「mrcImageCTFObservation」の版間の差分
行122: | 行122: | ||
== 実行例 == | == 実行例 == | ||
+ | ===入力ファイルの画像=== | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>[[画像:Input-mrcImageCTFObservation.png]]</td> | ||
+ | <td><p align="left">最小<br> | ||
+ | 最大<br> | ||
+ | 平均値<br> | ||
+ | 標準偏差<br> | ||
+ | 標準誤差<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">0 (0, 0, 0)<br> | ||
+ | 2 (35, 35, 5)<br> | ||
+ | 0.384947<br> | ||
+ | 0.605556<br> | ||
+ | 0.00086508<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | |||
+ | ===オプション必須項目のみの場合=== | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>[[画像:Outdata-mrcImageCTFObservation.png]]</td> | ||
+ | <td><p align="left">最小<br> | ||
+ | 最大<br> | ||
+ | 平均値<br> | ||
+ | 標準偏差<br> | ||
+ | 標準誤差<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">-1.54801 (35, 32, 8)<br> | ||
+ | 1.3162 (35, 0, 55)<br> | ||
+ | -7.58399e-11<br> | ||
+ | 0.19545<br> | ||
+ | 0.000279214<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | |||
+ | ===オプション -kV=== | ||
+ | ====kV=100で実行==== | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>[[画像:Outdata-kV-mrcImageCTFObservation.png]]</td> | ||
+ | <td><p align="left">最小<br> | ||
+ | 最大<br> | ||
+ | 平均値<br> | ||
+ | 標準偏差<br> | ||
+ | 標準誤差<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">-1.3573 (35, 32, 9)<br> | ||
+ | 1.38956 (35, 34, 7)<br> | ||
+ | -7.55488e-12<br> | ||
+ | 0.206492<br> | ||
+ | 0.000294989<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | |||
+ | ===オプション -Cs=== | ||
+ | ====Cs=100で実行==== | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>[[画像:Outdata-Cs-mrcImageCTFObservation.png]]</td> | ||
+ | <td><p align="left">最小<br> | ||
+ | 最大<br> | ||
+ | 平均値<br> | ||
+ | 標準偏差<br> | ||
+ | 標準誤差<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">-1.35726 (35, 32, 8)<br> | ||
+ | 1.8312 (35, 0, 41)<br> | ||
+ | -2.734e-11<br> | ||
+ | 0.195605<br> | ||
+ | 0.000279436<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | |||
+ | ===オプション -df=== | ||
+ | ====df=10000で実行==== | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>[[画像:Outdata-df-mrcImageCTFObservation.png]]</td> | ||
+ | <td><p align="left">最小<br> | ||
+ | 最大<br> | ||
+ | 平均値<br> | ||
+ | 標準偏差<br> | ||
+ | 標準誤差<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">-1.28933 (32, 0, 55)<br> | ||
+ | 1.03029 (35, 0, 51)<br> | ||
+ | 3.88313e-11<br> | ||
+ | 0.17261<br> | ||
+ | 0.000246586<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | |||
+ | ===オプション -Astig=== | ||
+ | ====Astig=(30, 90, 120)で実行==== | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>[[画像:Outdata-Astig-mrcImageCTFObservation.png]]</td> | ||
+ | <td><p align="left">最小<br> | ||
+ | 最大<br> | ||
+ | 平均値<br> | ||
+ | 標準偏差<br> | ||
+ | 標準誤差<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">-0.029695 (42, 23, 11)<br> | ||
+ | 0.0255489 (16, 55, 39)<br> | ||
+ | 3.29874e-13<br> | ||
+ | 0.00307242<br> | ||
+ | 4.38917e-06<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | |||
+ | ===オプション -ctfMode=== | ||
+ | ====ctfMode=1で実行==== | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>[[画像:Outdata-ctfMode1-mrcImageCTFObservation.png]]</td> | ||
