「mrcImageCTFObservation」の版間の差分
(→Cs=2で実行) |
(→Cs=2で実行) |
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| 行190: | 行190: | ||
標準誤差<br></p> | 標準誤差<br></p> | ||
</td> | </td> | ||
| − | <td><p align="left"> | + | <td><p align="left">-73.5104 (35, 36, 0)<br> |
57.3753 (50, 50, 0)<br> | 57.3753 (50, 50, 0)<br> | ||
-1.75032e-08<br> | -1.75032e-08<br> | ||
2014年9月17日 (水) 02:17時点における版
mrcImageCTFObservationとはmrcImage形式の画像に電子顕微鏡で撮影した際の画像変調をシミュレートするためのEosのコマンドである。
目次
オプション一覧
メインオプション
| オプション | 必須項目/選択項目 | 説明 | デフォルト |
|---|---|---|---|
| -i | 必須 | 入力ファイル: mrcImage | NULL |
| -o | 選択 | 出力ファイル: mrcImage | NULL |
| -kV | 選択 | 加速電圧[kV] | 200 |
| -Cs | 選択 | 球面収差係数[mm] | 2.1 |
| -df | 選択 | デフォーカス量[A(+がアンダーフォーカス)] | 27000 |
| -A | 選択 | 強度コントラスト比(Amplitude/Phase) | 0.0 |
| -Ain | 選択 | IlluminationAperture[mrad] | 0.0 |
| -white | 選択 | 白色ノイズ比(Noise/Signal) | 1.0 |
| -SinWin | 選択 | RMin[A-1] RMax[A-1] | 0.1 1.0 |
| -ctfMode | 選択 | ctfMode | 0 |
| -Astig | 選択 | dfMin[A] dfMax[A] ASaxis[degree](設定された場合に意味がある) | 0 0 0 |
| -c | 選択 | configFile | NULL |
| -m | 選択 | mode | 0 |
-ctfMode の詳細
| モード | 説明 |
|---|---|
| 0 | 位相のみ |
| 1 | 位相+強度コントラスト |
| +32 | 照射角を考慮する |
| +256 | 絶対値を割り当てる（位相を補正しない） |
実行例
入力ファイルの画像
 |
最小 最大 |
0 (0, 0, 0) 255 (49, 32, 0) |
オプション必須項目のみの場合
 |
最小 最大 |
-73.5162 (35, 36, 0) 57.3742 (50, 50, 0) |
オプション -kV
kV=100で実行
 |
最小 最大 |
-77.1076 (55, 33, 0) 65.1303 (29, 27, 0) |
オプション -Cs
Cs=2で実行
 |
最小 最大 |
-73.5104 (35, 36, 0) 57.3753 (50, 50, 0) |
オプション -df
df=54000で実行
 |
最小 最大 |
-75.6365 (29, 26, 0) 96.8578 (54, 34, 0) |
オプション -Astig
Astig=(-54000, 54000, 45)で実行
 |
最小 最大 |
-62.1862 (59, 44, 0) 78.7101 (33, 53, 0) |
オプション -ctfMode
ctfMode=1で実行
 |
最小 最大 |
-66.9938 (29, 30, 0) 96.1484 (39, 34, 0) |
ctfMode=1, A=1で実行
 |
最小 最大 |
-62.9971 (27, 27, 0) 310.586 (38, 36, 0) |
ctfMode=32で実行
 |
最小 最大 |
-66.9938 (29, 30, 0) 96.1484 (39, 34, 0) |
ctfMode=32, Ain=0.1で実行
 |
最小 最大 |
-61.8551 (28, 30, 0) 85.9497 (38, 35, 0) |
ctfMode=33, A=1, Ain=0.1で実行
 |
最小 最大 |
-56.019 (27, 27, 0) 298.03 (38, 36, 0) |
ctfMode=256で実行
 |
最小 最大 |
-114.328 (37, 35, 0) 68.9204 (29, 28, 0) |
ctfMode=257, A=1で実行
 |
最小 最大 |
-317.886 (37, 36, 0) 73.1741 (29, 27, 0) |
ctfMode=288, Ain=0.1で実行
 |
最小 最大 |
-99.5577 (37, 35, 0) 61.4533 (29, 28, 0) |
ctfMode=289, A=1, Ain=0.1で実行
 |
最小 最大 |
-299.98 (37, 36, 0) 56.6101 (29, 27, 0) |
