「mrcImageCTFObservation」の版間の差分
(→-ctfMode の詳細) |
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− | '''mrcImageCTFObservation'''とは[[mrcImage]]形式の画像に電子顕微鏡で撮影した際の画像変調をシミュレートするための[[Eos]]の[[コマンド]] | + | '''mrcImageCTFObservation'''とは[[mrcImage]]形式の画像に電子顕微鏡で撮影した際の画像変調をシミュレートするための[[Eos]]の[[コマンド]]である。出力ファイルは[[CTF補正]]のテスト用入力ファイルとして使用することが出来る。 |
== オプション一覧 == | == オプション一覧 == | ||
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<td>-i</td> | <td>-i</td> | ||
<td>必須</td> | <td>必須</td> | ||
− | <td>入力ファイル | + | <td>入力ファイル: [[mrcImage]]</td> |
<td>NULL</td> | <td>NULL</td> | ||
</tr> | </tr> | ||
行20: | 行20: | ||
<td>-o</td> | <td>-o</td> | ||
<td>選択</td> | <td>選択</td> | ||
− | <td>出力ファイル | + | <td>出力ファイル: [[mrcImage]]</td> |
<td>NULL</td> | <td>NULL</td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>-ctf</td> | ||
+ | <td>選択</td> | ||
+ | <td>入力ファイル[[ctfInfo]]:ctfDisplayなどの出力ファイルを読み込むことが出来ます。</td> | ||
+ | <td>標準入力</td> | ||
</tr> | </tr> | ||
<tr> | <tr> | ||
<td>-kV</td> | <td>-kV</td> | ||
<td>選択</td> | <td>選択</td> | ||
− | <td>加速電圧[kV]</td> | + | <td>[[加速電圧]][kV]</td> |
<td>200</td> | <td>200</td> | ||
</tr> | </tr> | ||
行32: | 行38: | ||
<td>-Cs</td> | <td>-Cs</td> | ||
<td>選択</td> | <td>選択</td> | ||
− | <td>球面収差係数[mm]</td> | + | <td>[[球面収差係数]][mm]</td> |
<td>2.1</td> | <td>2.1</td> | ||
</tr> | </tr> | ||
行50: | 行56: | ||
<td>-Ain</td> | <td>-Ain</td> | ||
<td>選択</td> | <td>選択</td> | ||
− | <td> | + | <td>IlluminationAperture[mrad] (ctfMode=+32で使用)</td> |
<td>0.0</td> | <td>0.0</td> | ||
</tr> | </tr> | ||
行73: | 行79: | ||
<tr> | <tr> | ||
<td>-Astig</td> | <td>-Astig</td> | ||
− | <td>選択 | + | <td>選択</td> |
− | <td>dfMin[A] dfMax[A] ASaxis[degree]</td> | + | <td>dfMin[A] dfMax[A] ASaxis[degree](設定された場合に意味がある)</td> |
<td>0 0 0</td> | <td>0 0 0</td> | ||
</tr> | </tr> | ||
行90: | 行96: | ||
</tr> | </tr> | ||
</div> | </div> | ||
− | </table> | + | </table> |
− | === | + | ===-ctfMode の詳細=== |
<table border="1"> | <table border="1"> | ||
<div align="left"> | <div align="left"> | ||
<tr> | <tr> | ||
− | <th>モード | + | <th>モード</th> |
<th>説明</th> | <th>説明</th> | ||
</tr> | </tr> | ||
行113: | 行119: | ||
<tr> | <tr> | ||
<td>+256</td> | <td>+256</td> | ||
− | <td> | + | <td>絶対値を割り当てる(位相を補正した画像に対応します。位相分を適用しません。)</td> |
</tr> | </tr> | ||
− | |||
− | |||
</div> | </div> | ||
</table> | </table> | ||
− | |||
== 実行例 == | == 実行例 == | ||
− | === | + | ===[[Media:Input-B120.mrc | 入力ファイル]]の画像=== |
<table> | <table> | ||
<tr> | <tr> | ||
− | <td>[[画像:Input- | + | <td>[[画像:Input-B120.png]]</td> |
<td><p align="left">最小<br> | <td><p align="left">最小<br> | ||
最大<br> | 最大<br> | ||
行133: | 行136: | ||
</td> | </td> | ||
