「mrcImageCTFDetermination」の版間の差分

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行14: 行14:
 
<td>-i</td>  
 
<td>-i</td>  
 
<td>必須</td>  
 
<td>必須</td>  
−
<td>入力ファイル設定(Original Image )</td>  
+
<td>入力ファイル設定: [[mrcImage]](Original Image)</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行20: 行20:
 
<td>-r</td>  
 
<td>-r</td>  
 
<td>必須</td>  
 
<td>必須</td>  
−
<td>参照ファイル設定(CTF Compensated Image)</td>  
+
<td>参照ファイル設定: [[mrcImage]](CTF)</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行26: 行26:
 
<td>-o</td>  
 
<td>-o</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
−
<td>Output Optimum [text]<br>
+
<td>出力: Optimum [text]<br>
−
defocus and amlitude-contrast at minimum point</td>  
+
defocus and amplitude-contrast at minimum point</td>  
 
<td>stdout</td>  
 
<td>stdout</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行33: 行33:
 
<td>-oP</td>  
 
<td>-oP</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
−
<td>Output Distribution [mrc image]</td>  
+
<td>出力: Distribution: [[mrcImage]]</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行39: 行39:
 
<td>-oC</td>  
 
<td>-oC</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
−
<td>Output CTF Information file<br>
+
<td>出力: CTF Information file<br>
 
Type (-mC)<br>
 
Type (-mC)<br>
 
0: lllExtractCtfinfFileCreate (mode 0) <br>
 
0: lllExtractCtfinfFileCreate (mode 0) <br>
行48: 行48:
 
<td>-oF</td>  
 
<td>-oF</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
−
<td>Output Result FFT[mrc image]</td>  
+
<td>出力: Result FFT: [[mrcImage]]</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行72: 行72:
 
<td>-W</td>  
 
<td>-W</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
−
<td>WhiteNoise</td>  
+
<td>ホワイトノイズ</td>  
 
<td>1.0</td>  
 
<td>1.0</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行78: 行78:
 
<td>-df</td>  
 
<td>-df</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
−
<td>df[A] for in(mindf, maxdf, deldf))</td>  
+
<td>df[A] for in(mindf, maxdf, deldf)</td>  
 
<td>(0.0, 200000, 1000)</td>  
 
<td>(0.0, 200000, 1000)</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行193: 行193:
 
<tr>  
 
<tr>  
 
<td>0</td>  
 
<td>0</td>  
−
<td>No CTF compensation</td>  
+
<td>CTF補正しない</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 
<tr>  
 
<tr>  
 
<td>1</td>  
 
<td>1</td>  
−
<td>Phase only: W = CTF/|CTF|</td>  
+
<td>位相のみ: W = CTF/|CTF|</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 
<tr>  
 
<tr>  
 
<td>2</td>  
 
<td>2</td>  
−
<td>Multiply : W = CTF</td>  
+
<td>乗算 : W = CTF</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 
<tr>  
 
<tr>  
 
<td>3</td>  
 
<td>3</td>  
−
<td>Multiply : W = 1/CTF</td>  
+
<td>乗算 : W = 1/CTF</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 
<tr>  
 
<tr>  
 
<td>4</td>  
 
<td>4</td>  
−
<td>Wiener filter (constant noise): W = CTF/(|CTF|^2+N^2)</td>  
+
<td>ウィーナーフィルタ (ノイズ定数): W = CTF/(|CTF|^2+N^2)</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 
<tr>  
 
<tr>  
 
<td>5</td>  
 
<td>5</td>  
−
<td>Multiply : W = CTF^2</td>  
+
<td>乗算 : W = CTF^2</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 
</table>  
 
</table>  
行257: 行257:
 
<tr>  
 
<tr>  
 
<td>0</td>  
 
<td>0</td>  
−
<td>CTF compensated single image</td>  
+
<td>単一イメージでCTF補正</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 
<tr>  
 
<tr>  
 
<td>1</td>  
 
<td>1</td>  
 
<td>Three-dimentional reconstruction images that were made by nea and far Bessel separation.<br>
 