+ | <td><p align="left">最小<br> | ||
+ | 最大<br> | ||
+ | 平均値<br> | ||
+ | 標準偏差<br> | ||
+ | 標準誤差<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">-1.54801 (35, 32, 8)<br> | ||
+ | 1.3162 (35, 0, 55)<br> | ||
+ | -7.58399e-11<br> | ||
+ | 0.19545<br> | ||
+ | 0.000279214<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | |||
+ | ====ctfMode=1, A=0.3で実行==== | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>[[画像:Outdata-m1A-mrcImageCTFObservation.png]]</td> | ||
+ | <td><p align="left">最小<br> | ||
+ | 最大<br> | ||
+ | 平均値<br> | ||
+ | 標準偏差<br> | ||
+ | 標準誤差<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">-1.9985 (35, 32, 8)<br> | ||
+ | 1.34461 (35, 0, 55)<br> | ||
+ | -0.115484<br> | ||
+ | 0.281817<br> | ||
+ | 0.000402596<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | |||
+ | ====ctfMode=32で実行==== | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>[[画像:Outdata-ctfMode32-mrcImageCTFObservation.png]]</td> | ||
+ | <td><p align="left">最小<br> | ||
+ | 最大<br> | ||
+ | 平均値<br> | ||
+ | 標準偏差<br> | ||
+ | 標準誤差<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">-1.54801 (35, 32, 8)<br> | ||
+ | 1.3162 (35, 0, 55)<br> | ||
+ | -7.58399e-11<br> | ||
+ | 0.19545<br> | ||
+ | 0.000279214<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | |||
+ | ====ctfMode=32, Ain=0.5で実行==== | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>[[画像:Outdata-ctfMode32Ain-mrcImageCTFObservation.png]]</td> | ||
+ | <td><p align="left">最小<br> | ||
+ | 最大<br> | ||
+ | 平均値<br> | ||
+ | 標準偏差<br> | ||
+ | 標準誤差<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">-0.350623 (35, 32, 6)<br> | ||
+ | 0.245701 (35, 0, 59)<br> | ||
+ | 2.02659e-11<br> | ||
+ | 0.0506801<br> | ||
+ | 7.24001e-05<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | |||
+ | ====ctfMode=33, A=0.3, A=0.5で実行==== | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>[[画像:Outdata-ctfMode33-mrcImageCTFObservation.png]]</td> | ||
+ | <td><p align="left">最小<br> | ||
+ | 最大<br> | ||
+ | 平均値<br> | ||
+ | 標準偏差<br> | ||
+ | 標準誤差<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">-0.883757 (35, 37, 6)<br> | ||
+ | 0.158849 (31, 0, 39)<br> | ||
+ | -0.115484<br> | ||
+ | 0.182748<br> | ||
+ | 0.000261069<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | |||
+ | ====ctfMode=256で実行==== | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>[[画像:Outdata-ctfMode256-mrcImageCTFObservation.png]]</td> | ||
+ | <td><p align="left">最小<br> | ||
+ | 最大<br> | ||
+ | 平均値<br> | ||
+ | 標準偏差<br> | ||
+ | 標準誤差<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">-0.585282 (25, 35, 9)<br> | ||
+ | 1.26871 (35, 35, 5)<br> | ||
+ | 2.35154e-11<br> | ||
+ | 0.19545<br> | ||
+ | 0.000279214<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | |||
+ | ====ctfMode=257, A=0.3で実行==== | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>[[画像:Outdata-ctfMode257-mrcImageCTFObservation.png]]</td> | ||
+ | <td><p align="left">最小<br> | ||
+ | 最大<br> | ||
+ | 平均値<br> | ||
+ | 標準偏差<br> | ||