<td><p align="left">0 (0, 0, 0)<br> | <td><p align="left">0 (0, 0, 0)<br> | ||
− | + | 255 (49, 32, 0)<br> | |
− | + | 21.0538<br> | |
− | + | 47.6709<br> | |
− | 0. | + | 0.595886<br></p> |
</td> | </td> | ||
</tr> | </tr> | ||
</table> | </table> | ||
+ | |||
===オプション必須項目のみの場合=== | ===オプション必須項目のみの場合=== | ||
行151: | 行155: | ||
標準誤差<br></p> | 標準誤差<br></p> | ||
</td> | </td> | ||
− | <td><p align="left">- | + | <td><p align="left">-73.5162 (35, 36, 0)<br> |
− | + | 57.3742 (50, 50, 0)<br> | |
− | + | 3.09135e-08<br> | |
− | + | 14.5936<br> | |
− | 0. | + | 0.18242<br></p> |
</td> | </td> | ||
</tr> | </tr> | ||
</table> | </table> | ||
+ | |||
===オプション -kV=== | ===オプション -kV=== | ||
行171: | 行176: | ||
標準誤差<br></p> | 標準誤差<br></p> | ||
</td> | </td> | ||
− | <td><p align="left">- | + | <td><p align="left">-77.1076 (55, 33, 0)<br> |
− | + | 65.1303 (29, 27, 0)<br> | |
− | - | + | -9.05973e-09<br> |
− | + | 16.5308<br> | |
− | 0. | + | 0.206634<br></p> |
</td> | </td> | ||
</tr> | </tr> | ||
行181: | 行186: | ||
===オプション -Cs=== | ===オプション -Cs=== | ||
− | ====Cs= | + | ====Cs=2で実行==== |
<table> | <table> | ||
<tr> | <tr> | ||
行191: | 行196: | ||
標準誤差<br></p> | 標準誤差<br></p> | ||
</td> | </td> | ||
− | <td><p align="left">- | + | <td><p align="left">-73.5104 (35, 36, 0)<br> |
− | + | 57.3753 (50, 50, 0)<br> | |
− | - | + | -1.75032e-08<br> |
− | + | 14.5937<br> | |
− | 0. | + | 0.182421<br></p> |
</td> | </td> | ||
</tr> | </tr> | ||
行201: | 行206: | ||
===オプション -df=== | ===オプション -df=== | ||
− | ====df= | + | ====df=54000で実行==== |
<table> | <table> | ||
<tr> | <tr> | ||
行211: | 行216: | ||
標準誤差<br></p> | 標準誤差<br></p> | ||
</td> | </td> | ||
− | <td><p align="left">- | + | <td><p align="left">-73.2264 (52, 35, 0)<br> |
− | + | 61.0619 (26, 25, 0)<br> | |
− | + | 5.85006e-08<br> | |
− | + | 17.7402<br> | |
− | 0. | + | 0.221752<br></p> |
</td> | </td> | ||
</tr> | </tr> | ||
行221: | 行226: | ||
===オプション -Astig=== | ===オプション -Astig=== | ||
− | ====Astig=( | + | ====Astig=(-54000, 54000, 45)で実行==== |
<table> | <table> | ||
<tr> | <tr> | ||
行231: | 行236: | ||
標準誤差<br></p> | 標準誤差<br></p> | ||
</td> | </td> | ||
− | <td><p align="left">- | + | <td><p align="left">-56.8104 (43, 35, 0)<br> |
− | + | 57.875 (19, 31, 0)<br> | |
− | + | -2.03236e-09<br> | |
− | + | 15.2833<br> | |
− | + | 0.191041<br></p> | |
</td> | </td> | ||
</tr> | </tr> | ||
行251: | 行256: | ||
標準誤差<br></p> | 標準誤差<br></p> | ||
</td> | </td> | ||
− | <td><p align="left">- | + | <td><p align="left">-73.5162 (35, 36, 0)<br> |
− | + | 57.3742 (50, 50, 0)<br> | |
− | - | + | -2.4918e-08<br> |
− | + | 14.5936<br> | |
− | 0. | + | 0.18242<br></p> |
