mrcImageCTFObservation

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mrcImageCTFObservationとはmrcImage形式の画像に電子顕微鏡で撮影した際の画像変調をシミュレートするためのEosコマンドである。

オプション一覧

メインオプション

オプション 必須項目/選択項目 説明 デフォルト
-i 必須 入力ファイル: mrcImage NULL
-o 選択 出力ファイル: mrcImage NULL
-kV 選択 加速電圧[kV] 200
-Cs 選択 球面収差係数[mm] 2.1
-df 選択 デフォーカス量[A(+がアンダーフォーカス)] 27000
-A 選択 強度コントラスト比(Amplitude/Phase) 0.0
-Ain 選択 IlluminationAperture[mrad] 0.0
-white 選択 白色ノイズ比(Noise/Signal) 1.0
-SinWin 選択 RMin[A-1] RMax[A-1] 0.1 1.0
-ctfMode 選択 ctfMode 0
-Astig 選択 dfMin[A] dfMax[A] ASaxis[degree](設定された場合に意味がある) 0 0 0
-c 選択 configFile NULL
-m 選択 mode 0

-ctfMode の詳細

モード 説明
0 位相のみ
1 位相+強度コントラスト
+32 照射角を考慮する
+256 絶対値を割り当てる(位相を補正しない)

実行例

入力ファイルの画像

Input-B120.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

255 (49, 32, 0)
21.0538
47.6709

0.595886


オプション必須項目のみの場合

Outdata-mrcImageCTFObservation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-73.5162 (35, 36, 0)

57.3742 (50, 50, 0)
3.09135e-08
14.5936

0.18242


オプション -kV

kV=100で実行

Outdata-kV-mrcImageCTFObservation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-77.1076 (55, 33, 0)

65.1303 (29, 27, 0)
-9.05973e-09
16.5308

0.206634

オプション -Cs

Cs=2で実行

Outdata-Cs-mrcImageCTFObservation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-73.5104 (35, 36, 0)

57.3753 (50, 50, 0)
-1.75032e-08
14.5937

0.182421

オプション -df

df=54000で実行

Outdata-df-mrcImageCTFObservation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-73.2264 (52, 35, 0)

61.0619 (26, 25, 0)
5.85006e-08
17.7402

0.221752

オプション -Astig

Astig=(-54000, 54000, 45)で実行

Outdata-Astig-mrcImageCTFObservation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-56.8104 (43, 35, 0)

57.875 (19, 31, 0)
-2.03236e-09
15.2833

0.191041

オプション -ctfMode

ctfMode=1で実行

Outdata-ctfMode1-mrcImageCTFObservation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-73.5162 (35, 36, 0)

57.3742 (50, 50, 0)
-2.4918e-08
14.5936

0.18242

ctfMode=1, A=1で実行

Outdata-m1A-mrcImageCTFObservation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-261.062 (39, 38, 0)

47.4055 (28, 25, 0)
-21.0538
53.1561

0.664451

ctfMode=32で実行

Outdata-ctfMode32-mrcImageCTFObservation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-73.5162 (35, 36, 0)

57.3742 (50, 50, 0)
1.68348e-08
14.5936

0.18242

ctfMode=32, Ain=0.1で実行

Outdata-ctfMode32Ain-mrcImageCTFObservation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-67.2449 (35, 36, 0)

48.4524 (50, 51, 0)
8.87936e-09
13.2796

0.165995

ctfMode=33, A=1, Ain=0.1で実行

Outdata-ctfMode33-mrcImageCTFObservation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-252.869 (39, 38, 0)

41.5229 (27, 26, 0)
-21.0538
52.1879

0.652349

ctfMode=256で実行

Outdata-ctfMode256-mrcImageCTFObservation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-50.3091 (27, 31, 0)

82.1957 (55, 35, 0)
4.93391e-08
14.5936

0.18242

ctfMode=257, A=1で実行

Outdata-ctfMode257-mrcImageCTFObservation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-30.7261 (26, 25, 0)

270.018 (36, 38, 0)
21.0538
53.1561

0.664451

ctfMode=288, Ain=0.1で実行

Outdata-ctfMode288-mrcImageCTFObservation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-45.6686 (27, 31, 0)

65.0675 (55, 35, 0)
2.81725e-08
13.2796

0.165995

ctfMode=289, A=1, Ain=0.1で実行

Outdata-ctfMode289-mrcImageCTFObservation.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-299.98 (37, 36, 0)

56.6101 (29, 27, 0)
-21.0538
57.7534

0.721917