「mrcImageCTFSN」の版間の差分

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'''mrcImageCTFSN'''とは[[Eos]]の[[コマンド]]である。
 
'''mrcImageCTFSN'''とは[[Eos]]の[[コマンド]]である。
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CTFのThon Ringの0のところの値を使って、ノイズレベルを指数関数でフィットし、N(R) = An exp( Bn x R )を求めます。その際、負にならないように、Anを調整します。
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その後、各空間周波数毎に強度I(R)/N(R) - 1 として、出力したものである。
  
  

2015年6月2日 (火) 03:24時点における版

mrcImageCTFSNとはEosコマンドである。

CTFのThon Ringの0のところの値を使って、ノイズレベルを指数関数でフィットし、N(R) = An exp( Bn x R )を求めます。その際、負にならないように、Anを調整します。 その後、各空間周波数毎に強度I(R)/N(R) - 1 として、出力したものである。


オプション一覧

メインオプション

オプション 必須項目/選択項目 説明 デフォルト
-i 必須 入力ファイル設定: mrcImage(FFT) stdin
-o 必須 出力ファイル設定: mrcImage(FFT) stdout
-kV 選択 加速電圧: [kV] 200
-Cs 選択 球面収差係数: [mm] 1.7
-df 必須 デフォーカス量(+がアンダーフォーカス): [A] 2.7
-n1 選択 Degree of zero point minimum 2
-n2 選択 Degree of zero point maximum 4
-c 選択 コンフィグファイル設定 NULL
-m 選択 モードを設定 0
-h 選択 ヘルプを表示  

モードの詳細

モード 説明
0


実行例

入力ファイルの画像

Input-B120-CTF.png

サイズ

モード
最小
最大
平均値
標準偏差

標準誤差

( 80, 80, 1)

mrcComplexFloatFT
0.000514398 (78, 51, 0)
1684.3 (0, 0, 0)
9.67542
65.3969

0.817461


df=27000で実行

他のオプション設定なし

Outdata-mrcImageCTFSN.png

サイズ

モード
最小
最大
平均値
標準偏差

標準誤差

( 80, 80, 1)

mrcComplexFloatFT
0.00798281 (13, 0, 0)
147968 (40, 40, 0)
867.722
4251.35

53.1419


以降はdf=27000で実行


オプション -kV

kV=100で実行

Outdata-kV-mrcImageCTFSN.png

サイズ

モード
最小
最大
平均値
標準偏差

標準誤差

( 80, 80, 1)

mrcComplexFloatFT
0.073218 (12, 0, 0)
648.392 (0, 0, 0)
2.75844
21.3399

0.266748


オプション -Cs

Cs=2.7で実行

Outdata-Cs-mrcImageCTFSN.png

サイズ

モード
最小
最大
平均値
標準偏差

標準誤差

( 80, 80, 1)

mrcComplexFloatFT
0.00664789 (13, 0, 0)
145982 (40, 40, 0)
857.727
4197.01

52.4626


オプション -n1, -n2

n1=1, n2=7で実行

Outdata-n1n2-mrcImageCTFSN.png

サイズ

モード
最小
最大
平均値
標準偏差

標準誤差

( 80, 80, 1)

mrcComplexFloatFT
0.0463626 (18, 0, 0)
90.1676 (40, 40, 0)
3.89085
4.36334

0.0545418