) 0.1
-SinWin 選択 Windowing by sine function from Rmin[/A] to Rmax[/A].Default: No Window.
(SinWinRmin, SinWinRmax)
(0.1, 1.0)
-A 選択 The ratio of amplitude contrast to phase contrast 0.1
-Astig 選択 With Astigmatism: (difMin, dfMax, asAxis)) (0, 0 , 0)
-NoAstig 選択 Without Astigmatism
-c 選択 コンフィグファイル設定 NULL
-m 選択 モードを設定 0
-h 選択 ヘルプを表示  
-NoAstig選択時、-Astig, -Info2は無視される。

モードの詳細

モード 説明
0 No Correction
1 x ctf/|ctf|, phase flipping
2 x ctf, phase flipping and ctf-multiplying
3 x 1/ctf (0.1<|ctf| phase flipping and ctf-divided
4 x ctf/(SQR(ctf)+SQR(NS)) phase-flipping + Winner Filtering
5 x SQR(ctf) x ctf/|ctf| phase-flipping + ctf-Weighted
6 x 1/|ctf| (0.1<|ctf|) No phase-flipping + ctf-divided
7 x |ctf|/(SQR(ctf)+SQR(NS)) No phase flipping + Winner Filtering
8 x ctf /(SQR(ctf)+SQR(NS*exp(a*R))) phase flipping + Winner Filtering + NS-raising
9 x |ctf|/(SQR(ctf)+SQR(NS*exp(a*R))) No phase flipping + Winner Filtering + NS-raising

-info のファイルのフォーマット

defocus Cs kV AmplitudeContrast
llExtractWithLayerSeparationFilamentInfo -oI で作成される。


実行例

入力ファイルの画像

Input-mrcImageCTFCompensation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

5.8388e-05 (34, 19, 25)

269.463 (0, 0, 0)
0.184947
0.853561

0.00121937

-info のデータ

CTF情報
27000.000000 2.100000 200.000000 0.100000

オプション必須項目のみの場合

Outdata-mrcImageCTFCompensation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-6.10352e-07 (64, 12, 32)

2 (18, 16, 34)
0.384947
0.605556

0.00086508

オプション -m

m=1

m=1のみで実行

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

nan (0, 0, 0)

nan (0, 0, 0)
nan
nan

nan

m=1, info=CTF情報で実行
Outdata-m1info-mrcImageCTFCompensation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-2.34783 (35, 41, 97)

1.79235 (55, 53, 49)
-0.384947
0.605556

0.00086508

kV=200, m=1で実行
Outdata-m1kV-mrcImageCTFCompensation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-1.164 (33, 44, 0)

1.94 (15, 17, 49)
6.1438e-10
0.439006

0.000627152

Cs=2.1, kV=200, m=1で実行
Outdata-m1Cs-mrcImageCTFCompensation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-0.384948 (6, 45, 80)

1.61505 (18, 16, 34)
-2.46763e-09
0.605556

0.00086508

df=27000, kV=200, m=1で実行
Outdata-m1df-mrcImageCTFCompensation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-1.97408 (35, 41, 97)

2.18517 (55, 17, 50)
3.93495e-09
0.605556

0.00086508

A=0.1, kV=200, m=1で実行
Outdata-m1A-mrcImageCTFCompensation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-2.328 (33, 41, 4)

1.88 (15, 17, 49)
-0.384947
0.605556

0.00086508

Astig=(2000, 3000, 30), kV=200, m=1で実行
Outdata-m1Astig-mrcImageCTFCompensation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-1.94766 (33, 44, 99)

2.27385 (15, 53, 50)
3.69918e-09
0.605553

0.000865076

m=2

m=2, info=CTF情報で実行
Outdata-m2-mrcImageCTFCompensation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-1.31723 (33, 41, 98)

1.97077 (15, 17, 49)
-0.0384947
0.445077

0.000635824

m=3

m=3, info=CTF情報で実行
Outdata-m3-mrcImageCTFCompensation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-11.7244 (35, 40, 4)

0.119125 (0, 64, 25)
-3.84947
3.39122

0.0048446

m=4

m=4, info=CTF情報で実行
Outdata-m4-mrcImageCTFCompensation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-6.99735 (35, 41, 1)

0.915836 (11, 38, 49)
-1.92473
2.04063

0.00291518

white=0.5, m=4, info=CTF情報で実行
Outdata-m4white-mrcImageCTFCompensation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-1.69647 (36, 48, 3)

1.94975 (55, 53, 51)
-0.148057
0.486022

0.000694317

m=5

m=5, info=CTF情報で実行
Outdata-m5-mrcImageCTFCompensation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-1.21637 (33, 41, 1)

1.97072 (15, 17, 50)
-0.00384947
0.440895

0.00062985

m=6

m=6, info=CTF情報で実行
Outdata-m6-mrcImageCTFCompensation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-2.10211 (0, 69, 11)

13.2178 (35, 44, 7)
3.84947
3.43904

0.00491291

m=7

m=7, info=CTF情報で実行
Outdata-m7-mrcImageCTFCompensation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-0.223602 (0, 41, 0)

6.68785 (35, 43, 7)
1.92473
2.04063

0.00291518

white=0.5, m=7, info=CTF情報で実行
Outdata-m7white-mrcImageCTFCompensation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-0.703801 (35, 43, 6)

1.85387 (59, 38, 48)
0.148057
0.486022

0.000694317