「mrcImageCTFObservation」の版間の差分

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<td>-o</td>  
 
<td>-o</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
<td>出力ファイル: [[mrcImage]]</td>  
+
<td>出力ファイル: [[mrcImage]](CTF)</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
<td>NULL</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  

2013年11月15日 (金) 05:01時点における版

mrcImageCTFObservationとはmrcImage形式の画像に電子顕微鏡で撮影した際の画像変調をシミュレートするためのEosコマンドである。

オプション一覧

メインオプション

オプション 必須項目/選択項目 説明 デフォルト
-i 必須 入力ファイル: mrcImage NULL
-o 選択 出力ファイル: mrcImage(CTF) NULL
-kV 選択 加速電圧[kV] 200
-Cs 選択 球面収差係数[mm] 2.1
-df 選択 デフォーカス量[A(+がアンダーフォーカス)] 27000
-A 選択 強度コントラスト比(Amplitude/Phase) 0.0
-Ain 選択 照射角[mrad] 0.0
-white 選択 白色ノイズ比(Noise/Signal) 1.0
-SinWin 選択 RMin[A-1] RMax[A-1] 0.1 1.0
-ctfMode 選択 ctfMode 0
-Astig 選択(設定された場合に意味がある) dfMin[A] dfMax[A] ASaxis[degree] 0 0 0
-c 選択 configFile NULL
-m 選択 mode 0

モードの詳細

モード(-ctfMode) 説明
0 位相のみ
1 位相+強度コントラスト
+32 照射角を考慮する
+256 絶対値を割り当てる(位相を補正しない)


実行例

入力ファイルの画像

Input-mrcImageCTFObservation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

2 (35, 35, 5)
0.384947
0.605556

0.00086508

オプション必須項目のみの場合

Outdata-mrcImageCTFObservation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-1.54801 (35, 32, 8)

1.3162 (35, 0, 55)
-7.58399e-11
0.19545

0.000279214

オプション -kV

kV=100で実行

Outdata-kV-mrcImageCTFObservation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-1.3573 (35, 32, 9)

1.38956 (35, 34, 7)
-7.55488e-12
0.206492

0.000294989

オプション -Cs

Cs=100で実行

Outdata-Cs-mrcImageCTFObservation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-1.35726 (35, 32, 8)

1.8312 (35, 0, 41)
-2.734e-11
0.195605

0.000279436

オプション -df

df=10000で実行

Outdata-df-mrcImageCTFObservation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-1.28933 (32, 0, 55)

1.03029 (35, 0, 51)
3.88313e-11
0.17261

0.000246586

オプション -Astig

Astig=(30, 90, 120)で実行

Outdata-Astig-mrcImageCTFObservation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-0.029695 (42, 23, 11)

0.0255489 (16, 55, 39)
3.29874e-13
0.00307242

4.38917e-06

オプション -ctfMode

ctfMode=1で実行

Outdata-ctfMode1-mrcImageCTFObservation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-1.54801 (35, 32, 8)

1.3162 (35, 0, 55)
-7.58399e-11
0.19545

0.000279214

ctfMode=1, A=0.3で実行

Outdata-m1A-mrcImageCTFObservation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-1.9985 (35, 32, 8)

1.34461 (35, 0, 55)
-0.115484
0.281817

0.000402596

ctfMode=32で実行

Outdata-ctfMode32-mrcImageCTFObservation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-1.54801 (35, 32, 8)

1.3162 (35, 0, 55)
-7.58399e-11
0.19545

0.000279214

ctfMode=32, Ain=0.5で実行

Outdata-ctfMode32Ain-mrcImageCTFObservation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-0.350623 (35, 32, 6)

0.245701 (35, 0, 59)
2.02659e-11
0.0506801

7.24001e-05

ctfMode=33, A=0.3, A=0.5で実行

Outdata-ctfMode33-mrcImageCTFObservation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-0.883757 (35, 37, 6)

0.158849 (31, 0, 39)
-0.115484
0.182748

0.000261069

ctfMode=256で実行

Outdata-ctfMode256-mrcImageCTFObservation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-0.585282 (25, 35, 9)

1.26871 (35, 35, 5)
2.35154e-11
0.19545

0.000279214

ctfMode=257, A=0.3で実行

Outdata-ctfMode257-mrcImageCTFObservation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-0.531247 (40, 0, 48)

1.3716 (28, 35, 8)
0.115484
0.281817

0.000402596

ctfMode=288, Ain=0.5で実行

Outdata-ctfMode288-mrcImageCTFObservation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-0.240781 (35, 0, 41)

0.346951 (35, 32, 6)
-3.40159e-12
0.0506801

7.24001e-05

ctfMode=289, A=0.3, A=0.5で実行

Outdata-ctfMode289-mrcImageCTFObservation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-0.153685 (39, 0, 61)

0.881467 (35, 34, 6)
0.115484
0.182748

0.000261069