<td>Three-dimentional reconstruction images that were made by nea and far Bessel separation.<br>
−
CTF compensatation were done between min defocus to max defocus.<br>  
+
デフォーカスの最小値-最大値間でCTF補正が行われる。<br>  
−
This mode is for myosin filaments.<br>  
+
ミオシンフィラメント用のモード<br>  
−
(Options) -PixelSize -Width -truePitch<br>
+
(オプション) -PixelSize, -Width, -truePitch, -dfRef, -AoverPRef, -MaxIter</td>  
−
-dfRef -AoverPRef -MaxIter</td>  
+
 
</tr>  
 
</tr>  
 
<tr>  
 
<tr>  
 
<td>2</td>  
 
<td>2</td>  
 
<td>Result FFT<br>
 
<td>Result FFT<br>
−
(Options) -oF, -dfRef, -AoverPRef </td>  
+
(オプション) -oF, -dfRef, -AoverPRef </td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 
</table>  
 
</table>  

2013年11月8日 (金) 02:58時点における版

mrcImageCTFDeterminationとはCTFの推定の為のプログラムである。


オプション一覧

メインオプション

オプション 必須項目/選択項目 説明 デフォルト
-i 必須 入力ファイル設定: mrcImage(Original Image) NULL
-r 必須 参照ファイル設定: mrcImage(CTF) NULL
-o 選択 出力: Optimum [text]
defocus and amplitude-contrast at minimum point		 stdout
-oP 選択 出力: Distribution: mrcImage NULL
-oC 選択 出力: CTF Information file

Type (-mC)
0: lllExtractCtfinfFileCreate (mode 0)

1: lllExtractCtfinfFileCreate (mode 1) 		NULL
-oF 選択 出力: Result FFT: mrcImage NULL
-kV 選択 AccVol[kV] 200
-Cs 選択 Cs[mm] 2.1
-Ain 選択 IlluminationAperture[mrad] 0.02
-W 選択 ホワイトノイズ 1.0
-df 選択 df[A] for in(mindf, maxdf, deldf) (0.0, 200000, 1000)
-AoveP 選択 AoverP[A] for in(minAoverP, maxAoverP, delAoverP) (0.0, 1.0, 0.01)
-Rmin 選択 Rmin[/A] 0.0
-Rmax 選択 Rmax[/A] 0.1
-mF 選択 Filter Type 1
-mW 選択 Wight Type 0
-mS 選択 Sum Type 0
-mC 選択 CTF Information Type 0
-M 選択 ref Type 0
-PiselSize 選択 Pixel Size [A] 5
-Width 選択 Pad Width [pixel] 120
-truePitch 選択 True Pitch [A] 700
-dfRef 選択 dfRef for ref(firstDf, withinDf) (70000, 1000)
-AoverPRef 選択 A over P Ref for ref(firstAoverP, withinAoverP) (0.05, 0.01)
-MaxIter 選択 MaxIteration for ref 10
-c 選択 コンフィグファイル設定 NULL
-m 選択 モードを設定 0
-h 選択 ヘルプを表示 　

-mF の詳細

モード 説明
0 CTF補正しない
1 位相のみ: W = CTF/|CTF|
2 乗算  : W = CTF
3 乗算  : W = 1/CTF
4 ウィーナーフィルタ (ノイズ定数): W = CTF/(|CTF|^2+N^2)
5 乗算  : W = CTF^2

-mW の詳細

モード 説明
0 Weight = 1
1 Weight = (|in| + |ref|)/2

-mS の詳細

モード 説明
0 Sigma[Phase(i)]
1 Sigma[Phase(i)*Weight(i)] / Sigma[Weight(i)]

-M の詳細

モード 説明
0 単一イメージでCTF補正
1 Three-dimentional reconstruction images that were made by nea and far Bessel separation.

デフォーカスの最小値-最大値間でCTF補正が行われる。
ミオシンフィラメント用のモード

(オプション) -PixelSize, -Width, -truePitch, -dfRef, -AoverPRef, -MaxIter
2 Result FFT
(オプション) -oF, -dfRef, -AoverPRef


実行例


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