「mrcImageCircumferentialProjection」の版間の差分

提供: Eospedia
移動: 案内、検索
細 (Kinoshita がページ「MrcImageCircumferentialProjection」を「mrcImageCircumferentialProjection」に移動しました)
行113: 行113:
  
 
== 実行例 ==
 
== 実行例 ==
−
===入力ファイルの画像===
+
===[[Media:Input-ThickFilaments2.mrc | 入力ファイル]]の画像===
 
<table>  
 
<table>  
 
<tr>  
 
<tr>  
−
<td>[[画像:Input-mrcImageCircumferentialProjection.png]]</td>  
+
<td><p align="Center">[[画像:Input-ThickFilaments2.png]]<br>
 +
xy平面<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="Center">[[画像:Input1-ThickFilaments2.png]]<br>
 +
yz平面<br></p>
 +
</td>  
 
<td><p align="left">最小<br>  
 
<td><p align="left">最小<br>  
 
最大<br>  
 
最大<br>  
行124: 行129:
 
</td>  
 
</td>  
 
<td><p align="left">0 (0, 0, 0)<br>  
 
<td><p align="left">0 (0, 0, 0)<br>  
−
60.6 (44, 46, 0)<br>  
+
5.57707 (44, 26, 0)<br>  
−
26.9463<br>  
+
0.0491543<br>  
−
22.1197<br>  
+
0.360381<br>  
−
0.264381<br></p>  
+
0.000522291<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 
</table>  
 
</table>  
 +
  
 
===オプション必須項目のみの場合===
 
===オプション必須項目のみの場合===
−
<div>上記の入力ファイルの場合、デフォルトの範囲(rmax=200)では出力できない。 </div>
 
−
 
−
===オプション　-rmin, -rmax, dr===
 
−
====rmin=0, rmax=170, dr=10で実行====
 
 
<table>  
 
<table>  
 
<tr>  
 
<tr>  
−
<td>[[画像:Outdata-rmax-mrcImageCircumferentialProjection.png]]</td>  
+
<td>[[画像:Outdata-mrcImageCircumferentialProjection.png]]</td>  
 
<td><p align="left">最小<br>  
 
<td><p align="left">最小<br>  
 
最大<br>  
 
最大<br>  
行146: 行148:
 
標準誤差<br></p>  
 
標準誤差<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
−
<td><p align="left">0 (8, 0, 0)<br>  
+
<td><p align="left">0 (0, 0, 0)<br>  
−
2 (0, 9, 0)<br>  
+
3.12088 (10, 6, 0)<br>  
−
0.421405<br>  
+
0.113243<br>  
−
0.583354<br>  
+
0.444362<br>  
−
0.0414572<br></p>  
+
0.0292369<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 
</table>  
 
</table>  
  
−
====rmin=20, rmax=100, dr=5で実行====  
+
 
 +
===オプション　-rmin, -rmax, dr===
 +
====rmin=90, rmax=110, dr=1で実行====
 +
=====その他のオプション設定なし=====  
 
<table>  
 
<table>  
 
<tr>  
 
<tr>  
行165: 行170:
 
標準誤差<br></p>  
 
標準誤差<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
−
<td><p align="left">0 (12, 0, 0)<br>  
+
<td><p align="left">0.0895108 (20, 4, 0)<br>  
−
2 (0, 9, 0)<br>  
+
3.12088 (10, 6, 0)<br>  
−
0.624596<br>  
+
1.12399<br>  
−
0.598075<br>  
+
0.711393<br>  
−
0.0437356<br></p>  
+
0.0468062<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 
</table>  
 
</table>  
  
−
===オプション　-dang===
+
=====dang=1で実行=====  
−
====dang=1, rmax=170で実行====  
+
 
<table>  
 
<table>  
 
<tr>  
 
<tr>  
行185: 行189:
 
標準誤差<br></p>  
 
標準誤差<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
−
<td><p align="left">0 (8, 0, 0)<br>  
+
<td><p align="left">0.0659651 (20, 4, 0)<br>  
−
2 (0, 9, 0)<br>  
+
3.25403 (9, 6, 0)<br>  
−
0.4202<br>  
+
1.16162<br>  
−
0.581967<br>  
+
0.746197<br>  
−
0.0413586<br></p>  
+
0.0490961<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 
</table>
 