</td> | </td> | ||
</tr> | </tr> | ||
</table> | </table> | ||
− | ====ctfMode=1, A= | + | ====ctfMode=1, A=1で実行==== |
<table> | <table> | ||
<tr> | <tr> | ||
行270: | 行275: | ||
標準誤差<br></p> | 標準誤差<br></p> | ||
</td> | </td> | ||
− | <td><p align="left">- | + | <td><p align="left">-261.062 (39, 38, 0)<br> |
− | + | 47.4055 (28, 25, 0)<br> | |
− | - | + | -21.0538<br> |
− | + | 53.1561<br> | |
− | 0. | + | 0.664451<br></p> |
</td> | </td> | ||
</tr> | </tr> | ||
行289: | 行294: | ||
標準誤差<br></p> | 標準誤差<br></p> | ||
</td> | </td> | ||
− | <td><p align="left">- | + | <td><p align="left">-73.5162 (35, 36, 0)<br> |
− | + | 57.3742 (50, 50, 0)<br> | |
− | + | 1.68348e-08<br> | |
− | + | 14.5936<br> | |
− | 0. | + | 0.18242<br></p> |
</td> | </td> | ||
</tr> | </tr> | ||
</table> | </table> | ||
− | ====ctfMode=32, Ain=0. | + | ====ctfMode=32, Ain=0.1で実行==== |
<table> | <table> | ||
<tr> | <tr> | ||
行308: | 行313: | ||
標準誤差<br></p> | 標準誤差<br></p> | ||
</td> | </td> | ||
− | <td><p align="left">- | + | <td><p align="left">-67.2449 (35, 36, 0)<br> |
− | + | 48.4524 (50, 51, 0)<br> | |
− | + | 8.87936e-09<br> | |
− | + | 13.2796<br> | |
− | + | 0.165995<br></p> | |
</td> | </td> | ||
</tr> | </tr> | ||
</table> | </table> | ||
− | ====ctfMode=33, A= | + | ====ctfMode=33, A=1, Ain=0.1で実行==== |
<table> | <table> | ||
<tr> | <tr> | ||
行327: | 行332: | ||
標準誤差<br></p> | 標準誤差<br></p> | ||
</td> | </td> | ||
− | <td><p align="left">- | + | <td><p align="left">-252.869 (39, 38, 0)<br> |
− | + | 41.5229 (27, 26, 0)<br> | |
− | - | + | -21.0538<br> |
− | + | 52.1879<br> | |
− | 0. | + | 0.652349<br></p> |
</td> | </td> | ||
</tr> | </tr> | ||
行346: | 行351: | ||
標準誤差<br></p> | 標準誤差<br></p> | ||
</td> | </td> | ||
− | <td><p align="left">- | + | <td><p align="left">-50.3091 (27, 31, 0)<br> |
− | + | 82.1957 (55, 35, 0)<br> | |
− | + | 4.93391e-08<br> | |
− | + | 14.5936<br> | |
− | 0. | + | 0.18242<br></p> |
</td> | </td> | ||
</tr> | </tr> | ||
</table> | </table> | ||
− | ====ctfMode=257, A= | + | ====ctfMode=257, A=1で実行==== |
<table> | <table> | ||
<tr> | <tr> | ||
行365: | 行370: | ||
標準誤差<br></p> | 標準誤差<br></p> | ||
</td> | </td> | ||
− | <td><p align="left">- | + | <td><p align="left">-30.7261 (26, 25, 0)<br> |
− | + | 270.018 (36, 38, 0)<br> | |
− | + | 21.0538<br> | |
− | + | 53.1561<br> | |
− | 0. | + | 0.664451<br></p> |
</td> | </td> | ||
</tr> | </tr> | ||
</table> | </table> | ||
− | ====ctfMode=288, Ain=0. | + | ====ctfMode=288, Ain=0.1で実行==== |
<table> | <table> | ||
<tr> | <tr> | ||
行384: | 行389: | ||
標準誤差<br></p> | 標準誤差<br></p> | ||
</td> | </td> | ||
− | <td><p align="left">- | + | <td><p align="left">-45.6686 (27, 31, 0)<br> |
