「mrcImageCTFObservation」の版間の差分

提供: Eospedia
移動: 案内、検索
行120: 行120:
  
 
== 実行例 ==
 
== 実行例 ==
−
===[[:Media:Input-3D-Data.mrc | 入力ファイル]]の画像===
+
===入力ファイルの画像===
 
<table>  
 
<table>  
 
<tr>  
 
<tr>  
行130: 行130:
 
標準誤差<br></p>  
 
標準誤差<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
−
<td><p align="left">0 (0, 0, 0)<br>  
+
<td><p align="left">-298.592 (37, 36, 0)<br>  
−
2 (35, 35, 5)<br>  
+
46.4642 (56, 19, 0)<br>  
−
0.384947<br>  
+
-21.0538<br>  
−
0.605556<br>  
+
52.1224<br>  
−
0.00086508<br></p>  
+
0.65153<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行150: 行150:
 
標準誤差<br></p>  
 
標準誤差<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
−
<td><p align="left">-1.54801 (35, 32, 8)<br>  
+
<td><p align="left">-66.9938 (29, 30, 0)<br>  
−
1.3162 (35, 0, 55)<br>  
+
96.1484 (39, 34, 0)<br>  
−
-7.58399e-11<br>  
+
-1.94998e-08<br>  
−
0.19545<br>  
+
18.286<br>  
−
0.000279214<br></p>  
+
0.228575<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行171: 行171:
 
標準誤差<br></p>  
 
標準誤差<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
−
<td><p align="left">-1.3573 (35, 32, 9)<br>  
+
<td><p align="left">-75.0422 (26, 28, 0)<br>  
−
1.38956 (35, 34, 7)<br>  
+
102.125 (36, 34, 0)<br>  
−
-7.55488e-12<br>  
+
2.99404e-08<br>  
−
0.206492<br>  
+
20.3622<br>  
−
0.000294989<br></p>  
+
0.254527<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行182: 行182:
  
 
===オプション　-Cs===
 
===オプション　-Cs===
−
====Cs=100で実行====  
+
====Cs=2で実行====  
 
<table>  
 
<table>  
 
<tr>  
 
<tr>  
行192: 行192:
 
標準誤差<br></p>  
 
標準誤差<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
−
<td><p align="left">-1.35726 (35, 32, 8)<br>  
+
<td><p align="left">-67.0312 (29, 30, 0)<br>  
−
1.8312 (35, 0, 41)<br>  
+
96.1602 (39, 34, 0)<br>  
−
-2.734e-11<br>  
+
1.87724e-08<br>  
−
0.195605<br>  
+
18.2861<br>  
−
0.000279436<br></p>  
+
0.228576<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行203: 行203:
  
 
===オプション　-df===
 
===オプション　-df===
−
====df=10000で実行====  
+
====df=54000で実行====  
 
<table>  
 
<table>  
 
<tr>  
 
<tr>  
行213: 行213:
 
標準誤差<br></p>  
 
標準誤差<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
−
<td><p align="left">-1.28933 (32, 0, 55)<br>  
+
<td><p align="left">-75.6365 (29, 26, 0)<br>  
−
1.03029 (35, 0, 51)<br>  
+
96.8578 (54, 34, 0)<br>  
−
3.88313e-11<br>  
+
-5.46698e-09<br>  
−
0.17261<br>  
+
21.2739<br>  
−
0.000246586<br></p>  
+
0.265924<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行234: 行234:
 
標準誤差<br></p>  
 
標準誤差<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
−
<td><p align="left">-0.029695 (42, 23, 11)<br>  
+
<td><p align="left">-62.1862 (59, 44, 0)<br>  
−
0.0255489 (16, 55, 39)<br>  
+
78.7101 (33, 53, 0)<br>  
−
3.29874e-13<br>  
+
-3.56755e-08<br>  
−
0.00307242<br>  
+
18.5265<br>  
−
4.38917e-06<br></p>  
+
0.231581<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  