+ | 標準誤差<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">-0.531247 (40, 0, 48)<br> | ||
+ | 1.3716 (28, 35, 8)<br> | ||
+ | 0.115484<br> | ||
+ | 0.281817<br> | ||
+ | 0.000402596<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | |||
+ | ====ctfMode=288, Ain=0.5で実行==== | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>[[画像:Outdata-ctfMode288-mrcImageCTFObservation.png]]</td> | ||
+ | <td><p align="left">最小<br> | ||
+ | 最大<br> | ||
+ | 平均値<br> | ||
+ | 標準偏差<br> | ||
+ | 標準誤差<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">-0.240781 (35, 0, 41)<br> | ||
+ | 0.346951 (35, 32, 6)<br> | ||
+ | -3.40159e-12<br> | ||
+ | 0.0506801<br> | ||
+ | 7.24001e-05<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | |||
+ | ====ctfMode=289, A=0.3, A=0.5で実行==== | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>[[画像:Outdata-ctfMode289-mrcImageCTFObservation.png]]</td> | ||
+ | <td><p align="left">最小<br> | ||
+ | 最大<br> | ||
+ | 平均値<br> | ||
+ | 標準偏差<br> | ||
+ | 標準誤差<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">-0.153685 (39, 0, 61)<br> | ||
+ | 0.881467 (35, 34, 6)<br> | ||
+ | 0.115484<br> | ||
+ | 0.182748<br> | ||
+ | 0.000261069<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> |
2013年11月8日 (金) 02:10時点における版
mrcImageCTFObservationとはmrcImage形式の画像に電子顕微鏡で撮影した際の画像変調をシミュレートするためのEosのコマンドである。
目次
オプション一覧
メインオプション
オプション | 必須項目/選択項目 | 説明 | デフォルト |
---|---|---|---|
-i | 必須 | 入力ファイル(mrcImage形式) | NULL |
-o | 選択 | 出力ファイル(mrcImage形式) | NULL |
-kV | 選択 | 加速電圧[kV] | 200 |
-Cs | 選択 | 球面収差係数[mm] | 2.1 |
-df | 選択 | デフォーカス量[A(+がアンダーフォーカス)] | 27000 |
-A | 選択 | 強度コントラスト比(Amplitude/Phase) | 0.0 |
-Ain | 選択 | 照射角[mrad] | 0.0 |
-white | 選択 | 白色ノイズ比(Noise/Signal) | 1.0 |
-SinWin | 選択 | RMin[A-1] RMax[A-1] | 0.1 1.0 |
-ctfMode | 選択 | ctfMode | 0 |
-Astig | 選択(設定された場合に意味がある) | dfMin[A] dfMax[A] ASaxis[degree] | 0 0 0 |
-c | 選択 | configFile | NULL |
-m | 選択 | mode | 0 |
モードの詳細
モード(-ctfMode) | 説明 |
---|---|
0 | 位相のみ |
1 | 位相+強度コントラスト |
+32 | 照射角を考慮する |
+256 | 絶対値を割り当てる(位相を補正しない) |
実行例
入力ファイルの画像
最小 最大 |
0 (0, 0, 0) 2 (35, 35, 5) |
オプション必須項目のみの場合
最小 最大 |
-1.54801 (35, 32, 8) 1.3162 (35, 0, 55) |
オプション -kV
kV=100で実行
最小 最大 |
-1.3573 (35, 32, 9) 1.38956 (35, 34, 7) |
オプション -Cs
Cs=100で実行
最小 最大 |
-1.35726 (35, 32, 8) 1.8312 (35, 0, 41) |
オプション -df
df=10000で実行
最小 最大 |
-1.28933 (32, 0, 55) 1.03029 (35, 0, 51) |
オプション -Astig
Astig=(30, 90, 120)で実行
最小 最大 |
-0.029695 (42, 23, 11) 0.0255489 (16, 55, 39) |
オプション -ctfMode
ctfMode=1で実行
最小 最大 |
-1.54801 (35, 32, 8) 1.3162 (35, 0, 55) |
ctfMode=1, A=0.3で実行
最小 最大 |
-1.9985 (35, 32, 8) 1.34461 (35, 0, 55) |
ctfMode=32で実行
最小 最大 |
-1.54801 (35, 32, 8) 1.3162 (35, 0, 55) |
ctfMode=32, Ain=0.5で実行
最小 最大 |
-0.350623 (35, 32, 6) 0.245701 (35, 0, 59) |
ctfMode=33, A=0.3, A=0.5で実行
最小 最大 |
-0.883757 (35, 37, 6) 0.158849 (31, 0, 39) |
ctfMode=256で実行
最小 最大 |
-0.585282 (25, 35, 9) 1.26871 (35, 35, 5) |
ctfMode=257, A=0.3で実行
最小 最大 |
-0.531247 (40, 0, 48) 1.3716 (28, 35, 8) |
ctfMode=288, Ain=0.5で実行
最小 最大 |
-0.240781 (35, 0, 41) 0.346951 (35, 32, 6) |
ctfMode=289, A=0.3, A=0.5で実行
最小 最大 |
-0.153685 (39, 0, 61) 0.881467 (35, 34, 6) |