− | + | 65.0675 (55, 35, 0)<br> | |
− | + | 2.81725e-08<br> | |
− | + | 13.2796<br> | |
− | + | 0.165995<br></p> | |
</td> | </td> | ||
</tr> | </tr> | ||
</table> | </table> | ||
− | ====ctfMode=289, A= | + | ====ctfMode=289, A=1, Ain=0.1で実行==== |
<table> | <table> | ||
<tr> | <tr> | ||
行403: | 行408: | ||
標準誤差<br></p> | 標準誤差<br></p> | ||
</td> | </td> | ||
− | <td><p align="left">- | + | <td><p align="left">-27.2028 (26, 26, 0)<br> |
− | + | 254.183 (36, 38, 0)<br> | |
− | + | 21.0538<br> | |
− | + | 52.1879<br> | |
− | 0. | + | 0.652349<br></p> |
</td> | </td> | ||
</tr> | </tr> | ||
</table> | </table> |
2015年11月27日 (金) 02:10時点における最新版
mrcImageCTFObservationとはmrcImage形式の画像に電子顕微鏡で撮影した際の画像変調をシミュレートするためのEosのコマンドである。出力ファイルはCTF補正のテスト用入力ファイルとして使用することが出来る。
目次
オプション一覧
メインオプション
オプション | 必須項目/選択項目 | 説明 | デフォルト |
---|---|---|---|
-i | 必須 | 入力ファイル: mrcImage | NULL |
-o | 選択 | 出力ファイル: mrcImage | NULL |
-ctf | 選択 | 入力ファイルctfInfo:ctfDisplayなどの出力ファイルを読み込むことが出来ます。 | 標準入力 |
-kV | 選択 | 加速電圧[kV] | 200 |
-Cs | 選択 | 球面収差係数[mm] | 2.1 |
-df | 選択 | デフォーカス量[A(+がアンダーフォーカス)] | 27000 |
-A | 選択 | 強度コントラスト比(Amplitude/Phase) | 0.0 |
-Ain | 選択 | IlluminationAperture[mrad] (ctfMode=+32で使用) | 0.0 |
-white | 選択 | 白色ノイズ比(Noise/Signal) | 1.0 |
-SinWin | 選択 | RMin[A-1] RMax[A-1] | 0.1 1.0 |
-ctfMode | 選択 | ctfMode | 0 |
-Astig | 選択 | dfMin[A] dfMax[A] ASaxis[degree](設定された場合に意味がある) | 0 0 0 |
-c | 選択 | configFile | NULL |
-m | 選択 | mode | 0 |
-ctfMode の詳細
モード | 説明 |
---|---|
0 | 位相のみ |
1 | 位相+強度コントラスト |
+32 | 照射角を考慮する |
+256 | 絶対値を割り当てる(位相を補正した画像に対応します。位相分を適用しません。) |
実行例
入力ファイルの画像
最小 最大 |
0 (0, 0, 0) 255 (49, 32, 0) |
オプション必須項目のみの場合
最小 最大 |
-73.5162 (35, 36, 0) 57.3742 (50, 50, 0) |
オプション -kV
kV=100で実行
最小 最大 |
-77.1076 (55, 33, 0) 65.1303 (29, 27, 0) |
オプション -Cs
Cs=2で実行
最小 最大 |
-73.5104 (35, 36, 0) 57.3753 (50, 50, 0) |
オプション -df
df=54000で実行
最小 最大 |
-73.2264 (52, 35, 0) 61.0619 (26, 25, 0) |
オプション -Astig
Astig=(-54000, 54000, 45)で実行
最小 最大 |
-56.8104 (43, 35, 0) 57.875 (19, 31, 0) |
オプション -ctfMode
ctfMode=1で実行
最小 最大 |
-73.5162 (35, 36, 0) 57.3742 (50, 50, 0) |
ctfMode=1, A=1で実行
最小 最大 |
-261.062 (39, 38, 0) 47.4055 (28, 25, 0) |
ctfMode=32で実行
最小 最大 |
-73.5162 (35, 36, 0) 57.3742 (50, 50, 0) |
ctfMode=32, Ain=0.1で実行
最小 最大 |
-67.2449 (35, 36, 0) 48.4524 (50, 51, 0) |
ctfMode=33, A=1, Ain=0.1で実行
最小 最大 |
-252.869 (39, 38, 0) 41.5229 (27, 26, 0) |
ctfMode=256で実行
最小 最大 |
-50.3091 (27, 31, 0) 82.1957 (55, 35, 0) |
ctfMode=257, A=1で実行
最小 最大 |
-30.7261 (26, 25, 0) 270.018 (36, 38, 0) |
ctfMode=288, Ain=0.1で実行
最小 最大 |
-45.6686 (27, 31, 0) 65.0675 (55, 35, 0) |
ctfMode=289, A=1, Ain=0.1で実行
最小 最大 |
-27.2028 (26, 26, 0) 254.183 (36, 38, 0) |