2013年12月25日 (水) 08:13時点における版

mrcImageCTFObservationとはmrcImage形式の画像に電子顕微鏡で撮影した際の画像変調をシミュレートするためのEosのコマンドである。

オプション一覧

メインオプション

オプション 必須項目/選択項目 説明 デフォルト
-i 必須 入力ファイル: mrcImage NULL
-o 選択 出力ファイル: mrcImage(CTF) NULL
-kV 選択 加速電圧[kV] 200
-Cs 選択 球面収差係数[mm] 2.1
-df 選択 デフォーカス量[A(+がアンダーフォーカス)] 27000
-A 選択 強度コントラスト比(Amplitude/Phase) 0.0
-Ain 選択 照射角[mrad] 0.0
-white 選択 白色ノイズ比(Noise/Signal) 1.0
-SinWin 選択 RMin[A-1] RMax[A-1] 0.1 1.0
-ctfMode 選択 ctfMode 0
-Astig 選択(設定された場合に意味がある) dfMin[A] dfMax[A] ASaxis[degree] 0 0 0
-c 選択 configFile NULL
-m 選択 mode 0

-ctfMode の詳細

モード 説明
0 位相のみ
1 位相+強度コントラスト
+32 照射角を考慮する
+256 絶対値を割り当てる（位相を補正しない）


実行例

入力ファイルの画像

Input-mrcImageCTFObservation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-298.592 (37, 36, 0)

46.4642 (56, 19, 0)
-21.0538
52.1224

0.65153


オプション必須項目のみの場合

Outdata-mrcImageCTFObservation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-66.9938 (29, 30, 0)

96.1484 (39, 34, 0)
-1.94998e-08
18.286

0.228575


オプション　-kV

kV=100で実行

Outdata-kV-mrcImageCTFObservation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-75.0422 (26, 28, 0)

102.125 (36, 34, 0)
2.99404e-08
20.3622

0.254527


オプション　-Cs

Cs=2で実行

Outdata-Cs-mrcImageCTFObservation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-67.0312 (29, 30, 0)

96.1602 (39, 34, 0)
1.87724e-08
18.2861

0.228576


オプション　-df

df=54000で実行

Outdata-df-mrcImageCTFObservation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-75.6365 (29, 26, 0)

96.8578 (54, 34, 0)
-5.46698e-09
21.2739

0.265924


オプション　-Astig

Astig=(30, 90, 120)で実行

Outdata-Astig-mrcImageCTFObservation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-62.1862 (59, 44, 0)

78.7101 (33, 53, 0)
-3.56755e-08
18.5265

0.231581


オプション　-ctfMode

ctfMode=1で実行

Outdata-ctfMode1-mrcImageCTFObservation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-1.54801 (35, 32, 8)

1.3162 (35, 0, 55)
-7.58399e-11
0.19545

0.000279214


ctfMode=1, A=0.3で実行

Outdata-m1A-mrcImageCTFObservation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-1.9985 (35, 32, 8)

1.34461 (35, 0, 55)
-0.115484
0.281817

0.000402596


ctfMode=32で実行

Outdata-ctfMode32-mrcImageCTFObservation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-1.54801 (35, 32, 8)

1.3162 (35, 0, 55)
-7.58399e-11
0.19545

0.000279214


ctfMode=32, Ain=0.5で実行

Outdata-ctfMode32Ain-mrcImageCTFObservation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-0.350623 (35, 32, 6)

0.245701 (35, 0, 59)
2.02659e-11
0.0506801

7.24001e-05


ctfMode=33, A=0.3, Ain=0.5で実行

Outdata-ctfMode33-mrcImageCTFObservation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-0.883757 (35, 37, 6)

0.158849 (31, 0, 39)
-0.115484
0.182748

0.000261069


ctfMode=256で実行

Outdata-ctfMode256-mrcImageCTFObservation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-0.585282 (25, 35, 9)

1.26871 (35, 35, 5)
2.35154e-11
0.19545

0.000279214


ctfMode=257, A=0.3で実行

Outdata-ctfMode257-mrcImageCTFObservation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-0.531247 (40, 0, 48)

1.3716 (28, 35, 8)
0.115484
0.281817

0.000402596


ctfMode=288, Ain=0.5で実行

Outdata-ctfMode288-mrcImageCTFObservation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-0.240781 (35, 0, 41)

0.346951 (35, 32, 6)
-3.40159e-12
0.0506801

7.24001e-05


ctfMode=289, A=0.3, Ain=0.5で実行

Outdata-ctfMode289-mrcImageCTFObservation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-0.153685 (39, 0, 61)

0.881467 (35, 34, 6)
0.115484
0.182748

0.000261069

「https://www.yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp/EosJ/index.php?title=mrcImageCTFObservation&oldid=5003」から取得