「mrcImageCTFObservation」の版間の差分

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−
'''mrcImageCTFObservation'''とは[[mrcImage]]形式の画像に電子顕微鏡で撮影した際の画像変調をシミュレートするための[[Eos]]の[[コマンド]]である。
+
'''mrcImageCTFObservation'''とは[[mrcImage]]形式の画像に電子顕微鏡で撮影した際の画像変調をシミュレートするための[[Eos]]の[[コマンド]]である。出力ファイルは[[CTF補正]]のテスト用入力ファイルとして使用することが出来る。
  
 
== オプション一覧 ==
 
== オプション一覧 ==
行22: 行22:
 
<td>出力ファイル: [[mrcImage]]</td>  
 
<td>出力ファイル: [[mrcImage]]</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
<td>NULL</td>  
 +
</tr>
 +
<tr>
 +
<td>-ctf</td>
 +
<td>選択</td>
 +
<td>入力ファイル[[ctfInfo]]：ctfDisplayなどの出力ファイルを読み込むことが出来ます。</td>
 +
<td>標準入力</td>
 
</tr>  
 
</tr>  
 
<tr>  
 
<tr>  
行50: 行56:
 
<td>-Ain</td>  
 
<td>-Ain</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
−
<td>[[照射半角]][mrad]</td>  
+
<td>IlluminationAperture[mrad] (ctfMode=+32で使用)</td>  
 
<td>0.0</td>  
 
<td>0.0</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行73: 行79:
 
<tr>  
 
<tr>  
 
<td>-Astig</td>  
 
<td>-Astig</td>  
−
<td>選択(設定された場合に意味がある)</td>  
+
<td>選択</td>  
−
<td>dfMin[A] dfMax[A] ASaxis[degree]</td>  
+
<td>dfMin[A] dfMax[A] ASaxis[degree](設定された場合に意味がある)</td>  
 
<td>0 0 0</td>  
 
<td>0 0 0</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行90: 行96:
 
</tr>  
 
</tr>  
 
</div>  
 
</div>  
−
</table>  
+
</table>
  
 
===-ctfMode の詳細===
 
===-ctfMode の詳細===
行109: 行115:
 
<tr>  
 
<tr>  
 
<td>+32</td>  
 
<td>+32</td>  
−
<td>[[照射半角]]を考慮する</td>  
+
<td>照射角を考慮する</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 
<tr>  
 
<tr>  
 
<td>+256</td>  
 
<td>+256</td>  
−
<td>絶対値を割り当てる（位相を補正しない）</td>  
+
<td>絶対値を割り当てる（位相を補正した画像に対応します。位相分を適用しません。）</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 
</div>  
 
</div>  
 
</table>
 
</table>
−
 
  
 
== 実行例 ==
 
== 実行例 ==
−
===[[Media:Input-B120-CTF.mrc | 入力ファイル]]の画像===
+
===[[Media:Input-B120.mrc | 入力ファイル]]の画像===
 
<table>  
 
<table>  
 
<tr>  
 
<tr>  
−
<td>[[画像:Input-mrcImageCTFObservation.png]]</td>  
+
<td>[[画像:Input-B120.png]]</td>  
 
<td><p align="left">最小<br>  
 
<td><p align="left">最小<br>  
 
最大<br>  
 
最大<br>  
行130: 行135:
 
標準誤差<br></p>  
 
標準誤差<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
−
<td><p align="left">-298.592 (37, 36, 0)<br>  
+
<td><p align="left">0 (0, 0, 0)<br>  
−
46.4642 (56, 19, 0)<br>  
+
255 (49, 32, 0)<br>  
−
-21.0538<br>  
+
21.0538<br>  
−
52.1224<br>  
+
47.6709<br>  
−
0.65153<br></p>  
+
0.595886<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行150: 行155:
 
標準誤差<br></p>  
 
標準誤差<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
−
<td><p align="left">-66.9938 (29, 30, 0)<br>  
+
<td><p align="left">-73.5162 (35, 36, 0)<br>  
−
96.1484 (39, 34, 0)<br>  
+
57.3742 (50, 50, 0)<br>  
−
-1.94998e-08<br>  
+
3.09135e-08<br>  
−
18.286<br>  
+
14.5936<br>  
−
0.228575<br></p>  
+
0.18242<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行171: 行176:
 