</table>
  
−
===オプション　-zmin, -zmax, dz===
+
 
−
====zmin=100, zmax=500, dz=5, rmax=170で実行====  
+
=====zmin=10, zmax=50, dz=1で実行=====  
 
<table>  
 
<table>  
 
<tr>  
 
<tr>  
行205: 行209:
 
標準誤差<br></p>  
 
標準誤差<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
−
<td><p align="left">0 (16, 0, 0)<br>  
+
<td><p align="left">0.0895382 (20, 4, 0)<br>  
−
2 (1, 58, 0)<br>  
+
2.17163 (10, 25, 0)<br>  
−
0.78124<br>  
+
1.07994<br>  
−
0.533959<br>  
+
0.645594<br>  
−
0.0139839<br></p>  
+
0.0220018<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 
</table>
 
</table>
 +
  
 
===オプション　-threshold===
 
===オプション　-threshold===

2014年1月7日 (火) 04:53時点における版

mrcImageCircumferentialProjectionとは３D画像から円筒座標系に変換し、特定範囲のみを表示する。Eosのコマンドである。


オプション一覧

メインオプション

オプション 必須項目/選択項目 説明 デフォルト
-i 必須 入力ファイル: mrcImage NULL
-o 必須 出力ファイル: mrcImage NULL
-dang 選択 角度の加算値: [deree] 10
-zmin 選択 Zの最小値: [A] 0
-zmax 選択 Zの最大値: [A] 100
-dz 選択 Zの加算値: [A] 10
-rmin 選択 半径の最小値: [A] 0
-rmax 選択 半径の最大値: [A] 200
-dr 選択 半径の加算値: [A] 10
-threshold 選択 閾値を設定(平均密度が閾値以上) 0
-c 選択 コンフィグファイル設定 NULL
-m 選択 モードを設定 0
-h 選択 ヘルプを表示 　

モードの詳細

モード 説明
0 平均密度を出力 (dataSum = dataSum / nang)
1 加重密度を出力 (dataSum = dataSum / nang *(2*PI*r))
2 閾値以上の平均密度を出力 (dataSum = dataSum / [nang number more than threshold value] *(2*PI*r))


実行例

入力ファイルの画像

Input-ThickFilaments2.png
xy平面

Input1-ThickFilaments2.png
yz平面

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

5.57707 (44, 26, 0)
0.0491543
0.360381

0.000522291


オプション必須項目のみの場合

Outdata-mrcImageCircumferentialProjection.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

3.12088 (10, 6, 0)
0.113243
0.444362

0.0292369


オプション　-rmin, -rmax, dr

rmin=90, rmax=110, dr=1で実行

その他のオプション設定なし
Outdata-rminrmaxdr-mrcImageCircumferentialProjection.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0.0895108 (20, 4, 0)

3.12088 (10, 6, 0)
1.12399
0.711393

0.0468062
dang=1で実行
Outdata-dang-mrcImageCircumferentialProjection.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0.0659651 (20, 4, 0)

3.25403 (9, 6, 0)
1.16162
0.746197

0.0490961


zmin=10, zmax=50, dz=1で実行
Outdata-zminzmaxdz-mrcImageCircumferentialProjection.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0.0895382 (20, 4, 0)

2.17163 (10, 25, 0)
1.07994
0.645594

0.0220018


オプション　-threshold

threshold=1.5, rmax=170で実行

Outdata-threshold-mrcImageCircumferentialProjection.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

2 (0, 9, 0)
0.0838489
0.28814

0.0204772

オプション　-m

m=1, rmax=170で実行

Outdata-m1-mrcImageCircumferentialProjection.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

742.872 (9, 5, 0)
104.954
177.669

12.6264

m=2, rmax=170で実行

Outdata-m2-mrcImageCircumferentialProjection.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (8, 0, 0)

1.94595 (0, 9, 0)
0.410016
0.567588

0.0403367

「https://www.yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp/EosJ/index.php?title=mrcImageCircumferentialProjection&oldid=5174」から取得