標準誤差<br></p>  
 
標準誤差<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
−
<td><p align="left">-75.0422 (26, 28, 0)<br>  
+
<td><p align="left">-77.1076 (55, 33, 0)<br>  
−
102.125 (36, 34, 0)<br>  
+
65.1303 (29, 27, 0)<br>  
−
2.99404e-08<br>  
+
-9.05973e-09<br>  
−
20.3622<br>  
+
16.5308<br>  
−
0.254527<br></p>  
+
0.206634<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 
</table>
 
</table>
−
 
  
 
===オプション　-Cs===
 
===オプション　-Cs===
行192: 行196:
 
標準誤差<br></p>  
 
標準誤差<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
−
<td><p align="left">-67.0312 (29, 30, 0)<br>  
+
<td><p align="left">-73.5104 (35, 36, 0)<br>  
−
96.1602 (39, 34, 0)<br>  
+
57.3753 (50, 50, 0)<br>  
−
1.87724e-08<br>  
+
-1.75032e-08<br>  
−
18.2861<br>  
+
14.5937<br>  
−
0.228576<br></p>  
+
0.182421<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 
</table>
 
</table>
−
 
  
 
===オプション　-df===
 
===オプション　-df===
行213: 行216:
 
標準誤差<br></p>  
 
標準誤差<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
−
<td><p align="left">-75.6365 (29, 26, 0)<br>  
+
<td><p align="left">-73.2264 (52, 35, 0)<br>  
−
96.8578 (54, 34, 0)<br>  
+
61.0619 (26, 25, 0)<br>  
−
-5.46698e-09<br>  
+
5.85006e-08<br>  
−
21.2739<br>  
+
17.7402<br>  
−
0.265924<br></p>  
+
0.221752<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 
</table>
 
</table>
−
 
  
 
===オプション　-Astig===
 
===オプション　-Astig===
行234: 行236:
 
標準誤差<br></p>  
 
標準誤差<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
−
<td><p align="left">-62.1862 (59, 44, 0)<br>  
+
<td><p align="left">-56.8104 (43, 35, 0)<br>  
−
78.7101 (33, 53, 0)<br>  
+
57.875 (19, 31, 0)<br>  
−
-3.56755e-08<br>  
+
-2.03236e-09<br>  
−
18.5265<br>  
+
15.2833<br>  
−
0.231581<br></p>  
+
0.191041<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 
</table>
 
</table>
−
 
  
 
===オプション　-ctfMode===
 
===オプション　-ctfMode===
行255: 行256:
 
標準誤差<br></p>  
 
標準誤差<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
−
<td><p align="left">-66.9938 (29, 30, 0)<br>  
+
<td><p align="left">-73.5162 (35, 36, 0)<br>  
−
96.1484 (39, 34, 0)<br>  
+
57.3742 (50, 50, 0)<br>  
−
-1.94998e-08<br>  
+
-2.4918e-08<br>  
−
18.286<br>  
+
14.5936<br>  
−
0.228575<br></p>  
+
0.18242<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 
</table>
 
</table>
−
 
  
 
====ctfMode=1, A=1で実行====  
 
====ctfMode=1, A=1で実行====  
行275: 行275:
 
標準誤差<br></p>  
 
標準誤差<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
−
<td><p align="left">-62.9971 (27, 27, 0)<br>  
+
<td><p align="left">-261.062 (39, 38, 0)<br>  
−
310.586 (38, 36, 0)<br>  
+
47.4055 (28, 25, 0)<br>  
−
21.0538<br>  
+
-21.0538<br>  
−
58.8599<br>  
+
53.1561<br>  
−
0.735749<br></p>  
+
0.664451<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 
</table>
 
</table>
−
 
  
 
====ctfMode=32で実行====  
 
====ctfMode=32で実行====  
行295: 行294:
 
標準誤差<br></p>  
 
標準誤差<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
−
<td><p align="left">-66.9938 (29, 30, 0)<br>  
+
<td><p align="left">-73.5162 (35, 36, 0)<br>  
−
96.1484 (39, 34, 0)<br>  
+
57.3742 (50, 50, 0)<br>  
−
-1.94998e-08<br>  
+
1.68348e-08<br>  
−
18.286<br>  
+
14.5936<br>  
−
0.228575<br></p>  
+
0.18242<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 
</table>
 
</table>
−
 
  
 
====ctfMode=32, Ain=0.1で実行====  
 
====ctfMode=32, Ain=0.1で実行====  
行315: 行313:
 
標準誤差<br></p>  
 
標準誤差<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
−
<td><p align="left">-61.8551 (28, 30, 0)<br>  
+
<td><p align="left">-67.2449 (35, 36, 0)<br>  
−
85.9497 (38, 35, 0)<br>  
+
48.4524 (50, 51, 0)<br>  
−
6.42321e-08<br>  
+
8.87936e-09<br>  
−
16.94<br>  
+
13.2796<br>  
−
0.21175<br></p>  
+
0.165995<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 
</table>
 
</table>
−
 
  
 
====ctfMode=33, A=1, Ain=0.1で実行====  
 
====ctfMode=33, A=1, Ain=0.1で実行====  
行335: 行332:
 
標準誤差<br></p>  
 
標準誤差<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
−
<td><p align="left">-56.019 (27, 27, 0)<br>  
+
<td><p align="left">-252.869 (39, 38, 0)<br>  
−
298.03 (38, 36, 0)<br>  
+
41.5229 (27, 26, 0)<br>  
−
21.0538<br>  
+
-21.0538<br>  
−
57.7534<br>  
+
52.1879<br>  
−
0.721917<br></p>  
+
0.652349<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 
</table>
 
</table>
−
 
  
 
====ctfMode=256で実行====  
 
====ctfMode=256で実行====  
行355: 行351:
 
標準誤差<br></p>  
 
標準誤差<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
−
<td><p align="left">-114.328 (37, 35, 0)<br>  
+
<td><p align="left">-50.3091 (27, 31, 0)<br>  
−
68.9204 (29, 28, 0)<br>  
+
82.1957 (55, 35, 0)<br>  
−
1.32575e-09<br>  
+
4.93391e-08<br>  
−
18.286<br>  
+
14.5936<br>  
−
0.228575<br></p>  
+
0.18242<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 
</table>
 
</table>
−
 
  
 
====ctfMode=257, A=1で実行====  
 
====ctfMode=257, A=1で実行====  
行375: 行370:
 
標準誤差<br></p>  
 
標準誤差<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
−
<td><p align="left">-317.886 (37, 36, 0)<br>  
+
<td><p align="left">-30.7261 (26, 25, 0)<br>  
−
73.1741 (29, 27, 0)<br>  
+
270.018 (36, 38, 0)<br>  
−
-21.0538<br>  
+
21.0538<br>  
−
58.8599<br>  
+
53.1561<br>  
−
0.735749<br></p>  
+
0.664451<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 
</table>
 
</table>
−
 
  
 
====ctfMode=288, Ain=0.1で実行====  
 
====ctfMode=288, Ain=0.1で実行====  
行395: 行389:
 
標準誤差<br></p>  
 
標準誤差<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
−
<td><p align="left">-99.5577 (37, 35, 0)<br>  
+
<td><p align="left">-45.6686 (27, 31, 0)<br>  
−
61.4533 (29, 28, 0)<br>  
+
65.0675 (55, 35, 0)<br>  
−
-5.21633e-08<br>  
+
2.81725e-08<br>  
−
16.94<br>  
+
13.2796<br>  
−
0.21175<br></p>  
+
0.165995<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 
</table>
 
</table>
−
 
  
 
====ctfMode=289, A=1, Ain=0.1で実行====  
 
====ctfMode=289, A=1, Ain=0.1で実行====  
行415: 行408:
 
標準誤差<br></p>  
 
標準誤差<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
−
<td><p align="left">-299.98 (37, 36, 0)<br>  
+
<td><p align="left">-27.2028 (26, 26, 0)<br>  
−
56.6101 (29, 27, 0)<br>  
+
254.183 (36, 38, 0)<br>  
−
-21.0538<br>  
+
21.0538<br>  
−
57.7534<br>  
+
52.1879<br>  
−
0.721917<br></p>  
+
0.652349<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 
</table>
 
</table>

2015年11月27日 (金) 02:10時点における最新版

mrcImageCTFObservationとはmrcImage形式の画像に電子顕微鏡で撮影した際の画像変調をシミュレートするためのEosのコマンドである。出力ファイルはCTF補正のテスト用入力ファイルとして使用することが出来る。

オプション一覧

メインオプション

オプション 必須項目/選択項目 説明 デフォルト
-i 必須 入力ファイル: mrcImage NULL
-o 選択 出力ファイル: mrcImage NULL
-ctf 選択 入力ファイルctfInfo：ctfDisplayなどの出力ファイルを読み込むことが出来ます。 標準入力
-kV 選択 加速電圧[kV] 200
-Cs 選択 球面収差係数[mm] 2.1
-df 選択 デフォーカス量[A(+がアンダーフォーカス)] 27000
-A 選択 強度コントラスト比(Amplitude/Phase) 0.0
-Ain 選択 IlluminationAperture[mrad] (ctfMode=+32で使用) 0.0
-white 選択 白色ノイズ比(Noise/Signal) 1.0
-SinWin 選択 RMin[A-1] RMax[A-1] 0.1 1.0
-ctfMode 選択 ctfMode 0
-Astig 選択 dfMin[A] dfMax[A] ASaxis[degree](設定された場合に意味がある) 0 0 0
-c 選択 configFile NULL
-m 選択 mode 0

-ctfMode の詳細

モード 説明
0 位相のみ
1 位相+強度コントラスト
+32 照射角を考慮する
+256 絶対値を割り当てる（位相を補正した画像に対応します。位相分を適用しません。）

実行例

入力ファイルの画像

Input-B120.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

255 (49, 32, 0)
21.0538
47.6709

0.595886


オプション必須項目のみの場合

Outdata-mrcImageCTFObservation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-73.5162 (35, 36, 0)

57.3742 (50, 50, 0)
3.09135e-08
14.5936

0.18242


オプション　-kV

kV=100で実行

Outdata-kV-mrcImageCTFObservation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-77.1076 (55, 33, 0)

65.1303 (29, 27, 0)
-9.05973e-09
16.5308

0.206634

オプション　-Cs

Cs=2で実行

Outdata-Cs-mrcImageCTFObservation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-73.5104 (35, 36, 0)

57.3753 (50, 50, 0)
-1.75032e-08
14.5937

0.182421

オプション　-df

df=54000で実行

Outdata-df-mrcImageCTFObservation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-73.2264 (52, 35, 0)

61.0619 (26, 25, 0)
5.85006e-08
17.7402

0.221752

オプション　-Astig

Astig=(-54000, 54000, 45)で実行

Outdata-Astig-mrcImageCTFObservation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-56.8104 (43, 35, 0)

57.875 (19, 31, 0)
-2.03236e-09
15.2833

0.191041

オプション　-ctfMode

ctfMode=1で実行

Outdata-ctfMode1-mrcImageCTFObservation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-73.5162 (35, 36, 0)

57.3742 (50, 50, 0)
-2.4918e-08
14.5936

0.18242

ctfMode=1, A=1で実行

Outdata-m1A-mrcImageCTFObservation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-261.062 (39, 38, 0)

47.4055 (28, 25, 0)
-21.0538
53.1561

0.664451

ctfMode=32で実行

Outdata-ctfMode32-mrcImageCTFObservation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-73.5162 (35, 36, 0)

57.3742 (50, 50, 0)
1.68348e-08
14.5936

0.18242

ctfMode=32, Ain=0.1で実行

Outdata-ctfMode32Ain-mrcImageCTFObservation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-67.2449 (35, 36, 0)

48.4524 (50, 51, 0)
8.87936e-09
13.2796

0.165995

ctfMode=33, A=1, Ain=0.1で実行

Outdata-ctfMode33-mrcImageCTFObservation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-252.869 (39, 38, 0)

41.5229 (27, 26, 0)
-21.0538
52.1879

0.652349

ctfMode=256で実行

Outdata-ctfMode256-mrcImageCTFObservation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-50.3091 (27, 31, 0)

82.1957 (55, 35, 0)
4.93391e-08
14.5936

0.18242

ctfMode=257, A=1で実行

Outdata-ctfMode257-mrcImageCTFObservation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-30.7261 (26, 25, 0)

270.018 (36, 38, 0)
21.0538
53.1561

0.664451

ctfMode=288, Ain=0.1で実行

Outdata-ctfMode288-mrcImageCTFObservation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-45.6686 (27, 31, 0)

65.0675 (55, 35, 0)
2.81725e-08
13.2796

0.165995

ctfMode=289, A=1, Ain=0.1で実行

Outdata-ctfMode289-mrcImageCTFObservation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-27.2028 (26, 26, 0)

254.183 (36, 38, 0)
21.0538
52.1879

0.652349

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